Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13037
• Subject: NM_001163020.2
• Aligned Length: 1875
• Identities: 1280
• Gaps: 480

Alignment

Query    1  ATGCCGTCTGAACGCTGCCTCAGTATTCAAGAAATGCTGACAGGCCAGAGGCTCTGCCACTCCGAATCTCACAA  74
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||.|||||||
Sbjct    1  ATGCCGTCTGAACACTGCCTCAGTATTCAAGAAATGCTGACGGGCCAGAGGCTGTGCCACTCGGAAACTCACAA  74

Query   75  TGACAGTGTCCTGGCAGCGCTGAATCAGCAGAGGAGTGATGGCATCCTCTGCGACATCACCCTGATTGCTGAGG  148
            |||||..||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||.|.||||||||.||.||||
Sbjct   75  TGACACGGTCCTGGCGGCGCTGAATCAGCAAAGAAGTGATGGCATTCTCTGCGACGTGACCCTGATCGCCGAGG  148

Query  149  AACAGAAATTCCATGCTCACAAGGCAGTCCTAGCAGCATGCAGTGACTATTTCCGGGCAATGTTCAGTCTTTGT  222
            |||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AACAGAAATTCCACGCTCACAAGGCGGTCCTAGCAGCCTGCAGTGACTACTTCCGGGCAATGTTCAGTCTTTGT  222

Query  223  ATGGTGGAAAGTGGAGCTGATGAGGTTAATTTGCACGGTGTGACCAGCCTTGGCTTAAAGCAGGCTCTGGAGTT  296
            |||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|..||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ATGGTGGAAAGTGGAGCCGATGAAGTAAATTTACGTGGTGTGACCAGCCTGGGCTTAAAGCAGGCTCTGGAGTT  296

Query  297  TGCATACACAGGACAGATTTTGCTGGAGCCAGGTGTGATCCAGGATGTGCTAGCAGCGGGCAGTCACCTACAGC  370
            .|||||.|||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||
Sbjct  297  CGCATATACAGGACAGATTTTGTTGGAGCCAGGAGTGATCCAGGATGTGTTAGCAGCTGGCAGTCACCTACAGC  370

Query  371  TGTTGGAGCTTCTCAATTTATGCTCCCACTATCTCATCCAGGAATTAAATAGCTTTAATTACTTGGATCTGTAC  444
            |||||||.|||||||||.|.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGTTGGAACTTCTCAATCTGTGCTCCCACTATCTCATCCAGGAACTAAATAGCTTTAATTACTTGGATCTGTAC  444

Query  445  AGACTTGCTGACCTCTTTAACCTCACTTTGTTGGAGAAGGCAGTGATCGATTTCTTAGTGAAACATCTCTCTGA  518
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.|||.|||||||.||||||||.||
Sbjct  445  AGACTTGCTGACCTCTTTCACCTCACTTTGTTGGAGAAGGCAGTGATTGACTTCCTAGTGAAGCATCTCTCGGA  518

Query  519  ACTCCTGAAGAGCCGCCCAGAAGAAGTTCTAACGCTTCCCTATTGCCTGCTTCAGGAGGTGCTGAAGAGCGACC  592
            .||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  519  GCTCCTGAAGAGCCGCCCAGAGGATGTCCTCACGCTGCCCTACTGCCTGCTTCAGGAGGTGCTGAAGAGTGACC  592

Query  593  GCCTGACCTCCCTGAGTGAAGAGCAGATCTGGCAGCTAGCTGTGAGGTGGTTGGAACACAACTGCCACTACCAG  666
            |||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||.||||||
Sbjct  593  GCCTGACGTCCCTGAGTGAGGAGCAGATCTGGCAGCTAGCTGTGAGGTGGCTGGAACACAATTGCCATTACCAG  666

Query  667  TACATGGACGAGCTCCTGCAATACATCCGCTTTGGCCTAATGGATGTGGATACTCTCCATACAGTTGCCCTGTC  740
            .|..||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||
Sbjct  667  CATCTGGACGAGCTCCTGCAGTACATCCGCTTTGGCCTAATGGATGTGGATACACTCCACACGGTTGCCCTATC  740

Query  741  CCACCCCCTTGTCCAAGCAAGTGAGACTGCAACAGCCCTTGTCAACGAGGCCCTGGAATACCACCAGAGCATCT  814
            |||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  741  CCACCCCCTGGTGCAGGCAAGTGAGACGGCAACTGCCCTTGTCAACGAGGCCCTGGAATACCACCAAAGCATCT  814

Query  815  ATGCACAGCCTGTCTGGCAGACTCGCAGGACCAAACCACGATTCCAGTCAGACACTCTGTATATCATTGGTGGG  888
            |||||||||||||.||||||||.|||.||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||
Sbjct  815  ATGCACAGCCTGTGTGGCAGACCCGCCGGACAAAACCGCGATTCCAGTCCGATACTCTCTATATTATTGGTGGG  888

Query  889  AAAAAGCGCGAGGTCTGCAAGGTCAAGGAACTTCGGTACTTCAATCCTGTTGATCAGGAGAATGCTCTCATAGC  962
            ||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  889  AAGAAGCGTGAGGTCTGCAAAGTCAAGGAACTTCGTTACTTCAATCCTGTGGACCAGGAGAATGCCCTCATAGC  962

Query  963  TGCCATTGCCAACTGGAGTGAGCTGGCTCCCATGCCTGTGGGAAGGAGCCACCATTGTGTGGCAGTCATGGGGG  1036
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  963  CGCCATTGCCAACTGGAGTGAGCTGGCTCCCATGCCGGTGGGAAGGAGCCATCACTGTGTGGCAGTCATGGGGG  1036

Query 1037  ACTTCCTGTTTGTGGCAGGAGGGGAAGTTGAGCATGCCAGTGGCCGGACGTGTGCTGTGAGGACTGCCTGTCGC  1110
            |||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 1037  ACTTCCTGTTTGTAGCAGGAGGAGAAGTGGAACATGCCAGTGGCCGGACATGTGCCGTGAGGACAGCCTGTCGC  1110

Query 1111  TATGACCCCCGCAGTAATTCCTGGGCAGAGATAGCACCCATGAAAAACTGCCGGGAGCATTTTGTGCTGGGTGC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1111  TATGACCCCCGCAGTAATTCCTGGGCAGAGATAGCACCCATGAAAAACTGCCGGGAACATTTTGTGCTGGGTGC  1184

Query 1185  CATGGAGGAATACCTCTATGCAGTTGGGGGCAGAAATGAACTGCGCCAGGTTCTGCCTACAGTTGAGCGATATT  1258
            ||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||||.|||||||||||.|||||.|
Sbjct 1185  CATGGATGAATACCTCTATGCAGTAGGGGGCAGAAATGAACTGTGCCAAGTTCTACCTACAGTTGAACGATACT  1258

Query 1259  GCCCCAAGAAGAACAAATGGACTTTTGTTCAGTCCTTTGACAGATCCCTTTCATGCCATGCTGGATATGTGGCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||
Sbjct 1259  GCCCCAAGAAGAACAAATGGACTTTTGTGCAGTCCTTTGACAGATCCCTCTCGTGTCACGCTGGATATGTGGCT  1332

Query 1333  GATGGTCTTCTTTGGATATCAGGTAG-------AACATACCTCA-TGTTGGATTTATCAAAACACACTTTCATT  1398
            ||||||||||||||||||||||||.|       |||  |||.|| .|       |||||.||||.||      |
Sbjct 1333  GATGGTCTTCTTTGGATATCAGGTGGGGTGACAAAC--ACCGCACAG-------TATCAGAACAGAC------T  1391

Query 1399  G-TGGTATAT------------ATT-------------------------------------------------  1410
            | ||||||||            |.|                                                 
Sbjct 1392  GATGGTATATGAACCTAACCAGAATAAGTGGATAAGTCGCAGCCCCATGCTACAGAGAAGAGTCTACCACTCCA  1465

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1466  TGGCTGCTGTCCAAAGGAAGCTTTATGTGCTTGGAGGCAATGACCTGGATTACAATAATGACCGGATTCTCGTG  1539

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1540  CGTCATATAGATTCTTACAACATTGACACTGATCAGTGGACGCGCTGTAATTTCAACTTGTTGACTGGCCAGAA  1613

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1614  TGAATCTGGAGTCGCTGTCCATAATGGGAGAATATATTTAGTTGGTGGATATTCAATTTGGACAAATGAGCCTC  1687

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1688  TGGCTTGTATCCAGGTATTGGATGTGAGCAGAGAAGGCAAAGAGGAAGTGTTCTACGGACCTACACTGCCCTTT  1761

Query 1411  --------------------------------------------------------------------------  1410
                                                                                      
Sbjct 1762  GCTTCCAACGGCATAGCGGCGTGCTTCCTTCCGGCTCCGTATTTCACATGCCCCAACCTGCAGACTCTGCAAGT  1835

Query 1411  -------------------------  1410
                                     
Sbjct 1836  GCCTCACCACAGGATCGGCACTGTC  1860