Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_12996
• Subject: XM_011540368.1
• Aligned Length: 1967
• Identities: 1649
• Gaps: 310

Alignment

Query    1  ATGGAACTTGAAAATGATTATTGCTTGAATGATTACAACATTTCAGAAGGGTGGACCTTGAAGCTAGTTTTGGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TATGCGTGGCGGACCTATAAATACTAGAAGAGTTCCTACAGACGATCCACTTAGGACGATGGCAGAGTACTTGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ATTCCAGTCGAGTTGAGGTCTGGGAGAAGACCTCCTGCAGCAAACAAGTTACATTTTTGGTATACCAAGAAGGA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GATCAATTGAATTTCTTTCCTGCAGTAGATAGGGGAGATGGCACTTTAACACCGTTATCTGACTCTTCAAAGAA  296
                                                                  .|.|||| || ||||     
Sbjct    1  ------------------------------------------------------ATGTCTG-CT-TTCA-----  13

Query  297  AATAGATTTTCATTTGCATGTCCTACGGAGAA-AAGGAG-------AACATCGTATGAGTGGTGGTTCTATGTA  362
                 |.||.|  ||.|||||    .|||||| ||||.|       |||||        |||||||||||||||
Sbjct   14  -----ACTTGC--TTACATGT----GGGAGAATAAGGGGCAAAACAAACAT--------TGGTGGTTCTATGTA  68

Query  363  TAATTCAGATACAGATGAGGATGAAGAAACTGAGCCTTCTTCTTCTGGGCAACAGATAATTGAAAATTCAATAA  436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   69  TAATTCAGATACAGATGAGGATGAAGAAACTGAGCCTTCTTCTTCTGGGCAACAGATAATTGAAAATTCAATAA  142

Query  437  CTATGAATAAGATGAAGCTGCTGAAGGCTAAGATGAAGAACATGAATCTCAGCAAAAAGCCTAAGAAAGCTGTC  510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  143  CTATGAATAAGATGAAGCTGCTGAAGGCTAAGATGAAGAACATGAATCTCAGCAAAAAGCCTAAGAAAGCTGTC  216

Query  511  AAGATAAAACCTCACCCACCTGTAGCTCCTCGACCTTCTAGTGGTTCCACTGCACCATCTCGCCACCGATTGTT  584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  217  AAGATAAAACCTCACCCACCTGTAGCTCCTCGACCTTCTAGTGGTTCCACTGCACCATCTCGCCACCGATTGTT  290

Query  585  AAGGGTCCTCCCCAACATTGGTCAATCTTGTTCACCTGCTTTTGGGAATGCATATCCGCCCGAAATCTCCAGGA  658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  291  AAGGGTCCTCCCCAACATTGGTCAATCTTGTTCACCTGCTTTTGGGAATGCATATCCGCCCGAAATCTCCAGGA  364

Query  659  ATGGAATTTCAAGTTTGGCAACTCAACTCTCTGCTGAGAGATACATATCTTCTATCACTGGTGAATTTCTTAAG  732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  365  ATGGAATTTCAAGTTTGGCAACTCAACTCTCTGCTGAGAGATACATATCTTCTATCACTGGTGAATTTCTTAAG  438

Query  733  GAAGATAATAGCTGGGAGAATAACACACTGTCTCACTTCAGTAGCAACGTCAAACTACCTCCTCAGATACCCCA  806
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  439  GAAGATAATAGCTGGGAGAATAACACACTGTCTCACTTCAGTAGCAACGTCAAACTACCTCCTCAGATACCCCA  512

Query  807  TTTGGAGTTGGGAAATGACCAGGAGCTTGCTGACTCTGTTCTCCATCTTGGATCATCCCTGCCTAGGCAAACAA  880
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  513  TTTGGAGTTGGGAAATGACCAGGAGCTTGCTGACTCTGTTCTCCATCTTGGATCATCCCTGCCTAGGCAAACAA  586

Query  881  AACATTTTTTAGGAAACTTGCCATCTAGTAATGGGAACATTGTCTTACCTTCAGAAGAATGTGTAACCGAACAA  954
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  587  AACATTTTTTAGGAAACTTGCCATCTAGTAATGGGAACATTGTCTTACCTTCAGAAGAATGTGTAACCGAACAA  660

Query  955  TCACTTCTACCTAAAGTGGGCTCACTGGCTTCATTTGCAGAAGGAAATGCTGATGAACAGAGCAGCGGCTTAGA  1028
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  661  TCACTTCTACCTAAAGTGGGCTCACTGGCTTCATTTGCAGAAGGAAATGCTGATGAACAGAGCAGCGGCTTAGA  734

Query 1029  AGGTGCGTGCAAAGTGAATCTGGAGTTGCTACTCACTAATGCTGACAAAGGGTTGAAAGCTCCAGAGCAGCATC  1102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  735  AGGTGCGTGCAAAGTGAATCTGGAGTTGCTACTCACTAATGCTGACAAAGGGTTGAAAGCTCCAGAGCAGCATC  808

Query 1103  TCAAGCATGTTGCAGGAGTGCTGAATGGGGAATCAGTAGAGACTTCAGTTCTTAACTACCGGGAATTAAGTCCT  1176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  809  TCAAGCATGTTGCAGGAGTGCTGAATGGGGAATCAGTAGAGACTTCAGTTCTTAACTACCGGGAATTAAGTCCT  882

Query 1177  CACAAGAATAGACTCTTGTCACCTCTTCGCTGTTCTGCACCAATGTCGCTACATAATTCTCTGGTGAAACCAGA  1250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  883  CACAAGAATAGACTCTTGTCACCTCTTCGCTGTTCTGCACCAATGTCGCTACATAATTCTCTGGTGAAACCAGA  956

Query 1251  GAGACAGTCCAAATGTTTTGAGTTTGGGAAGCTACAGCCTTCTTCTTCTCAGTCACTGGATGTTCAAAACATAA  1324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  957  GAGACAGTCCAAATGTTTTGAGTTTGGGAAGCTACAGCCTTCTTCTTCTCAGTCACTGGATGTTCAAAACATAA  1030

Query 1325  CTGATTCTTCTTTCTCTAGGACTACTTGCTTTCAAGGTGTTAAAGTTGATTCGCTTGGGAAAAGATCTGATGTT  1398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1031  CTGATTCTTCTTTCTCTAGGACTACTTGCTTTCAAGGTGTTAAAGTTGATTCACTTGGGAAAAGATCTGATGTT  1104

Query 1399  ATTTCCAAAGTTGAGGCTCGGGATATCACAGAAATGACTAACAAGGCTTCCAAAGAGCCTGTTGGTTGTGTAAA  1472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  ATTTCCAAAGTTGAGGCTCGGGATATCACAGAAATGACTAACAAGGCTTCCAAAGAGCCTGTTGGTTGTGTAAA  1178

Query 1473  TAATATCAGTTTTCTTGCCTCACTGGCCGGGAGCACAAGCAGAAATAGATTACAGAGCACACGTGGGGCAGGCA  1546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179  TAATATCAGTTTTCTTGCCTCACTGGCCGGGAGCACAAGCAGAAATAGATTACAGAGCACACGTGGGGCAGGCA  1252

Query 1547  GGCTTCAGAACTCTGGAACTGGGCTGTCTACAAACCTCCAGCATTTTCAGGAAGAAAACTTTAGGAAAAGTTCT  1620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253  GGCTTCAGAACTCTGGAACTGGGCTGTCTACAAACCTCCAGCATTTTCAGGAAGAAAACTTTAGGAAAAGTTCT  1326

Query 1621  CCCCAGTTAGAACATACAGGAGTTTTTTTGTCTACCCATGGTGTTGGAATGAATGGAAATAATGCAGCAGCAGG  1694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327  CCCCAGTTAGAACATACAGGAGTTTTTTTGTCTACCCATGGTGTTGGAATGAATGGAAATAATGCAGCAGCAGG  1400

Query 1695  GAAAAGCGTAGGAGAATGTACTACTCATCACCTCCCACCTGTGAAAGCCCCTCTTCAGACAAAGAAGAAAACAA  1768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401  GAAAAGCGTAGGAGAATGTACTACTCATCACCTCCCACCTGTGAAAGCCCCTCTTCAGACAAAGAAGAAAACAA  1474

Query 1769  CAAATCATTGTTTTCTTTGTGGAAAGAAAACAGGACTGGCTAGTAGCTACGAATGCAGATGTGGAAACAACTTC  1842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475  CAAATCATTGTTTTCTTTGTGGAAAGAAAACAGGACTGGCTAGTAGCTACGAATGCAGATGTGGAAACAACTTC  1548

Query 1843  TGTGCATCTCATCGTTATGCAGAAACTCATGGCTGTACCTATGATTACAAGAGTGCAGGGAGGAGATACTTGCA  1916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549  TGTGCATCTCATCGTTATGCAGAAACTCATGGCTGTACCTATGATTACAAGAGTGCAGGGAGGAGATACTTGCA  1622

Query 1917  CGAGGCAAATCCTGTGGTTAATGCACCAAAGCTTCCAAAAATC  1959
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623  CGAGGCAAATCCTGTGGTTAATGCACCAAAGCTTCCAAAAATC  1665