Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14615
• Subject: NM_001366217.1
• Aligned Length: 2699
• Identities: 2604
• Gaps: 68

Alignment

Query    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74

Query   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148

Query  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222

Query  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296

Query  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370

Query  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444

Query  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAG  518

Query  519  CTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  592
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CTTGGAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  592

Query  593  ATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATT  664
            |||||||||||||||||||||||||||  .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATT  666

Query  665  ACCAAAATTATCACA-GGGGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAA  737
            ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  667  ACCAAAATTATCACAGGGGGAGCAGCCGCCCAAGAT-GGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACGAGTAA  739

Query  738  ATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGC  811
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  740  ATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGC  813

Query  812  TTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  TTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  887

Query  886  TGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAA  959
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  TGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAA  961

Query  960  TTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGT  1033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  TTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGT  1035

Query 1034  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1107
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1109

Query 1108  AAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTG  1181
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  AAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTG  1183

Query 1182  ATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTCCCCAGTTTCTAAA  1255
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  ATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTCCCCAGTTTCTAAA  1257

Query 1256  GCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGG  1329
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  GCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGG  1331

Query 1330  TTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATC  1403
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  TTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATC  1405

Query 1404  TAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAG  1477
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  TAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAG  1479

Query 1478  CAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAG  1551
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  CAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAG  1553

Query 1552  TCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTC  1625
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  TCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTC  1627

Query 1626  TTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTT  1699
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  TTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTT  1701

Query 1700  CCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCA  1773
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  CCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCA  1775

Query 1774  AGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGA  1847
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  AGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGA  1849

Query 1848  AAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGAGAGATAAAGGGCAGTCATTC--AATGACA  1919
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||  ||.|  .|.||||
Sbjct 1850  AAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGAGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGACGACA  1921

Query 1920  AGCG-TAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGTG--A  1980
            .|.| |.|||||         .||.|||      ||     |||||| |.|        ||||    ||||  |
Sbjct 1922  TGGGATCAAAAG---------GCCTGAAGCATGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGTGAAA  1972

Query 1981  GCAGGAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTGTGGT  2054
            |.||..|.|.|.|..||.|.||        |.||||.| |||||  |||           |||  ||..|||||
Sbjct 1973  GTAGTTACCTAATCTTGATTAC--------AGATGAGT-ATGGC--TGC-----------TCA--AAAGGTGGT  2022

Query 2055  CAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATT  2128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023  CAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATT  2096

Query 2129  GGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTC  2202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097  GGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTC  2170

Query 2203  ATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATG  2276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171  ATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATG  2244

Query 2277  GAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCA  2350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245  GAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCA  2318

Query 2351  GTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTAC  2424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319  GTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTAC  2392

Query 2425  AGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAG  2498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393  AGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAG  2466

Query 2499  CGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTT  2572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2467  CGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTT  2540

Query 2573  CACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTG  2646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2541  CACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTG  2614

Query 2647  GTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2681
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2615  GTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2649