Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14563
• Subject: NM_001039138.2
• Aligned Length: 1578
• Identities: 1211
• Gaps: 93

Alignment

Query    1  ATGGCCACCACGGTGACCTGCACCCGCTTCACCGACGAGTACCAGCTCTACGAGGATATTGGCAAGGGGGCTTT  74
            |||||||||||.|..|||||||||||||||||||||||.||||||||.|.||||||..|.||||||||.||.||
Sbjct    1  ATGGCCACCACCGCCACCTGCACCCGCTTCACCGACGACTACCAGCTTTTCGAGGAGCTCGGCAAGGGTGCCTT  74

Query   75  CTCTGTGGTCCGACGCTGTGTCAAG-----CTCTGCACCGGCCATGAGTATGCAGCCAAGATCATCAACACCAA  143
            |||.||||||||..|.|||||.|||     .|||.|     .||.||.|||||.||.||.||||||||.|||||
Sbjct   75  CTCAGTGGTCCGGAGGTGTGTAAAGAAAACATCTAC-----GCAGGAATATGCTGCAAAAATCATCAATACCAA  143

Query  144  GAAGCTGTCAGCCAGAGATCACCAGAAGCTGGAGAGAGAGGCTCGGATCTGCCGCCTTCTGAAGCATTCCAACA  217
            ||||.||||.|||.|||||||.|||||.||.||..|||||||.|||||.|||||.||||||||.|||.|.||||
Sbjct  144  GAAGTTGTCCGCCCGAGATCATCAGAAACTAGAACGAGAGGCCCGGATATGCCGACTTCTGAAACATCCAAACA  217

Query  218  TCGTGCGTCTCCACGACAGCATCTCCGAGGAGGGCTTCCACTACCTGGTCTTCGATCTGGTCACTGGTGGGGAG  291
            |.|||||||||||.|||||.||.||.||.||.||.||.||||||||.||.||.||.||.||.||.||.||||||
Sbjct  218  TTGTGCGTCTCCATGACAGTATTTCTGAAGAAGGGTTTCACTACCTCGTGTTTGACCTTGTTACCGGAGGGGAG  291

Query  292  CTCTTTGAAGACATTGTGGCGAGAGAGTACTACAGCGAGGCTGATGCCAGTCACTGTATCCAGCAGATCCTGGA  365
            .|.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.|||||||||||
Sbjct  292  TTGTTTGAAGACATTGTGGCCAGAGAGTACTACAGTGAAGCTGATGCCAGCCACTGTATACATCAGATCCTGGA  365

Query  366  GGCCGTTCTCCATTGTCACCA-AATGGGGGTCGTCCACAGAGACCTCAAGCCGGAGAACCTGCTTCTGGCCAGC  438
            |...|||..|||....||||| .|| |...||||||||.|.||.||.|||||.||||||.||||.|||||.||.
Sbjct  366  GAGTGTTAACCACATCCACCAGCAT-GACATCGTCCACCGGGATCTGAAGCCTGAGAACTTGCTGCTGGCGAGT  438

Query  439  AAGTGCAAAGGGGCTGCAGTGAAGCTGGCAGACTTCGGCCTAGCTATCGAGGTGCAGGGGGACCAGCAGGCATG  512
            ||.|||||.||.|||||.||.|||||.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.||.||||||||.||
Sbjct  439  AAATGCAAGGGTGCTGCGGTCAAGCTAGCTGATTTTGGCCTGGCCATCGAAGTACAGGGAGAGCAGCAGGCTTG  512

Query  513  GTTTGGTTTCGCTGGCACACCAGGCTACCTGTCCCCTGAGGTCCTTCGCAAAGAGGCGTATGGCAAGCCTGTGG  586
            |||||||||.||.|||||.|||||.|||.||||||||||||||.|..|.|||||..|.|||||.||.|||||||
Sbjct  513  GTTTGGTTTTGCCGGCACCCCAGGTTACTTGTCCCCTGAGGTCTTGAGGAAAGATCCCTATGGAAAACCTGTGG  586

Query  587  ACATCTGGGCATGTGGGGTGATCCTGTACATCCTGCTCGTGGGCTACCCACCCTTCTGGGACGAGGACCAGCAC  660
            ||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||
Sbjct  587  ACATCTGGGCCTGCGGGGTCATCCTGTATATCCTCCTGGTGGGCTACCCTCCCTTCTGGGATGAGGATCAGCAC  660

Query  661  AAGCTGTACCAGCAGATCAAGGCTGGTGCCTATGACTTCCCGTCCCCTGAGTGGGACACCGTCACTCCTGAAGC  734
            ||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.||.||.||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct  661  AAGCTGTATCAGCAGATCAAAGCTGGAGCCTACGATTTCCCATCACCAGAATGGGACACAGTCACTCCTGAAGC  734

Query  735  CAAAAACCTCATCAACCAGATGCTGACCATCAACCCTGCCAAGCGCATCACAGCCCATGAGGCCCTGAAGCACC  808
            .||.|||.|.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||.|..||||.||.|||||||
Sbjct  735  TAAGAACTTGATCAACCAGATGCTGACCATAAACCCTGCAAAGCGCATCACGGCCGACCAGGCTCTCAAGCACC  808

Query  809  CGTGGGTCTGCCAACGCTCCACGGTAGCATCCATGATGCACAGACAGGAGACTGTGGAGTGTCT---GAAAAAG  879
            |.||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||..|.||.|||||.||.||||| ||   |.|||  
Sbjct  809  CATGGGTCTGTCAACGGTCTACGGTGGCATCCATGATGCATCGCCAAGAGACGGTAGAGTG-CTTACGCAAA--  879

Query  880  TTCAATGCCAGGAGAAAGCTCAAGGGAGCCATCCTCACCACCATGCTGGCCACACGGAATTTCTCAGCAGCCAA  953
            |||||.|||.|||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||.|.|.|..||||.||.|||||.|||||
Sbjct  880  TTCAACGCCCGGAGAAAACTGAAGGGTGCCATCCTCACAACCATGCTTGTCTCCAGGAACTTTTCAGCTGCCAA  953

Query  954  GAGTTTACTCAACAAGAAAGCAGAT---GGAGTCAAGCCCCAGACGAATAGCACCAAAAACAGTGC-----AGC  1019
            .||..||.|.||||||||..|||||   ||.||||||||.||||..||   ||.|||||||||| |     |||
Sbjct  954  AAGCCTATTGAACAAGAAGTCAGATGGCGGTGTCAAGCCACAGAGCAA---CAACAAAAACAGT-CTCGTAAGC  1023

Query 1020  CGCCACCAGCCCCAAAGGGAC-GCTTCCTCCTG----CCGCCCTGGA-------------GT-----------C  1064
                 |||||||  |||.|.| ||..|||  ||    |.|||.||||             ||           |
Sbjct 1024  -----CCAGCCC--AAGAGCCTGCGCCCT--TGCAGACGGCCATGGAACCACAAACCACCGTGGTACATAATGC  1088

Query 1065  TTCTG-----------------ACAG-----TGCCAATACCACCATAGAGGATGAAGACGCT-AAAGCCCGGAA  1115
            |.|.|                 ||||     || .||.|||||.|.|||.||.||||| .|| ||||...|.||
Sbjct 1089  TACAGATGGGATCAAGGGCTCCACAGAGAGCTG-TAACACCACTACAGAAGACGAAGA-TCTCAAAGTGAGAAA  1160

Query 1116  GCAGGAGATCATTAAGACCACGGAGCAGCTCATCGAGGCCGTCAACAACGGTGACTTTGAGGCCTACGCGAAAA  1189
            .||.||.||||||||||.|||.||.||.||.|||||.|||.|||||||.||.|||||||||||||||.||||.|
Sbjct 1161  ACAAGAAATCATTAAGATCACAGAACAACTGATCGAAGCCATCAACAATGGGGACTTTGAGGCCTACACGAAGA  1234

Query 1190  TCTGTGACCCAGGGCTGACCTCGTTTGAGCCTGAAGCACTGGGCAACCTGGTTGAAGGGATGGACTTCCACAGA  1263
            |.||||||||.||.||.||.||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.|||||.|||||.|||||.|..
Sbjct 1235  TTTGTGACCCGGGCCTCACATCCTTTGAGCCAGAAGCCCTTGGTAACCTCGTGGAAGGAATGGATTTCCATAAG  1308

Query 1264  TTCTACTTCGAGAACCTGCTGGCCAAGAACAGCAAGCCGATCCACACGACCATCCTGAACCCACACGTGCACGT  1337
            ||.|||||.|||||.||.|||.||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||
Sbjct 1309  TTTTACTTTGAGAATCTCCTGTCCAAGAACAGCAAGCCTATCCACACCACCATCCTAAACCCTCACGTCCACGT  1382

Query 1338  CATTGGAGAGGATGCCGCCTGCATCGCTTACATCCGGCTCACGCAGTACATTGACGGGCAGGGCCGGCCCCGCA  1411
            .|||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1383  GATTGGGGAGGACGCAGCTTGCATCGCCTATATCCGGCTCACTCAGTACATCGACGGGCAGGGTCGGCCTCGCA  1456

Query 1412  CCAGCCAGTCTGAGGAGACCCGCGTGTGGCACCGCCGCGACGGCAAGTGGCAGAACGTGCACTTCCACTGCTCG  1485
            ||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||..||.||.||||..||||||||.
Sbjct 1457  CCAGTCAGTCAGAGGAGACCCGGGTGTGGCACCGCCGGGATGGCAAGTGGCTCAATGTCCACTATCACTGCTCA  1530

Query 1486  GGCGCGCCTGTGGCCCCGCTGCAG  1509
            ||.||.||||..||.|||||.|||
Sbjct 1531  GGGGCCCCTGCCGCACCGCTACAG  1554