Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_13291
- Subject:
- NM_001001602.2
- Aligned Length:
- 3373
- Identities:
- 2793
- Gaps:
- 266
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGGCCTCTGTGGCCTTGGACTCCTCGGTGACAACCTTGGCAAGATCCTGTGCTGGTCTGGAGGTGCCACTCT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CTGGAGGCCCAGCCATCCTCGGAAGCCTCATCTGGCTGCTGGGCCTCAGATGCCCAGGTCAGCAGAGAGGCCTA 148
Query 1 -----------------------------ATGCCGAGGCTGAAGGAGTCTCGCTCCCACGAGTCCCTGCTCAGC 45
|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 149 CACTCCTATCGTTGCCAAGGTCCCATCTGATGCCAAGGCTGAAGGAGTCTCGGTCACACGAGTCCCTGCTCAGC 222
Query 46 CCCAGCAGTGCGGTGGAGGCGCTGGACCTCAGCATGGAGGAAGAGGTGGTCATCAAGCCCGTGCACAGCAGCAT 119
||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 223 CCCAGCAGCGCAGTGGAGGCCCTGGACCTCAGCATGGAGGAGGAGGTGATTATCAAGCCCGTTCACAGCAGCAT 296
Query 120 CCTTGGCCAGGACTACTGCTTCGAGGTGACGACGTCATCAGGAAGCAAGTGCTTTTCCTGCCGGTCTGCAGCTG 193
|||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||
Sbjct 297 CCTGGGTCAGGACTACTGCTTCGAGGTGACAACATCATCAGGAAGCAAGTGTTTTTCCTGCCGGTCAGCCGCTG 370
Query 194 AGCGGGATAAGTGGATGGAGAACCTCCGGCGAGCGGTGCATCCCAACAAGGACAACAGCCGGCGTGTGGAGCAC 267
||||.||||||||||||||||||||..|||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 371 AGCGCGATAAGTGGATGGAGAACCTGAGGCGAGCAGTGCACCCCAACAAGGACAACAGCCGGCGTGTGGAGCAT 444
Query 268 ATCCTGAAGCTGTGGGTGATCGAGGCCAAGGACCTGCCAGCCAAGAAGAAGTACCTGTGCGAGCTGTGCCTGGA 341
||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||
Sbjct 445 ATCCTGAAGCTGTGGGTGATTGAGGCCAAGGATCTGCCGGCCAAGAAGAAGTATCTATGTGAACTGTGCCTGGA 518
Query 342 CGATGTGCTCTATGCCCGCACCACGGGCAAGCTCAAGACGGACAATGTTTTCTGGGGCGAGCACTTCGAGTTCC 415
|||||||||.||||||||.|||||..||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct 519 CGATGTGCTGTATGCCCGTACCACAAGCAAGCTCAAGACGGACAATGTCTTCTGGGGAGAGCACTTTGAGTTCC 592
Query 416 ACAACTTGCCGCCTCTGCGCACGGTCACTGTCCACCTGTACCGGGAGACCGACAAGAAGAAGAAGAAGGAGCGC 489
|.|||.||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||
Sbjct 593 ATAACCTGCCGCCTCTACGCACAGTCACTGTGCACCTGTATCGGGAGACTGACAAGAAAAAGAAAAAGGAACGC 666
Query 490 AACAGTTACCTGGGCCTGGTGAGCCTACCTGCTGCCTCGGTGGCCGGGCGGCAGTTCGTGGAGAAGTGGTACCC 563
|||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 667 AACAGCTACCTGGGCCTGGTGAGCCTGCCTGCCGCCTCTGTGGCTGGGCGGCAGTTTGTGGAGAAGTGGTACCC 740
Query 564 GGTGGTGACGCCCAACCCCAAGGGCGGCAAGGGCCCTGGACCCATGATCCGCATCAAGGCGCGCTACCAAACCA 637
.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||.
Sbjct 741 AGTGGTGACACCCAACCCCAAGGGTGGCAAAGGCCCTGGGCCCATGATCCGAATCAAGGCACGCTACCAGACCG 814
Query 638 TCACCATCCTGCCCATGGAGATGTACAAAGAGTTCGCTGAGCACATCACCAACCACTACCTGGGGCTGTGTGCA 711
|||.||||.||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 815 TCAGCATCTTGCCTATGGAGATGTACAAGGAGTTTGCGGAGCACATCACTAACCACTACCTGGGGCTGTGCGCA 888
Query 712 GCCCTCGAGCCCATCCTCAGTGCCAAGACCAAGGAGGAGATGGCATCTGCCCTGGTGCACATCCTGCAGAGCAC 785
|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 GCCCTGGAACCCATCCTCAGTGCCAAGACCAAGGAGGAGATGGCGTCGGCTCTGGTGCACATCCTGCAGAGCAC 962
Query 786 GGGCAAGGTGAAGGACTTCCTGACAGACCTGATGATGTCAGAGGTGGACCGCTGCGGGGACAACGAGCACCTCA 859
|||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 963 GGGAAAGGTGAAGGACTTTCTAACAGACCTGATGATGTCAGAGGTGGACCGCTGTGGGGACAATGAGCACCTCA 1036
Query 860 TCTTCCGGGAGAACACACTGGCCACCAAGGCCATTGAGGAGTACCTCAAGCTAGTGGGCCAGAAGTACCTGCAG 933
||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 TCTTCCGGGAGAACACACTGGCCACCAAGGCCATCGAGGAATACCTCAAACTTGTGGGCCAGAAGTACCTGCAG 1110
Query 934 GACGCCCTAGGTGAGTTCATCAAAGCGCTGTATGAGTCAGATGAGAACTGCGAAGTGGATCCCAGCAAGTGCTC 1007
|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 1111 GACGCACTAGGTGAGTTCATCAAAGCTCTGTATGAGTCAGATGAAAATTGTGAAGTGGACCCAAGCAAGTGCTC 1184
Query 1008 GGCCGCTGACCTCCCAGAGCACCAGGGCAACCTCAAGATGTGCTGCGAGCTGGCCTTCTGCAAGATCATCAACT 1081
..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ATCCGCTGACCTCCCTGAGCACCAGGGCAACCTCAAGATGTGCTGTGAGCTGGCCTTCTGCAAGATCATCAACT 1258
Query 1082 CCTACTGTGTCTTCCCACGGGAGTTGAAAGAGGTGTTTGCCTCGTGGAGGCAGGAGTGCAGCAGTCGCGGCCGC 1155
|||||||.|||||||||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||.||||||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 1259 CCTACTGCGTCTTCCCACGGGAGCTTAAGGAGGTGTTCGCCTCATGGCGGCAGGAGTGTAGCAGCCGAGGCCGG 1332
Query 1156 CCGGACATCAGTGAGCGGCTCATCAGCGCCTCCCTCTTCCTGCGCTTCCTCTGCCCAGCCATCATGTCGCCCTC 1229
||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1333 CCAGATATCAGTGAACGGCTCATCAGCGCCTCCCTCTTCCTTCGCTTCCTGTGCCCTGCCATCATGTCACCCTC 1406
Query 1230 ACTCTTCAACCTGCTGCAGGAGTACCCTGATGACCGCACTGCCCGCACCCTCACCCTCATCGCCAAGGTCACCC 1303
.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||
Sbjct 1407 GCTCTTCAACCTGCTTCAGGAGTATCCTGACGACCGCACGGCTCGCACCCTCACGCTCATTGCCAAAGTCACCC 1480
Query 1304 AGAACCTGGCCAACTTTGCCAAATTTGGCAGCAAGGAGGAATACATGTCCTTCATGAACCAGTTCCTAGAGCAT 1377
||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 1481 AGAACCTGGCCAACTTTGCCAAGTTTGGCAGCAAGGAAGAATACATGTCCTTCATGAACCAGTTCCTGGAGCAC 1554
Query 1378 GAGTGGACCAACATGCAGCGCTTCCTGCTGGAGATCTCCAACCCCGAGACCCTCTCCAATACAGCCGGCTTCGA 1451
|||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||
Sbjct 1555 GAGTGGACCAACATGCAGCGCTTCCTGTTGGAGATCTCCAACCCCGAGACCCTTTCCAACACAGCAGGCTTCGA 1628
Query 1452 GGGCTACATCGACCTGGGCCGCGAGCTCTCCAGCCTGCACTCACTGCTCTGGGAGGCCGTCAGCCAGCTGGAGC 1525
|||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.|
Sbjct 1629 GGGCTACATAGACCTGGGCCGGGAGCTCTCTAGCCTGCACTCCCTGCTCTGGGAAGCTGTCAGCCAGCTTGATC 1702
Query 1526 AGAGCATAGTATCCAAACTGGGACCCCTGCCTCGGATCCTGAGGGACGTCCACACAGCACTGAGCACCCCAGGT 1599
|||||.|.||.||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.
Sbjct 1703 AGAGCGTTGTGTCGAAGCTGGGACCTCTGCCTCGTATCCTGAGGGATGTCCACACAGCACTGAGCACTCCTGGC 1776
Query 1600 AGCGGGCAGCTCCCAGGGACCAATGACCTGGCCTCCACACCGGGCTCTGGCAGCAGCAGCATCTCAGCTGGGCT 1673
||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||.||||||||
Sbjct 1777 AGTGGGCAGCTCCCTGGCACCAATGACCTGGCCTCCACCCCGGGCTCCGGCAGCAGCAGCGTCTCTGCTGGGCT 1850
Query 1674 GCAGAAGATGGTGATTGAGAACGATCTTTCCGGTCTGATAGATTTCACCCGGTTACCGTCTCCAACCCCCGAAA 1747
.|||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TCAGAAGATGGTGATTGAAAATGACCTCTCTGGTCTGATAGATTTCACCCGGTTACCGTCTCCAACCCCCGAAA 1924
Query 1748 ACAAGGACTTGTTTTTTGTCACAAGGTCCTCCGGGGTCCAGCCCTCACCTGCCCGCAGCTCGAGTTACTCGGAA 1821
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||
Sbjct 1925 ACAAGGACTTGTTTTTTGTCACAAGGTCCTCCGGGGTCCAGCCTTCACCTGCCCGCAGCTCAAGCTACTCAGAA 1998
Query 1822 GCCAACGAGCCTGATCTTCAGATGGCCAACGGTGGCAAGAGCCTCTCCATGGTGGACCTCCAGGACGCCCGCAC 1895
|||||.||.|||||.||.|||||||||||.||..||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GCCAATGAACCTGACCTGCAGATGGCCAATGGCAGCAAGAGCCTGTCCATGGTGGACCTCCAGGACGCCCGCAC 2072
Query 1896 GCTGGATGGGGAGGCAGGCTCCCCGGCGGGCCCCGACGTCCTCCCCACAGATGGGCAGGCCGCTGCAGCTCAGC 1969
||||||||||||||||||.|||||.|.||||||.||||.|||.||..|.||.|||||||...||||..||||||
Sbjct 2073 GCTGGATGGGGAGGCAGGTTCCCCAGTGGGCCCAGACGCCCTACCTGCTGACGGGCAGGTGCCTGCGACTCAGC 2146
Query 1970 TGGTGGCCGGGTGGCCGGCCCGGGCAACCCCAGTGAACCTGGCAGGGCTGGCCACGGTGCGGCGGGCAG-GCCA 2042
||.||||.||||||||.|||.|||||.|||||||||.|||||||||..|||||||.||||||||||||| ||||
Sbjct 2147 TGCTGGCTGGGTGGCCAGCCAGGGCAGCCCCAGTGAGCCTGGCAGGATTGGCCACAGTGCGGCGGGCAGTGCCA 2220
Query 2043 GACACCAACCACACCAGGCACCTCCGAGGGCGCGCCAGGCCGGCCCCAGCTGTTGGCACCGCTCTCCTTCCAGA 2116
|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||.|||||||.||.||.||||||||||
Sbjct 2221 -ACACCAACCACACCAGGCACCTCCGAGGGTGCACCAGGACGGCCCCAGTTGTTGGCCCCACTTTCCTTCCAGA 2293
Query 2117 ACCCTGTGTACCAGATGGCGGCTGGCCTGCCGCTGTCACCCCGTGGCCTTGGCGACTCAGGCTCTGAGGGCCAC 2190
|.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 2294 ATCCTGTGTACCAGATGGCGGCCGGCCTGCCACTGTCACCCCGTGGCCTTGGTGACTCAGGCTCTGAAGGCCAC 2367
Query 2191 AGCTCCCTGAGCTCACACAGCAACAGCGAGGAGTTGGCGGCTGCTGCCAAGCTGGGAAGTTTCAGCACTGCCGC 2264
||||||||||||||.|||||||||||.||.|||.||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2368 AGCTCCCTGAGCTCTCACAGCAACAGTGAAGAGCTGGCAGCCGCTGCCAAACTAGGAAGTTTCAGCACTGCTGC 2441
Query 2265 GGAGGAGCTGGCTCGGCGGCCCGGTGAGCTGGCACGGCGACAGATGTCACTGACTGAAAAAGGCGGGCAGCCCA 2338
.|||||||||||..|||||||.||.||.|||||||||.|.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||
Sbjct 2442 AGAGGAGCTGGCAAGGCGGCCTGGAGAACTGGCACGGAGGCAGATGTCACTGACTGAGAAGGGTGGGCAGCCCA 2515
Query 2339 CGGTGCCACGGCAGAACAGTGCTGGCCCCCAGAGGAGGATCGACCAGCCTCCGCCCCCACCCCCGCCGCCACCT 2412
|.|||||..||||.||.|||||.||.||||||.|||||||.||||||||.||.||.|||||.||.||.||.|||
Sbjct 2516 CAGTGCCGAGGCAAAATAGTGCCGGTCCCCAGCGGAGGATTGACCAGCCGCCACCGCCACCACCACCACCGCCT 2589
Query 2413 CCTGCCCCCCGCGGCCGGACGCCCCCCAACCTGCTGAGCACCCTGCAGTACCCAAGACCCTCAAGCGGAACCCT 2486
|||||.|||||.|||.||||.||.||.|.|||||||||||||||.|||||||||.||||||||||.||||||||
Sbjct 2590 CCTGCTCCCCGGGGCAGGACACCTCCTACCCTGCTGAGCACCCTACAGTACCCACGACCCTCAAGTGGAACCCT 2663
Query 2487 GGCGTCGGCCTCACCTGATTGGGTGGGCCCCAGTACCCGCCTGAGGCAGCAGTCCTCTTCCTCCAAGGGGGACA 2560
|||.||.||.||.||.||.||||..|||||..|.|||||.|||.||||.||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct 2664 GGCATCAGCATCCCCCGACTGGGCTGGCCCTGGCACCCGGCTGCGGCAACAGTCCTCCTCCTCCAAGGGAGACA 2737
Query 2561 GCCCAGAACTGAAGCCACGGGCAGTGCACAAGCAGGGCCCTTCACCTGTGAGCCCCAATGCCCTGGACCGCACA 2634
|||||||.||||||||.||.||..||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 2738 GCCCAGAGCTGAAGCCCCGAGCCATGCACAAGCAGGGCCCTTCACCCGTCAGTCCCAATGCCCTGGACCGCACG 2811
Query 2635 GCCGCTTGGCTCTTGACCATGAACGCGCAGTTGTTAGAAGACGAGGGCCTGGGCCCAGACCCCCCCCACAGGGA 2708
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2812 GCCGCTTGGCTCTTGACCATGAACGCGCAGTTGTTAGAAGACGAGGGTCTGGGCCCAGATCCCCCCCACAGGGA 2885
Query 2709 TAGGCTAAGGAGTAAGGACGAGCTCAGCCAAGCAGAAAAGGACCTGGCGGTGCTGCAGGACAAGCTGCGAATCT 2782
||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.||||
Sbjct 2886 TAGGCTAAGGAGTAAGGAGGAACTCAGCCAAGCAGAAAAGGATCTGGCAGTGCTACAAGACAAGCTACGGATCT 2959
Query 2783 CCACCAAGAAGCTGGAGGAGTATGAGACCCTGTTCAAGTGCCAGGAGGAGACGACGCAGAAGCTGGTGCTGGAG 2856
|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2960 CCACCAAGAAGCTGGAGGAGTATGAGACCCTATTCAAGTGCCAGGAGGAGACGACGCAGAAGCTGGTGCTGGAG 3033
Query 2857 TACCAGGCACGGCTGGAGGAGGGCGAGGAGCGGCTGCGGCGGCAGCAGGAGGACAAGGACATCCAGATGAAGGG 2930
||.|||||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 3034 TATCAGGCTCGGCTGGAAGAAGGTGAGGAGCGGCTGCGGCGGCAGCAGGAAGACAAGGATATCCAGATGAAAGG 3107
Query 2931 CATCATCAGCAGGTTGATGTCCGTGGAGGAAGAACTGAAGAAGGACCACGCAGAGATGCAAGCGGCTGTGGACT 3004
|||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 3108 CATCATCAGCAGGTTGATGTCAGTGGAAGAAGAACTGAAGAAGGATCATGCAGAGATGCAAGCAGCTGTAGATT 3181
Query 3005 CCAAACAGAAGATCATTGATGCCCAGGAGAAGCGCATTGCCTCGTTGGATGCCGCCAATGCCCGCCTCATGAGT 3078
||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3182 CCAAACAGAAGATCATCGATGCCCAGGAAAAGCGCATTGCCTCGCTGGATGCTGCCAATGCCCGCCTCATGAGT 3255
Query 3079 GCCCTGACCCAGCTGAAAGAGA-GTA-TGCAT------------------------------------------ 3108
|||||.||.||||||||||||| ||| .||||
Sbjct 3256 GCCCTCACACAGCTGAAAGAGAGGTACAGCATGCAAGCCCGTAACGGCGTCTCCCCCACCAACCCCACCAAATT 3329
Query 3109 ------------------------------------------- 3108
Sbjct 3330 GCAGATTACTGAGAACGGCGAGTTCAGAAACAGCAGCAATTGT 3372