Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14123
• Subject: NM_001168491.1
• Aligned Length: 1409
• Identities: 1259
• Gaps: 5

Alignment

Query    1  ATGGATGTAGAAAATGAGCAGATACTGAATGTAAACCCTGCAGATCCTGATAACTTAAGTGACTCTCTCTTTTC  74
            ||||||.|||||||||||||||.|||||||||.|||||..|.||.|||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGATATAGAAAATGAGCAGACACTGAATGTGAACCCCACTGACCCTGACAATTTAAGCGACTCTCTCTTTTC  74

Query   75  CGGTGATGAAGAAAATGCTGGGACTGAGGAAGTAAAGAATGAAATAAATGGAAATTGGATTTCAGCA--TACTC  146
            .||.|||||||||||||||||.|||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||  |||| 
Sbjct   75  TGGAGATGAAGAAAATGCTGGCACTGAAGAAATAAAGAATGAAATAAATGGAAATTGGATTTCCGCATCTACT-  147

Query  147  CATTAACGAAGCTAGAATTAATGCCAAGGCAAAAAGGCGACTAAGGAAAAACTCATCCCGGGACTCTGGCAGAG  220
             |||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||..|||||||.||||||||||||||||||.|||
Sbjct  148  -ATTAATGAAGCTAGAATCAATGCAAAAGCCAAAAGACGACTGCGGAAAAATTCATCCCGGGACTCTGGCCGAG  220

Query  221  GCGATTCGGTCAGCGACAGTGGGAGTGACGCCCTTAGAAGTGGATTAACTGTGCCAACCAGTCCAAAGGGAAGG  294
            |.||.||.|||||.||||.|||.|||||.||..|||||||||||.|..|||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct  221  GAGACTCAGTCAGTGACAATGGAAGTGAAGCGGTTAGAAGTGGAGTTGCTGTGCCCACCAGTCCAAAAGGAAGG  294

Query  295  TTGCTGGATAGGCGATCCAGATCTGGGAAAGGAAGGGGACTACCAAAGAAAGGTGGTGCAGGAGGCAAAGGTGT  368
            |||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct  295  TTGCTAGATAGGCGGTCCAGATCTGGGAAAGGAAGGGGGCTGCCAAAGAAAGGTGGTGCAGGCGGCAAGGGTGT  368

Query  369  CTGGGGTACACCTGGACAGGTGTATGATGTGGAGGAGGTGGATGTGAAAGATCCTAACTATGATGATGACCAGG  442
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct  369  CTGGGGCACACCTGGACAGGTGTATGATGTGGAAGAGGTGGATGTGAAAGATCCAAACTATGATGACGACCAGG  442

Query  443  AGAACTGTGTTTATGAAACTGTAGTTTTGCCTTTGGATGAAAGGGCATTTGAGAAGACTTTAACACCAATCATA  516
            |||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||.|..|||||||||||||||.||||||||||.|||
Sbjct  443  AGAACTGTGTTTATGAAACTGTAGTTTTGCCCCTGGATGAGACCGCATTTGAGAAGACTCTAACACCAATTATA  516

Query  517  CAGGAATATTTTGAGCATGGAGATACTAATGAAGTTGCGGAAATGTTAAGAGATTTAAATCTTGGTGAAATGAA  590
            ||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||
Sbjct  517  CAGGAATACTTTGAGCATGGAGATACAAATGAAGTTGCGGAGATGTTAAGAGACTTAAACCTTGGGGAGATGAA  590

Query  591  AAGTGGAGTACCAGTGTTGGCAGTATCCTTAGCATTGGAGGGGAAGGCTAGTCATAGAGAGATGACATCTAAGC  664
            .|||||.||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.||..|.|||||||||||.||||
Sbjct  591  GAGTGGCGTGCCGGTGTTGGCAGTGTCCTTAGCCTTGGAGGGGAAGGCCAGCCACCGGGAGATGACATCCAAGC  664

Query  665  TTCTTTCTGACCTTTGTGGGACAGTAATGAGCACAACTGATGTGGAAAAATCATTTGATAAATTGTTGAAAGAT  738
            |.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||.|||.||||||||.||||||||.||.|||.||||.|||
Sbjct  665  TGCTTTCTGACCTTTGCGGGACGGTGATGAGCACAAATGACGTGGAAAAGTCATTTGACAAGTTGCTGAAGGAT  738

Query  739  CTACCTGAATTAGCACTGGATACTCCTAGAGCACCACAGTTGGTGGGCCAGTTTATTGCTAGAGCTGTTGGAGA  812
            ||.|||||..||||..||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  739  CTCCCTGAGCTAGCCTTGGACACTCCTAGGGCACCGCAGTTGGTGGGCCAGTTTATTGCTAGAGCTGTTGGAGA  812

Query  813  TGGAATTTTATGTAATACCTATATTGATAGTTACAAAGGAACTGTAGATTGTGTGCAGGCTAGAGCTGCTCTGG  886
            ||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||
Sbjct  813  TGGAATCTTATGTAATACCTATATCGATAGTTACAAAGGAACTGTAGATTGTGTACAGGCTCGAGCTGCTCTGG  886

Query  887  ATAAGGCTACCGTGCTTCTGAGTATGTCTAAAGGTGGAAAGCGTAAAGATAGTGTGTGGGGCTCTGGAGGTGGG  960
            ||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||
Sbjct  887  ATAAGGCTACTGTGCTCCTGAGTATGTCCAAAGGCGGGAAGCGGAAAGACAGTGTGTGGGGATCTGGAGGCGGG  960

Query  961  CAGCAATCTGTCAATCACCTTGTTAAAGAGATTGATATGCTGCTGAAAGAATATTTACTCTCTGGAGACATATC  1034
            ||.||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  961  CAACAGCCTGTCAATCACCTTGTTAAAGAGATTGATATGCTGCTTAAAGAGTATTTACTCTCTGGAGATATATC  1034

Query 1035  TGAAGCTGAACATTGCCTTAAGGAACTGGAAGTACCTCATTTTCACCATGAGCTTGTATATGAAGCTATTATAA  1108
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||.|||
Sbjct 1035  TGAAGCTGAACACTGCCTTAAGGAACTGGAAGTACCTCATTTTCACCACGAGCTTGTATATGAAGCCATTGTAA  1108

Query 1109  TGGTTTTAGAGTCAACTGGAGAAAGTACATTTAAGATGATTTTGGATTTATTAAAGTCCCTTTGGAAGTCTTCT  1182
            ||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||||.||.|||||||||||.|||.|.||||||||||||
Sbjct 1109  TGGTTTTAGAGTCAACTGGAGAAAGTGCATTCAAGATGATCTTAGATTTATTAAAATCCTTGTGGAAGTCTTCT  1182

Query 1183  ACCATTACTGTAGACCAAATGAAAAGAGGTTATGAGAGAATTTACAATGAAATTCCGGACATTAATCTGGATGT  1256
            ||.|||||..|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1183  ACTATTACCATAGACCAAATGAAAAGAGGCTATGAGAGAATTTACAATGAAATCCCAGACATTAATCTGGATGT  1256

Query 1257  CCCACATTCATACTCTGTGCTGGAGCGGTTTGTAGAAGAATGTTTTCAGGCTGGAATAATTTCCAAACAACTCA  1330
            ||||||.|||||||||||.||.|||.|.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1257  CCCACACTCATACTCTGTTCTTGAGAGATTTGTGGAGGAATGTTTTCAGGCTGGAATAATTTCCAAACAACTCC  1330

Query 1331  GAGATCTTTGTCCTTCAAGGGGCAGAAAGCGTTTTGTAAGCGAAGGAGATGGAGGTCGTCTTAAACCAG-GAGC  1403
            |.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.| ||||
Sbjct 1331  GTGATCTTTGTCCATCAAGGGGAAGAAAGCGTTTTGTAAGTGAAGGAGATGGAGGCCGTCTTAAACCTGAGAGC  1404

Query 1404  TAC  1406
            |||
Sbjct 1405  TAC  1407