Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14052
• Subject: NM_001193529.3
• Aligned Length: 1590
• Identities: 1475
• Gaps: 112

Alignment

Query    1  ATGGCTGCGAT-AAGGCCGTCAACTCCAAGGCTGAGGTGGCGCGGGCCCAGGCAGCTTTGGCTGTCAATATATG  73
            ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGCGATAAAGGCCGTCAACTCCAAGGCTGAGGTGGCGCGGGCCCGGGCAGCTTTGGCTGTCAATATATG  74

Query   74  CGCCGCCCGAGGGCTGCAGGATGTGCTGCGGACCAACTTGGGTCCTAAAGGCACCATGAAAATGCTTGCTTCTG  147
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct   75  CGCCGCCCGAGGGCTGCAGGATGTGCTGCGGACCAACTTGGGTCCTAAAGGCACCATGAAAATGCTTGTTTCTG  148

Query  148  GTGCAGGTGACATCAAACTCACCAAAGATGGCAATGTACTGCTCGATGAGATGCAAATTCAACATCCAACAGCT  221
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GTGCAGGTGACATCAAACTCACCAAAGATGGCAATGTGCTGCTCGATGAGATGCAAATTCAACATCCAACAGCT  222

Query  222  TCCTTGATAGCAAAAGTAGCAACAGCTCAGGATGACGTCACAGGAGATGGTACTACTTCAAATGTTCTAATTAT  295
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCCTTGATAGCAAAAGTAGCAACAGCTCAGGATGACGTCACAGGAGATGGTACTACTTCAAATGTTCTAATTAT  296

Query  296  TGGAGAGTTATTAAAACAAGCTGACCTGTACATTTCTGAGGGCCTGCACCCTAGAATAATAGCTGAAGGATTTG  369
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGGAGAGTTATTAAAACAAGCTGACCTGTACATTTCTGAGGGCCTGCACCCTAGAATAATAGCTGAAGGATTTG  370

Query  370  AAGCTGCAAAGATAAAAGCACTTGAAGTTTTGGAGGAAGTTAAAGTGACAAAGGAGATGAAAAGAAAAATCCTC  443
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGCTGCAAAGATAAAAGCACTTGAAGTTTTGGAGGAAGTTAAAGTGACAAAGGAGATGAAAAGAAAAATCCTC  444

Query  444  TTAGATGTAGCTAGAACATCATTACAAACTAAAGTTCATGCTGAACTGGCTGATGTCTTAACAGAGGTTGTGGT  517
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTAGATGTAGCTAGAACATCATTACAAACTAAAGTTCATGCTGAACTGGCTGATGTCTTAACAGAGGTTGTGGT  518

Query  518  GGATTCTGTTTTGGCTGTTAGAAGACCAGGTTACCCTATTGATCTCTTCATGGTAGAAATAATGGAGATGAAGC  591
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGATTCTGTTTTGGCTGTTAGAAGACCAGGTTACCCTATTGATCTCTTCATGGTAGAAATAATGGAGATGAAGC  592

Query  592  ATAAATTAGGAACAGATACAAAGTTGATCCAAGGATTAGTTTTGGATCATGGTGCCCGTCATCCAGATATGAAG  665
            ||||||||||||||||||||||                                                    
Sbjct  593  ATAAATTAGGAACAGATACAAA----------------------------------------------------  614

Query  666  AAGCGAGTAGAAGATGCATTTATCCTTATTTGCAACGTTTCACTGGAATATGAAAAAACAGAGGTGAACTCTGG  739
                                                                       |||||||||||||||
Sbjct  615  -----------------------------------------------------------AGAGGTGAACTCTGG  629

Query  740  TTTCTTTTATAAGACTGCAGAAGAGAAAGAGAAATTGGTAAAAGCTGAAAGAAAATTTATTGAAGATAGAGTAC  813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  630  TTTCTTTTATAAGACTGCAGAAGAGAAAGAGAAATTGGTAAAAGCTGAAAGAAAATTTATTGAAGATAGAGTAC  703

Query  814  AAAAAATAATAGACCTGAAGGACAAAGTCTGTGCTCAGTCAAATAAAGGATTTGTCGTCATTAATCAAAAGGGA  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  704  AAAAAATAATAGACCTGAAGGACAAAGTCTGTGCTCAGTCAAATAAAGGATTTGTCGTCATTAATCAAAAGGGA  777

Query  888  ATTGATCCATTTTCCTTAGATTCTCTTGCAAAACATGGAATAGTAGCTCTTCGCAGAGCAAAAAGAAGAAATAT  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  778  ATTGATCCATTTTCCTTAGATTCTCTTGCAAAACATGGAATAGTAGCTCTTCGCAGAGCAAAAAGAAGAAATAT  851

Query  962  GGAAAGACTCTCTCTTGCTTGTGGTGGAATGGCCGTGAATTCTTTTGAAGATCTCACTGTAGATTGCTTGGGAC  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  852  GGAAAGACTCTCTCTTGCTTGTGGTGGAATGGCCGTGAATTCTTTTGAAGATCTCACTGTAGATTGCTTGGGAC  925

Query 1036  ATGCTGGTCTTGTGTATGAGTATACATTAGGTGAAGAAAAGTTCACTTTTATTGAGGAGTGTGTTAACCCTTGC  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  926  ATGCTGGTCTTGTGTATGAGTATACATTAGGTGAAGAAAAGTTCACTTTTATTGAGGAGTGTGTTAACCCTTGC  999

Query 1110  TCTGTTACCTTGTTGGTTAAAGGACCAAATAAGCATACTCTCACACAAGTCAAGGATGCCATAAGAGATGGACT  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000  TCTGTTACCTTGTTGGTTAAAGGACCAAATAAGCATACTCTCACACAAGTCAAGGATGCCATAAGAGATGGACT  1073

Query 1184  TCGTGCTATCAAAAATGCCATTGAAGATGGTTGTATGGTTCCTGGAGCTGGTGCAATTGAAGTGGCAATGGCTG  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074  TCGTGCTATCAAAAATGCCATTGAAGATGGTTGTATGGTTCCTGGAGCTGGTGCAATTGAAGTGGCAATGGCTG  1147

Query 1258  AAGCTCTTGTTACATATAAGAACAGTATAAAAGGAAGAGCTCGTCTTGGAGTCCAAGCTTTTGCTGATGCCTTA  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148  AAGCTCTTGTTACATATAAGAACAGTATAAAAGGAAGAGCTCGTCTTGGAGTCCAAGCTTTTGCTGATGCCTTA  1221

Query 1332  CTCATTATTCCCAAGGTTCTTGCTCAGAATGCTGGTTATGACCCACAGGAAACATTAGTAAAAGTTCAGGCTGA  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222  CTCATTATTCCCAAGGTTCTTGCTCAGAATGCTGGTTATGACCCACAGGAAACATTAGTAAAAGTTCAGGCTGA  1295

Query 1406  GCATGTCGAGTCAAAACAACTTGTGGGCGTAGATTTGAATACAGGTGAGCCAATGGTAGCAGCAGATGCAGGAG  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296  GCATGTCGAGTCAAAACAACTTGTGGGCGTAGATTTGAATACAGGTGAGCCAATGGTAGCAGCAGATGCAGGAG  1369

Query 1480  TTTGGGATAATTATTGTGTAAAAAAACAACTTCTTCACTCTTGCACAGTGATTGCCACCAACATTCTCCTGGTT  1553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370  TTTGGGATAATTATTGTGTAAAAAAACAACTTCTTCACTCTTGCACAGTGATTGCCACCAACATTCTCCTGGTT  1443

Query 1554  GATGAAATTATGCGAGCTGGGATGTCTTCTCTCAAA  1589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444  GATGAAATTATGCGAGCTGGGATGTCTTCTCTCAAA  1479