Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_13825
• Subject: XR_001750611.2
• Aligned Length: 1643
• Identities: 1134
• Gaps: 506

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ACAAAGGTGAATGCGGTTCATGAGGCTCGCTTGATTAAGAAGAGCTGAAACAGGAGCAAAGAGCAAAAGGCAAC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CTGCAGCGAAAGCAAGGACTCAGGGAACCGGCAGACACAAGCAGCCTCTGCAGGTGTGCGAGCAGGATTGCTTC  148

Query    1  ----------------------------------------ATGGCCAGTGCTTGGGGCACAGTCTTTTTCATGC  34
                                                    |||||||.|.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGCAACAAAAGCCTCCACCCAGCCACATCTTGGGAAAAGAATGGCCACTTCTTGGGGCACAGTCTTTTTCATGC  222

Query   35  TGGTGGTATCCTGTGTTTGCAGCGCTGTCTCCCACAGGAACCAGCAGACTTGGTTTGAGGGTATCTTCCTGTCT  108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TGGTGGTATCCTGTGTTTGCAGCGCTGTCTCCCACAGGAACCAGCAGACTTGGTTTGAGGGTATCTTCCTGTCT  296

Query  109  TCCATGTGCCCCATCAATGTCAGCGCCAGCACCTTGTATGGAATTATGTTTGATGCAGGGAGCACTGGAACTCG  182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCCATGTGCCCCATCAATGTCAGCGCCAGCACCTTGTATGGAATTATGTTTGATGCAGGGAGCACTGGAACTCG  370

Query  183  AATTCATGTTTACACCTTTGTGCAGAAAATGCCAGGACAGCTTCCAATTCTAGAAGGGGAAGTTTTTGATTCTG  256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AATTCATGTTTACACCTTTGTGCAGAAAATGCCAGGACAGCTTCCAATTCTAGAAGGGGAAGTTTTTGATTCTG  444

Query  257  TGAAGCCAGGACTTTCTGCTTTTGTAGATCAACCTAAGCAGGGTGCTGAGACCGTTCAAGGGCTCTTAGAGGTG  330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TGAAGCCAGGACTTTCTGCTTTTGTAGATCAACCTAAGCAGGGTGCTGAGACCGTTCAAGGGCTCTTAGAGGTG  518

Query  331  GCCAAAGACTCAATCCCCCGAAGTCACTGGAAAAAGACCCCAGTGGTCCTAAAGGCAACAGCAGGACTACGCTT  404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCCAAAGACTCAATCCCCCGAAGTCACTGGAAAAAGACCCCAGTGGTCCTAAAGGCAACAGCAGGACTACGCTT  592

Query  405  ACTGCCAGAACACAAAGCCAAGGCTCTGCTCTTTGAGGTAAAGGAGATCTTCAGGAAGTCACCTTTCCTGGTAC  478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACTGCCAGAACACAAAGCCAAGGCTCTGCTCTTTGAGGTAAAGGAGATCTTCAGGAAGTCACCTTTCCTGGTAC  666

Query  479  CAAAGGGCAGTGTTAGCATCATGGATGGATCCGACGAAGGCATATTAGCTTGGGTTACTGTGAATTTTCTGACA  552
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAAAGGGCAGTGTTAGCATCATGGATGGATCCGACGAAGGCATATTAGCTTGGGTTACTGTGAATTTTCTGACA  740

Query  553  GGTCAGCTGCATGGCCACAGACAGGAGACTGTGGGGACCTTGGACCTAGGGGGAGCCTCCACCCAAATCACGTT  626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGTCAGCTGCATGGCCACAGACAGGAGACTGTGGGGACCTTGGACCTAGGGGGAGCCTCCACCCAAATCACGTT  814

Query  627  CCTGCCCCAGTTTGAGAAAACTCTGGAACAAACTCCTAGGGGCTACCTCACTTCCTTTGAGATGTTTAACAGCA  700
            ||||||||||||||                                                            
Sbjct  815  CCTGCCCCAGTTTG------------------------------------------------------------  828

Query  701  CTTATAAGCTCTATACACATAGTTACCTGGGATTTGGATTGAAAGCTGCAAGACTAGCAACCCTGGGAGCCCTG  774
                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  829  --------------------AGTTACCTGGGATTTGGATTGAAAGCTGCAAGACTAGCAACCCTGGGAGCCCTG  882

Query  775  GAGACAGAAGGGACTGATGGGCACACTTTCCGGAGTGCCTGTTTACCGAGATGGTTGGAAGCAGAGTGGATCTT  848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  883  GAGACAGAAGGGACTGATGGGCACACTTTCCGGAGTGCCTGTTTACCGAGATGGTTGGAAGCAGAGTGGATCTT  956

Query  849  TGGGGGTGTGAAATACCAGTATGGTGGCAACCAAGAAGGGGAGGTGGGCTTTGAGCCCTGCTATGCCGAAGTGC  922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  957  TGGGGGTGTGAAATACCAGTATGGTGGCAACCAAGAAGGGGAGGTGGGCTTTGAGCCCTGCTATGCCGAAGTGC  1030

Query  923  TGAGGGTGGTACGAGGAAAACTTCACCAGCCAGAGGAGGTCCAGAGAGGTTCCTTCTATGCTTTCTCTTACTAT  996
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031  TGAGGGTGGTACGAGGAAAACTTCACCAGCCAGAGGAGGTCCAGAGAGGTTCCTTCTATGCTTTCTCTTACTAT  1104

Query  997  TATGACCGAGCTGTTGACACAGACATGATTGATTATGAAAAGGGGGGTATTTTAAAAGTTGAAGATTTTGAAAG  1070
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  TATGACCGAGCTGTTGACACAGACATGATTGATTATGAAAAGGGGGGTATTTTAAAAGTTGAAGATTTTGAAAG  1178

Query 1071  AAAAGCCAGGGAAGTGTGTGATAACTTGGAAAACTTCACCTCAGGCAGTCCTTTCCTGTGCATGGATCTCAGCT  1144
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179  AAAAGCCAGGGAAGTGTGTGATAACTTGGAAAACTTCACCTCAGGCAGTCCTTTCCTGTGCATGGATCTCAGCT  1252

Query 1145  ACATCACAGCCCTGTTAAAGGATGGCTTTGGCTTTGCAGACAGCACAGTCTTACAGC---------------AC  1203
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||
Sbjct 1253  ACATCACAGCCCTGTTAAAGGATGGCTTTGGCTTTGCAGACAGCACAGTCTTACAGCTCACAAAGAAAGTGAAC  1326

Query 1204  ATCATCA-------GCTGGG--TAAAT-----------------------------------------------  1221
            |.||| |       ||||||  |   |                                               
Sbjct 1327  AACAT-AGAGACGGGCTGGGCCT---TGGGGGCCACCTTTCACCTGTTGCAGTCTCTGGGCATCTCCCATTGAG  1396

Query 1222  --------------------------------------------------------------------------  1221
                                                                                      
Sbjct 1397  GCCACGTACTTCCTTGGAGACCTGCATTTGCCAACACCTTTTTAAGGGGAGGAGAGAGCACTTAGTTTCTGAAC  1470

Query 1222  --------------------------------------------------------------------------  1221
                                                                                      
Sbjct 1471  TAGTCTGGGGACATCCTGGACTTGAGCCTAGAGATTTAGGTTTAATTAATTTTACACATCTAATGTGAACTGCT  1544

Query 1222  ---------------  1221
                           
Sbjct 1545  GCCTAACCACTCAAG  1559