Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14615
• Subject: XM_006521770.3
• Aligned Length: 2827
• Identities: 2143
• Gaps: 444

Alignment

Query    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222
                                                              ||.|||.|                
Sbjct    1  --------------------------------------------------ATGGATTG----------------  8

Query  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296
                     ||||||.||                                |||.|||.|               
Sbjct    9  ---------CCTGTGCAT--------------------------------TGTAACTAC---------------  26

Query  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370
                              |.||||||||.||||||||||||||||...||.|||||..|||||||||||.||||
Sbjct   27  ------------------AAAGAAATACCGGTATCAGGATGAAGAGGTACTTCCTCCTGAGCATATTTCTCCAC  82

Query  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444
            ||.||||||||||.|||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||
Sbjct   83  AAGTCACAAATGAGGTGCTAGGTCCAGAACTGGTCCATGTCTCAGAGAAGAACCTGTCAGAGATTGAGAATGTC  156

Query  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAA-------------------------------------  481
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||                                     
Sbjct  157  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATCTCACCAATAAAGCCCACAGAAGCTGTTCCTCCCTCCTCTCCCATTGT  230

Query  482  --------------------------------------------------------------AGGCAAATCCTC  493
                                                                          ||||||||||||
Sbjct  231  CCCTGTGACCCCTGCCCTGCCAGTCCCTGCTGAGAGTACTGTCGTCCTGCCCTCCGCACCACAGGCAAATCCTC  304

Query  494  CCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATAT  567
            |.|||||.||||||||||||||.|||||..|.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  305  CTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAGCTTAGAGACACCAACTTATGTTAATGGCACTGATGCAGATTATGAATAT  378

Query  568  GAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACAT  639
            ||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||  .||||.||||||||||||||
Sbjct  379  GAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCGGGTCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACAT  452

Query  640  TGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCAAAATTATCACAGG-GGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGG  712
            ||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||| |||||.||.|||||.||| ||||||||||||
Sbjct  453  TGGAGATGACTCAAGTATTTTCATCACCAAAATTATCACAGGCGGAGCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGG  525

Query  713  GTCAATGACTGTATATTACAAGTAAATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTT  786
            ||.||||||||||||.|...|||||||||||.|||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||
Sbjct  526  GTAAATGACTGTATACTGAGAGTAAATGAAGCAGACGTTCGTGATGTAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATT  599

Query  787  GAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAA  860
            .||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||..||||.||||..|||||||||||.||||||||||
Sbjct  600  AAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGATTGTATGTGAAAAGGCGGAAGCCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAA  673

Query  861  AGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGAT  934
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct  674  AGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTCAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGAT  747

Query  935  AATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAA  1008
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  748  AACAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACACAAGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAA  821

Query 1009  ACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACAT  1082
            .|||.||||||||||.|..||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct  822  GCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACAT  895

Query 1083  CTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATC  1156
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  896  CTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCAACAAGTATGTATATAAATGATGGCTATGCACCACCTGACATC  969

Query 1157  ACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCC  1230
            ||.||.|||||||||||..|||||||.||||||||.|||||.||.||||.||||||||||||.|||.|.||.||
Sbjct  970  ACTAATTCTTCTTCTCAATCTGTTGACAACCATGTCAGCCCGTCCTCCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACC  1043

Query 1231  AGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAAAGCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTT  1303
            ||||||.||||| |||| ||||||||||.||.||.||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1044  AGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAAAGCTGTGCTCGGAGATGACGAGATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTT  1116

Query 1304  CTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTT  1377
            |||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1117  CTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTGGTTTTAACATTGTGGGAGGTGAAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTT  1190

Query 1378  TATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTG  1451
            .|||.|.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||
Sbjct 1191  CATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTG  1264

Query 1452  TTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTT  1525
            ||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||.|.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||
Sbjct 1265  TTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGAACAAGCAGCAGCTGCACTAAAGAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTT  1338

Query 1526  GCACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAG  1599
            ||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339  GCGCAATATCGACCCGAAGAGTACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATCCATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAG  1412

Query 1600  TAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATT  1673
            .|||.|.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1413  CAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCTCTTCGAACCAGCCAGAAGCGCTCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATT  1486

Query 1674  ATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATT  1747
            |||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||...||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 1487  ATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCTTCCCAGTCAAGGACTGAACTTCCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATC  1560

Query 1748  AATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGAT  1821
            |||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1561  AATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGCAAGCCAGGCAGGTCACCCCAGACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGAT  1634

Query 1822  TCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA---  1892
            |||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|   
Sbjct 1635  TCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAGAAGGAACGAGCCCGATTAAAAACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAG  1708

Query 1893  GAGATAAAGGGCAGTCATTCAATGACAAGCGTAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAAAATTCCCCTTCTACAAGAAC  1966
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1709  GAGATAAAGGGCAGTCATTCAATGACAAGCGTAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAAAATTTCCCTTCTACAAGAAC  1782

Query 1967  AAGGACCAGAGTGAGCAGGAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTA-----TA-------------TGAA-----  2017
            ||||||||||||||.||||||||.|||||||||.||.||.|.|||     ||             ||||     
Sbjct 1783  AAGGACCAGAGTGAACAGGAAACGAGTGATGCTGACCAGCACGTAACTTCTAATGCCAGCGATAGTGAAAGTAG  1856

Query 2018  -----------TGATGGCTATGCACCACCTG-ATAT-----CACCAACTGTGGTCAAGAAGAATACGTCTTATC  2074
                       ||||   ||     ||..|| ||||     |.|.||..||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1857  TTACCTAATCTTGAT---TA-----CAGATGAATATGGCTGCTCAAAAGGTGGTCAAGAAGAATATGTTTTATC  1922

Query 2075  TTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATTGGGACCTATGAAAGACAGGA  2148
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||..
Sbjct 1923  TTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCATATTAGGACCTATGAAAGACAGAG  1996

Query 2149  TAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATACAACTAGACCAAAACGA  2222
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.
Sbjct 1997  TAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTCCCTCATACAACTAGACCGAAGCGT  2070

Query 2223  GATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAAAAGATATCCAGGAACA  2296
            ||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 2071  GACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACAGATGGAAAAGGATATTCAGGAGCA  2144

Query 2297  TAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCTGTACGAGAAGTAGCAG  2370
            |||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.|||||.||.||||.|||.||||
Sbjct 2145  TAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCGTGCAGTCCGTGCGAGCAGTGGCAG  2218

Query 2371  AAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGATTGCACAGCTTTACCCT  2444
            |.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.
Sbjct 2219  AGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGGTTGCAGATTGCACAGCTTTATCCA  2292

Query 2445  ATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTCTAACAGAAGAACAAGC  2518
            ||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||
Sbjct 2293  ATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAACAAGCGCCTAACAGAAGAGCAGGC  2366

Query 2519  CAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACAGCTATTGTACAGGGGG  2592
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 2367  CAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGCATTTCACAGCTATTGTCCAGGGAG  2440

Query 2593  ATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTCTTACATCTGGGTTCCG  2666
            |.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..|||||||||||||.||.
Sbjct 2441  ACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAGTCTGGGCCTTACATCTGGGTCCCA  2514

Query 2667  GCAAAAGAAAAGCTA  2681
            ||.||||||||||||
Sbjct 2515  GCGAAAGAAAAGCTA  2529