Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13499
• Subject: NM_001312914.1
• Aligned Length: 2853
• Identities: 2212
• Gaps: 366

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGATGAGGAAAACATGACGAAAAGCGAAGAGCAGCAACCTCTGAGTTTGCAAAAAGCCTTGCAGCAGTGCGA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GTTGGTTCAGAACATGATCGACCTGAGCATCTCCAATCTGGAAGGGCTTAGGACCAAGTGTGCAGCTTCCAACG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  ACCTCACGCAGAAGGAGATCAGGACCCTGGAGAGCAAGCTGGTGAAGTACTTCAGCCGACAGCTGTCCTGCAAG  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  AAGAAGGTGGCTCTGCAGGAACGCAATGCTGAACTGGACGGCTTCCCCCAGCTCCGCCACTGGTTCCGGATCGT  296

Query    1  -------------------------------------------------------------------ATGACGG  7
                                                                               |||||.|
Sbjct  297  GGATGTCCGAAAGGAAGTCCTGGAGGAGATCTCCCCTGACCAGCTGAGCTTGGAGGACCTCCTGGAGATGACCG  370

Query    8  ATGAACAGGTGTGCGAGACTGTGGAGAAATACGGAGCCAACCGGGAGGAGTGTGCCCGCCTCAACGCCTCCCTC  81
            |.||.||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||.|||.|||||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct  371  ACGAGCAGGTGTGTGAGACCGTGGAGAAGTATGGAGCCAACCAGGAAGAGTGCGCCCGGCTCAACGCCTCACTC  444

Query   82  TCCTGCCTCAGGAATGTCCACATGTCAGGAGGCAACCTTTCCAAACAAGACTGGACCATCCAGTGGCCCACCAC  155
            |||||||||||||||||.||||..||||||||.||.||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||
Sbjct  445  TCCTGCCTCAGGAATGTGCACAAATCAGGAGGGAATCTCTCCAAACAAGATTGGATCATCCAGTGGCCCACCAC  518

Query  156  AGAGACGGGGAAGGAGAACAATCCCGTGTGCCCCCCGGAGCCCACCCCGTGGATCCGCACCCATCTCTCCCAGA  229
            .|||.|.|||.||||||.|||.||.|||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct  519  GGAGCCAGGGCAGGAGAGCAACCCTGTGTGCCCCCCGGAGCCCAGCCCGTGGATCCGAACCCACCTCTCCCAGA  592

Query  230  GCCCCAGGGTCCCGTCCAAGTGCGTCCAGCACTATTGTCACACCAGCCCCACTCCCGGGGCCCCTGTGTACACC  303
            ||||||||||||.|.|||||||...||||||||..||||..||||||||.||.||.|||.||||||||||||||
Sbjct  593  GCCCCAGGGTCCAGACCAAGTGTCCCCAGCACTTCTGTCCTACCAGCCCTACGCCTGGGACCCCTGTGTACACC  666

Query  304  CACGTGGACAGGCTTACCGTGGACGCCTACCCGGGCTTGTGCCCGCCCCCGCCA---CTGGAGTCGGGCCACCG  374
            ||.||||||||.||.||.||.||.|||||||||..||||||||||||.||||||   |||||.||.||||||||
Sbjct  667  CAAGTGGACAGACTCACTGTAGATGCCTACCCGAACTTGTGCCCGCCGCCGCCACCCCTGGAATCAGGCCACCG  740

Query  375  TTCCCTGCCCCCATCGCCCCGGCAGCGGCACGCGGTCCGCACCCCGCCGCGCACCCCCAACATCGTCACCACCG  448
            .||.||||||||.||.||||||||||||||||..|||||||||||.||.||||||||.||.||.||||||||||
Sbjct  741  CTCTCTGCCCCCGTCTCCCCGGCAGCGGCACGTAGTCCGCACCCCACCTCGCACCCCAAATATTGTCACCACCG  814

Query  449  TGACCCCGCCGGGCACGCCGCCCATGAGGAAGAAGAACAAGCTGAAGCCCCCGGGGACCCCACCGCCCTCCTCC  522
            |||||||.||.||||||||.||||||||||..||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.
Sbjct  815  TGACCCCACCTGGCACGCCACCCATGAGGAGAAAAAACAAGCTGAAGCCTCCCGGGACGCCACCCCCCTCCTCT  888

Query  523  CGAAAACTGATACACTTGATCCCGGGATTCACCGCGCTGCATCGGAGCAAATCCCACGAGTTCCAGCTGGGGCA  596
            ||.||.||.||.||..|||||||.||.|||||.||||||||..|||||||||||||||||||||||||.|||.|
Sbjct  889  CGGAAGCTCATCCATCTGATCCCTGGCTTCACAGCGCTGCACAGGAGCAAATCCCACGAGTTCCAGCTCGGGAA  962

Query  597  CCGCGTGGACGAGGCCCACACGCCCAAAGCCAAGAAGAAGAGCAAACCCTTGAACCTCAAGATCCACAGCAGCG  670
            |||.||.|||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  963  CCGTGTAGACGAGGCCAACACACCCAAAGCCAAGAAGAAGAGCAAACCCTTGAACCTCAAGATCCACAGCGGCG  1036

Query  671  TAGGCAGCTGCGAGAACATCCCCTCTCAGCAGCGCTCCCCGCTGCTGTCCGAGCGCTCCCTCCGCTCCTTCTTT  744
            |.|||||||||||||||||||||.|.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||.|.||.|||||||||
Sbjct 1037  TGGGCAGCTGCGAGAACATCCCCGCCCAGCAACGCTCTCCGCTCCTGTCCGAGCGCTCCTTGCGGTCCTTCTTT  1110

Query  745  GTGGGACACGCACCTTTCCTGCCTTCCACCCCTCCTGTTCACACTGAGGCCAACTTCTCTGCAAACACACTGTC  818
            |||||.||||..||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1111  GTGGGCCACGGGCCCTTCCTGCCCTCCACCCCACCTGTCCACACTGAAGCCAATTTCTCTGCAAACACACTCTC  1184

Query  819  AGTGCCACGCTGGTCCCCGCAGATCCCTCGCAGAGATCTTGGCAACTCCATCAAGCACAGGTTTTCCACCAAGT  892
            .||.||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGTACCTCGCTGGTCACCACAGATCCCACGCAGAGACCTTGGCAATTCCATCAAGCACAGGTTTTCCACCAAGT  1258

Query  893  ACTGGATGTCTCAGACGTGCACAGTCTGTGGGAAAGGGATGCTTTTTGGCCTCAAGTGTAAAAACTGCAAGTTA  966
            ||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACTGGATGTCTCAGACGTGCACGGTCTGCGGGAAAGGGATGCTTTTTGGCCTCAAGTGTAAAAACTGCAAGTTA  1332

Query  967  AAGTGCCACAACAAATGCACCAAAGAAGCCCCACCCTGTCATCTTCTGATCATCCACCGAGGAGATCCAGCAAG  1040
            |||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1333  AAGTGCCACAATAAATGCACCAAAGAAGCCCCGCCCTGTCACCTCCTGATTATCCACCGAGGAGACCCAGCAAG  1406

Query 1041  GTTAGTCCGGACAGAGTCCGTTCCGTGTGACATCAACAACCCTCTACGGAAGCCACCTCGCTATTCAGACCTGC  1114
            ||||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||..|.||||||||..|.||.||||||||.||.|
Sbjct 1407  GTTAGTGCGAACGGAGTCGGTGCCCTGTGACATCAACAACCCGGTCCGGAAGCCTGCCCGATATTCAGATCTCC  1480

Query 1115  ACATCAGTCAGACGCTCCCCAAAACCAACAAAATCAACAAGGACCACATCCCTGTCCCTTACCAGCCAGACTCC  1188
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACATCAGTCAGACTCTCCCCAAAACCAACAAAATCAACAAGGACCACATCCCTGTCCCTTACCAGCCAGACTCC  1554

Query 1189  AGCAGCAACCCCTCCTCCACGACGTCCTCCACGCCCTCCTCGCCAGCACCCCCCCTCCCTCCTAGTGCCACGCC  1262
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 1555  AGCAGCAATCCCTCCTCCACGACGTCCTCCACGCCCTCCTCACCGGCACCCCCCCTCCCTCCCAGCGCCACGCC  1628

Query 1263  GCCTTCTCCCCTACACCCTTCCCCACAGTGCACACGGCAGCAGAAGAACTTCAACCTGCCAGCATCCCACTACT  1336
            ||||||||||||.|||||.|||||.||||||.|..|.|||.|.||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1629  GCCTTCTCCCCTGCACCCCTCCCCGCAGTGCCCGAGACAGAAAAAGAACTTCAACCTGCCAGCTTCCCACTACT  1702

Query 1337  ACAAATACAAGCAGCAGTTCATCTTCCCAGATGTGGTGCCGGTGCCGGAGACGCCGACCCGGGCGCCCCAGGTC  1410
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 1703  ACAAATACAAGCAACAGTTCATCTTCCCAGATGTGGTGCCTGTACCAGAGACACCCACCCGGGCACCCCAAGTC  1776

Query 1411  ATCCTGCATCCGGTGACCTCGAATCCAATCTTGGAAGGAAATCCATTACTTCAAATTGAAGTGGAGCCAACGTC  1484
            |||||||||||.||.|||||.|||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1777  ATCCTGCATCCTGTCACCTCAAATACAATCTTGGAAGGAAACCCATTACTTCAAATTGAAGTGGAACCAACCTC  1850

Query 1485  GGAGAATGAAGAGGTCCATGATGAGGCCGAAGAGTCAGAGGATGACTTCGAGGAGATGAACCTGTCCCTCCTCT  1558
            .|||||.||||||..|||..||||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 1851  CGAGAACGAAGAGAGCCACAATGAAGCAGAGGAGTCCGAGGACGAGTTTGAAGAGATGAACCTATCCCTCCTCT  1924

Query 1559  CGGCCCGGAGCTTCCCACGCAAGGCCAGCCAGACCAGCATCTTCCTTCAGGAGTGGGACATCCCCTTTGAGCAG  1632
            |.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 1925  CAGCCCGGAGCTTCCCACGCAAAGCCAGCCAGACCAGCATCTTCCTTCAGGAGTGGGACATCCCGTTTGAACAG  1998

Query 1633  CTGGAGATCGGCGAGCTCATTGGAAAGGGCCGCTTTGGGCAAGTGTACCACGGCCGCTGGCATGGCGAGGTGGC  1706
            ||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1999  CTAGAGATTGGCGAGCTCATCGGGAAGGGTCGCTTCGGGCAGGTTTACCACGGACGCTGGCACGGCGAGGTGGC  2072

Query 1707  CATCCGGCTGATTGACATTGAGAGGGACAACGAGGACCAGCTCAAGGCCTTCAAGCGGGAGGTGATGGCCTACA  1780
            |||||||.||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2073  CATCCGGTTGATTGACATAGAGAGGGACAATGAGGACCAGCTTAAGGCCTTCAAGCGGGAAGTGATGGCCTACA  2146

Query 1781  GGCAGACACGGCATGAGAACGTGGTGCTTTTCATGGGTGCCTGCATGAGCCCGCCTCACCTGGCCATCATCACC  1854
            |||||||..||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||.||||||||||||||
Sbjct 2147  GGCAGACGAGGCACGAGAACGTGGTGCTCTTCATGGGAGCCTGCATGAGCCCACCCCACTTGGCCATCATCACC  2220

Query 1855  AGCCTCTGTAAGGGACGGACGCTCTATTCCGTTGTGAGGGATGCCAAAATCGTTTTGGATGTCAACAAAACCAG  1928
            ||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGCCTCTGTAAGGGACGGACACTCTACTCTGTGGTGAGGGACGCCAAGATTGTCTTGGATGTCAACAAAACCAG  2294

Query 1929  GCAGATTGCTCAAGAAATTGTGAAGGGCATGGGCTACCTCCACGCCAAGGGAATCCTACACAAGGACCTCAAGT  2002
            ||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 2295  GCAGATCGCGCAAGAGATTGTAAAGGGCATGGGCTACCTCCACGCCAAGGGGATCCTTCATAAGGACCTCAAAT  2368

Query 2003  CAAAGAACGTCTTCTATGACAACGGCAAAGTGGTCATCACGGACTTTGGACTCTTCAGCATTTCTGGGGTGCTG  2076
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2369  CGAAGAACGTCTTCTATGACAACGGCAAAGTGGTCATCACAGACTTTGGGCTCTTCAGCATTTCCGGGGTGCTG  2442

Query 2077  CAGGCTGGCAGGCGGGAGGACAAACTGCGCATCCAGAATGGCTGGCTATGCCACCTGGCACCAGAGATCATCCG  2150
            |||||||||.|||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 2443  CAGGCTGGCCGGCGGGACGACAAACTGCGGATCCAGAACGGCTGGCTGTGTCACCTGGCCCCAGAAATCATCCG  2516

Query 2151  CCAGCTGTCCCCCGACACAGAGGAGGATAAGCTCCCCTTCTCCAAGCACTCTGACGTCTTTGCCCTTGGCACAA  2224
            ||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|
Sbjct 2517  CCAGCTGTCCCCTGACACAGAAGAGGACAAGCTCCCATTCTCCAAGCACTCGGATGTCTTTGCGCTTGGCACCA  2590

Query 2225  TCTGGTATGAACTCCACGCCAGGGAATGGCCTTTCAAGACCCAACCAGCAGAGGCAATAATCTGGCAAATGGGC  2298
            ||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 2591  TCTGGTATGAGCTCCACGCCAGGGAGTGGCCATTCAAGACCCAACCAGCAGAGGCAATCATTTGGCAGATGGGC  2664

Query 2299  ACAGGCATGAAACCCAACCTCAGCCAGATTGGCATGGGAAAAGAAATCTCGGACATTCTTCTCTTCTGCTGGGC  2372
            ||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 2665  ACGGGAATGAAGCCCAACCTCAGCCAGATTGGCATGGGAAAAGAAATCTCGGACATACTGCTCTTCTGCTGGGC  2738

Query 2373  CTTTGAACAAGAAGAGAGACCTACCTTCACCAAGCTCATGGACATGCTGGAGAAACTGCCAAAGCGAAACCGTC  2446
            |||.||.||.||||||.|.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2739  CTTCGAGCAGGAAGAGCGGCCCACCTTTACCAAGCTCATGGACATGCTAGAGAAACTGCCAAAGCGAAACCGCC  2812

Query 2447  GCCTGTCTCACCCTGGACATTTCTGGAAGTCTGCAGAGCTG  2487
            |||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  GCCTGTCGCACCCCGGACATTTCTGGAAGTCTGCAGAGCTG  2853