Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12965
• Subject: XM_005271326.4
• Aligned Length: 1836
• Identities: 1656
• Gaps: 177

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAATGATATTTCCCAAAAGGCTGAGATTAAAGAAATGCTTGCTTCTGATGATGAGGAAGATGTATCTTCTAA  74

Query    1  ----------------------------------------------------------ATGGAGAAACAAAGAC  16
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct   75  AGTAGAAAAGGCTTATGTTCCAAAATTAACAGGAACTGTGAAGGGTAGATTTGCTGAAATGGAGAAACAAAGAC  148

Query   17  AAGAGGAACAAAGGAAGAGAACGGAGGAGGAACGAAAACGCAGAATTGAGCAGGATATGTTAGAAAAGAGGAAA  90
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGAGGAACAAAGGAAGAGAACGGAGGAGGAACGAAAACGCAGAATTGAGCAGGATATGTTAGAAAAGAGGAAA  222

Query   91  ATACAGCGTGAATTAGCAAAAAGGGCTGAACAGATTGAGGACATAAACAATACGGGAACTGAATCAGCATCAGA  164
            |||||||||||||||||||||||||||||||                                          |
Sbjct  223  ATACAGCGTGAATTAGCAAAAAGGGCTGAAC------------------------------------------A  254

Query  165  GGAAGGAGATGATTCACTACTTATAACTGTGGTACCTGTCAAATCATATAAAACATCTGGAAAAATGAAAAAGA  238
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  255  GGAAGGAGATGATTCACTACTTATAACTGTGGTACCTGTCAAATCATATAAAACATCTGGAAAAATGAAAAAGA  328

Query  239  ATTTTGAGGATCTAGAAAAAGAACGTGAAGAGAAAGAAAGGATCAAGTACGAGGAAGATAAAAGAATAAGATAT  312
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  329  ATTTTGAGGATCTAGAAAAAGAACGTGAAGAGAAAGAAAGGATCAAGTACGAGGAAGATAAAAGAATAAGATAT  402

Query  313  GAAGAACAACGACCATCTCTCAAGGAAGCAAAGTGTCTTTCATTAGTTATGGATGATGAAATAGAAAGTGAAGC  386
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  403  GAAGAACAACGACCATCTCTCAAGGAAGCAAAGTGTCTTTCATTAGTTATGGATGATGAAATAGAAAGTGAAGC  476

Query  387  AAAAAAAGAATCACTTTCTCCCGGAAAATTGAAACTAACTTTTGAAGAACTGGAGCGACAAAGACAAGAAAACC  460
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  477  AAAAAAAGAATCACTTTCTCCCGGAAAATTGAAACTAACTTTTGAAGAACTGGAGCGACAAAGACAAGAAAACC  550

Query  461  GAAAGAAGCAAGCTGAAGAGGAAGCAAGAAAACGTTTAGAAGAAGAGAAGCGTGCTTTTGAAGAAGCAAGGCGG  534
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  551  GAAAGAAGCAAGCTGAAGAGGAAGCAAGAAAACGTTTAGAAGAAGAGAAGCGTGCTTTTGAAGAAGCAAGGCGG  624

Query  535  CAAATGGTAAATGAAGATGAGGAAAACCAAGACACAGCAAAAATTTTTAAAGGGTACCGCCCTGGTAAACTCAA  608
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  625  CAAATGGTAAATGAAGATGAGGAAAACCAAGACACAGCAAAAATTTTTAAAGGGTACCGCCCTGGTAAACTCAA  698

Query  609  ACTCAGTTTTGAAGAAATGGAAAGGCAAAGAAGAGAAGATGAAAAAAGGAAAGCAGAAGAAGAAGCCAGAAGGA  682
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  699  ACTCAGTTTTGAAGAAATGGAAAGGCAAAGAAGAGAAGATGAAAAAAGGAAAGCAGAAGAAGAAGCCAGAAGGA  772

Query  683  GAATAGAGGAAGAAAAGAAGGCGTTTGCTGAAGCAAGGAGAAATATGGTAGTAGATGATGACTCCCCAGAGATG  756
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  773  GAATAGAGGAAGAAAAGAAGGCGTTTGCTGAAGCAAGGAGAAATATGGTAGTAGATGATGACTCCCCAGAGATG  846

Query  757  TATAAGACAATCTCTCAAGAATTTCTTACACCGGGAAAACTGGAAATTAATTTTGAAGAATTATTAAAACAAAA  830
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  847  TATAAGACAATCTCTCAAGAATTTCTTACACCGGGAAAACTGGAAATTAATTTTGAAGAATTATTAAAACAAAA  920

Query  831  AATGGAAGAAGAAAAACGACGAACAGAGGAGGAACGGAAGCATAAGCTAGAAATGGAGAAACAAGAATTTGAAC  904
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  921  AATGGAAGAAGAAAAACGACGAACAGAGGAGGAACGGAAGCATAAGCTAGAAATGGAGAAACAAGAATTTGAAC  994

Query  905  AACTGAGACAGGAAATGGGAGAGGAAGAGGAAGAAAATGAAACCTTTGGATTGAGCAGAGAATATGAAGAACTG  978
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  995  AACTGAGACAGGAAATGGGAGAGGAAGAGGAAGAAAATGAAACCTTTGGATTGAGCAGAGAATATGAAGAACTG  1068

Query  979  ATCAAATTAAAAAGGAGTGGCTCTATTCAAGCTAAAAACCTAAAAAGCAAGTTTGAAAAAATTGGACAGTTGTC  1052
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069  ATCAAATTAAAAAGGAGTGGCTCTATTCAAGCTAAAAACCTAAAAAGCAAGTTTGAAAAAATTGGACAGTTGTC  1142

Query 1053  TGAAAAAGAAATACAGAAAAAAATAGAAGAAGAGCGAGCAAGAAGGAGAGCAATTGACCTTGAAATTAAAGAGC  1126
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143  TGAAAAAGAAATACAGAAAAAAATAGAAGAAGAGCGAGCAAGAAGGAGAGCAATTGACCTTGAAATTAAAGAGC  1216

Query 1127  GAGAAGCTGAAAATTTTCATGAGGAAGATGATGTTGATGTTAGGCCTGCAAGAAAAAGCGAGGCTCCATTTACT  1200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217  GAGAAGCTGAAAATTTTCATGAGGAAGATGATGTTGATGTTAGGCCTGCAAGAAAAAGCGAGGCTCCATTTACT  1290

Query 1201  CACAAAGTGAATATGAAAGCTAGATTTGAACAAATGGCTAAGGCAAGAGAAGAAGAAGAACAAAGAAGAATTGA  1274
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291  CACAAAGTGAATATGAAAGCTAGATTTGAACAAATGGCTAAGGCAAGAGAAGAAGAAGAACAAAGAAGAATTGA  1364

Query 1275  AGAACAAAAGTTACTACGCATGCAGTTTGAACAAAGGGAAATTGATGCAGCACTACAAAAGAAAAGAGAAGAGG  1348
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365  AGAACAAAAGTTACTACGCATGCAGTTTGAACAAAGGGAAATTGATGCAGCACTACAAAAGAAAAGAGAAGAGG  1438

Query 1349  AGGAGGAGGAAGAAGGTAGCATCATGAATGGCTCCACTGCTGAAGATGAAGAGCAAACCAGATCAGGAGCTCCA  1422
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439  AGGAGGAGGAAGAAGGTAGCATCATGAATGGCTCCACTGCTGAAGATGAAGAGCAAACCAGATCAGGAGCTCCA  1512

Query 1423  TGGTTCAAGAAGCCTCTTAAAAACACATCAGTTGTAGACAGTGAGCCAGTCAGATTTACGGTTAAAGTAACAGG  1496
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513  TGGTTCAAGAAGCCTCTTAAAAACACATCAGTTGTAGACAGTGAGCCAGTCAGATTTACGGTTAAAGTAACAGG  1586

Query 1497  AGAACCCAAACCAGAAATTACATGGTGGTTTGAAGGAGAAATACTGCAGGATGGAGAAGACTATCAATATATTG  1570
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587  AGAACCCAAACCAGAAATTACATGGTGGTTTGAAGGAGAAATACTGCAGGATGGAGAAGACTATCAATATATTG  1660

Query 1571  AAAGGGGAGAAACTTACTGCCTTTACTTACCAGAAACTTTCCCAGAAGATGGAGGAGAGTATATGTGTAAAGCA  1644
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661  AAAGGGGAGAAACTTACTGCCTTTACTTACCAGAAACTTTCCCAGAAGATGGAGGAGAGTATATGTGTAAAGCA  1734

Query 1645  GTCAACAATAAAGGATCTGCAGCTAGTACCTGTATTCTTACCATTGAAAGT-AAGAAT--  1701
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.| |.||.|  
Sbjct 1735  GTCAACAATAAAGGATCTGCAGCTAGTACCTGTATTCTTACCATTGAAACTGATGACTAC  1794