Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_13291
- Subject:
- NM_001290637.1
- Aligned Length:
- 3463
- Identities:
- 2791
- Gaps:
- 356
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGTCAGAGAAAAACCCCAGCATGGAGCCCTCGGCTTCAACCCCGTTCCGGGTCACGGGCTTCCTCAGCCGCCG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CCTCAAGGGCTCCATCAAGCGCACCAAGAGCCAGCCCAAACTGGACCGCAACCACAGCTTCCGCCACATCCTGC 148
Query 1 -----------------------------------------------------ATGCCGAGGCTGAAGGAGTCT 21
|||||.|||||||||||||||
Sbjct 149 CGGGGTTCCGGAGCGCAGCCGCCGCCGCCGCGGACAATGAGAGGTCCCATCTGATGCCAAGGCTGAAGGAGTCT 222
Query 22 CGCTCCCACGAGTCCCTGCTCAGCCCCAGCAGTGCGGTGGAGGCGCTGGACCTCAGCATGGAGGAAGAGGTGGT 95
||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||.|
Sbjct 223 CGGTCACACGAGTCCCTGCTCAGCCCCAGCAGCGCAGTGGAGGCCCTGGACCTCAGCATGGAGGAGGAGGTGAT 296
Query 96 CATCAAGCCCGTGCACAGCAGCATCCTTGGCCAGGACTACTGCTTCGAGGTGACGACGTCATCAGGAAGCAAGT 169
.|||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 297 TATCAAGCCCGTTCACAGCAGCATCCTGGGTCAGGACTACTGCTTCGAGGTGACAACATCATCAGGAAGCAAGT 370
Query 170 GCTTTTCCTGCCGGTCTGCAGCTGAGCGGGATAAGTGGATGGAGAACCTCCGGCGAGCGGTGCATCCCAACAAG 243
|.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||..|||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 371 GTTTTTCCTGCCGGTCAGCCGCTGAGCGCGATAAGTGGATGGAGAACCTGAGGCGAGCAGTGCACCCCAACAAG 444
Query 244 GACAACAGCCGGCGTGTGGAGCACATCCTGAAGCTGTGGGTGATCGAGGCCAAGGACCTGCCAGCCAAGAAGAA 317
|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 445 GACAACAGCCGGCGTGTGGAGCATATCCTGAAGCTGTGGGTGATTGAGGCCAAGGATCTGCCGGCCAAGAAGAA 518
Query 318 GTACCTGTGCGAGCTGTGCCTGGACGATGTGCTCTATGCCCGCACCACGGGCAAGCTCAAGACGGACAATGTTT 391
|||.||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 519 GTATCTATGTGAACTGTGCCTGGACGATGTGCTGTATGCCCGTACCACAAGCAAGCTCAAGACGGACAATGTCT 592
Query 392 TCTGGGGCGAGCACTTCGAGTTCCACAACTTGCCGCCTCTGCGCACGGTCACTGTCCACCTGTACCGGGAGACC 465
|||||||.||||||||.||||||||.|||.||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.
Sbjct 593 TCTGGGGAGAGCACTTTGAGTTCCATAACCTGCCGCCTCTACGCACAGTCACTGTGCACCTGTATCGGGAGACT 666
Query 466 GACAAGAAGAAGAAGAAGGAGCGCAACAGTTACCTGGGCCTGGTGAGCCTACCTGCTGCCTCGGTGGCCGGGCG 539
||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||
Sbjct 667 GACAAGAAAAAGAAAAAGGAACGCAACAGCTACCTGGGCCTGGTGAGCCTGCCTGCCGCCTCTGTGGCTGGGCG 740
Query 540 GCAGTTCGTGGAGAAGTGGTACCCGGTGGTGACGCCCAACCCCAAGGGCGGCAAGGGCCCTGGACCCATGATCC 613
||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 741 GCAGTTTGTGGAGAAGTGGTACCCAGTGGTGACACCCAACCCCAAGGGTGGCAAAGGCCCTGGGCCCATGATCC 814
Query 614 GCATCAAGGCGCGCTACCAAACCATCACCATCCTGCCCATGGAGATGTACAAAGAGTTCGCTGAGCACATCACC 687
|.||||||||.||||||||.|||.|||.||||.||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.
Sbjct 815 GAATCAAGGCACGCTACCAGACCGTCAGCATCTTGCCTATGGAGATGTACAAGGAGTTTGCGGAGCACATCACT 888
Query 688 AACCACTACCTGGGGCTGTGTGCAGCCCTCGAGCCCATCCTCAGTGCCAAGACCAAGGAGGAGATGGCATCTGC 761
||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 889 AACCACTACCTGGGGCTGTGCGCAGCCCTGGAACCCATCCTCAGTGCCAAGACCAAGGAGGAGATGGCGTCGGC 962
Query 762 CCTGGTGCACATCCTGCAGAGCACGGGCAAGGTGAAGGACTTCCTGACAGACCTGATGATGTCAGAGGTGGACC 835
.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 TCTGGTGCACATCCTGCAGAGCACGGGAAAGGTGAAGGACTTTCTAACAGACCTGATGATGTCAGAGGTGGACC 1036
Query 836 GCTGCGGGGACAACGAGCACCTCATCTTCCGGGAGAACACACTGGCCACCAAGGCCATTGAGGAGTACCTCAAG 909
||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.
Sbjct 1037 GCTGTGGGGACAATGAGCACCTCATCTTCCGGGAGAACACACTGGCCACCAAGGCCATCGAGGAATACCTCAAA 1110
Query 910 CTAGTGGGCCAGAAGTACCTGCAGGACGCCCTAGGTGAGTTCATCAAAGCGCTGTATGAGTCAGATGAGAACTG 983
||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct 1111 CTTGTGGGCCAGAAGTACCTGCAGGACGCACTAGGTGAGTTCATCAAAGCTCTGTATGAGTCAGATGAAAATTG 1184
Query 984 CGAAGTGGATCCCAGCAAGTGCTCGGCCGCTGACCTCCCAGAGCACCAGGGCAACCTCAAGATGTGCTGCGAGC 1057
.||||||||.||.|||||||||||..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1185 TGAAGTGGACCCAAGCAAGTGCTCATCCGCTGACCTCCCTGAGCACCAGGGCAACCTCAAGATGTGCTGTGAGC 1258
Query 1058 TGGCCTTCTGCAAGATCATCAACTCCTACTGTGTCTTCCCACGGGAGTTGAAAGAGGTGTTTGCCTCGTGGAGG 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||.||
Sbjct 1259 TGGCCTTCTGCAAGATCATCAACTCCTACTGCGTCTTCCCACGGGAGCTTAAGGAGGTGTTCGCCTCATGGCGG 1332
Query 1132 CAGGAGTGCAGCAGTCGCGGCCGCCCGGACATCAGTGAGCGGCTCATCAGCGCCTCCCTCTTCCTGCGCTTCCT 1205
||||||||.|||||.||.|||||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1333 CAGGAGTGTAGCAGCCGAGGCCGGCCAGATATCAGTGAACGGCTCATCAGCGCCTCCCTCTTCCTTCGCTTCCT 1406
Query 1206 CTGCCCAGCCATCATGTCGCCCTCACTCTTCAACCTGCTGCAGGAGTACCCTGATGACCGCACTGCCCGCACCC 1279
.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||
Sbjct 1407 GTGCCCTGCCATCATGTCACCCTCGCTCTTCAACCTGCTTCAGGAGTATCCTGACGACCGCACGGCTCGCACCC 1480
Query 1280 TCACCCTCATCGCCAAGGTCACCCAGAACCTGGCCAACTTTGCCAAATTTGGCAGCAAGGAGGAATACATGTCC 1353
||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1481 TCACGCTCATTGCCAAAGTCACCCAGAACCTGGCCAACTTTGCCAAGTTTGGCAGCAAGGAAGAATACATGTCC 1554
Query 1354 TTCATGAACCAGTTCCTAGAGCATGAGTGGACCAACATGCAGCGCTTCCTGCTGGAGATCTCCAACCCCGAGAC 1427
|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TTCATGAACCAGTTCCTGGAGCACGAGTGGACCAACATGCAGCGCTTCCTGTTGGAGATCTCCAACCCCGAGAC 1628
Query 1428 CCTCTCCAATACAGCCGGCTTCGAGGGCTACATCGACCTGGGCCGCGAGCTCTCCAGCCTGCACTCACTGCTCT 1501
|||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 1629 CCTTTCCAACACAGCAGGCTTCGAGGGCTACATAGACCTGGGCCGGGAGCTCTCTAGCCTGCACTCCCTGCTCT 1702
Query 1502 GGGAGGCCGTCAGCCAGCTGGAGCAGAGCATAGTATCCAAACTGGGACCCCTGCCTCGGATCCTGAGGGACGTC 1575
||||.||.|||||||||||.||.||||||.|.||.||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 1703 GGGAAGCTGTCAGCCAGCTTGATCAGAGCGTTGTGTCGAAGCTGGGACCTCTGCCTCGTATCCTGAGGGATGTC 1776
Query 1576 CACACAGCACTGAGCACCCCAGGTAGCGGGCAGCTCCCAGGGACCAATGACCTGGCCTCCACACCGGGCTCTGG 1649
|||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 1777 CACACAGCACTGAGCACTCCTGGCAGTGGGCAGCTCCCTGGCACCAATGACCTGGCCTCCACCCCGGGCTCCGG 1850
Query 1650 CAGCAGCAGCATCTCAGCTGGGCTGCAGAAGATGGTGATTGAGAACGATCTTTCCGGTCTGATAGATTTCACCC 1723
||||||||||.||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CAGCAGCAGCGTCTCTGCTGGGCTTCAGAAGATGGTGATTGAAAATGACCTCTCTGGTCTGATAGATTTCACCC 1924
Query 1724 GGTTACCGTCTCCAACCCCCGAAAACAAGGACTTGTTTTTTGTCACAAGGTCCTCCGGGGTCCAGCCCTCACCT 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1925 GGTTACCGTCTCCAACCCCCGAAAACAAGGACTTGTTTTTTGTCACAAGGTCCTCCGGGGTCCAGCCTTCACCT 1998
Query 1798 GCCCGCAGCTCGAGTTACTCGGAAGCCAACGAGCCTGATCTTCAGATGGCCAACGGTGGCAAGAGCCTCTCCAT 1871
|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.||.|||||||||||.||..||||||||||.|||||
Sbjct 1999 GCCCGCAGCTCAAGCTACTCAGAAGCCAATGAACCTGACCTGCAGATGGCCAATGGCAGCAAGAGCCTGTCCAT 2072
Query 1872 GGTGGACCTCCAGGACGCCCGCACGCTGGATGGGGAGGCAGGCTCCCCGGCGGGCCCCGACGTCCTCCCCACAG 1945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.||||||.||||.|||.||..|.|
Sbjct 2073 GGTGGACCTCCAGGACGCCCGCACGCTGGATGGGGAGGCAGGTTCCCCAGTGGGCCCAGACGCCCTACCTGCTG 2146
Query 1946 ATGGGCAGGCCGCTGCAGCTCAGCTGGTGGCCGGGTGGCCGGCCCGGGCAACCCCAGTGAACCTGGCAGGGCTG 2019
|.|||||||...||||..||||||||.||||.||||||||.|||.|||||.|||||||||.|||||||||..||
Sbjct 2147 ACGGGCAGGTGCCTGCGACTCAGCTGCTGGCTGGGTGGCCAGCCAGGGCAGCCCCAGTGAGCCTGGCAGGATTG 2220
Query 2020 GCCACGGTGCGGCGGGCAG-GCCAGACACCAACCACACCAGGCACCTCCGAGGGCGCGCCAGGCCGGCCCCAGC 2092
|||||.||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||.
Sbjct 2221 GCCACAGTGCGGCGGGCAGTGCCA-ACACCAACCACACCAGGCACCTCCGAGGGTGCACCAGGACGGCCCCAGT 2293
Query 2093 TGTTGGCACCGCTCTCCTTCCAGAACCCTGTGTACCAGATGGCGGCTGGCCTGCCGCTGTCACCCCGTGGCCTT 2166
|||||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2294 TGTTGGCCCCACTTTCCTTCCAGAATCCTGTGTACCAGATGGCGGCCGGCCTGCCACTGTCACCCCGTGGCCTT 2367
Query 2167 GGCGACTCAGGCTCTGAGGGCCACAGCTCCCTGAGCTCACACAGCAACAGCGAGGAGTTGGCGGCTGCTGCCAA 2240
||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||.||||.||.||||||||
Sbjct 2368 GGTGACTCAGGCTCTGAAGGCCACAGCTCCCTGAGCTCTCACAGCAACAGTGAAGAGCTGGCAGCCGCTGCCAA 2441
Query 2241 GCTGGGAAGTTTCAGCACTGCCGCGGAGGAGCTGGCTCGGCGGCCCGGTGAGCTGGCACGGCGACAGATGTCAC 2314
.||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||..|||||||.||.||.|||||||||.|.||||||||||
Sbjct 2442 ACTAGGAAGTTTCAGCACTGCTGCAGAGGAGCTGGCAAGGCGGCCTGGAGAACTGGCACGGAGGCAGATGTCAC 2515
Query 2315 TGACTGAAAAAGGCGGGCAGCCCACGGTGCCACGGCAGAACAGTGCTGGCCCCCAGAGGAGGATCGACCAGCCT 2388
|||||||.||.||.|||||||||||.|||||..||||.||.|||||.||.||||||.|||||||.||||||||.
Sbjct 2516 TGACTGAGAAGGGTGGGCAGCCCACAGTGCCGAGGCAAAATAGTGCCGGTCCCCAGCGGAGGATTGACCAGCCG 2589
Query 2389 CCGCCCCCACCCCCGCCGCCACCTCCTGCCCCCCGCGGCCGGACGCCCCCCAACCTGCTGAGCACCCTGCAGTA 2462
||.||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||.|||.||||.||.||.|.|||||||||||||||.|||||
Sbjct 2590 CCACCGCCACCACCACCACCGCCTCCTGCTCCCCGGGGCAGGACACCTCCTACCCTGCTGAGCACCCTACAGTA 2663
Query 2463 CCCAAGACCCTCAAGCGGAACCCTGGCGTCGGCCTCACCTGATTGGGTGGGCCCCAGTACCCGCCTGAGGCAGC 2536
||||.||||||||||.|||||||||||.||.||.||.||.||.||||..|||||..|.|||||.|||.||||.|
Sbjct 2664 CCCACGACCCTCAAGTGGAACCCTGGCATCAGCATCCCCCGACTGGGCTGGCCCTGGCACCCGGCTGCGGCAAC 2737
Query 2537 AGTCCTCTTCCTCCAAGGGGGACAGCCCAGAACTGAAGCCACGGGCAGTGCACAAGCAGGGCCCTTCACCTGTG 2610
|||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||..||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 2738 AGTCCTCCTCCTCCAAGGGAGACAGCCCAGAGCTGAAGCCCCGAGCCATGCACAAGCAGGGCCCTTCACCCGTC 2811
Query 2611 AGCCCCAATGCCCTGGACCGCACAGCCGCTTGGCTCTTGACCATGAACGCGCAGTTGTTAGAAGACGAGGGCCT 2684
||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2812 AGTCCCAATGCCCTGGACCGCACGGCCGCTTGGCTCTTGACCATGAACGCGCAGTTGTTAGAAGACGAGGGTCT 2885
Query 2685 GGGCCCAGACCCCCCCCACAGGGATAGGCTAAGGAGTAAGGACGAGCTCAGCCAAGCAGAAAAGGACCTGGCGG 2758
|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 2886 GGGCCCAGATCCCCCCCACAGGGATAGGCTAAGGAGTAAGGAGGAACTCAGCCAAGCAGAAAAGGATCTGGCAG 2959
Query 2759 TGCTGCAGGACAAGCTGCGAATCTCCACCAAGAAGCTGGAGGAGTATGAGACCCTGTTCAAGTGCCAGGAGGAG 2832
||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2960 TGCTACAAGACAAGCTACGGATCTCCACCAAGAAGCTGGAGGAGTATGAGACCCTATTCAAGTGCCAGGAGGAG 3033
Query 2833 ACGACGCAGAAGCTGGTGCTGGAGTACCAGGCACGGCTGGAGGAGGGCGAGGAGCGGCTGCGGCGGCAGCAGGA 2906
||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3034 ACGACGCAGAAGCTGGTGCTGGAGTATCAGGCTCGGCTGGAAGAAGGTGAGGAGCGGCTGCGGCGGCAGCAGGA 3107
Query 2907 GGACAAGGACATCCAGATGAAGGGCATCATCAGCAGGTTGATGTCCGTGGAGGAAGAACTGAAGAAGGACCACG 2980
.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct 3108 AGACAAGGATATCCAGATGAAAGGCATCATCAGCAGGTTGATGTCAGTGGAAGAAGAACTGAAGAAGGATCATG 3181
Query 2981 CAGAGATGCAAGCGGCTGTGGACTCCAAACAGAAGATCATTGATGCCCAGGAGAAGCGCATTGCCTCGTTGGAT 3054
|||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||.|||||
Sbjct 3182 CAGAGATGCAAGCAGCTGTAGATTCCAAACAGAAGATCATCGATGCCCAGGAAAAGCGCATTGCCTCGCTGGAT 3255
Query 3055 GCCGCCAATGCCCGCCTCATGAGTGCCCTGACCCAGCTGAAAGAGAGTA--TGCAT------------------ 3108
||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.| .||.|
Sbjct 3256 GCTGCCAATGCCCGCCTCATGAGTGCCCTCACACAGCTGAAAGAGAGCAACGGCTTGGGGCGTCTGAGCTCTGC 3329
Query 3109 -------------------------------------------------------------------------- 3108
Sbjct 3330 TTACAGCAAGGGCTGGAGTTGCCAGAGGCCCTGCTCTGGGAAGACCCTGGCCACTGACACCCAAGATCTGATGG 3403
Query 3109 ----------------------------------------------------------- 3108
Sbjct 3404 AGAGAGCGGCCCCACCCTTGCCAACACAGACACCTGACCTTTTTGTTCAACTTGTGTGT 3462