Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14615
- Subject:
- NM_001252436.1
- Aligned Length:
- 2760
- Identities:
- 2125
- Gaps:
- 337
Alignment
Query 1 ATG-----CCGGTCCGGAAGCAAGA--------TACCCAGAGAGCATTGCACC--TTTTGGAGGAATATCGTTC 59
||| |...|.|||||.|||.| |||.| |.||.|| |...||||| |
Sbjct 1 ATGAATTACATTTTCGGAAACAACACACTTCTGTACTC--------TCGCGCCAGTCGAGGAGG---------C 57
Query 60 AAAACTA-----AGCCAAACTGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAG 128
||..||| ||||| || ||||||.||..||..|| ||||
Sbjct 58 AATGCTAGCTCTAGCCA---TG----------GCTCAGTAGGCCCTAAG--------------------CAGA- 97
Query 129 CAACCTCTTTCAGGCTTTAATAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAG 202
||| |||||..|| ||||.| |
Sbjct 98 -AAC-----------------------------------------------ACTGGGCAA---AAAAGG----G 116
Query 203 ATCGTTCAAAGCCGTCTGAACCAATTCAA-CCTGTGAATACTTGGGAGATTTCC--AGCCTTCCAAGCTCTACT 273
.||| |||.| ||||| |.||| || ||| || |||||||| |.
Sbjct 117 CTCG-TCAGA------TGAAC---TGCAAGCC-------------GAG----CCAGAGCCTTCC--------CG 155
Query 274 GTGACTTCAGAGA-----------CACTGCCAAG---CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACA----GGTA 329
.||.|..||||.| |||| |.||| ||||.||| |.| |.|.|| ||||
Sbjct 156 CTGGCAGCAGATAGTTGCATTCTTCACT-CGAAGACACAGCTTTA----TTG--------ACTGCATCTCGGTA 216
Query 330 TCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCACAAATCACAAATGAAG-TGATAGGTCCAGAATTG 402
.| |||| ||| |||.|.||...|||| |||| ||.|....||
Sbjct 217 GC------------CACC--------AGC-----TCCACCCAGCCCACA---GAAGCTGTTCCTCCC------- 255
Query 403 GTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGA----------GAATGTCCATG----GATTTGTTTC-TCA 461
||.|.||.|| ||.||...| ||| |...||||.|| ||.|..|.|| ||.
Sbjct 256 --TCCTCTCCCA---------TTGTCCCTG--TGACCCCTGCCCTGCCAGTCCCTGCTGAGAGTACTGTCGTCC 316
Query 462 TTCTCATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTGAAAACACCAACTT 535
|.|.| ||..||..|.|||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||..|.||||||||||
Sbjct 317 TGCCC-----TCCGCACCACAGGCAAATCCTCCTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAGCTTAGAGACACCAACTT 385
Query 536 ACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCAGGGCTTGGTTTC 609
|.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 386 ATGTTAATGGCACTGATGCAGATTATGAATATGAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCGGGTCTTGGTTTC 459
Query 610 AGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCAAAATTATCACAGG 681
|||||||||| .||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 460 AGCATTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATCACCAAAATTATCACAGG 533
Query 682 -GGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAAATGAAGTAGATGTTCGT 754
|||||.||.|||||.||| ||||||||||||||.||||||||||||.|...|||||||||||.|||.||||||
Sbjct 534 CGGAGCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGGGTAAATGACTGTATACTGAGAGTAAATGAAGCAGACGTTCGT 606
Query 755 GATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGTATGTAAAAAGAAG 828
||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||..|
Sbjct 607 GATGTAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATTAAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGATTGTATGTGAAAAGGCG 680
Query 829 GAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTTAGCATTGCTG 902
|||.||||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 681 GAAGCCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTCAGCATTGCTG 754
Query 903 GAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCA 976
|||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 755 GAGGTGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGATAACAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCA 828
Query 977 CATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAGAAGAAGTTACTCA 1050
||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|..||.||||||||||||||||||||
Sbjct 829 CACAAGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAAGCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGTTTAGAAGAAGTTACTCA 902
Query 1051 TGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCCACAAGTATGT 1124
||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 903 TGAAGAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCAACAAGTATGT 976
Query 1125 ATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAACCATGTTAGCCCA 1198
||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||..|||||||.||||||||.|||||.
Sbjct 977 ATATAAATGATGGCTATGCACCACCTGACATCACTAATTCTTCTTCTCAATCTGTTGACAACCATGTCAGCCCG 1050
Query 1199 TCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAAAGCAGTACTTGGAGATG 1271
||.||||.||||||||||||.|||.|.||.||||||||.||||| |||| ||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 1051 TCCTCCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACCAGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAAAGCTGTGCTCGGAGATG 1123
Query 1272 ATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTCAACATTGTAGGA 1345
|.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1124 ACGAGATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTGGTTTTAACATTGTGGGA 1197
Query 1346 GGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAG 1419
||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||.|.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GGTGAAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTTCATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAG 1271
Query 1420 AAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGGCAGCAGCTGCAT 1493
||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||.
Sbjct 1272 AAAAGGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGAACAAGCAGCAGCTGCAC 1345
Query 1494 TGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGTTTTGAAGCTAAA 1567
|.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 TAAAGAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTTGCGCAATATCGACCCGAAGAGTACAGTCGTTTTGAAGCTAAA 1419
Query 1568 ATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCGAACTAGCCAGAA 1641
||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 1420 ATCCATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAGCAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCTCTTCGAACCAGCCAGAA 1493
Query 1642 GCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCAGTCAGGGACTGA 1715
|||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1494 GCGCTCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATTATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCTTCCCAGTCAAGGACTGA 1567
Query 1716 ACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCCAGGCAGGTTACA 1789
|||||...||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1568 ACTTCCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATCAATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGCAAGCCAGGCAGGTCACC 1641
Query 1790 CCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGAACGAGCCCGATT 1863
|||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1642 CCAGACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGATTCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAGAAGGAACGAGCCCGATT 1715
Query 1864 AAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA---GAGATAAAGGGCAGTCATTC--AATGACAAGCG-TAAAAAGA 1931
||||||.||.|||||||||||||||||.| |||||||||||.|| ||.| .|.||||.|.| |.|||||
Sbjct 1716 AAAAACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAGGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGACGACATGGGATCAAAAG- 1786
Query 1932 ACCTCTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGTG--AGCAGGAAACAAGT 1993
.||.||| || |||||| |.| |||| |||| ||.||..|.|.|.|
Sbjct 1787 --------GCCTGAAGCACGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGTGAAAGTAGTTACCTAAT 1838
Query 1994 GATGCTCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTGTGGTCAAGAAGAATACG 2067
..||.|.|| |.|||||| ||||| ||| ||| ||..||||||||||||||||.|
Sbjct 1839 CTTGATTAC--------AGATGAAT-ATGGC--TGC-----------TCA--AAAGGTGGTCAAGAAGAATATG 1888
Query 2068 TCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATTGGGACCTATGAAA 2141
|.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1889 TTTTATCTTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCATATTAGGACCTATGAAA 1962
Query 2142 GACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATACAACTAGACC 2215
|||||..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1963 GACAGAGTAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTCCCTCATACAACTAGACC 2036
Query 2216 AAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAAAAGATATCC 2289
.||.||.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|
Sbjct 2037 GAAGCGTGACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACAGATGGAAAAGGATATTC 2110
Query 2290 AGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCTGTACGAGAA 2363
||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.|||||.||.||||.|
Sbjct 2111 AGGAGCATAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCGTGCAGTCCGTGCGAGCA 2184
Query 2364 GTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGATTGCACAGCT 2437
||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 2185 GTGGCAGAGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGGTTGCAGATTGCACAGCT 2258
Query 2438 TTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTCTAACAGAAG 2511
|||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 2259 TTATCCAATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAACAAGCGCCTAACAGAAG 2332
Query 2512 AACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACAGCTATTGTA 2585
|.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 2333 AGCAGGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGCATTTCACAGCTATTGTC 2406
Query 2586 CAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTCTTACATCTG 2659
|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..||||||||||
Sbjct 2407 CAGGGAGACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAGTCTGGGCCTTACATCTG 2480
Query 2660 GGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA 2681
|||.||.||.||||||||||||
Sbjct 2481 GGTCCCAGCGAAAGAAAAGCTA 2502