Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_13162
- Subject:
- NM_028523.3
- Aligned Length:
- 2362
- Identities:
- 1882
- Gaps:
- 188
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCGAGCCGGGCGCCGCTGAGAGCCGCGCGCAGCCCCCAGGGTCCCGGAGGCCCGGCCGCGCCCGCCGCCAC 74
Query 1 -------------------------------------ATGCCT-----------CTGTTCCTC----------C 16
.|.||| ||..||||| |
Sbjct 75 CGGCCGGGCCGCGCTGCCCAGCGCCGGCTGCTGTCCCCTCCCTCCTGGCCGCAACTCCTCCTCCAGGCCTCGAC 148
Query 17 TGCTCTTACTTGTCCTGCTGCTGCTGCTCGAGGACGCTGGAGCCCAGCAAGGTGATGGATGTGGACACACTGTA 90
||||| |||.|.|||||.||.||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 TGCTC---CTTCTGCTGCTCCTACTGCTCCAGGACGCTGGAGGCCAGCAAGGTGATGGATGTGGACACACTGTA 219
Query 91 CTAGGCCCTGAGAGTGGAACCCTTACATCCATAAACTACCCACAGACCTATCCCAACAGCACTGTTTGTGAATG 164
||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 220 CTAGGCCCTGAGAGTGGAACCCTTACATCCATCAACTACCCACATACCTATCCTAACAGCACTGTGTGTGAATG 293
Query 165 GGAGATCCGTGTAAAGATGGGAGAGAGAGTTCGCATCAAATTTGGTGACTTTGACATTGAAGATTCTGATTCTT 238
||||||.||.||.|.||.||||||.||..|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 294 GGAGATTCGAGTCAGGACGGGAGAAAGGATTCGCATCAAATTCGGTGACTTTGACATTGAAGATTCTGATTATT 367
Query 239 GTCACTTTAATTACTTGAGAATTTATAATGGAATTGGAGTCAGCAGAACTGAAATAGGCAAATACTGTGGTCTG 312
|||||.||||||||.|||.|||.|.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 GTCACCTTAATTACCTGAAAATCTTTAATGGAATTGGAGTCAGCAGAACGGAAATAGGCAAATACTGTGGTCTG 441
Query 313 GGGTTGCAAATGAACCATTCAATTGAATCAAAAGGCAATGAAATCACATTGCTGTTCATGAGTGGAATCCATGT 386
||.||.||||||||.||.||||||||.||.|||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 442 GGTTTACAAATGAATCAGTCAATTGAGTCCAAAGGCAGTGAAGTCACAGTGCTGTTCATGAGTGGAACCCATGC 515
Query 387 TTCTGGACGCGGATTTTTGGCCTCATACTCTGTTATAGATAAACAAGATCTAATTACTTGTTTGGACACTGCAT 460
|.||||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||.|||||.||||.|||||||||||.||||.||
Sbjct 516 TGCTGGGCGAGGATTTTTGGCTTCATACTCAGTTATAGATAAAGAAGATTTAATCACTTGTTTGGATACTGTAT 589
Query 461 CCAATTTTTTGGAACCTGAGTTCAGTAAGTACTGCCCAGCTGGTTGTCTGCTTCCTTTTGCTGAGATATCTGGA 534
|.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||..|.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 590 CTAATTTTTTGGAACCAGAGTTCAGTAAGTACTGCCCAGCTGGCTGTCTTTTGCCTTTTGCTGAAATATCTGGA 663
Query 535 ACAATTCCTCATGGATATAGAGATTCCTCGCCATTGTGCATGGCTGGTGTGCATGCAGGAGTAGTGTCAAACAC 608
|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||..|.|||||||||||||||||||||..
Sbjct 664 ACAATTCCTCATGGATACAGAGATTCTTCACCATTGTGTATGGCTGGAATCCATGCAGGAGTAGTGTCAAACGT 737
Query 609 GTTGGGCGGCCAAATCAGTGTTGTAATTAGTAAAGGTATCCCCTATTATGAAAGTTCTTTGGCTAACAACGTCA 682
|.||||.|||||||||||..||||.|||||.|||||.|.|||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||
Sbjct 738 GCTGGGTGGCCAAATCAGCATTGTGATTAGCAAAGGGACCCCATATTATGAAAGCTCTTTGGCCAACAATGTCA 811
Query 683 CATCTGTGGTGGGACACTTATCTACAAGTCTTTTTACATTTAAGACAAGTGGATGTTATGGAACACTGGGGATG 756
|.||...|||||||.||||||||.|||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||
Sbjct 812 CTTCCACGGTGGGATACTTATCTGCAAGTCTGTTTACATTTAAGACAAGTGGTTGCTATGGGACTCTGGGGATG 885
Query 757 GAGTCTGGTGTGATCGCGGATCCTCAAATAACAGCATCATCTGTGCTGGAGTGGACTGACCACACAGGGCAAGA 830
||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||.||||..|||||||||||||||||||..|||||.||
Sbjct 886 GAGTCTGGTGTGATTGCCGATCCCCAGATAACAGCATCGTCTGCACTGGAGTGGACTGACCACATGGGGCAGGA 959
Query 831 GAACAGTTGGAAACCCAAAAAAGCCAGGCTGAAAAAACCTGGACCGCCTTGGGCTGCTTTTGCCACTGATGAAT 904
||||||.||||.|.|..|.||.||||||||||.||||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||..
Sbjct 960 GAACAGCTGGACAGCGGAGAAGGCCAGGCTGAGAAAACCCGGGCCTCCCTGGGCTGCTTTTGCCACTGATGAGC 1033
Query 905 ACCAGTGGTTACAAATAGATTTGAATAAGGAAAAGAAAATAACAGGCATTATAACCACTGGATCCACCATGGTG 978
|.||||||.|.||.|||||..|.||.|||||.|||||.||||||||.||..||||||||||.||.||||||.|.
Sbjct 1034 ATCAGTGGCTGCAGATAGACCTTAACAAGGAGAAGAAGATAACAGGTATCGTAACCACTGGGTCTACCATGATA 1107
Query 979 GAGCACAATTACTATGTGTCTGCCTACAGAATCCTGTACAGTGATGATGGGCAGAAATGGACTGTGTACAGAGA 1052
||.||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1108 GAACACAGTTACTATGTGTCTGCCTACAGAGTCCTGTACAGTGACGATGGGCAGAGATGGACTGTGTACAGAGA 1181
Query 1053 GCCTGGTGTGGAGCAAGATAAGATATTTCAAGGAAACAAAGATTATCACCAGGATGTGCGTAATAACTTTTTGC 1126
.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1182 ACCTGGTGTGGACCAGGACAAGATATTTCAAGGAAACAAAGATTATCACAAGGATGTTCGTAATAACTTTTTGC 1255
Query 1127 CACCAATTATTGCACGTTTTATTAGAGTGAATCCTACCCAATGGCAGCAGAAAATTGCCATGAAAATGGAGCTG 1200
|||||||||||||||||||.|||||||||||.|||..|||.|||||.||||||||||||||||||.||||.|||
Sbjct 1256 CACCAATTATTGCACGTTTCATTAGAGTGAACCCTGTCCAGTGGCAACAGAAAATTGCCATGAAAGTGGAACTG 1329
Query 1201 CTCGGATGTCAGTTTATTCCTAAAGGTCGTCCTCCAAAACTTACTCAACCTCCACCTCCTCGGAACAGCAATGA 1274
||||||||||||||||.||..||||||||.|.||||||.|||| |||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 1330 CTCGGATGTCAGTTTACTCTCAAAGGTCGCCTTCCAAAGCTTA------CTCCACCTCCTCGGAACGGCAATAA 1397
Query 1275 CCTCAAAAACACTACAGCCCCTCCAAAAATAGCCAAAGGTCGTGCCCCAAAATTTACGCAACCACTACAACCTC 1348
|||||.|||.||||||||.|.|||.|||.|||..||||||||||||||.||||||||.|||...||.|||||||
Sbjct 1398 CCTCAGAAATACTACAGCTCGTCCCAAACTAGGTAAAGGTCGTGCCCCTAAATTTACTCAAGTGCTCCAACCTC 1471
Query 1349 GCAGTAGCAATGAATTTCCTGCACAGACAGAACAAACAACTGCCAGTCCTGATATCAGAAATACTACCGTAACT 1422
|.|||||.||||||.||||||..|||.|.|...|.||||||.|||.|||||||||.|.|||.||.||.||||||
Sbjct 1472 GAAGTAGGAATGAACTTCCTGTGCAGCCGGCGGAGACAACTACCACTCCTGATATAAAAAACACGACTGTAACT 1545
Query 1423 CCAAATGTAACCAAAGATGTAGCGCTGGCTGCAGTTCTTGTCCCTGTGCTGGTCATGGTCCTCACTACTCTCAT 1496
||.|.|||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||.||||||.||.|||||
Sbjct 1546 CCCAGTGTAACCAAAGATGTCGCACTGGCTGCCGTTCTGGTCCCTGTGCTGGTCATGGCCCTCACCACACTCAT 1619
Query 1497 TCTCATATTAGTGTGTGCTTGGCACTGGAGAAACAGAAAGAAAAAAACTGAAGGCACCTATGACTTACCTTACT 1570
.|||||..||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||.|||||||.|||||..|||
Sbjct 1620 CCTCATTCTAGTGTGTGCTTGGCACTGGAGAAACAGGAAGAAGAAAACTGAAGGCGCCTATGATTTACCCCACT 1693
Query 1571 GGGACCGGGCAGGTTTTTATTTAATGGTCTCTTTGGCTTGCCGTCACAATGAAGGTTGGTGGAAAGGAATGAAG 1644
||||.||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 GGGATCGGGC------------------------------------------AGGTTGGTGGAAAGGAATGAAG 1725
Query 1645 CAGTTTCTTCCTGCAAAAGCAGTGGACCATGAGGAAACCCCAGTTCGCTATAGCAGCAGTGAAGTTAATCACCT 1718
|||.||||.|||||.||..|.||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||||..||||||||.|.||||||
Sbjct 1726 CAGCTTCTCCCTGCCAAGTCGGTGGACCACGAGGAGACGCCAGTGCGCTACAGCACTAGTGAAGTCAGTCACCT 1799
Query 1719 GAGTCCAAGAGAAGTCACCACAGTGCTGCAGGCTGACTCTGCAGAGTATGCTCAGCCACTGGTAGGAGGAATTG 1792
||||.|.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||
Sbjct 1800 GAGTGCCAGGGAAGTCACCACAGTGCTGCAGGCCGACTCTGCAGAATATGCACAGCCCCTCGTGGGAGGAATTG 1873
Query 1793 TTGGTACACTTCATCAAAGATCTACCTTTAAACCAGAAGAAGGAAAAGAAGCAGGCTATGCAGACCTAGATCCT 1866
||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1874 TTGGCACACTCCATCAGAGATCCACCTTTAAACCTGAGGAAGGGAAGGAAGCAGGCTATGCAGACCTCGATCCT 1947
Query 1867 TACAACTCACCAGGGCAGGAAGTTTATCATGCCTATGCTGAACCACTCCCAATTACGGGGCCTGAGTATGCAAC 1940
||||||||.|||..|||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||..|.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1948 TACAACTCTCCAATGCAGGAAGTGTACCACGCCTATGCTGAACCACTGCCCGTAACGGGGCCTGAGTACGCAAC 2021
Query 1941 CCCAATCATCATGGACATGTCAGGGCACCCCACAACTTCAGTTGGTCAGCCCTCCACATCCACTTTCAAGGCTA 2014
|||.|||.||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||.|||||||||||||||.|||||..||.
Sbjct 2022 CCCGATCGTCATGGACATGTCAGGGCACCCCACAGCCTCAGTTGGTCTGCCCTCCACATCCACCTTCAAAACTG 2095
Query 2015 CGGGGAACCAACCTCCCCCACTAGTGGGAACTTACAATACACTTCTCTCCAGGACTGACAGCTGCTCCTCAGCC 2088
|.||||.|||.||||.|.|..||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||.|
Sbjct 2096 CAGGGACCCAGCCTCACGCTTTAGTGGGAACTTACAACACTCTTCTCTCCAGGACTGACAGCTGTTCCTCAGGC 2169
Query 2089 CAGGCCCAGTATGATACCCCGAAAGCTGGGAAGCCAGGT-CTACCTGCCCCAGACGAATTGGTGTACCAGGTGC 2161
|||||.||||||||.|||||.||||.|||||||.|||.| ||| |||||||.|||.||||.||||||||||
Sbjct 2170 CAGGCTCAGTATGACACCCCAAAAGGTGGGAAGTCAGCTGCTA----CCCCAGAGGAACTGGTATACCAGGTGC 2239
Query 2162 CACAGAGCACACAAGAAGTATCAGGAGCAGGAAGGGATGGGGAATGTGATGTTTTTAAAGAAATCCTT 2229
|.||||||||.||.||..|||||||||||||||||||||.|.|.|.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 2240 CCCAGAGCACCCAGGAGCTATCAGGAGCAGGAAGGGATGAGAAGTTTGATGCTTTTAAAGAAATCCTT 2307