Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12837
• Subject: NM_001308096.1
• Aligned Length: 1659
• Identities: 1433
• Gaps: 225

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCGGCTGTGAGTCTGCGGCTCGGCGACTTGGTGTGGGGGAAACTCGGCCGATATCCTCCTTGGCCAGGAAA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GATTGTTAATCCACCAAAGGACTTGAAGAAACCTCGCGGAAAGAAATGCTTCTTTGTGAAATTTTTTGGAACAG  148

Query    1  -----------------------------------------------------------ATGATAAAAATTAAC  15
                                                                       |||||||||||||||
Sbjct  149  AAGATCATGCCTGGATCAAAGTGGAACAGCTGAAGCCATATCATGCTCATAAAGAGGAAATGATAAAAATTAAC  222

Query   16  AAGGGTAAACGATTCCAGCAAGCGGTAGATGCTGTCGAAGAGTTCCTCAGGAGAGCCAAAGGGAAAGACCAGAC  89
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGGGTAAACGATTCCAGCAAGCGGTAGATGCTGTCGAAGAGTTCCTCAGGAGAGCCAAAGGGAAAGACCAGAC  296

Query   90  GTCATCCCACAATTCTTCTGATGACAAGAATCGACGTAATTCCAGTGAGGAGAGAAGTAGGCCAAACTCAGGTG  163
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GTCATCCCACAATTCTTCTGATGACAAGAATCGACGTAATTCCAGTGAGGAGAGAAGTAGGCCAAACTCAGGTG  370

Query  164  ATGAGAAGCGCAAACTTAGCCTGTCTGAAGGGAAGGTGAAGAAGAACATGGGAGAAGGAAAGAAGAGGGTGTCT  237
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATGAGAAGCGCAAACTTAGCCTGTCTGAAGGGAAGGTGAAGAAGAACATGGGAGAAGGAAAGAAGAGGGTGTCT  444

Query  238  TCAGGCTCTTCAGAGAGAGGCTCCAAATCCCCTCTGAAAAGAGCCCAAGAGCAAAGTCCCCGGAAGCGGGGTCG  311
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TCAGGCTCTTCAGAGAGAGGCTCCAAATCCCCTCTGAAAAGAGCCCAAGAGCAAAGTCCCCGGAAGCGGGGTCG  518

Query  312  GCCCCCAAAGGATGAGAAGGATCTCACCATCCCGGAGTCTAGTACCGTGAAGGGGATGATGGCCGGACCGATGG  385
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCCCCCAAAGGATGAGAAGGATCTCACCATCCCGGAGTCTAGTACCGTGAAGGGGATGATGGCCGGACCGATGG  592

Query  386  CCGCGTTTAAATGGCAGCCAACCGCAAGCGAGCCTGTTAAAGATGCAGATCCTCATTTCCATCATTTCCTGCTA  459
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCGCGTTTAAATGGCAGCCAACCGCAAGCGAGCCTGTTAAAGATGCAGATCCTCATTTCCATCATTTCCTGCTA  666

Query  460  AGCCAAACAGAGAAGCCAGCTGTCTGTTACCAGGCAATCACGAAGAAGTTGAAAATATGTGAAGAGGAAACTGG  533
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGCCAAACAGAGAAGCCAGCTGTCTGTTACCAGGCAATCACGAAGAAGTTGAAAATATGTGAAGAGGAAACTGG  740

Query  534  CTCCACCTCCATCCAGGCAGCTGACAGCACAGCCGTGAATGGCAGCATCACACCCACAGACAAAAAGATAGGAT  607
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTCCACCTCCATCCAGGCAGCTGACAGCACAGCCGTGAATGGCAGCATCACACCCACAGACAAAAAGATAGGAT  814

Query  608  TTTTGGGCCTTGGTCTCATGGGAAGTGGAATCGTCTCCAACTTGCTAAAAATGGGTCACACAGTGACTGTCTGG  681
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTTTGGGCCTTGGTCTCATGGGAAGTGGAATCGTCTCCAACTTGCTAAAAATGGGTCACACAGTGACTGTCTGG  888

Query  682  AACCGCACTGCAGAGAAATGTGATTTGTTCATCCAGGAGGGGGCCCGTCTGGGAAGAACCCCCGCTGAAGTCGT  755
            ||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AACCGCACTGCAGAGAAA------------------GAGGGGGCCCGTCTGGGAAGAACCCCCGCTGAAGTCGT  944

Query  756  CTCAACCTGCGACATCACTTTCGCCTGCGTGTCGGATCCCAAGGCGGCCAAGGACCTGGTGCTGGGCCCCAGTG  829
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  945  CTCAACCTGCGACATCACTTTCGCCTGCGTGTCGGATCCCAAGGCGGCCAAGGACCTGGTGCTGGGCCCCAGTG  1018

Query  830  GTGTGCTGCAAGGGATCCGCCCTGGGAAGTGCTACGTGGACATGTCAACAGTGGACGCTGACACCGTCACTGAG  903
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019  GTGTGCTGCAAGGGATCCGCCCTGGGAAGTGCTACGTGGACATGTCAACAGTGGACGCTGACACCGTCACTGAG  1092

Query  904  CTGGCCCAGGTGATTGTGTCCAGGGGGGGGCGCTTTCTGGAAGCCCCCGTCTCAGGGAATCAGCAGCTGTCTAA  977
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1093  CTGGCCCAGGTGATTGTGTCCAGGGGGGGGCGCTTTCTGGAAGCCCCCGTCTCAGGGAATCAGCAGCTGTCTAA  1166

Query  978  TGACGGGATGTTGGTGATCTTAGCGGCTGGAGACAGGGGCTTATATGAGGACTGCAGCAGCTGCTTCCAGGCGA  1051
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1167  TGACGGGATGTTGGTGATCTTAGCGGCTGGAGACAGGGGCTTATATGAGGACTGCAGCAGCTGCTTCCAGGCGA  1240

Query 1052  TGGGGAAGACCTCCTTCTTCCTAGGTGAAGTGGGCAATGCAGCCAAGATGATGCTGATCGTGAACATGGTCCAA  1125
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241  TGGGGAAGACCTCCTTCTTCCTAGGTGAAGTGGGCAATGCAGCCAAGATGATGCTGATCGTGAACATGGTCCAA  1314

Query 1126  GGGAGCTTCATGGCCACTATTGCCGAGGGGCTGACCCTGGCCCAGGTGACAGGCCAGTCCCAGCAGACACTCTT  1199
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315  GGGAGCTTCATGGCCACTATTGCCGAGGGGCTGACCCTGGCCCAGGTGACAGGCCAGTCCCAGCAGACACTCTT  1388

Query 1200  GGACATCCTCAATCAGGGACAGTTGGCCAGCATCTTCCTGGACCAGAAGTGCCAAAATATCCTGCAAGGAAACT  1273
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389  GGACATCCTCAATCAGGGACAGTTGGCCAGCATCTTCCTGGACCAGAAGTGCCAAAATATCCTGCAAGGAAACT  1462

Query 1274  TTAAGCCTGATTTCTACCTGAAATACATTCAGAAGGATCTCCGCTTAGCCATTGCGCTGGGTGATGCGGTCAAC  1347
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463  TTAAGCCTGATTTCTACCTGAAATACATTCAGAAGGATCTCCGCTTAGCCATTGCGCTGGGTGATGCGGTCAAC  1536

Query 1348  CATCCGACTCCCATGGCAGCTGCAGCAAATGAGGTGTACAAAAGAGCCAAGGCGCTGGACCAGTCCGACAACGA  1421
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1537  CATCCGACTCCCATGGCAGCTGCAGCAAATGAGGTGTACAAAAGAGCCAAGGCGCTGGACCAGTCTGACAACGA  1610

Query 1422  TATGTCCGCCGTGTACCGAGCCTACATACAC  1452
            |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611  TATGTCCGCCGTGTACCGAGCCTACATACAC  1641