Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13302
• Subject: XM_011238376.1
• Aligned Length: 2058
• Identities: 1539
• Gaps: 318

Alignment

Query    1  ---------------ATGAAAGAGGCGGCCCTCATCTATCTTGACAGAAGTGGAGGCCTCCAAAAGTTTATAGA  59
                           |||||||||||.|||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAGACTCTTCAGATGAAAGAGGCAGCCCTTGTCTATCTTGACAGAAGTGGAGGCCTCCAAAAGTTTATAGA  74

Query   60  TGATTGCAAGTACTACAATGATTCAAAACAAAGCTATGCTGTCTATCGATTCAAAATTTTAATAAATCCCTCTG  133
            .||.|||||||.|||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||||..|||.|||||.|.||||.||
Sbjct   75  CGACTGCAAGTCCTACAATGATTCAAAGCAGAGTTATGCTGTCTATCGGTTCAGTATTCTAATAGACCCCTGTG  148

Query  134  ATGTTGTTGAATTAGATGCTGAGCTTGGAAATCACATTTTACACCAACCTTTAAAAGCTGCTGAAGTCTTTCAA  207
            |.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||..|||.||||||
Sbjct  149  ACGTTGTTGAATTAGATGCTGACCTTGGAAATCACATTTTACACCATCCCTTAAAAGCTGCTCGAGTTTTTCAA  222

Query  208  TCAGTCTGTTTTATTGCTGTTAAGACTCTCTCATTAATTGGACAATTGCAGACTGAAACGCAAATTAATATAGT  281
            ||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct  223  TCAGTCTGCTTTGTTGCTGTTAAGACTCTCTCATTAATTGGACAGTTACAGACTGAAACTCAAATCAATATTGT  296

Query  282  GCTGAAATTAACACATTTACCTCCCCTGCCAAGTTATGGTCTTGATCTTTGTGAGTTTCCACTTGATTATACAT  355
            ||||||.||||||||||||||..||||||||||.|||..|||||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct  297  GCTGAAGTTAACACATTTACCAGCCCTGCCAAGCTATACTCTTGATCTTTGTGAGTTTCCACTTAATTATGCAT  370

Query  356  CTCAGAGATTTTATATGATGCAAGGAATTGTGATTGCAATGACAACTATAACCAAGTATACACAAGGGGCAAGA  429
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||| 
Sbjct  371  CTCAGAGATTTTATATGATGCAAGGAATTGTGATTGCAATGACAACTATAACCAAGTACACTCAAGGTGCAAG-  443

Query  430  TTTCTT-TGTTCAGATGAAGCATGCCCTCTTTCAAAAGGATTTCAGTATATAAGAGTGCATGTGCCTGGTGCTA  502
            .||||| ||||||||||.||..||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||.|||||||||||.||||
Sbjct  444  GTTCTTGTGTTCAGATGGAGTGTGTCCTCTTTCAAAAGGATTTCAGTATGTGAGAGTCCATGTGCCTGGAGCTA  517

Query  503  CAGAATCTGCAACGATAAGAAATGACTTTTTGTGTAATCTATGTGCATCTTCACTTCAAGAAGACAGAAAATTT  576
            |||||||||||||..||||||||||||||||.||.|.|||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  518  CAGAATCTGCAACAGTAAGAAATGACTTTTTATGCAGTCTCTGTTCATCTTCACTTCAAGAAGACAGAAAATTT  591

Query  577  AGAGTACTTGGTGATAAACAAATAGTTGAAATAATTGCCACAAAGGCACTTCGTGCTTTTCAAGGATATTCTAA  650
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||..|||||||.....|||.|||||||||||||.|.|||||
Sbjct  592  AGAGTACTTGGTGATAAACAGATAGTTGAAATAATCACCACAAAAATGTTTCATGCTTTTCAAGGAGACTCTAA  665

Query  651  CAACCAGCCATTTAGGTTTCAATCACTTACAATTTTCCTAAGAGATGAATCAGTGAATAAAATGAATATAGGAA  724
            .|||||||||||||||||||||||||||...||||||||||||||||||..|||||||||.|||||.|||||||
Sbjct  666  AAACCAGCCATTTAGGTTTCAATCACTTGGTATTTTCCTAAGAGATGAACTAGTGAATAAGATGAAAATAGGAA  739

Query  725  ATGAATATAAAATTATTGGAATTCCAACCTGTGTAAAAACCTCACAAACTGCTGTCTGTATAGAAGCAAATAGC  798
            ||||||||||||||||||||||||||..||||||.|||||.||||||||||||.|||||.||||||||||||..
Sbjct  740  ATGAATATAAAATTATTGGAATTCCAGTCTGTGTCAAAACTTCACAAACTGCTCTCTGTGTAGAAGCAAATAAT  813

Query  799  ATAACTTTTTGTAATT----------CAAAAGTTCCTTCAGGAATTAGTGACAACTTCAGGTGTCTCCTCTCCT  862
            ||.||          |          ||||||||||||.||||||||||||||||||.|||.||||||||||||
Sbjct  814  ATCAC----------TCCCCACACAGCAAAAGTTCCTTTAGGAATTAGTGACAACTTTAGGCGTCTCCTCTCCT  877

Query  863  TAACTTCCAGCTCATGCTGGAAGTTTACAGCAATACTTGCCAATATCTTTGCATCACAAATTACCCCTCCTGGG  936
            |.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||.||.||||||.|||||||||||||.|||....||||||||
Sbjct  878  TGACTTCGAGCTCGTGCTGGAAATTCACAGCAATGCTGGCCAATGTCTTTGCATCACAGATTGTTGCTCCTGGG  951

Query  937  ACTTACAATTTGCTCAAGCTCTGTTTGTTGATGAGTCTAGTACAGACAACTGACCGTAACAAGGAACTGGAAGA  1010
            |||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||..|||.|.||||.|||||..|||||
Sbjct  952  ACTTACAATTTGCTCAAACTTTGTTTGTTGATGAGTCTAGTACAGACAAGAGACTGCAACAGGGAACGAGAAGA  1025

Query 1011  TTGCCTGGATATTTTAATTATAACAAGTGATACTCTACTCATAGACAGGCTTCTGAATTTTAGCATAAACCTTG  1084
            .|||.|||||||||||.|||||||.|||||.|||||.||..|||||||.|||.|||||||||||||.||.||||
Sbjct 1026  CTGCTTGGATATTTTAGTTATAACCAGTGACACTCTGCTTGTAGACAGACTTTTGAATTTTAGCATGAATCTTG  1099

Query 1085  TCCCCCGTGGTATACGTCATCTAGTCTCTACTGAAATTTTTCCCACTCTATCCAGGAATAAGTATGGAACTGGA  1158
            ||.||||||||||||||||||..||||.|||.|||.|||||||.||..|.|||||.|||||.||||||||.|||
Sbjct 1100  TCTCCCGTGGTATACGTCATCCTGTCTGTACAGAAGTTTTTCCTACAGTGTCCAGAAATAAATATGGAACAGGA  1173

Query 1159  GCAGTTAGCATTCAGGCTGGCAGTGCTTTGCTAGCTAAAGGTGGTATCTGCTTTATAGGAGACTTGGCTTCACA  1232
            |||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||.||.|.||.||
Sbjct 1174  GCAGTGAGCATTCAGGCCGGCAGTGCTTTGCTTGCTAAGGGTGGTATCTGCTTTATAGGAGACCTGACATCCCA  1247

Query 1233  CAAAAAAGATAAACTTGAACAGCTTCAAACAGTTCTGGAGAGCAGAAGCATCACAGTGTACATCCCAGGAAAGA  1306
            .|||||||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|.|||||.|.||||||||||||||
Sbjct 1248  TAAAAAAGATAAACTTGAACAGCTTCAATCAGCTTTGGAGAGCAGAAGCGTTACAGTATTCATCCCAGGAAAGA  1321

Query 1307  AGTTTGGGGAGGATATTGATCAACAGATGACTTTTCCAGTTCAGTGCAGTTTTTGGTCTTTTGTTGATGTGGAT  1380
            ||||||||||.|||.|.|||||.||.|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1322  AGTTTGGGGATGATTTCGATCAGCAAATGACTTTTCCCATTCAGTGCAGTTTTTGGTCTTTTGTTGATATGGAT  1395

Query 1381  TCATCTTCAAGGAGAAATGCACAGAAAATCAACACTCTAATTGGTCAGATGGATTGCAGTTTGATTCCAGCTAA  1454
            |||||||||||||||||||..|||||||.||..|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1396  TCATCTTCAAGGAGAAATGTGCAGAAAACCAGTACTCTGATTGGTCAGATGGATTGCAGTTTGATTCCAGCCAA  1469

Query 1455  CCTTGTGGAGGCATTTGGTTTATTGATTAACTGCAACGAGTCATCTCCCTGCCACCCATTTCTTCCTACTGTGC  1528
            |||||..|||||||||||.|||.||||||||||||..|||.|||||||.|||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1470  CCTTGCAGAGGCATTTGGATTACTGATTAACTGCAGTGAGGCATCTCCTTGCCACCCACTTCTTCCTACTGTGC  1543

Query 1529  AACACACTTTGAACAAAGCCATTAATCCTGAAGGGCTGTT----TTATGCGGCTTCTAGACAGTTCACAACTGA  1598
            |.||||||||.||.|||||..|..|.|||||.||||||.|    |||    ||.||||..||||||||||||||
Sbjct 1544  AGCACACTTTAAAGAAAGCAGTGGAGCCTGAGGGGCTGCTGTACTTA----GCGTCTAAGCAGTTCACAACTGA  1613

Query 1599  AGATTTTGAAAAGCTATTGGCTTTTGCAAAGAATTTGAATGTAGAATTCAGCTTGGAAGCAGAAAGAATGACCC  1672
            |||.||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||..|
Sbjct 1614  AGACTTTGAAAAGCTACTGGCTTTTGCAAAGAGTTTGAATATGGAATTCAGCTTGGAAGCAGAAAGAATGATTC  1687

Query 1673  ATGGCTATTATCTAGCAAGTCGCAGAATCAGAACAGGCTCTGTATGTGGATCAAAGCTGTCAGCATCTGCATTA  1746
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||..|||.||..||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1688  ATGGCTATTATCTAGCAAGTCGCAGAATAAGAACAGATTCTATACATGGATCAAAGCTGTCAGCATCTGCATTA  1761

Query 1747  AAA-------------TATCTG----------------------------------------------------  1755
            |||             ||||||                                                    
Sbjct 1762  AAATATTTAGTGTCTTTATCTGAAGCCCACGCCCGGCTGAGCCTAAGGACCACAGTGCTCAGAGAAGACGCACT  1835

Query 1756  --------------------------------------------------------------------------  1755
                                                                                      
Sbjct 1836  CATCGCAGCCTTGTTGTTGGAAATCTCTCTCACACTGAGATACGGGGCCACTCCATTTTGTGTTGCTCCCAATG  1909

Query 1756  --------------------------------------------------------------------------  1755
                                                                                      
Sbjct 1910  CATTATTTCCATTTGAGCTGTATAATGAAGAATATTTAGAGCAAAGAGATCTCTACCTGACTCAGTGCCAACAG  1983

Query 1756  ------------------------------------------------------------  1755
                                                                        
Sbjct 1984  CAGCTCCAACAGTTTATTGCCACATGTGGACCTGGGACAACTGTCTTTTCTAGTGATGAA  2043