Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_12717
- Subject:
- XR_001742284.1
- Aligned Length:
- 4402
- Identities:
- 2755
- Gaps:
- 1647
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 AAGTGCCTCAGCGGTAGGGGCCGGGGAAGTGTCTGTAGCGTCCCTCCCTCTCAACCACAATAACAGGCGGAGGG 74
Query 1 ------------------------------------------------------------------------AT 2
||
Sbjct 75 TCGGCGTAGGTACTTTGAACTCAAGTAAACAAAAGGGAAGATTTTCTCGTTGATACTGGAGACTGCACAACAAT 148
Query 3 GGGGCCACGAAAGAAAAGTGTGAAAACATGTATCATGAATAATGAAATTCCAGAAGAAATGACAGCAGATGAAA 76
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 GGGGCCACGAAAGAAAAGTGTGAAAACATGTATCATGAATAATGAAATTCCAGAAGAAATGACAGCAGATGAAA 222
Query 77 CAAAGGACTATATGAATCAACTTTCACATGAAGTACTTTGCCATATTTTTAGGTACCTCCCTCTGCAGGATATC 150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CAAAGGACTATATGAATCAACTTTCACATGAAGTACTTTGCCATATTTTTAGGTACCTCCCTCTGCAGGATATC 296
Query 151 ATGTGTATGGAATGTCTTTCCCGGAAGCTAAAGGAAGCAGTGACCCTATATCTGCGAGTTGTGAGAGTTGTAGA 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 ATGTGTATGGAATGTCTTTCCCGGAAGCTAAAGGAAGCAGTGACCCTATATCTGCGAGTTGTGAGAGTTGTAGA 370
Query 225 TCTCTGTGCAGGGCGGTGGTGGGAATACATGCCAAGTGGCTTTACAGATGCCAGTTTTCTAACACTATTAAAGA 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 TCTCTGTGCAGGGCGGTGGTGGGAATACATGCCAAGTGGCTTTACAGATGCCAGTTTTCTAACACTATTAAAGA 444
Query 299 AGATGCCAGATGTTGAACAGCTATATGGCCTTCACCCTCGATACCTTGAGAGGCGAAGAGTAAGGGGCCATGAG 372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 AGATGCCAGATGTTGAACAGCTATATGGCCTTCACCCTCGATACCTTGAGAGGCGAAGAGTAAGGGGCCATGAG 518
Query 373 GCTTTTAGCATTCCAGGAGTCCTAGAAGCTTTGCAGGCATGCCCAAACTTAGTGGGTGTGGAAACTTCTCATTT 446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GCTTTTAGCATTCCAGGAGTCCTAGAAGCTTTGCAGGCATGCCCAAACTTAGTGGGTGTGGAAACTTCTCATTT 592
Query 447 GGAGTTGGTAGAATCCATTTGGACATATATGCCCCATGTTCATATTTTGGGGAAATTTCGTAATCGTAATGGAG 520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GGAGTTGGTAGAATCCATTTGGACATATATGCCCCATGTTCATATTTTGGGGAAATTTCGTAATCGTAATGGAG 666
Query 521 CTTTTCCAATTCCTCCTGAAAATAAACTGAAAATTCCTATAGGAGCCAAAATTCAAACTTTACATTTAGTTGGG 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CTTTTCCAATTCCTCCTGAAAATAAACTGAAAATTCCTATAGGAGCCAAAATTCAAACTTTACATTTAGTTGGG 740
Query 595 GTGAATGTTCCTGAAATTCCTTGTATCCCAATGCTAAGGCACCTTTATATGAAGTGGGTAAGACTCACTAAACC 668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GTGAATGTTCCTGAAATTCCTTGTATCCCAATGCTAAGGCACCTTTATATGAAGTGGGTAAGACTCACTAAACC 814
Query 669 ACAGCCATTTAAAGACTTCCTTTGTATCAGCTTAAGAACTTTCGTCATGAGGAACTGTGCAGGACCCACAAATT 742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 ACAGCCATTTAAAGACTTCCTTTGTATCAGCTTAAGAACTTTCGTCATGAGGAACTGTGCAGGACCCACAAATT 888
Query 743 CCTTGAAATATGTCCCTTTAGTAACAGGCTTAGCCTCTGCCCGAAACTTGGAACACTTAGAAATGGTTCGAGTT 816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CCTTGAAATATGTCCCTTTAGTAACAGGCTTAGCCTCTGCCCGAAACTTGGAACACTTAGAAATGGTTCGAGTT 962
Query 817 CCTTTCCTTGGAGGTCTTATCCAACATGTTGTTGAAGACAGTTGGAGATCAGGTGGTTTTAGAAATTTGCACAC 890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CCTTTCCTTGGAGGTCTTATCCAACATGTTGTTGAAGACAGTTGGAGATCAGGTGGTTTTAGAAATTTGCACAC 1036
Query 891 TATTGTTCTGGGAGCTTGCAAAAATGCTCTTGAAGTAGATCTTGGTTACCTCATCATTACTGCTGCCCGTAGGT 964
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TATTGTTCTGGGAGCTTGCAAAAATGCTCTTGAAGTAGATCTTGGTTACCTCATCATTACTGCTGCCCGTAGGT 1110
Query 965 TACATGAAGTTCGGATCCAGCCTTCCCTAACCAAAGATGGTGTCTTTTCTGCCCTAAAGATGGCAGAGTTGGAG 1038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TACATGAAGTTCGGATCCAGCCTTCCCTAACCAAAGATGGTGTCTTTTCTGCCCTAAAGATGGCAGAGTTGGAG 1184
Query 1039 TTTCCCCAGTTTGAAACCCTTCATCTAGGATATGTAGATGAGTTTTTGCTACAGAGCAGAATGGCTAATGCGGA 1112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TTTCCCCAGTTTGAAACCCTTCATCTAGGATATGTAGATGAGTTTTTGCTACAGAGCAGAATGGCTAATGCGGA 1258
Query 1113 TCTGGTGAAGTATGGTTTGGCTGATGTGGTAGAAAATCCTGGTATCATCACTGATATAGGGATGAAAGCAGTCA 1186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCTGGTGAAGTATGGTTTGGCTGATGTGGTAGAAAATCCTGGTATCATCACTGATATAGGGATGAAAGCAGTCA 1332
Query 1187 ATGAAGTTTTTTCCTGTATCAAATATCTGGCAATTTACAATTGCCCTCATCTACACAACCCATACAATTGGATC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 ATGAAGTTTTTTCCTGTATCAAATATCTGGCAATTTACAATTGCCCTCATCTACACAACCCATACAATTGGATC 1406
Query 1261 TCAGACCACTCAAGATGGACTCGATTGGTTGATATCAACCTAGTACGGTGCCATGCTTTGAAGCTGGACTCTTT 1334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 TCAGACCACTCAAGATGGACTCGATTGGTTGATATCAACCTAGTACGGTGCCATGCTTTGAAGCTGGACTCTTT 1480
Query 1335 TGGCCAGTTTATTGAATTATTACCCAGCCTAGAGTTTATTTCACTGGATCAGATGTTTCGTGAACCACCCAAGG 1408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 TGGCCAGTTTATTGAATTATTACCCAGCCTAGAGTTTATTTCACTGGATCAGATGTTTCGTGAACCACCCAAGG 1554
Query 1409 GTTGTGCTCGAGTTGGTCTGAGTGCAGGCACAGGAATTGGTGTTTCATCAGCTCTTGTTAGCAACCAGAACTCC 1482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GTTGTGCTCGAGTTGGTCTGAGTGCAGGCACAGGAATTGGTGTTTCATCAGCTCTTGTTAGCAACCAGAACTCC 1628
Query 1483 AACAATGACGATAATAATGCCCAGAATAACAATGCCAACATCCACGACAACAATCACCATCATCCAGATGACTC 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AACAATGACGATAATAATGCCCAGAATAACAATGCCAACATCCACGACAACAATCACCATCATCCAGATGACTC 1702
Query 1557 AGACGAGGAGAATGACTTTCGGCAAGATCTGCAGCCAGGAGAGCAGCAGTTTGCAGCTGACGCATTAAATGAGA 1630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 AGACGAGGAGAATGACTTTCGGCAAGATCTGCAGCCAGGAGAGCAGCAGTTTGCAGCTGACGCATTAAATGAGA 1776
Query 1631 TGGAAGACATCGTCCAAGAAGATGGAGAGGTGGTGGCCGAGAGTGGAAATAATACTCCAGCTCACAGCCAGGCA 1704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TGGAAGACATCGTCCAAGAAGATGGAGAGGTGGTGGCCGAGAGTGGAAATAATACTCCAGCTCACAGCCAGGCA 1850
Query 1705 ATTATTCCTGTGGATGTTGATGAGGAACAAGCAGGACCCAGTGGTCTTCAGCGTGTAGTAAAACCAACCTCAAT 1778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 ATTATTCCTGTGGATGTTGATGAGGAACAAGCAGGACCCAGTGGTCTTCAGCGTGTAGTAAAACCAACCTCAAT 1924
Query 1779 TACTGTTCATGATTCAGAGAGTGATGATGAAGAAGATAGTCTAGAACTCCAAGAAGTCTGGATTCCTAAGAACG 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TACTGTTCATGATTCAGAGAGTGATGATGAAGAAGATAGTCTAGAACTCCAAGAAGTCTGGATTCCTAAGAACG 1998
Query 1853 GTACTCGGCGTTACTCTGAACGTGAAGAAAAAACTGGAGAGTCAGTGCAGTCCAGAGAATT------------- 1913
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GTACTCGGCGTTACTCTGAACGTGAAGAAAAAACTGGAGAGTCAGTGCAGTCCAGAGAATTGTCAGTAAGTGGA 2072
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2073 AAAGGCAAGACTCCACTTCGAAAGAGGTACAACTCCCATCAGATGGGCCAGTCGAAGCAGTTTCCCCTCGAGGA 2146
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2147 AAGCAGCTGTGAGAAAGGCTGTCAGGTCACCAGTGAGCAGATCAAAGCCGATATGAAAGCAGCTAGGGATATTC 2220
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2221 CTGAAAAGAAAAAAAACAAGGATGTTTATCCCAGCTGCAGCAGCACCACCGCCAGCACAGTGGGAAACTCCAGC 2294
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2295 TCACACAACACTGCTTCTCAAAGCCCCGACTTTGTAAGGACGGTGAACAGCGGCGGCTCTTCCGAGCCTAGCCC 2368
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2369 TACAGAAGTGGATGTGTCCAGGCAGTGTGCCTGCTCCCCCGGTGGGTCAGAGGACTCTGAGGCCATGGAGGAGG 2442
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2443 GAGATGCAGAGAGTTCTGTCTGCCCCAGATGCTGCTGTCACAGGCCCCAGGAATCCCAAAGGAGAACTAGCAGG 2516
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2517 TGTTCTGATGAGGAACGTCCTTCAACCAGCCGAGCCTGTGTTGTGAATGGCCCGGATGGTACGAGATCCGCCTT 2590
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2591 TTCCTTTAGGACTCTGCCACAAGGGGGGTCTTCAGGCCCAGCACATGATGAGAGGACTAATGGGAGTGGCTCTG 2664
Query 1914 -------------------------------------------------------------------------- 1913
Sbjct 2665 GGGCTACAGGTGAGGACAGGAGGGGGAGCTCCCAGCCTGAGAGTTGTGACGTGCAGTCTAATGAAGACTACCCT 2738
Query 1914 --------------------------------------------------------GTCAGAAGTAGCCAAAAC 1931
||||||||||||||||||
Sbjct 2739 CGGAGGCCCCTAACCAGGGCCAGGAGCAGACTGTCCCATGTACTGCTGGTATCTGAGTCAGAAGTAGCCAAAAC 2812
Query 1932 AAAGCCACGTCACGCCATGAAACGGAAGCGGACAGCAGATAAATCCACTAGTACAAGTGATCCTGTGATCGAGG 2005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 AAAGCCACGTCACGCCATGAAACGGAAGCGGACAGCAGATAAATCCACTAGTACAAGTGATCCTGTGATCGAGG 2886
Query 2006 ATGACCATGTGCAGGTTCTTGTATTAAAATCCAAGAATCTTGTTGGAGTCACTATGACCAATTGTGGAATCACA 2079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 ATGACCATGTGCAGGTTCTTGTATTAAAATCCAAGAATCTTGTTGGAGTCACTATGACCAATTGTGGAATCACA 2960
Query 2080 GATCTAGTGCTAAAAGACTGTCCAAAGATGATGTTCATCCATGCTACCAGGTGCAGGGTACTAAAACATTTAAA 2153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 GATCTAGTGCTAAAAGACTGTCCAAAGATGATGTTCATCCAT-------------------------------- 3002
Query 2154 GGTAGAAAATGCACCAATTGTAAACCGATTTGACTATGCACAGTGCAAGAAACTGAACATGGATCAGGTACTAG 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 ------------------------------------------GTGCAAGAAACTGAACATGGATCAGGTACTAG 3034
Query 2228 ACCAGATACTAAGAATGCCACCCGAGAGAAACCGCATCATATACCTACGCCCAATGCAGCAGGTGGACACTCTA 2301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035 ACCAGATACTAAGAATGCCACCCGAGAGAAACCGCATCATATACCTACGCCCAATGCAGCAGGTGGACACTCTA 3108
Query 2302 ACTTTGGAGCAGAAGCTATTTAGTGGTCCCTACCCCTATCACATCTGTATTATCCATGAATTCAGTAACCCTCC 2375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 ACTTTGGAGCAGAAGCTATTTAGTGGTCCCTACCCCTATCACATCTGTATTATCCATGAATTCAGTAACCCTCC 3182
Query 2376 CAATGTCCGGAATAAGGTGCGCATTCGCAGCTGGATGGACACTATAGCAAACATCAATCAAGAGCTCATTAAAT 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 CAATGTCCGGAATAAGGTGCGCATTCGCAGCTGGATGGACACTATAGCAAACATCAATCAAGAGCTCATTAAAT 3256
Query 2450 ATGAATTCTTCCCTGAAGCCACTCGAAGTGAAGAAGACTTAAAGAAATACCCCAAGTACCCCTGGGGGAGAGAA 2523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 ATGAATTCTTCCCTGAAGCCACTCGAAGTGAAGAAGACTTAAAGAAATACCCCAAGTACCCCTGGGGGAGAGAA 3330
Query 2524 ATCTATACTTTAGAAGGTGTTGTGGATGGAGCTCCATATTCCATGATTTCTGACTTCCCTTGGCTGAGGTCATT 2597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 ATCTATACTTTAGAAGGTGTTGTGGATGGAGCTCCATATTCCATGATTTCTGACTTCCCTTGGCTGAGGTCATT 3404
Query 2598 ACGAGCTGCAGAGCCCAACAGCTTCGCTCGATACGACTTTGAAGACGATGAAGAAAGCACTATCTATGCTCCTA 2671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 ACGAGCTGCAGAGCCCAACAGCTTCGCTCGATACGACTTTGAAGACGATGAAGAAAGCACTATCTATGCTCCTA 3478
Query 2672 GAAGGAAAGGACAGCTGTCTGCAGACATCTGTATGGAAACAATAGGAGAGGAAATTTCAGAGATGCGTCAGATG 2745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 GAAGGAAAGGACAGCTGTCTGCAGACATCTGTATGGAAACAATAGGAGAGGAAATTTCAGAGATGCGTCAGATG 3552
Query 2746 AAGAAGGGTGTATTTCAGCGAGTAGTGGCAATTTTTATCCACTATTGTGATGTCAATGGAGAGCCAGTTGAAGA 2819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3553 AAGAAGGGTGTATTTCAGCGAGTAGTGGCAATTTTTATCCACTATTGTGATGTCAATGGAGAGCCAGTTGAAGA 3626
Query 2820 TGACTACATT---------------------------------------------------------------- 2829
||||||||||
Sbjct 3627 TGACTACATTTAATTGGTCCCTCCTCCTTTCCAGCTATTTTGTCAGAAAGCAAGTAGGGCCATCCAGCTGCCAG 3700
Query 2830 -------------------------------------------------------------------------- 2829
Sbjct 3701 AGTGCTCCACAGGGACTTGAGGCATGCAGTTGGGAGGTCCTGGCTCGGTTTGCTATATAGGGAATATATAAGGA 3774
Query 2830 -------------------------------------------------------------------------- 2829
Sbjct 3775 ACATCGAAATTGTATACAAAGATTTGTACATAAAAAATATACAAAGACGCTTCCTAAAGTACCAACTTTATATC 3848
Query 2830 -------------------------------------------------------------------------- 2829
Sbjct 3849 ATATGTTTATACAATTTAATTTAAAAATTCATTTTAAGGAAGACAGATAATTTGAAAGACTTTTGTTTTTCTTG 3922
Query 2830 -------------------------------------------------------------------------- 2829
Sbjct 3923 ACTTAATTCATGAAGTATCATTTTTTGACTGAGTCTCCATTTACTTCATTCTTAATGATTATTGTCATCCCTTT 3996
Query 2830 -------------------------------------------------------------------------- 2829
Sbjct 3997 AAATCTGTGCCTTTTTCTTCTTGAGCGAAGCTGTTTGAGTAAACCTGTTGAAGAGTGTTTGTGTCTTTTGTGCT 4070
Query 2830 -------------------------------------------------------------------------- 2829
Sbjct 4071 TTTTTGTTGTTATTAAAACACCAACTAAACCTTATAGTCAAGACAAGGCTCTATGTTTCTGTACAAAGCTGTAG 4144
Query 2830 -------------------------------------------------------------------------- 2829
Sbjct 4145 TTCTTTCTTAGTATTATAGTTGCCATGTTTCTTAAAATCAAGTAAAAAGACTTATGAGCTTAAAAAAAAGTGAG 4218
Query 2830 -------------------------------------------------------------------------- 2829
Sbjct 4219 TTTGAGAGGGAAATGGAAAAGTTTCCAGAGTATTTCTAGTAATTTATTTCCACATTGAATTGTGTATATGCTTT 4292
Query 2830 ------------------------------------ 2829
Sbjct 4293 ATCTTGAATATAAAATAAAAGTTTATTAAAAACTTT 4328
