Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13433
• Subject: NM_001291991.1
• Aligned Length: 2409
• Identities: 2359
• Gaps: 42

Alignment

Query    1  ATGGACACCACCACTGACAAGTGGGTAAAACTTACAGACAATGGAGAATGGGGCTCTCATTCTGTAATGCTGAA  74
                                       |..|||..||.||||            |..||   .|||||||||||
Sbjct    1  ---------------------------ATGCTTGAAGGCAAT------------TACCA---GGTAATGCTGAA  32

Query   75  ATCAGGCACAAACATACTCTACTGGAGAACTACAGGCATCCTTATGGGTTCTAAGGCGGTCAAGCCTGTGCTGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   33  ATCAGGCACAAACATACTCTACTGGAGAACTACAGGCATCCTTATGGGTTCTAAGGCGGTCAAGCCTGTGCTGG  106

Query  149  TAAAAAATATCACAATTGAAGGGGTGGCGTACACATCAGAATGTTTTCCTTGCAAGCCAGGCACATTCAGCAAC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  107  TAAAAAATATCACAATTGAAGGGGTGGCGTACACATCAGAATGTTTTCCTTGCAAGCCAGGCACATTCAGCAAC  180

Query  223  AAACCAGGTTCATTCAACTGCCAGGTGTGTCCCAGAAACACCTATTCTGAGAAAGGAGCCAAAGAATGTATAAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  181  AAACCAGGTTCATTCAACTGCCAGGTGTGTCCCAGAAACACCTATTCTGAGAAAGGAGCCAAAGAATGTATAAG  254

Query  297  GTGTAAAGACGACTCTCAATTTTCAGAGGAAGGATCCAGTGAGTGTACAGAGCGCCCTCCCTGTACCACAAAAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  255  GTGTAAAGACGACTCTCAATTTTCAGAGGAAGGATCCAGTGAGTGTACAGAGCGCCCTCCCTGTACCACAAAAG  328

Query  371  ACTATTTCCAGATCCATACTCCATGTGATGAAGAAGGAAAGACACAGATAATGTACAAGTGGATAGAGCCCAAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  329  ACTATTTCCAGATCCATACTCCATGTGATGAAGAAGGAAAGACACAGATAATGTACAAGTGGATAGAGCCCAAA  402

Query  445  ATCTGCCGGGAGGATCTCACAGATGCTATTAGATTGCCCCCTTCTGGAGAGAAGAAGGATTGTCCGCCTTGCAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  403  ATCTGCCGGGAGGATCTCACAGATGCTATTAGATTGCCCCCTTCTGGAGAGAAGAAGGATTGTCCGCCTTGCAA  476

Query  519  CCCTGGATTTTATAACAATGGATCATCTTCTTGCCATCCCTGTCCTCCTGGAACATTTTCAGATGGAACCAAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  477  CCCTGGATTTTATAACAATGGATCATCTTCTTGCCATCCCTGTCCTCCTGGAACATTTTCAGATGGAACCAAAG  550

Query  593  AATGTAGACCATGTCCAGCAGGAACGGAGCCTGCACTTGGCTTTGAATATAAATGGTGGAATGTCCTTCCTGGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  551  AATGTAGACCATGTCCAGCAGGAACGGAGCCTGCACTTGGCTTTGAATATAAATGGTGGAATGTCCTTCCTGGC  624

Query  667  AACATGAAAACTTCCTGCTTCAATGTTGGGAATTCAAAGTGCGATGGAATGAATGGTTGGGAGGTGGCTGGAGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  625  AACATGAAAACTTCCTGCTTCAATGTTGGGAATTCAAAGTGCGATGGAATGAATGGTTGGGAGGTGGCTGGAGA  698

Query  741  TCATATCCAGAGTGGGGCTGGAGGTTCTGACAATGATTACCTGATCTTAAACTTGCATATCCCAGGATTTAAAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  699  TCATATCCAGAGTGGGGCTGGAGGTTCTGACAATGATTACCTGATCTTAAACTTGCATATCCCAGGATTTAAAC  772

Query  815  CACCAACATCTATGACTGGAGCCACGGGTTCTGAACTAGGAAGAATAACATTTGTCTTTGAGACCCTCTGTTCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  773  CACCAACATCTATGACTGGAGCCACGGGTTCTGAACTAGGAAGAATAACATTTGTCTTTGAGACCCTCTGTTCA  846

Query  889  GCTGACTGTGTTTTGTACTTCATGGTGGATATTAATAGAAAAAGTACAAATGTGGTAGAATCGTGGGGTGGAAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  847  GCTGACTGTGTTTTGTACTTCATGGTGGATATTAATAGAAAAAGTACAAATGTGGTAGAATCGTGGGGTGGAAC  920

Query  963  CAAAGAAAAACAAGCTTACACCCATATCATCTTCAAGAATGCAACTTTTACATTTACATGGGCATTCCAGAGAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  921  CAAAGAAAAACAAGCTTACACCCATATCATCTTCAAGAATGCAACTTTTACATTTACATGGGCATTCCAGAGAA  994

Query 1037  CTAATCAGGGTCAAGATAATAGACGGTTCATCAATGACATGGTGAAGATTTATTCTATCACAGCCACTAATGCA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  995  CTAATCAGGGTCAAGATAATAGACGGTTCATCAATGACATGGTGAAGATTTATTCTATCACAGCCACTAATGCA  1068

Query 1111  GTTGATGGGGTGGCGTCCTCATGCCGTGCCTGTGCCCTCGGTTCTGAACAGTCGGGTTCATCGTGTGTCCCCTG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069  GTTGATGGGGTGGCGTCCTCATGCCGTGCCTGTGCCCTCGGTTCTGAACAGTCGGGTTCATCGTGTGTCCCCTG  1142

Query 1185  CCCTCCAGGCCACTACATTGAGAAAGAAACCAACCAGTGCAAGGAATGTCCACCTGACACCTACCTGTCCATAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143  CCCTCCAGGCCACTACATTGAGAAAGAAACCAACCAGTGCAAGGAATGTCCACCTGACACCTACCTGTCCATAC  1216

Query 1259  ATCAGGTCTATGGCAAAGAGGCTTGTATTCCATGCGGGCCTGGGAGTAAAAACAATCAGGACCATTCGGTTTGC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217  ATCAGGTCTATGGCAAAGAGGCTTGTATTCCATGCGGGCCTGGGAGTAAAAACAATCAGGACCATTCGGTTTGC  1290

Query 1333  TATAGTGACTGCTTTTTCTACCATGAAAAAGAAAATCAGAGTTTGCACTATGACTTTAGCAACCTCAGCAGTGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291  TATAGTGACTGCTTTTTCTACCATGAAAAAGAAAATCAGAGTTTGCACTATGACTTTAGCAACCTCAGCAGTGT  1364

Query 1407  GGGCTCATTAATGAATGGCCCCAGCTTCACCTCCAAAGGAACAAAATACTTCCATTTCTTCAATATCAGTTTAT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365  GGGCTCATTAATGAATGGCCCCAGCTTCACCTCCAAAGGAACAAAATACTTCCATTTCTTCAATATCAGTTTAT  1438

Query 1481  GTGGGCATGAGGGGAAGAAGATGGCTCTCTGTACCAACAATATAACAGACTTTACAGTAAAAGAAATAGTGGCA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439  GTGGGCATGAGGGGAAGAAGATGGCTCTCTGTACCAACAATATAACAGACTTTACAGTAAAAGAAATAGTGGCA  1512

Query 1555  GGGTCAGATGATTACACAAATTTGGTAGGGGCATTTGTATGCCAGTCAACAATTATTCCTTCTGAAAGTAAGGG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513  GGGTCAGATGATTACACAAATTTGGTAGGGGCATTTGTATGCCAGTCAACAATTATTCCTTCTGAAAGTAAGGG  1586

Query 1629  TTTCCGAGCAGCCTTATCATCACAATCCATCATTCTGGCAGATACATTCATAGGAGTCACAGTTGAAACCACAT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587  TTTCCGAGCAGCCTTATCATCACAATCCATCATTCTGGCAGATACATTCATAGGAGTCACAGTTGAAACCACAT  1660

Query 1703  TGAAAAATATTAATATAAAAGAAGATATGTTCCCAGTTCCAACAAGCCAAATACCAGATGTGCATTTCTTTTAT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661  TGAAAAATATTAATATAAAAGAAGATATGTTCCCAGTTCCAACAAGCCAAATACCAGATGTGCATTTCTTTTAT  1734

Query 1777  AAGTCTTCTACAGCAACAACATCTTGTATTAATGGCCGATCAACTGCTGTGAAAATGAGGTGTAATCCTACTAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735  AAGTCTTCTACAGCAACAACATCTTGTATTAATGGCCGATCAACTGCTGTGAAAATGAGGTGTAATCCTACTAA  1808

Query 1851  ATCTGGAGCAGGAGTGATTTCAGTCCCCAGCAAGTGCCCAGCAGGTACCTGTGATGGGTGTACGTTCTATTTCC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809  ATCTGGAGCAGGAGTGATTTCAGTCCCCAGCAAGTGCCCAGCAGGTACCTGTGATGGGTGTACGTTCTATTTCC  1882

Query 1925  TGTGGGAGAGTGCTGAAGCTTGCCCTCTGTGTACGGAGCATGACTTCCATGAGATTGAGGGAGCCTGCAAGAGA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883  TGTGGGAGAGTGCTGAAGCTTGCCCTCTGTGTACGGAGCATGACTTCCATGAGATTGAGGGAGCCTGCAAGAGA  1956

Query 1999  GGATTTCAGGAAACCTTGTATGTGTGGAATGAACCTAAATGGTGCATTAAAGGAATTTCTTTGCCTGAGAAAAA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957  GGATTTCAGGAAACCTTGTATGTGTGGAATGAACCTAAATGGTGCATTAAAGGAATTTCTTTGCCTGAGAAAAA  2030

Query 2073  GTTGGCAACCTGTGAAACGGTTGACTTTTGGCTGAAGGTGGGAGCCGGTGTGGGAGCTTTTACTGCCGTTTTGC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031  GTTGGCAACCTGTGAAACGGTTGACTTTTGGCTGAAGGTGGGAGCCGGTGTGGGAGCTTTTACTGCCGTTTTGC  2104

Query 2147  TGGTGGCTCTGACCTGCTACTTCTGGAAAAAGAATCAAAAACTGGAATACAAATATTCCAAGTTAGTAATGACG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105  TGGTGGCTCTGACCTGCTACTTCTGGAAAAAGAATCAAAAACTGGAATACAAATATTCCAAGTTAGTAATGACG  2178

Query 2221  ACTAACTCAAAAGAGTGTGAACTCCCGGCTGCAGACAGTTGTGCTATCATGGAAGGAGAAGATAATGAAGAGGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2179  ACTAACTCAAAAGAGTGTGAACTCCCGGCTGCAGACAGTTGTGCTATCATGGAAGGAGAAGATAATGAAGAGGA  2252

Query 2295  AGTTGTATATTCCAATAAACAGTCACTACTAGGAAAACTCAAATCTTTGGCAACCAAGGAAAAAGAAGACCATT  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2253  AGTTGTATATTCCAATAAACAGTCACTACTAGGAAAACTCAAATCTTTGGCAACCAAGGAAAAAGAAGACCATT  2326

Query 2369  TTGAATCTGTTCAACTGAAAACCTCAAGATCCCCAAATATA  2409
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327  TTGAATCTGTTCAACTGAAAACCTCAAGATCCCCAAATATA  2367