Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_13291
- Subject:
- NM_001114124.2
- Aligned Length:
- 3568
- Identities:
- 2793
- Gaps:
- 461
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGTCCGCCGGCGGCAACGCCAGGAAGAGCACCGGGAGGCCATCCTACTACTACCGGCTGCTGCGGCGGCCCCG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GCTGCAGCGACAGAGGAGCCGCTCCCGCAGCCGGACCCGGCCAGCCAGGGAGTCGCCCCAAGAAAGGCCGGGCT 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCCGGCGGAGCCTTCCCGGCAGCATGTCAGAGAAAAACCCCAGCATGGAGCCCTCGGCTTCAACCCCGTTCCGG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GTCACGGGCTTCCTCAGCCGCCGCCTCAAGGGCTCCATCAAGCGCACCAAGAGCCAGCCCAAACTGGACCGCAA 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 CCACAGCTTCCGCCACATCCTGCCGGGGTTCCGGAGCGCAGCCGCCGCCGCCGCGGACAATGAGAGGTCCCATC 370
Query 1 --ATGCCGAGGCTGAAGGAGTCTCGCTCCCACGAGTCCCTGCTCAGCCCCAGCAGTGCGGTGGAGGCGCTGGAC 72
|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||
Sbjct 371 TGATGCCAAGGCTGAAGGAGTCTCGGTCACACGAGTCCCTGCTCAGCCCCAGCAGCGCAGTGGAGGCCCTGGAC 444
Query 73 CTCAGCATGGAGGAAGAGGTGGTCATCAAGCCCGTGCACAGCAGCATCCTTGGCCAGGACTACTGCTTCGAGGT 146
||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CTCAGCATGGAGGAGGAGGTGATTATCAAGCCCGTTCACAGCAGCATCCTGGGTCAGGACTACTGCTTCGAGGT 518
Query 147 GACGACGTCATCAGGAAGCAAGTGCTTTTCCTGCCGGTCTGCAGCTGAGCGGGATAAGTGGATGGAGAACCTCC 220
|||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||..
Sbjct 519 GACAACATCATCAGGAAGCAAGTGTTTTTCCTGCCGGTCAGCCGCTGAGCGCGATAAGTGGATGGAGAACCTGA 592
Query 221 GGCGAGCGGTGCATCCCAACAAGGACAACAGCCGGCGTGTGGAGCACATCCTGAAGCTGTGGGTGATCGAGGCC 294
|||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 593 GGCGAGCAGTGCACCCCAACAAGGACAACAGCCGGCGTGTGGAGCATATCCTGAAGCTGTGGGTGATTGAGGCC 666
Query 295 AAGGACCTGCCAGCCAAGAAGAAGTACCTGTGCGAGCTGTGCCTGGACGATGTGCTCTATGCCCGCACCACGGG 368
|||||.|||||.||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..|
Sbjct 667 AAGGATCTGCCGGCCAAGAAGAAGTATCTATGTGAACTGTGCCTGGACGATGTGCTGTATGCCCGTACCACAAG 740
Query 369 CAAGCTCAAGACGGACAATGTTTTCTGGGGCGAGCACTTCGAGTTCCACAACTTGCCGCCTCTGCGCACGGTCA 442
|||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||.||||||||||.|||||.||||
Sbjct 741 CAAGCTCAAGACGGACAATGTCTTCTGGGGAGAGCACTTTGAGTTCCATAACCTGCCGCCTCTACGCACAGTCA 814
Query 443 CTGTCCACCTGTACCGGGAGACCGACAAGAAGAAGAAGAAGGAGCGCAACAGTTACCTGGGCCTGGTGAGCCTA 516
||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 815 CTGTGCACCTGTATCGGGAGACTGACAAGAAAAAGAAAAAGGAACGCAACAGCTACCTGGGCCTGGTGAGCCTG 888
Query 517 CCTGCTGCCTCGGTGGCCGGGCGGCAGTTCGTGGAGAAGTGGTACCCGGTGGTGACGCCCAACCCCAAGGGCGG 590
|||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 889 CCTGCCGCCTCTGTGGCTGGGCGGCAGTTTGTGGAGAAGTGGTACCCAGTGGTGACACCCAACCCCAAGGGTGG 962
Query 591 CAAGGGCCCTGGACCCATGATCCGCATCAAGGCGCGCTACCAAACCATCACCATCCTGCCCATGGAGATGTACA 664
|||.||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||.|||.||||.||||.|||||||||||||
Sbjct 963 CAAAGGCCCTGGGCCCATGATCCGAATCAAGGCACGCTACCAGACCGTCAGCATCTTGCCTATGGAGATGTACA 1036
Query 665 AAGAGTTCGCTGAGCACATCACCAACCACTACCTGGGGCTGTGTGCAGCCCTCGAGCCCATCCTCAGTGCCAAG 738
|.|||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AGGAGTTTGCGGAGCACATCACTAACCACTACCTGGGGCTGTGCGCAGCCCTGGAACCCATCCTCAGTGCCAAG 1110
Query 739 ACCAAGGAGGAGATGGCATCTGCCCTGGTGCACATCCTGCAGAGCACGGGCAAGGTGAAGGACTTCCTGACAGA 812
|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1111 ACCAAGGAGGAGATGGCGTCGGCTCTGGTGCACATCCTGCAGAGCACGGGAAAGGTGAAGGACTTTCTAACAGA 1184
Query 813 CCTGATGATGTCAGAGGTGGACCGCTGCGGGGACAACGAGCACCTCATCTTCCGGGAGAACACACTGGCCACCA 886
|||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 CCTGATGATGTCAGAGGTGGACCGCTGTGGGGACAATGAGCACCTCATCTTCCGGGAGAACACACTGGCCACCA 1258
Query 887 AGGCCATTGAGGAGTACCTCAAGCTAGTGGGCCAGAAGTACCTGCAGGACGCCCTAGGTGAGTTCATCAAAGCG 960
|||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 1259 AGGCCATCGAGGAATACCTCAAACTTGTGGGCCAGAAGTACCTGCAGGACGCACTAGGTGAGTTCATCAAAGCT 1332
Query 961 CTGTATGAGTCAGATGAGAACTGCGAAGTGGATCCCAGCAAGTGCTCGGCCGCTGACCTCCCAGAGCACCAGGG 1034
|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||..|||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1333 CTGTATGAGTCAGATGAAAATTGTGAAGTGGACCCAAGCAAGTGCTCATCCGCTGACCTCCCTGAGCACCAGGG 1406
Query 1035 CAACCTCAAGATGTGCTGCGAGCTGGCCTTCTGCAAGATCATCAACTCCTACTGTGTCTTCCCACGGGAGTTGA 1108
||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|
Sbjct 1407 CAACCTCAAGATGTGCTGTGAGCTGGCCTTCTGCAAGATCATCAACTCCTACTGCGTCTTCCCACGGGAGCTTA 1480
Query 1109 AAGAGGTGTTTGCCTCGTGGAGGCAGGAGTGCAGCAGTCGCGGCCGCCCGGACATCAGTGAGCGGCTCATCAGC 1182
|.||||||||.|||||.|||.||||||||||.|||||.||.|||||.||.||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1481 AGGAGGTGTTCGCCTCATGGCGGCAGGAGTGTAGCAGCCGAGGCCGGCCAGATATCAGTGAACGGCTCATCAGC 1554
Query 1183 GCCTCCCTCTTCCTGCGCTTCCTCTGCCCAGCCATCATGTCGCCCTCACTCTTCAACCTGCTGCAGGAGTACCC 1256
||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 1555 GCCTCCCTCTTCCTTCGCTTCCTGTGCCCTGCCATCATGTCACCCTCGCTCTTCAACCTGCTTCAGGAGTATCC 1628
Query 1257 TGATGACCGCACTGCCCGCACCCTCACCCTCATCGCCAAGGTCACCCAGAACCTGGCCAACTTTGCCAAATTTG 1330
|||.||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1629 TGACGACCGCACGGCTCGCACCCTCACGCTCATTGCCAAAGTCACCCAGAACCTGGCCAACTTTGCCAAGTTTG 1702
Query 1331 GCAGCAAGGAGGAATACATGTCCTTCATGAACCAGTTCCTAGAGCATGAGTGGACCAACATGCAGCGCTTCCTG 1404
||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 GCAGCAAGGAAGAATACATGTCCTTCATGAACCAGTTCCTGGAGCACGAGTGGACCAACATGCAGCGCTTCCTG 1776
Query 1405 CTGGAGATCTCCAACCCCGAGACCCTCTCCAATACAGCCGGCTTCGAGGGCTACATCGACCTGGGCCGCGAGCT 1478
.|||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1777 TTGGAGATCTCCAACCCCGAGACCCTTTCCAACACAGCAGGCTTCGAGGGCTACATAGACCTGGGCCGGGAGCT 1850
Query 1479 CTCCAGCCTGCACTCACTGCTCTGGGAGGCCGTCAGCCAGCTGGAGCAGAGCATAGTATCCAAACTGGGACCCC 1552
|||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||.|.||.||.||.||||||||.|
Sbjct 1851 CTCTAGCCTGCACTCCCTGCTCTGGGAAGCTGTCAGCCAGCTTGATCAGAGCGTTGTGTCGAAGCTGGGACCTC 1924
Query 1553 TGCCTCGGATCCTGAGGGACGTCCACACAGCACTGAGCACCCCAGGTAGCGGGCAGCTCCCAGGGACCAATGAC 1626
|||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 1925 TGCCTCGTATCCTGAGGGATGTCCACACAGCACTGAGCACTCCTGGCAGTGGGCAGCTCCCTGGCACCAATGAC 1998
Query 1627 CTGGCCTCCACACCGGGCTCTGGCAGCAGCAGCATCTCAGCTGGGCTGCAGAAGATGGTGATTGAGAACGATCT 1700
|||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||
Sbjct 1999 CTGGCCTCCACCCCGGGCTCCGGCAGCAGCAGCGTCTCTGCTGGGCTTCAGAAGATGGTGATTGAAAATGACCT 2072
Query 1701 TTCCGGTCTGATAGATTTCACCCGGTTACCGTCTCCAACCCCCGAAAACAAGGACTTGTTTTTTGTCACAAGGT 1774
.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 CTCTGGTCTGATAGATTTCACCCGGTTACCGTCTCCAACCCCCGAAAACAAGGACTTGTTTTTTGTCACAAGGT 2146
Query 1775 CCTCCGGGGTCCAGCCCTCACCTGCCCGCAGCTCGAGTTACTCGGAAGCCAACGAGCCTGATCTTCAGATGGCC 1848
||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.||.|||||||||
Sbjct 2147 CCTCCGGGGTCCAGCCTTCACCTGCCCGCAGCTCAAGCTACTCAGAAGCCAATGAACCTGACCTGCAGATGGCC 2220
Query 1849 AACGGTGGCAAGAGCCTCTCCATGGTGGACCTCCAGGACGCCCGCACGCTGGATGGGGAGGCAGGCTCCCCGGC 1922
||.||..||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.
Sbjct 2221 AATGGCAGCAAGAGCCTGTCCATGGTGGACCTCCAGGACGCCCGCACGCTGGATGGGGAGGCAGGTTCCCCAGT 2294
Query 1923 GGGCCCCGACGTCCTCCCCACAGATGGGCAGGCCGCTGCAGCTCAGCTGGTGGCCGGGTGGCCGGCCCGGGCAA 1996
||||||.||||.|||.||..|.||.|||||||...||||..||||||||.||||.||||||||.|||.|||||.
Sbjct 2295 GGGCCCAGACGCCCTACCTGCTGACGGGCAGGTGCCTGCGACTCAGCTGCTGGCTGGGTGGCCAGCCAGGGCAG 2368
Query 1997 CCCCAGTGAACCTGGCAGGGCTGGCCACGGTGCGGCGGGCAG-GCCAGACACCAACCACACCAGGCACCTCCGA 2069
|||||||||.|||||||||..|||||||.||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 CCCCAGTGAGCCTGGCAGGATTGGCCACAGTGCGGCGGGCAGTGCCA-ACACCAACCACACCAGGCACCTCCGA 2441
Query 2070 GGGCGCGCCAGGCCGGCCCCAGCTGTTGGCACCGCTCTCCTTCCAGAACCCTGTGTACCAGATGGCGGCTGGCC 2143
|||.||.|||||.|||||||||.|||||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2442 GGGTGCACCAGGACGGCCCCAGTTGTTGGCCCCACTTTCCTTCCAGAATCCTGTGTACCAGATGGCGGCCGGCC 2515
Query 2144 TGCCGCTGTCACCCCGTGGCCTTGGCGACTCAGGCTCTGAGGGCCACAGCTCCCTGAGCTCACACAGCAACAGC 2217
||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 2516 TGCCACTGTCACCCCGTGGCCTTGGTGACTCAGGCTCTGAAGGCCACAGCTCCCTGAGCTCTCACAGCAACAGT 2589
Query 2218 GAGGAGTTGGCGGCTGCTGCCAAGCTGGGAAGTTTCAGCACTGCCGCGGAGGAGCTGGCTCGGCGGCCCGGTGA 2291
||.|||.||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||..|||||||.||.||
Sbjct 2590 GAAGAGCTGGCAGCCGCTGCCAAACTAGGAAGTTTCAGCACTGCTGCAGAGGAGCTGGCAAGGCGGCCTGGAGA 2663
Query 2292 GCTGGCACGGCGACAGATGTCACTGACTGAAAAAGGCGGGCAGCCCACGGTGCCACGGCAGAACAGTGCTGGCC 2365
.|||||||||.|.|||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||..||||.||.|||||.||.|
Sbjct 2664 ACTGGCACGGAGGCAGATGTCACTGACTGAGAAGGGTGGGCAGCCCACAGTGCCGAGGCAAAATAGTGCCGGTC 2737
Query 2366 CCCAGAGGAGGATCGACCAGCCTCCGCCCCCACCCCCGCCGCCACCTCCTGCCCCCCGCGGCCGGACGCCCCCC 2439
|||||.|||||||.||||||||.||.||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||.|||.||||.||.||.
Sbjct 2738 CCCAGCGGAGGATTGACCAGCCGCCACCGCCACCACCACCACCGCCTCCTGCTCCCCGGGGCAGGACACCTCCT 2811
Query 2440 AACCTGCTGAGCACCCTGCAGTACCCAAGACCCTCAAGCGGAACCCTGGCGTCGGCCTCACCTGATTGGGTGGG 2513
|.|||||||||||||||.|||||||||.||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.||||..||
Sbjct 2812 ACCCTGCTGAGCACCCTACAGTACCCACGACCCTCAAGTGGAACCCTGGCATCAGCATCCCCCGACTGGGCTGG 2885
Query 2514 CCCCAGTACCCGCCTGAGGCAGCAGTCCTCTTCCTCCAAGGGGGACAGCCCAGAACTGAAGCCACGGGCAGTGC 2587
|||..|.|||||.|||.||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||..|||
Sbjct 2886 CCCTGGCACCCGGCTGCGGCAACAGTCCTCCTCCTCCAAGGGAGACAGCCCAGAGCTGAAGCCCCGAGCCATGC 2959
Query 2588 ACAAGCAGGGCCCTTCACCTGTGAGCCCCAATGCCCTGGACCGCACAGCCGCTTGGCTCTTGACCATGAACGCG 2661
|||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2960 ACAAGCAGGGCCCTTCACCCGTCAGTCCCAATGCCCTGGACCGCACGGCCGCTTGGCTCTTGACCATGAACGCG 3033
Query 2662 CAGTTGTTAGAAGACGAGGGCCTGGGCCCAGACCCCCCCCACAGGGATAGGCTAAGGAGTAAGGACGAGCTCAG 2735
||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 3034 CAGTTGTTAGAAGACGAGGGTCTGGGCCCAGATCCCCCCCACAGGGATAGGCTAAGGAGTAAGGAGGAACTCAG 3107
Query 2736 CCAAGCAGAAAAGGACCTGGCGGTGCTGCAGGACAAGCTGCGAATCTCCACCAAGAAGCTGGAGGAGTATGAGA 2809
|||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3108 CCAAGCAGAAAAGGATCTGGCAGTGCTACAAGACAAGCTACGGATCTCCACCAAGAAGCTGGAGGAGTATGAGA 3181
Query 2810 CCCTGTTCAAGTGCCAGGAGGAGACGACGCAGAAGCTGGTGCTGGAGTACCAGGCACGGCTGGAGGAGGGCGAG 2883
||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.|||
Sbjct 3182 CCCTATTCAAGTGCCAGGAGGAGACGACGCAGAAGCTGGTGCTGGAGTATCAGGCTCGGCTGGAAGAAGGTGAG 3255
Query 2884 GAGCGGCTGCGGCGGCAGCAGGAGGACAAGGACATCCAGATGAAGGGCATCATCAGCAGGTTGATGTCCGTGGA 2957
|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 3256 GAGCGGCTGCGGCGGCAGCAGGAAGACAAGGATATCCAGATGAAAGGCATCATCAGCAGGTTGATGTCAGTGGA 3329
Query 2958 GGAAGAACTGAAGAAGGACCACGCAGAGATGCAAGCGGCTGTGGACTCCAAACAGAAGATCATTGATGCCCAGG 3031
.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 3330 AGAAGAACTGAAGAAGGATCATGCAGAGATGCAAGCAGCTGTAGATTCCAAACAGAAGATCATCGATGCCCAGG 3403
Query 3032 AGAAGCGCATTGCCTCGTTGGATGCCGCCAATGCCCGCCTCATGAGTGCCCTGACCCAGCTGAAAGAGA-GTA- 3103
|.|||||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||| |||
Sbjct 3404 AAAAGCGCATTGCCTCGCTGGATGCTGCCAATGCCCGCCTCATGAGTGCCCTCACACAGCTGAAAGAGAGGTAC 3477
Query 3104 TGCAT--------------------------------------------------------------------- 3108
.||||
Sbjct 3478 AGCATGCAAGCCCGTAACGGCGTCTCCCCCACCAACCCCACCAAATTGCAGATTACTGAGAACGGCGAGTTCAG 3551
Query 3109 ---------------- 3108
Sbjct 3552 AAACAGCAGCAATTGT 3567