Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_12996
- Subject:
- XR_001747259.1
- Aligned Length:
- 2299
- Identities:
- 1823
- Gaps:
- 473
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 GAAAAGTCAAAGTAATGGATAACAGAAAAGAGCCTCCATTCTTCAATGATGATAACATGGGACCATTTTACTAC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AGACTTCATTTCTGTGATACCATGGAGCTCTTCATTGAAACATTAACTGGAACATGTTTTGAGCTGAGAGTTTC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 ACCTTTTGAAACTGTTATTTCTGTGAAAGCAAAAATTCGAAGATTGGAAGGTATTCCCATCTGTCGACAACACT 222
Query 1 --------------ATGGAACTTGAAAATGATTATTGCTTGAATGATTACAACATTTCAGAAGGGTGGACCTTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 223 TAATTTGGAATAACATGGAACTTGAAAATGATTATTGCTTGAATGATTACAACATTTCAGAAGGGTGTACCTTG 296
Query 61 AAGCTAGTTTTGGCTATGCGTGGCGGACCTATAAATACTAGAAGAGTTCCTACAGACGATCCACTTAGGACGAT 134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 297 AAGCTAGTTTTGGCTATGCGTGGCGGACCTATAAATACTAGAAGAGTTCCTACAGACGATCCACTTAGGAAGAT 370
Query 135 GGCAGAGTACTTGGATTCCAGTCGAGTTGAGGTCTGGGAGAAGACCTCCTGCAGCAAACAAGTTACATTTTTGG 208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 GGCAGAGTACTTGGATTCCAGTCGAGTTGAGGTCTGGGAGAAGACCTCCTGCAGCAAACAAGTTACATTTTTGG 444
Query 209 TATACCAAGAAGGAGATCAATTGAATTTCTTTCCTGCAGTAGATAGGGGAGATGGCACTTTAACACCGTTATCT 282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TATACCAAGAAGGAGATCAATTGAATTTCTTTCCTGCAGTAGATAGGGGAGATGGCACTTTAACACCGTTATCT 518
Query 283 GACTCTTCAAAGAAAATAGATTTTCATTTGCATGTCCTACGGAGAAAAGGAGAACATCGTATG----------- 345
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GACTCTTCAAAGAAAATAGATTTTCATTTGCATGTCCTACGGAGAAAAGGAGAACATCGTATGAGTTATTGTTT 592
Query 346 -------AGTGGTGGTTCTATGTATAATTCAGATACAGATGAGGATGAAGAAACTGAGCCTTCTTCTTCTGGGC 412
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TCTTTGCAGTGGTGGTTCTATGTATAATTCAGATACAGATGAGGATGAAGAAACTGAGCCTTCTTCTTCTGGGC 666
Query 413 AACAGATAATTGAAAATTCAATAACTATGAATAAGATGAAGCTGCTGAAGGCTAAGATGAAGAACATGAATCTC 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AACAGATAATTGAAAATTCAATAACTATGAATAAGATGAAGCTGCTGAAGGCTAAGATGAAGAACATGAATCTC 740
Query 487 AGCAAAAAGCCTAAGAAAGCTGTCAAGATAAAACCTCACCCACCTGTAGCTCCTCGACCTTCTAGTGGTTCCAC 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 AGCAAAAAGCCTAAGAAAGCTGTCAAGATAAAACCTCACCCACCTGTAGCTCCTCGACCTTCTAGTGGTTCCAC 814
Query 561 TGCACCATCTCGCCACCGATTGTTAAGGGTCCTCCCCAACATTGGTCAATCTTGTTCACCTGCTTTTGGGAATG 634
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 TGCACCATCTCGCCACCGATTGTTAAGGGTCCTCCCCAACATTGGTCAATCTTGTTCACCTGCTTTTGGGAATG 888
Query 635 CATATCCGCCCGAAATCTCCAGGAATGGAATTTCAAGTTTGGCAACTCAACTCTCTGCTGAGAGATACATATCT 708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CATATCCGCCCGAAATCTCCAGGAATGGAATTTCAAGTTTGGCAACTCAACTCTCTGCTGAGAGATACATATCT 962
Query 709 TCTATCACTGGTGAATTTCTTAAGGAAGATAATAGCTGGGAGAATAACACACTGTCTCACTTCAGTAGCAACGT 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 TCTATCACTGGTGAATTTCTTAAGGAAGATAATAGCTGGGAGAATAACACACTGTCTCACTTCAGTAGCAACGT 1036
Query 783 CAAACTACCTCCTCAGATACCCCATTTGGAGTTGGGAAATGACCAGGAGCTTGCTGACTCTGTTCTCCATCTTG 856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 CAAACTACCTCCTCAGATACCCCATTTGGAGTTGGGAAATGACCAGGAGCTTGCTGACTCTGTTCTCCATCTTG 1110
Query 857 GATCATCCCTGCCTAGGCAAACAAAACATTTTTTAGGAAACTTGCCATCTAGTAATGGGAACATTGTCTTACCT 930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GATCATCCCTGCCTAGGCAAACAAAACATTTTTTAGGAAACTTGCCATCTAGTAATGGGAACATTGTCTTACCT 1184
Query 931 TCAGAAGAATGTGTAACCGAACAATCACTTCTACCTAAAGTGGGCTCACTGGCTTCATTTGCAGAAGGAAATGC 1004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TCAGAAGAATGTGTAACCGAACAATCACTTCTACCTAAAGTGGGCTCACTGGCTTCATTTGCAGAAGGAAATGC 1258
Query 1005 TGATGAACAGAGCAGCGGCTTAGAAGGTGCGTGCAAAGTGAATCTGGAGTTGCTACTCACTAATGCTGACAAAG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TGATGAACAGAGCAGCGGCTTAGAAGGTGCGTGCAAAGTGAATCTGGAGTTGCTACTCACTAATGCTGACAAAG 1332
Query 1079 GGTTGAAAGCTCCAGAGCAGCATCTCAAGCATGTTGCAGGAGTGCTGAATGGGGAATCAGTAGAGACTTCAGTT 1152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GGTTGAAAGCTCCAGAGCAGCATCTCAAGCATGTTGCAGGAGTGCTGAATGGGGAATCAGTAGAGACTTCAGTT 1406
Query 1153 CTTAACTACCGGGAATTAAGTCCTCACAAGAATAGACTCTTGTCACCTCTTCGCTGTTCTGCACCAATGTCGCT 1226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 CTTAACTACCGGGAATTAAGTCCTCACAAGAATAGACTCTTGTCACCTCTTCGCTGTTCTGCACCAATGTCGCT 1480
Query 1227 ACATAATTCTCTGGTGAAACCAGAGAGACAGTCCAAATGTTTTGAGTTTGGGAAGCTACAGCCTTCTTCTTCTC 1300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 ACATAATTCTCTGGTGAAACCAGAGAGACAGTCCAAATGTTTTGAGTTTGGGAAGCTACAGCCTTCTTCTTCTC 1554
Query 1301 AGTCACTGGATGTTCAAAACATAACTGATTCTTCTTTCTCTAGGACTACTTGCTTTCAAGGTGTTAAAGTTGAT 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AGTCACTGGATGTTCAAAACATAACTGATTCTTCTTTCTCTAGGACTACTTGCTTTCAAGGTGTTAAAGTTGAT 1628
Query 1375 TCGCTTGGGAAAAGATCTGATGTTATTTCCAAAGTTGAGGCTCGGGATATCACAGAAATGACTAACAAGGCTTC 1448
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TCACTTGGGAAAAGATCTGATGTTATTTCCAAAGTTGAGGCTCGGGATATCACAGAAATGACTAACAAGGCTTC 1702
Query 1449 CAAAGAGCCTGTTGGTTGTGTAAATAATATCAGTTTTCTTGCCTCACTGGCCGGGAGCACAAGCAGAAATAGAT 1522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CAAAGAGCCTGTTGGTTGTGTAAATAATATCAGTTTTCTTGCCTCACTGGCCGGGAGCACAAGCAGAAATAGAT 1776
Query 1523 TACAGAGCACACGTGGGGCAGGCAGGCTTCAGAACTCTGGAACTGGGCTGTCTACAAACCTCCAGCATTTTCAG 1596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 TACAGAGCACACGTGGGGCAGGCAGGCTTCAGAACTCTGGAACTGGGCTGTCTACAAACCTCCAGCATTTTCAG 1850
Query 1597 GAAGAAAACTTTAGGAAAAGTTCTCCCCAGTTAGAACATACAGGAGTTTTTTTGTCTACCCATGGTGTTGGAAT 1670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GAAGAAAACTTTAGGAAAAGTTCTCCCCAGTTAGAACATACAGGAGTTTTTTTGTCTACCCATGGTGTTGGAAT 1924
Query 1671 GAATGGAAATAATGCAGCAGCAGGGAAAAGCGTA---------------------------------------- 1704
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 GAATGGAAATAATGCAGCAGCAGGGAAAAGCGTAGGATAAGTCAAATTCTACTGGGTTGACAAGGTAGAGTTTA 1998
Query 1705 ----------------------------------------------GGAGAATGTACTACTCATCACCTCCCAC 1732
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 CTTTAGAAGAGATTGCAGATGTGGAAGGACTTGGTACATCCTTCGGGGAGAATGTACTACTCATCACCTCCCAC 2072
Query 1733 CTGTGAAAGCCCCTCTTCAGACAAAGAAGAAAACAACAAATCATTGTTTTCTTTGTGGAAAGAAAACAGGACTG 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 CTGTGAAAGCCCCTCTTCAGACAAAGAAGAAAACAACAAATCATTGTTTTCTTTGTGGAAAGAAAACAGGACTG 2146
Query 1807 GCTAGTAGCTACGAATGCAGATGTGGAAACAACTTCTGTGCATCTCATCGTTATGCAGAAACTCATGGCTGTAC 1880
||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 GCTAGTAGCTACGAATGCAG------------------------------------------------------ 2166
Query 1881 CTATGATTACAAGAGTGCAGGGAGGAGATACTTGCACGAGGCAAATCCTGTGGTTAATGCACCAAAGCTTCCAA 1954
Sbjct 2167 -------------------------------------------------------------------------- 2166
Query 1955 AAATC 1959
Sbjct 2167 ----- 2166