Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_13291
Subject:
NM_001001602.2
Aligned Length:
3373
Identities:
2793
Gaps:
266

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGGCCTCTGTGGCCTTGGACTCCTCGGTGACAACCTTGGCAAGATCCTGTGCTGGTCTGGAGGTGCCACTCT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CTGGAGGCCCAGCCATCCTCGGAAGCCTCATCTGGCTGCTGGGCCTCAGATGCCCAGGTCAGCAGAGAGGCCTA  148

Query    1  -----------------------------ATGCCGAGGCTGAAGGAGTCTCGCTCCCACGAGTCCCTGCTCAGC  45
                                         |||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct  149  CACTCCTATCGTTGCCAAGGTCCCATCTGATGCCAAGGCTGAAGGAGTCTCGGTCACACGAGTCCCTGCTCAGC  222

Query   46  CCCAGCAGTGCGGTGGAGGCGCTGGACCTCAGCATGGAGGAAGAGGTGGTCATCAAGCCCGTGCACAGCAGCAT  119
            ||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  223  CCCAGCAGCGCAGTGGAGGCCCTGGACCTCAGCATGGAGGAGGAGGTGATTATCAAGCCCGTTCACAGCAGCAT  296

Query  120  CCTTGGCCAGGACTACTGCTTCGAGGTGACGACGTCATCAGGAAGCAAGTGCTTTTCCTGCCGGTCTGCAGCTG  193
            |||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||
Sbjct  297  CCTGGGTCAGGACTACTGCTTCGAGGTGACAACATCATCAGGAAGCAAGTGTTTTTCCTGCCGGTCAGCCGCTG  370

Query  194  AGCGGGATAAGTGGATGGAGAACCTCCGGCGAGCGGTGCATCCCAACAAGGACAACAGCCGGCGTGTGGAGCAC  267
            ||||.||||||||||||||||||||..|||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  371  AGCGCGATAAGTGGATGGAGAACCTGAGGCGAGCAGTGCACCCCAACAAGGACAACAGCCGGCGTGTGGAGCAT  444

Query  268  ATCCTGAAGCTGTGGGTGATCGAGGCCAAGGACCTGCCAGCCAAGAAGAAGTACCTGTGCGAGCTGTGCCTGGA  341
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||
Sbjct  445  ATCCTGAAGCTGTGGGTGATTGAGGCCAAGGATCTGCCGGCCAAGAAGAAGTATCTATGTGAACTGTGCCTGGA  518

Query  342  CGATGTGCTCTATGCCCGCACCACGGGCAAGCTCAAGACGGACAATGTTTTCTGGGGCGAGCACTTCGAGTTCC  415
            |||||||||.||||||||.|||||..||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct  519  CGATGTGCTGTATGCCCGTACCACAAGCAAGCTCAAGACGGACAATGTCTTCTGGGGAGAGCACTTTGAGTTCC  592

Query  416  ACAACTTGCCGCCTCTGCGCACGGTCACTGTCCACCTGTACCGGGAGACCGACAAGAAGAAGAAGAAGGAGCGC  489
            |.|||.||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||
Sbjct  593  ATAACCTGCCGCCTCTACGCACAGTCACTGTGCACCTGTATCGGGAGACTGACAAGAAAAAGAAAAAGGAACGC  666

Query  490  AACAGTTACCTGGGCCTGGTGAGCCTACCTGCTGCCTCGGTGGCCGGGCGGCAGTTCGTGGAGAAGTGGTACCC  563
            |||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  667  AACAGCTACCTGGGCCTGGTGAGCCTGCCTGCCGCCTCTGTGGCTGGGCGGCAGTTTGTGGAGAAGTGGTACCC  740

Query  564  GGTGGTGACGCCCAACCCCAAGGGCGGCAAGGGCCCTGGACCCATGATCCGCATCAAGGCGCGCTACCAAACCA  637
            .||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||.
Sbjct  741  AGTGGTGACACCCAACCCCAAGGGTGGCAAAGGCCCTGGGCCCATGATCCGAATCAAGGCACGCTACCAGACCG  814

Query  638  TCACCATCCTGCCCATGGAGATGTACAAAGAGTTCGCTGAGCACATCACCAACCACTACCTGGGGCTGTGTGCA  711
            |||.||||.||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  815  TCAGCATCTTGCCTATGGAGATGTACAAGGAGTTTGCGGAGCACATCACTAACCACTACCTGGGGCTGTGCGCA  888

Query  712  GCCCTCGAGCCCATCCTCAGTGCCAAGACCAAGGAGGAGATGGCATCTGCCCTGGTGCACATCCTGCAGAGCAC  785
            |||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCCCTGGAACCCATCCTCAGTGCCAAGACCAAGGAGGAGATGGCGTCGGCTCTGGTGCACATCCTGCAGAGCAC  962

Query  786  GGGCAAGGTGAAGGACTTCCTGACAGACCTGATGATGTCAGAGGTGGACCGCTGCGGGGACAACGAGCACCTCA  859
            |||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct  963  GGGAAAGGTGAAGGACTTTCTAACAGACCTGATGATGTCAGAGGTGGACCGCTGTGGGGACAATGAGCACCTCA  1036

Query  860  TCTTCCGGGAGAACACACTGGCCACCAAGGCCATTGAGGAGTACCTCAAGCTAGTGGGCCAGAAGTACCTGCAG  933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TCTTCCGGGAGAACACACTGGCCACCAAGGCCATCGAGGAATACCTCAAACTTGTGGGCCAGAAGTACCTGCAG  1110

Query  934  GACGCCCTAGGTGAGTTCATCAAAGCGCTGTATGAGTCAGATGAGAACTGCGAAGTGGATCCCAGCAAGTGCTC  1007
            |||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 1111  GACGCACTAGGTGAGTTCATCAAAGCTCTGTATGAGTCAGATGAAAATTGTGAAGTGGACCCAAGCAAGTGCTC  1184

Query 1008  GGCCGCTGACCTCCCAGAGCACCAGGGCAACCTCAAGATGTGCTGCGAGCTGGCCTTCTGCAAGATCATCAACT  1081
            ..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATCCGCTGACCTCCCTGAGCACCAGGGCAACCTCAAGATGTGCTGTGAGCTGGCCTTCTGCAAGATCATCAACT  1258

Query 1082  CCTACTGTGTCTTCCCACGGGAGTTGAAAGAGGTGTTTGCCTCGTGGAGGCAGGAGTGCAGCAGTCGCGGCCGC  1155
            |||||||.|||||||||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||.||||||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 1259  CCTACTGCGTCTTCCCACGGGAGCTTAAGGAGGTGTTCGCCTCATGGCGGCAGGAGTGTAGCAGCCGAGGCCGG  1332

Query 1156  CCGGACATCAGTGAGCGGCTCATCAGCGCCTCCCTCTTCCTGCGCTTCCTCTGCCCAGCCATCATGTCGCCCTC  1229
            ||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1333  CCAGATATCAGTGAACGGCTCATCAGCGCCTCCCTCTTCCTTCGCTTCCTGTGCCCTGCCATCATGTCACCCTC  1406

Query 1230  ACTCTTCAACCTGCTGCAGGAGTACCCTGATGACCGCACTGCCCGCACCCTCACCCTCATCGCCAAGGTCACCC  1303
            .||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||
Sbjct 1407  GCTCTTCAACCTGCTTCAGGAGTATCCTGACGACCGCACGGCTCGCACCCTCACGCTCATTGCCAAAGTCACCC  1480

Query 1304  AGAACCTGGCCAACTTTGCCAAATTTGGCAGCAAGGAGGAATACATGTCCTTCATGAACCAGTTCCTAGAGCAT  1377
            ||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 1481  AGAACCTGGCCAACTTTGCCAAGTTTGGCAGCAAGGAAGAATACATGTCCTTCATGAACCAGTTCCTGGAGCAC  1554

Query 1378  GAGTGGACCAACATGCAGCGCTTCCTGCTGGAGATCTCCAACCCCGAGACCCTCTCCAATACAGCCGGCTTCGA  1451
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||
Sbjct 1555  GAGTGGACCAACATGCAGCGCTTCCTGTTGGAGATCTCCAACCCCGAGACCCTTTCCAACACAGCAGGCTTCGA  1628

Query 1452  GGGCTACATCGACCTGGGCCGCGAGCTCTCCAGCCTGCACTCACTGCTCTGGGAGGCCGTCAGCCAGCTGGAGC  1525
            |||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.|
Sbjct 1629  GGGCTACATAGACCTGGGCCGGGAGCTCTCTAGCCTGCACTCCCTGCTCTGGGAAGCTGTCAGCCAGCTTGATC  1702

Query 1526  AGAGCATAGTATCCAAACTGGGACCCCTGCCTCGGATCCTGAGGGACGTCCACACAGCACTGAGCACCCCAGGT  1599
            |||||.|.||.||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.
Sbjct 1703  AGAGCGTTGTGTCGAAGCTGGGACCTCTGCCTCGTATCCTGAGGGATGTCCACACAGCACTGAGCACTCCTGGC  1776

Query 1600  AGCGGGCAGCTCCCAGGGACCAATGACCTGGCCTCCACACCGGGCTCTGGCAGCAGCAGCATCTCAGCTGGGCT  1673
            ||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||.||||||||
Sbjct 1777  AGTGGGCAGCTCCCTGGCACCAATGACCTGGCCTCCACCCCGGGCTCCGGCAGCAGCAGCGTCTCTGCTGGGCT  1850

Query 1674  GCAGAAGATGGTGATTGAGAACGATCTTTCCGGTCTGATAGATTTCACCCGGTTACCGTCTCCAACCCCCGAAA  1747
            .|||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TCAGAAGATGGTGATTGAAAATGACCTCTCTGGTCTGATAGATTTCACCCGGTTACCGTCTCCAACCCCCGAAA  1924

Query 1748  ACAAGGACTTGTTTTTTGTCACAAGGTCCTCCGGGGTCCAGCCCTCACCTGCCCGCAGCTCGAGTTACTCGGAA  1821
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||
Sbjct 1925  ACAAGGACTTGTTTTTTGTCACAAGGTCCTCCGGGGTCCAGCCTTCACCTGCCCGCAGCTCAAGCTACTCAGAA  1998

Query 1822  GCCAACGAGCCTGATCTTCAGATGGCCAACGGTGGCAAGAGCCTCTCCATGGTGGACCTCCAGGACGCCCGCAC  1895
            |||||.||.|||||.||.|||||||||||.||..||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GCCAATGAACCTGACCTGCAGATGGCCAATGGCAGCAAGAGCCTGTCCATGGTGGACCTCCAGGACGCCCGCAC  2072

Query 1896  GCTGGATGGGGAGGCAGGCTCCCCGGCGGGCCCCGACGTCCTCCCCACAGATGGGCAGGCCGCTGCAGCTCAGC  1969
            ||||||||||||||||||.|||||.|.||||||.||||.|||.||..|.||.|||||||...||||..||||||
Sbjct 2073  GCTGGATGGGGAGGCAGGTTCCCCAGTGGGCCCAGACGCCCTACCTGCTGACGGGCAGGTGCCTGCGACTCAGC  2146

Query 1970  TGGTGGCCGGGTGGCCGGCCCGGGCAACCCCAGTGAACCTGGCAGGGCTGGCCACGGTGCGGCGGGCAG-GCCA  2042
            ||.||||.||||||||.|||.|||||.|||||||||.|||||||||..|||||||.||||||||||||| ||||
Sbjct 2147  TGCTGGCTGGGTGGCCAGCCAGGGCAGCCCCAGTGAGCCTGGCAGGATTGGCCACAGTGCGGCGGGCAGTGCCA  2220

Query 2043  GACACCAACCACACCAGGCACCTCCGAGGGCGCGCCAGGCCGGCCCCAGCTGTTGGCACCGCTCTCCTTCCAGA  2116
             |||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||.|||||||.||.||.||||||||||
Sbjct 2221  -ACACCAACCACACCAGGCACCTCCGAGGGTGCACCAGGACGGCCCCAGTTGTTGGCCCCACTTTCCTTCCAGA  2293

Query 2117  ACCCTGTGTACCAGATGGCGGCTGGCCTGCCGCTGTCACCCCGTGGCCTTGGCGACTCAGGCTCTGAGGGCCAC  2190
            |.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 2294  ATCCTGTGTACCAGATGGCGGCCGGCCTGCCACTGTCACCCCGTGGCCTTGGTGACTCAGGCTCTGAAGGCCAC  2367

Query 2191  AGCTCCCTGAGCTCACACAGCAACAGCGAGGAGTTGGCGGCTGCTGCCAAGCTGGGAAGTTTCAGCACTGCCGC  2264
            ||||||||||||||.|||||||||||.||.|||.||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2368  AGCTCCCTGAGCTCTCACAGCAACAGTGAAGAGCTGGCAGCCGCTGCCAAACTAGGAAGTTTCAGCACTGCTGC  2441

Query 2265  GGAGGAGCTGGCTCGGCGGCCCGGTGAGCTGGCACGGCGACAGATGTCACTGACTGAAAAAGGCGGGCAGCCCA  2338
            .|||||||||||..|||||||.||.||.|||||||||.|.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||
Sbjct 2442  AGAGGAGCTGGCAAGGCGGCCTGGAGAACTGGCACGGAGGCAGATGTCACTGACTGAGAAGGGTGGGCAGCCCA  2515

Query 2339  CGGTGCCACGGCAGAACAGTGCTGGCCCCCAGAGGAGGATCGACCAGCCTCCGCCCCCACCCCCGCCGCCACCT  2412
            |.|||||..||||.||.|||||.||.||||||.|||||||.||||||||.||.||.|||||.||.||.||.|||
Sbjct 2516  CAGTGCCGAGGCAAAATAGTGCCGGTCCCCAGCGGAGGATTGACCAGCCGCCACCGCCACCACCACCACCGCCT  2589

Query 2413  CCTGCCCCCCGCGGCCGGACGCCCCCCAACCTGCTGAGCACCCTGCAGTACCCAAGACCCTCAAGCGGAACCCT  2486
            |||||.|||||.|||.||||.||.||.|.|||||||||||||||.|||||||||.||||||||||.||||||||
Sbjct 2590  CCTGCTCCCCGGGGCAGGACACCTCCTACCCTGCTGAGCACCCTACAGTACCCACGACCCTCAAGTGGAACCCT  2663

Query 2487  GGCGTCGGCCTCACCTGATTGGGTGGGCCCCAGTACCCGCCTGAGGCAGCAGTCCTCTTCCTCCAAGGGGGACA  2560
            |||.||.||.||.||.||.||||..|||||..|.|||||.|||.||||.||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct 2664  GGCATCAGCATCCCCCGACTGGGCTGGCCCTGGCACCCGGCTGCGGCAACAGTCCTCCTCCTCCAAGGGAGACA  2737

Query 2561  GCCCAGAACTGAAGCCACGGGCAGTGCACAAGCAGGGCCCTTCACCTGTGAGCCCCAATGCCCTGGACCGCACA  2634
            |||||||.||||||||.||.||..||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 2738  GCCCAGAGCTGAAGCCCCGAGCCATGCACAAGCAGGGCCCTTCACCCGTCAGTCCCAATGCCCTGGACCGCACG  2811

Query 2635  GCCGCTTGGCTCTTGACCATGAACGCGCAGTTGTTAGAAGACGAGGGCCTGGGCCCAGACCCCCCCCACAGGGA  2708
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2812  GCCGCTTGGCTCTTGACCATGAACGCGCAGTTGTTAGAAGACGAGGGTCTGGGCCCAGATCCCCCCCACAGGGA  2885

Query 2709  TAGGCTAAGGAGTAAGGACGAGCTCAGCCAAGCAGAAAAGGACCTGGCGGTGCTGCAGGACAAGCTGCGAATCT  2782
            ||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.||||
Sbjct 2886  TAGGCTAAGGAGTAAGGAGGAACTCAGCCAAGCAGAAAAGGATCTGGCAGTGCTACAAGACAAGCTACGGATCT  2959

Query 2783  CCACCAAGAAGCTGGAGGAGTATGAGACCCTGTTCAAGTGCCAGGAGGAGACGACGCAGAAGCTGGTGCTGGAG  2856
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2960  CCACCAAGAAGCTGGAGGAGTATGAGACCCTATTCAAGTGCCAGGAGGAGACGACGCAGAAGCTGGTGCTGGAG  3033

Query 2857  TACCAGGCACGGCTGGAGGAGGGCGAGGAGCGGCTGCGGCGGCAGCAGGAGGACAAGGACATCCAGATGAAGGG  2930
            ||.|||||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 3034  TATCAGGCTCGGCTGGAAGAAGGTGAGGAGCGGCTGCGGCGGCAGCAGGAAGACAAGGATATCCAGATGAAAGG  3107

Query 2931  CATCATCAGCAGGTTGATGTCCGTGGAGGAAGAACTGAAGAAGGACCACGCAGAGATGCAAGCGGCTGTGGACT  3004
            |||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 3108  CATCATCAGCAGGTTGATGTCAGTGGAAGAAGAACTGAAGAAGGATCATGCAGAGATGCAAGCAGCTGTAGATT  3181

Query 3005  CCAAACAGAAGATCATTGATGCCCAGGAGAAGCGCATTGCCTCGTTGGATGCCGCCAATGCCCGCCTCATGAGT  3078
            ||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3182  CCAAACAGAAGATCATCGATGCCCAGGAAAAGCGCATTGCCTCGCTGGATGCTGCCAATGCCCGCCTCATGAGT  3255

Query 3079  GCCCTGACCCAGCTGAAAGAGA-GTA-TGCAT------------------------------------------  3108
            |||||.||.||||||||||||| ||| .||||                                          
Sbjct 3256  GCCCTCACACAGCTGAAAGAGAGGTACAGCATGCAAGCCCGTAACGGCGTCTCCCCCACCAACCCCACCAAATT  3329

Query 3109  -------------------------------------------  3108
                                                       
Sbjct 3330  GCAGATTACTGAGAACGGCGAGTTCAGAAACAGCAGCAATTGT  3372