Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13795
• Subject: NM_020800.3
• Aligned Length: 2913
• Identities: 2176
• Gaps: 651

Alignment

Query    1  ATGCACAATTTTGAGGAAGAGTTAACTTGTCCCATATGTTATAGTATTTTTGAAGATCCTCGTGTACTGCCATG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CTCTCATACATTTTGTAGAAATTGTTTGGAAAACATTCTTCAGGCATCTGGTAACTTTTATATATGGAGACCTT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TACGAATTCCACTCAAGTGCCCTAATTGCAGAAGTATTACTGAAATTGCTCCAACTGGCATTGAATCTTTACCT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GTTAATTTTGCACTAAGGGCTATTATTGAAAAGTACCAGCAAGAAGACCATCCAGATATTGTCACCTGCCCTGA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ACATTACAGGCAACCATTAAATGTTTACTGTCTATTAGATAAAAAATTAGTTTGTGGTCATTGCCTTACCATAG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GTCAACATCATGGTCATCCTATAGATGACCTTCAAAGTGCCTATTTGAAAGA---AAAGGACACTCCTCAAAAA  441
                     |||   |..|||.|||| |.||         || |||.|||||   ||||      |.||||.||
Sbjct    1  ---------ATG---AGACTAAAGAT-ATCT---------CT-TTTAAAAGAACCAAAG------CATCAAGAA  45

Query  442  CTGCTTGAACAGT----TGACTGACACACACTGGACAGATCTTACCCATCTTATTGAAAAGCCGAAAGAACAAA  511
            .|        |||    ||..||     ..||||||      |||      |..||||.|||.|.|        
Sbjct   46  TT--------AGTAAGCTGTGTG-----GGCTGGAC------TAC------TGCTGAAGAGCTGTA--------  86

Query  512  AATCTCATTCTGAGAAAATGAT--CCAAGGCGATA------AGGAAGCTGTTCTCCAGTATTTTAAGGAGCTTA  577
               .||||...|.|   |||||  |||    ||||      .||||..||||..||||                
Sbjct   87  ---TTCATGTAGTG---ATGATCACCA----GATAGTGAAGTGGAACTTGTTAACCAG----------------  134

Query  578  ATGATACATTAGAACAGAAAAAAAAAAGTTTCCTAACGGCTCTCTGTGATGTTGGCAATCTA----ATTAATCA  647
             |||.||     |||..|||.|..||||.|||||.|          ||||       ||.||    |||     
Sbjct  135  -TGAAAC-----AACTCAAATAGTAAAGCTTCCTGA----------TGAT-------ATTTACCCTATT-----  180

Query  648  AGAATAT-AC-----TCCACAAA--TTG-----AAAGAATGAAGGA-AATACGAGAGCAG-CAGCTTGAATTAA  706
             ||.|.| ||     ||||.|||  |||     ||||||      | ||..|.|| |||| .|||||       
Sbjct  181  -GATTTTCACTGGTTTCCAAAAAGTTTGGGTGTAAAGAA------ACAAACCCAG-GCAGAAAGCTT-------  239

Query  707  TGGCACTGACAATATCTTTACAAGAAGAGTCTCCACTTAAATTTCTTGAAA-----AAGTTGATGATGTACGCC  775
            ||.| ||.||||..|||      ||.|         .||||||||.|...|     |||||             
Sbjct  240  TGTC-CTCACAAGTTCT------GATG---------GTAAATTTCATCTGATTTCCAAGTT-------------  284

Query  776  AGCATGTACAGATCTTGAAACAAAGACCACTTCCTGAGGTTCAACCCGTTGAAATTTATCCTCG-AGTAAGCAA  848
               |.|.|.||    ||.||.||||      |...||.|.|||  |.||.||           | ||||     
Sbjct  285  ---AGGAAGAG----TGGAAAAAAG------TGTAGAAGCTCA--CTGTGGA-----------GCAGTA-----  327

Query  849  AATATTGAAAGAAGA-------ATGGAGCAGAACAG---------AAATTGGACAA-ATTAAGAACGTTCTCAT  905
               .|||.|.|||||       |||.||  ||||||         .|.|||||.|| ||   |.||        
Sbjct  328  ---CTTGCAGGAAGATGGAATTATGAAG--GAACAGCATTAGTTACAGTTGGAGAAGAT---GGAC--------  385

Query  906  TCCCAAAATGAAAATTTCTCCAAAAA---GGATG------TCATGTT---CCTGGCCTGGAACACCAGTGTATT  967
                 ||||.|||||||...||||.|   |||||      |||..||   |...||..||||||||||||||||
Sbjct  386  -----AAATAAAAATTTGGTCAAAGACTGGGATGCTTAGATCAACTTTAGCTCAGCAAGGAACACCAGTGTATT  454

Query  968  CAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAATCATTAAACCTCTTCAA  1041
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  455  CAGTAGCGTGGGGCCCTGATTCAGAAAAGGTTCTTTATACAGCAGGCAAGCAGCTAATCATTAAACCTCTTCAA  528

Query 1042  CCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATTGGAACTCGGTCAATGA  1115
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  529  CCAAATGCTAAAGTTTTGCAGTGGAAAGCTCATGATGGCATTATTTTAAAAGTAGATTGGAACTCGGTCAATGA  602

Query 1116  TCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGCCCACTGTACAATTCAC  1189
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  603  TCTTATTTTATCTGCTGGTGAAGACTGTAAATATAAGGTATGGGATAGTTACGGCCGCCCACTGTACAATTCAC  676

Query 1190  AACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGCTGTTGGATCGTTTCAT  1263
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  677  AACCTCATGAGCATCCCATTACTTCAGTTGCCTGGGCTCCAGATGGAGAATTATTTGCTGTTGGATCGTTTCAT  750

Query 1264  ACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTGGCAGCATATTTAATAT  1337
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  751  ACTTTACGCTTGTGTGATAAAACTGGGTGGTCATATGCATTAGAAAAACCCAACACTGGCAGCATATTTAATAT  824

Query 1338  TGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTTTTTGCACATGTGGTGG  1411
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  825  TGCATGGTCTATCGATGGCACTCAGATTGCTGGAGCCTGTGGAAATGGACATGTCGTTTTTGCACATGTGGTGG  898

Query 1412  AACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCAGGTTCGTAATGTTCTT  1485
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  899  AACAACATTGGGAGTGGAAAAATTTTCAAGTAACATTAACGAAAAGAAGAGCCATGCAGGTTCGTAATGTTCTT  972

Query 1486  AATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACTATGCACACTTAGTTGT  1559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  973  AATGATGCAGTGGATTTACTGGAATTCCGTGATAGAGTCATTAAAGCATCTTTGAACTATGCACACTTAGTTGT  1046

Query 1560  TTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATATTTGATCTCAAAGAAG  1633
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1047  TTCAACGTCTCTTCAATGTTACGTGTTCTCCACGAAGAACTGGAACACACCAATTATATTTGATCTCAAAGAAG  1120

Query 1634  GAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAGTATCTATTTATATTCA  1707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121  GAACTGTTAGTTTGATTCTGCAGGCAGAAAGACATTTTCTTCTTGTAGATGGTAGTAGTATCTATTTATATTCA  1194

Query 1708  TATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGAATGCACAGACTGTGTC  1781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195  TATGAAGGGCGCTTTATTTCATCTCCAAAATTTCCTGGAATGAGAACAGATATTCTGAATGCACAGACTGTGTC  1268

Query 1782  TTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTCTTTGAGGCATCAACCG  1855
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269  TTTGAGTAATGATACCATAGCAATAAGAGACAAAGCTGATGAAAAAATAATCTTCCTCTTTGAGGCATCAACCG  1342

Query 1856  GAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGCTCTGGATCAAAAAGGA  1929
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343  GAAAGCCGTTAGGTGATGGAAAGTTTCTTTCTCATAAGAATGAAATCTTGGAAATTGCTCTGGATCAAAAAGGA  1416

Query 1930  CTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTTCTGTGAAACGATTTGG  2003
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1417  CTTACCAATGATAGAAAAATTGCTTTCATTGATAAAAATAGAGATCTCTGTATCACTTCTGTGAAACGATTTGG  1490

Query 2004  GAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGATACATGCAATATCCTTT  2077
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491  GAAGGAAGAACAAATTATCAAGCTTGGAACAATGGTGCATACTTTGGCATGGAACGATACATGCAATATCCTTT  1564

Query 2078  GTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGACAGAGACATTTTGCCT  2151
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565  GTGGACTTCAAGATACTCGATTTATAGTGTGGTATTACCCCAATACAGTTTATGTGGACAGAGACATTTTGCCT  1638

Query 2152  AAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTTTTGTTGGAAATCAAGT  2225
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639  AAAACATTATATGAAAGGGATGCAAGTGAATTTAGTAAAAATCCCCATATTGTGAGTTTTGTTGGAAATCAAGT  1712

Query 2226  AACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCTATTCTCCATGAATATG  2299
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1713  AACTATTAGAAGAGCTGATGGCTCCCTGGTTCACATCAGCATAACACCATATCCTGCTATTCTCCATGAATATG  1786

Query 2300  TAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAACCATGTGGGCTTGTCTA  2373
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787  TAAGCAGTTCAAAATGGGAAGATGCTGTGAGACTTTGTCGCTTTGTTAAGGAGCAAACCATGTGGGCTTGTCTA  1860

Query 2374  GCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAGTAGCCTATGCAGCAATTGGTGAAATTGATAA  2447
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861  GCTGCTATGGCAGTTGCTAATCGAGATATGACTACTGCAGAAATAGCCTATGCAGCAATTGGTGAAATTGATAA  1934

Query 2448  GGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCACATACTACTGTTTAGTG  2521
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935  GGTTCAGTACATCAATTCTATAAAAAATCTTCCATCTAAAGAATCAAAAATGGCCCACATACTACTGTTTAGTG  2008

Query 2522  GGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAATCCAGATCAATATTAAT  2595
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2009  GGAACATACAGGAGGCTGAAATAGTACTTCTTCAGGCTGGCCTTGTTTATCAAGCAATCCAGATCAATATTAAT  2082

Query 2596  CTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATACAGTTCTTGCTTACCG  2669
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083  CTCTACAACTGGGAAAGGGCACTGGAATTGGCTGTAAAATACAAAACACATGTTGATACAGTTCTTGCTTACCG  2156

Query 2670  TCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTATGCAGAAGGTCTCCAAA  2743
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157  TCAAAAGTTTTTGGAGACATTTGGTAAACAGGAAACTAATAAACGATACTTGCATTATGCAGAAGGTCTCCAAA  2230

Query 2744  TAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCAATCATCAAGCAGCCAA  2817
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231  TAGATTGGGAGAAAATCAAAGCCAAAATTGAGATGGAAATTACAAAAGAAAGAGAGCAATCATCAAGCAGCCAA  2304

Query 2818  TCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC  2844
            |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305  TCCAGCAAGAGTATAGGTTTAAAGCCC  2331