Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14460
• Subject: XR_001752484.1
• Aligned Length: 3355
• Identities: 2247
• Gaps: 1102

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GCTACTCTTCGGCAGTCAGTGGAGGAAGTGAAAAAAAACACGGGGTCACAGGTATTTCTGGAAAACTCAAACTG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TTTTTCCTCTACTCTGATACCACAAGAATCATCAGCACAGAGGAAGACTTCTGTGATCAAATGTGGTGGGAGAG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GGAGGTTTTCACCAGCACATGAGCAGTCAGTTCTGCCGCAGACTCGGCGGGTGTCCTTCGGTTCAGTTCCAACA  222

Query    1  ---------------------------------------ATGCTGCCACTGGGCTCAGAGCCCGCCCTGAATGA  35
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCGCCTGCCTGGAGAGAGGTCAGACCACAGGCGGCCACCATGCTGCCACTGGGCTCAGAGCCCGCCCTGAATGA  296

Query   36  GCTGCTGCTTCGCAAGGAGGAGGAGTGGAGGGCGCTGCAGGCACACCGCACCCAGCTGCAGGAGGCGGCTCTGC  109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GCTGCTGCTTCGCAAGGAGGAGGAGTGGAGGGCGCTGCAGGCACACCGCACCCAGCTGCAGGAGGCGGCTCTGC  370

Query  110  AGGACACACGGAGCCAGCTGGAGGAGGCGCAGGGGAAACTGCGGTGCCTGCAGGAGGACTTTGTCTACAACCTT  183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGGACACACGGAGCCAGCTGGAGGAGGCGCAGGGGAAACTGCGGTGCCTGCAGGAGGACTTTGTCTACAACCTT  444

Query  184  CAGGTGCTGGAGGAGCGGGACCTCGAGCTGGAGCGCTATGACGCCGCCTTCGCCCAGGCCAGGGAGTGGGAGGA  257
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  445  CAGGTGCTGGAGGAGCGGGACCTCGAGCTGGAGCGCTATGACGCCGCCTTCGCCCAGGCCAGGGAGTGGGAAGA  518

Query  258  GGCCAGGCGGGCAGAGGTGAGCGAGCTCAAGATAGAGGCAGCTAAGCTGAGGCAGGCGCTAGCCAGAGAGGCCA  331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGCCAGGCGGGCAGAGGTGAGCGAGCTCAAGATAGAGGCAGCTAAGCTGAGGCAGGCGCTAGCCAGAGAGGCCA  592

Query  332  GGAAGGTGGAGGAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCTGGCATTCCAGGAGCATCGCCTGGAGCTGGAGCGCGTCCAC  405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GGAAGGTGGAGGAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCTGGCATTCCAGGAGCATCGCCTGGAGCTGGAGCGCGTCCAC  666

Query  406  AGTGACAAGAATGGTGAGATTGACCACCACCGGGAACAGTATGAAAATCTAAAATGGACACTGGAGAGAAAACT  479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGTGACAAGAATGGTGAGATTGACCACCACCGGGAACAGTATGAAAATCTAAAATGGACACTGGAGAGAAAACT  740

Query  480  TGAGGAGCTCGACGGTGAGCTTGCTCTGCAGAGACAGGAACTGCTGCTGGAGTTTGAATCGAAAATGCGGAAGA  553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGAGGAGCTCGACGGTGAGCTTGCTCTGCAGAGACAGGAACTGCTGCTGGAGTTTGAATCGAAAATGCGGAAGA  814

Query  554  GGGAGCACGAATTCCGTCTGCAGGCTGACAACATGAGCAACACAGCCTTGTCCCGGGAGCTTAAGGTTAAACTA  627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGGAGCACGAATTCCGTCTGCAGGCTGACAACATGAGCAACACAGCCTTGTCCCGGGAGCTTAAGGTTAAACTA  888

Query  628  CTGCACAAAGAGCTGGAGGCTCTGAAGGAAGCCGGGGCAAAGGCTGCAGAGAGTCTGCAGAGGGCAGAGGCCAC  701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTGCACAAAGAGCTGGAGGCTCTGAAGGAAGCCGGGGCAAAGGCTGCAGAGAGTCTGCAGAGGGCAGAGGCCAC  962

Query  702  CAACGCCGAGCTGGAGAGGAAGCTCCAGAGCCGAGCCGGGGAGCTCCAGGATCTGGAGGCCATGAGCCGCGCCC  775
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CAACGCCGAGCTGGAGAGGAAGCTCCAGAGCCGAGCCGGGGAGCTCCAGGACCTGGAGGCCATGAGCCGCGCCC  1036

Query  776  GGGTAAAGGATTTAGAGGATAAACTTCACTCTGTGCAGCTAACCAGGAAGAAGGAAGAGGAAACATTTAAGAGG  849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GGGTAAAGGATTTAGAGGATAAACTTCACTCTGTGCAGCTAACCAGGAAGAAGGAAGAGGAAACATTTAAGAGG  1110

Query  850  AAGCATGAGGAGCTCGACCGTCTGGCCAGGGAGAAGGATGCAGTGCTGGTGGCGGTGAAGGGAGCCCACGTGGA  923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGCATGAGGAGCTCGACCGTCTGGCCAGGGAGAAGGATGCAGTGCTGGTGGCGGTGAAGGGAGCCCACGTGGA  1184

Query  924  GCAGCTGCAGGAGCTGCAGACCAGGGTTCTGGAGCTGCAGGCCCACTGCGAGACCCTCGAGGCGCAGCTCCGCA  997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCAGCTGCAGGAGCTGCAGACCAGGGTTCTGGAGCTGCAGGCCCACTGCGAGACCCTCGAGGCGCAGCTCCGCA  1258

Query  998  GGGCAGAGTGGAGACAGGCTGACACCGCCAAGGAGAAGGACGCTGCCATTGACCAACTTCGTGAAGATGCATCA  1071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GGGCAGAGTGGAGACAGGCTGACACCGCCAAGGAGAAGGACGCTGCCATTGACCAACTTCGTGAAGATGCATCA  1332

Query 1072  ACTGTAAAATCTGCCTGGGATGCTCAAATTGCTCAACTATCTAAGGAGATGGTCTCCAGAGACCTTCAGATTCA  1145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ACTGTAAAATCTGCCTGGGATGCTCAAATTGCTCAACTATCTAAGGAGATGGTCTCCAGAGACCTTCAGATTCA  1406

Query 1146  GACGCTGCAGGAAGAAGAGGTGAAGCTCAAGGCACAGGTGGCCCGATCCCAGCAGGACATTGAAAGGTACAAGC  1219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GACGCTGCAGGAAGAAGAGGTGAAGCTCAAGGCACAGGTGGCCCGATCCCAGCAGGACATTGAAAGGTACAAGC  1480

Query 1220  AACAGCTGTCCCTGGCAGTGGAAAGGGAGCGGAGCCTGGAGCGTGATCAGGTGCAGCTGGGCCTGGACTGGCAG  1293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AACAGCTGTCCCTGGCAGTGGAAAGGGAGCGGAGCCTGGAGCGTGATCAGGTGCAGCTGGGCCTGGACTGGCAG  1554

Query 1294  CGCCGCTGTGATGACATTGAAAGGGACCAGATCCAAAAGTCAGAGGCCCTGATTCAGGGTCTGAGCATGGCAAA  1367
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CGCCGCTGTGATGACATTGAAAGGGACCAGATCCAAAAGTCAGAGGCCCTGATTCAGGGTCTGAGCATGGCAAA  1628

Query 1368  AAGTCAGGTTGCTGCCAAGCTGCAGGAGACAGAGCAGGCGCTACAGGAGCAGGAGGTGGTGCTGAAGGCCATGA  1441
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1629  AAGTCAGGTTGCTGCCAAGCTGCAGGAGACAGAGCAGGCGCTACAGGAGCAGGAGGTGGTGCTGAAGGCCGTGA  1702

Query 1442  CCCTGGAACGAGACCAGGCCGTGCAGGCCCTGAGGATGCATGGGCTCCCCAGACCAGGGGCACAGATGCTTCTC  1515
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CCCTGGAACGAGACCAGGCCGTGCAGGCCCTGAGGATGCATGGGCTCCCCAGACCAGGGGCACAGATGCTTCTC  1776

Query 1516  AGGCAGCATGAAGAAGAAATAAGTAAAGACTTTCCATCCAGTGAGATCCAGCGGCTCCGAGAGCAGAACACGAG  1589
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AGGCAGCATGAAGAAGAAATAAGTAAAGACTTTCCATCCAGTGAGATCCAGCGGCTCCGAGAGCAGAACACGAG  1850

Query 1590  CTTGCGAAACGCGATTGCCCAGATGAGGAAAGAAATGGAGGCTCTAAGCCATCAGATTCCTCCTCCCATCCAGA  1663
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CTTGCGAAACGCGATTGCCCAGATGAGGAAAGAAATGGAGGCTCTAAGCCATCAGATTCCTCCTCCCATCCAGA  1924

Query 1664  CAGCGGCAGAGAGCACAGATGCAAACCAGCCTGACCCAGAGGCTGGGGGAGATGCCGCCACTCCTGATTATGTT  1737
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CAGCGGCAGAGAGCACAGATGCAAACCAGCCTGACCCAGAGGCTGGGGGAGATGCCGCCACTCCTGATTATGTT  1998

Query 1738  CTGGCCCTTGAAGCAGAAATACGAACTCTAAAGCATAAGTTTAAAACTCTGGAAAAGCATCTAGAAGATGTGTT  1811
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CTGGCCCTTGAAGCAGAAATACGAACTCTAAAGCATAAGTTTAAAACTCTGGAAAAGCATCTAGAAGATGTGTT  2072

Query 1812  GGATCCTTTAAAGATGTCCTCACCTCATGCTGAGTCTCAGCCCAGCGTCCGCACCTCGACAGAGACGACTGGAG  1885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GGATCCTTTAAAGATGTCCTCACCTCATGCTGAGTCTCAGCCCAGCGTCCGCACCTCGACAGAGACGACTGGAG  2146

Query 1886  GGTCTGCCCAAGCTGGTCAAGCCGGAGGGTCTGTCCAAGCTGGTCAAGCAGGAGGATCTGTCCAAGCTGGCCCA  1959
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GGTCTGCCCAAGCTGGTCAAGCCGGAGGGTCTGTCCAAGCTGGTCAAGCAGGAGGATCTGTCCAAGCTGGCCCA  2220

Query 1960  GTATCCTCTGGACTGGCACTCAGGAAGCTCGGGGACAGAGTGCAGCTCCTAAACCTGCTGGTGACACGACTCAG  2033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GTATCCTCTGGACTGGCACTCAGGAAGCTCGGGGACAGAGTGCAGCTCCTAAACCTGCTGGTGACACGACTCAG  2294

Query 2034  ACAGAAGGTGCTGCGGGAACCCCTGGAGCCGGCCGCTCTCCAGCGTGAGCTTCCCCGTGAGGTGGACCAGGTAC  2107
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  ACAGAAGGTGCTGCGGGAACCCCTGGAGCCGGCCGCTCTCCAGCGTGAGCTTCCCCGTGAGGTGGACCAGGTAC  2368

Query 2108  ACCTGGAGGTTTTGGAGCTGCGGAAGCAGGTGGCTGAGCTGGGGAAGCATCTCAGGATAGCCCAGCACGGGGGA  2181
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  ACCTGGAGGTTTTGGAGCTGCGGAAGCAGGTGGCTGAGCTGGGGAAGCATCTCAGGATAGCCCAGCACGGGGGA  2442

Query 2182  GCGGAGCCTTCAGGCAGGAAGCAGCCCCCAGCCTCGGACGCCGTGGCCCTTGGGAGAGA-GGTGGGTG----NC  2250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||.||    .|
Sbjct 2443  GCGGAGCCTTCAGGCAGGAAGCAGCCCCCAGCCTCGGACGCCGTGGCCCTTGGGAGAGAGGGTGGCTGTTGCAC  2516

Query 2251  CGC-----------------------------------------------------------------------  2253
            |.|                                                                       
Sbjct 2517  CACGCCCTCCCTCCTGCCCCTGAGGCCCGGAAGCCAGGCGAGGAGCCCAGGAGGCCTTTGGATCGCAGCCCACC  2590

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 2591  TTTGGGACAGGTGCAGCCCCATTTTACATCTCAGGACGCCAAGAGTGCCGAGGATGAGGCTCCTTCCAGACACT  2664

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 2665  TGGGAAAGCACCAGCCCCGCTCAGCACAGGTGGGCAGCAGACTTGACGCCCTGCAAGGCCCGAAGACACAACAC  2738

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 2739  AGCATCCACACGGTGACCTGTAAATCACCTCGGCAGAAAGAAGACAGGTCCCCAAAGCCACCCCAGGCTCCCCA  2812

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 2813  GCACCCTGAGGAGCATGGTCGCCAATCCCACAGCTCCTCCTCCTTTGCCAGTGGCACCCTCCAGGACATGTGGA  2886

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 2887  GGTTGCTAGACCTGGGATCCAGCCCTTCTGGTGTCACCTCCCAGGGTGACTCAACTCCAGAGCTCCCAGCTCCT  2960

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 2961  CCAGCAGCCGACAGGAGGCCCGTCAAGATGCAGGCAGGCATTGCCACCCCAGGGATGAAGACAGCAGCCCAGGC  3034

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 3035  AAAGGCCAAGACCACAGGAGCCTCCCGGTCTCATCCTGCAAAAGCTAAAGGCTGCCAGAGGCCCCCCAAGATCC  3108

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 3109  GTAACTACAACATTATGGACTGACTTCCTCCCCCCACCCCGCCCCACTAAGGGGTGCTCGGGGCCTCCGCATGG  3182

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 3183  TGCCTGTGCTTTCACCTACGTGTTGTGGGGGGGTGTGGGCACAGCGTGCAGGGTGGAGGCAGGGAGCTGCAGGG  3256

Query 2254  --------------------------------------------------------------------------  2253
                                                                                      
Sbjct 3257  CAGGCTCCCAAATGCTGCTGAGGCGACCCTGCTGACTGAAGGCCTCCCTGAGCACAGGGCCCATTAAAACCAGG  3330

Query 2254  -------------------------  2253
                                     
Sbjct 3331  TTCCTCCCTGGGGCGTCTGCTTGGC  3355