Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14679
• Subject: NM_001321857.2
• Aligned Length: 3462
• Identities: 3459
• Gaps: 3

Alignment

Query    1  ATGCAGTATCTAAATATAAAAGAGGACTGCAATGCCATGGCTTTCTGTGCTAAAATGAGGAGCTCCAAGAAGAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCAGTATCTAAATATAAAAGAGGACTGCAATGCCATGGCTTTCTGTGCTAAAATGAGGAGCTCCAAGAAGAC  74

Query   75  TGAGGTGAACCTGGAGGCCCCTGAGCCAGGGGTGGAAGTGATCTTCTATCTGTCGGACAGGGAGCCCCTCCGGC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAGGTGAACCTGGAGGCCCCTGAGCCAGGGGTGGAAGTGATCTTCTATCTGTCGGACAGGGAGCCCCTCCGGC  148

Query  149  TGGGCAGTGGAGAGTACACAGCAGAGGAACTGTGCATCAGGGCTGCACAGGCATGCCGTATCTCTCCTCTTTGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGGGCAGTGGAGAGTACACAGCAGAGGAACTGTGCATCAGGGCTGCACAGGCATGCCGTATCTCTCCTCTTTGT  222

Query  223  CACAACCTCTTTGCCCTGTATGACGAGAACACCAAGCTCTGGTATGCTCCAAATCGCACCATCACCGTTGATGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CACAACCTCTTTGCCCTGTATGACGAGAACACCAAGCTCTGGTATGCTCCAAATCGCACCATCACCGTTGATGA  296

Query  297  CAAGATGTCCCTCCGGCTCCACTACCGGATGAGGTTCTATTTCACCAATTGGCATGGAACCAACGACAATGAGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAAGATGTCCCTCCGGCTCCACTACCGGATGAGGTTCTATTTCACCAATTGGCATGGAACCAACGACAATGAGC  370

Query  371  AGTCAGTGTGGCGTCATTCTCCAAAGAAGCAGAAAAATGGCTACGAGAAAAAAAAGATTCCAGATGCAACCCCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGTCAGTGTGGCGTCATTCTCCAAAGAAGCAGAAAAATGGCTACGAGAAAAAAAAGATTCCAGATGCAACCCCT  444

Query  445  CTCCTTGATGCCAGCTCACTGGAGTATCTGTTTGCTCAGGGACAGTATGATTTGGTGAAATGCCTGGCTCCTAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTCCTTGATGCCAGCTCACTGGAGTATCTGTTTGCTCAGGGACAGTATGATTTGGTGAAATGCCTGGCTCCTAT  518

Query  519  TCGAGACCCCAAGACCGAGCAGGATGGACATGATATTGAGAACGAGTGTCTAGGGATGGCTGTCCTGGCCATCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCGAGACCCCAAGACCGAGCAGGATGGACATGATATTGAGAACGAGTGTCTAGGGATGGCTGTCCTGGCCATCT  592

Query  593  CACACTATGCCATGATGAAGAAGATGCAGTTGCCAGAACTGCCCAAGGACATCAGCTACAAGCGATATATTCCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CACACTATGCCATGATGAAGAAGATGCAGTTGCCAGAACTGCCCAAGGACATCAGCTACAAGCGATATATTCCA  666

Query  667  GAAACATTGAATAAGTCCATCAGACAGAGGAACCTTCTCACCAGGATGCGGATAAATAATGTTTTCAAGGATTT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAAACATTGAATAAGTCCATCAGACAGAGGAACCTTCTCACCAGGATGCGGATAAATAATGTTTTCAAGGATTT  740

Query  741  CCTAAAGGAATTTAACAACAAGACCATTTGTGACAGCAGCGTGTCCACGCATGACCTGAAGGTGAAATACTTGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCTAAAGGAATTTAACAACAAGACCATTTGTGACAGCAGCGTGTCCACGCATGACCTGAAGGTGAAATACTTGG  814

Query  815  CTACCTTGGAAACTTTGACAAAACATTACGGTGCTGAAATATTTGAGACTTCCATGTTACTGATTTCATCAGAA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTACCTTGGAAACTTTGACAAAACATTACGGTGCTGAAATATTTGAGACTTCCATGTTACTGATTTCATCAGAA  888

Query  889  AATGAGATGAATTGGTTTCATTCGAATGACGGTGGAAACGTTCTCTACTACGAAGTGATGGTGACTGGGAATCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AATGAGATGAATTGGTTTCATTCGAATGACGGTGGAAACGTTCTCTACTACGAAGTGATGGTGACTGGGAATCT  962

Query  963  TGGAATCCAGTGGAGGCATAAACCAAATGTTGTTTCTGTTGAAAAGGAAAAAAATAAACTGAAGCGGAAAAAAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  TGGAATCCAGTGGAGGCATAAACCAAATGTTGTTTCTGTTGAAAAGGAAAAAAATAAACTGAAGCGGAAAAAAC  1036

Query 1037  TGGAAAATAAACACAAGAAGGATGAGGAGAAAAACAAGATCCGGGAAGAGTGGAACAATTTTTCTTACTTCCCT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TGGAAAATAAACACAAGAAGGATGAGGAGAAAAACAAGATCCGGGAAGAGTGGAACAATTTTTCTTACTTCCCT  1110

Query 1111  GAAATCACTCACATTGTAATAAAGGAGTCTGTGGTCAGCATTAACAAGCAGGACAACAAGAAAATGGAACTGAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GAAATCACTCACATTGTAATAAAGGAGTCTGTGGTCAGCATTAACAAGCAGGACAACAAGAAAATGGAACTGAA  1184

Query 1185  GCTCTCTTCCCACGAGGAGGCCTTGTCCTTTGTGTCCCTGGTAGATGGCTACTTCCGGCTCACAGCAGATGCCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCTCTCTTCCCACGAGGAGGCCTTGTCCTTTGTGTCCCTGGTAGATGGCTACTTCCGGCTCACAGCAGATGCCC  1258

Query 1259  ATCATTACCTCTGCACCGACGTGGCCCCCCCGTTGATCGTCCACAACATACAGAATGGCTGTCATGGTCCAATC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ATCATTACCTCTGCACCGACGTGGCCCCCCCGTTGATCGTCCACAACATACAGAATGGCTGTCATGGTCCAATC  1332

Query 1333  TGTACAGAATACGCCATCAATAAATTGCGGCAAGAAGGAAGCGAGGAGGGGATGTACGTGCTGAGGTGGAGCTG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TGTACAGAATACGCCATCAATAAATTGCGGCAAGAAGGAAGCGAGGAGGGGATGTACGTGCTGAGGTGGAGCTG  1406

Query 1407  CACCGACTTTGACAACATCCTCATGACCGTCACCTGCTTTGAGAAGTCTGAGCAGGTGCAGGGTGCCCAGAAGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CACCGACTTTGACAACATCCTCATGACCGTCACCTGCTTTGAGAAGTCTG---AGGTGCAGGGTGCCCAGAAGC  1477

Query 1481  AGTTCAAGAACTTTCAGATCGAGGTGCAGAAGGGCCGCTACAGTCTGCACGGTTCGGACCGCAGCTTCCCCAGC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478  AGTTCAAGAACTTTCAGATCGAGGTGCAGAAGGGCCGCTACAGTCTGCACGGTTCGGACCGCAGCTTCCCCAGC  1551

Query 1555  TTGGGAGACCTCATGAGCCACCTCAAGAAGCAGATCCTGCGCACGGATAACATCAGCTTCATGCTAAAACGCTG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552  TTGGGAGACCTCATGAGCCACCTCAAGAAGCAGATCCTGCGCACGGATAACATCAGCTTCATGCTAAAACGCTG  1625

Query 1629  CTGCCAGCCCAAGCCCCGAGAAATCTCCAACCTGCTGGTGGCTACTAAGAAAGCCCAGGAGTGGCAGCCCGTCT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626  CTGCCAGCCCAAGCCCCGAGAAATCTCCAACCTGCTGGTGGCTACTAAGAAAGCCCAGGAGTGGCAGCCCGTCT  1699

Query 1703  ACCCCATGAGCCAGCTGAGTTTCGATCGGATCCTCAAGAAGGATCTGGTGCAGGGCGAGCACCTTGGGAGAGGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700  ACCCCATGAGCCAGCTGAGTTTCGATCGGATCCTCAAGAAGGATCTGGTGCAGGGCGAGCACCTTGGGAGAGGC  1773

Query 1777  ACGAGAACACACATCTATTCTGGGACCCTGATGGATTACAAGGATGACGAAGGAACTTCTGAAGAGAAGAAGAT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774  ACGAGAACACACATCTATTCTGGGACCCTGATGGATTACAAGGATGACGAAGGAACTTCTGAAGAGAAGAAGAT  1847

Query 1851  AAAAGTGATCCTCAAAGTCTTAGACCCCAGCCACAGGGATATTTCCCTGGCCTTCTTCGAGGCAGCCAGCATGA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  AAAAGTGATCCTCAAAGTCTTAGACCCCAGCCACAGGGATATTTCCCTGGCCTTCTTCGAGGCAGCCAGCATGA  1921

Query 1925  TGAGACAGGTCTCCCACAAACACATCGTGTACCTCTATGGCGTCTGTGTCCGCGACGTGGAGAATATCATGGTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  TGAGACAGGTCTCCCACAAACACATCGTGTACCTCTATGGCGTCTGTGTCCGCGACGTGGAGAATATCATGGTG  1995

Query 1999  GAAGAGTTTGTGGAAGGGGGTCCTCTGGATCTCTTCATGCACCGGAAAAGCGATGTCCTTACCACACCATGGAA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  GAAGAGTTTGTGGAAGGGGGTCCTCTGGATCTCTTCATGCACCGGAAAAGCGATGTCCTTACCACACCATGGAA  2069

Query 2073  ATTCAAAGTTGCCAAACAGCTGGCCAGTGCCCTGAGCTACTTGGAGGATAAAGACCTGGTCCATGGAAATGTGT  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  ATTCAAAGTTGCCAAACAGCTGGCCAGTGCCCTGAGCTACTTGGAGGATAAAGACCTGGTCCATGGAAATGTGT  2143

Query 2147  GTACTAAAAACCTCCTCCTGGCCCGTGAGGGCATCGACAGTGAGTGTGGCCCATTCATCAAGCTCAGTGACCCC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  GTACTAAAAACCTCCTCCTGGCCCGTGAGGGCATCGACAGTGAGTGTGGCCCATTCATCAAGCTCAGTGACCCC  2217

Query 2221  GGCATCCCCATTACGGTGCTGTCTAGGCAAGAATGCATTGAACGAATCCCATGGATTGCTCCTGAGTGTGTTGA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  GGCATCCCCATTACGGTGCTGTCTAGGCAAGAATGCATTGAACGAATCCCATGGATTGCTCCTGAGTGTGTTGA  2291

Query 2295  GGACTCCAAGAACCTGAGTGTGGCTGCTGACAAGTGGAGCTTTGGAACCACGCTCTGGGAAATCTGCTACAATG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  GGACTCCAAGAACCTGAGTGTGGCTGCTGACAAGTGGAGCTTTGGAACCACGCTCTGGGAAATCTGCTACAATG  2365

Query 2369  GCGAGATCCCCTTGAAAGACAAGACGCTGATTGAGAAAGAGAGATTCTATGAAAGCCGGTGCAGGCCAGTGACA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  GCGAGATCCCCTTGAAAGACAAGACGCTGATTGAGAAAGAGAGATTCTATGAAAGCCGGTGCAGGCCAGTGACA  2439

Query 2443  CCATCATGTAAGGAGCTGGCTGACCTCATGACCCGCTGCATGAACTATGACCCCAATCAGAGGCCTTTCTTCCG  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  CCATCATGTAAGGAGCTGGCTGACCTCATGACCCGCTGCATGAACTATGACCCCAATCAGAGGCCTTTCTTCCG  2513

Query 2517  AGCCATCATGAGAGACATTAATAAGCTTGAAGAGCAGAATCCAGATATTGTTTCAGAAAAAAAACCAGCAACTG  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  AGCCATCATGAGAGACATTAATAAGCTTGAAGAGCAGAATCCAGATATTGTTTCAGAAAAAAAACCAGCAACTG  2587

Query 2591  AAGTGGACCCCACACATTTTGAAAAGCGCTTCCTAAAGAGGATCCGTGACTTGGGAGAGGGCCACTTTGGGAAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  AAGTGGACCCCACACATTTTGAAAAGCGCTTCCTAAAGAGGATCCGTGACTTGGGAGAGGGCCACTTTGGGAAG  2661

Query 2665  GTTGAGCTCTGCAGGTATGACCCCGAAGGGGACAATACAGGGGAGCAGGTGGCTGTTAAATCTCTGAAGCCTGA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2662  GTTGAGCTCTGCAGGTATGACCCCGAAGGGGACAATACAGGGGAGCAGGTGGCTGTTAAATCTCTGAAGCCTGA  2735

Query 2739  GAGTGGAGGTAACCACATAGCTGATCTGAAAAAGGAAATCGAGATCTTAAGGAACCTCTATCATGAGAACATTG  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736  GAGTGGAGGTAACCACATAGCTGATCTGAAAAAGGAAATCGAGATCTTAAGGAACCTCTATCATGAGAACATTG  2809

Query 2813  TGAAGTACAAAGGAATCTGCACAGAAGACGGAGGAAATGGTATTAAGCTCATCATGGAATTTCTGCCTTCGGGA  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810  TGAAGTACAAAGGAATCTGCACAGAAGACGGAGGAAATGGTATTAAGCTCATCATGGAATTTCTGCCTTCGGGA  2883

Query 2887  AGCCTTAAGGAATATCTTCCAAAGAATAAGAACAAAATAAACCTCAAACAGCAGCTAAAATATGCCGTTCAGAT  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884  AGCCTTAAGGAATATCTTCCAAAGAATAAGAACAAAATAAACCTCAAACAGCAGCTAAAATATGCCGTTCAGAT  2957

Query 2961  TTGTAAGGGGATGGACTATTTGGGTTCTCGGCAATACGTTCACCGGGACTTGGCAGCAAGAAATGTCCTTGTTG  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2958  TTGTAAGGGGATGGACTATTTGGGTTCTCGGCAATACGTTCACCGGGACTTGGCAGCAAGAAATGTCCTTGTTG  3031

Query 3035  AGAGTGAACACCAAGTGAAAATTGGAGACTTCGGTTTAACCAAAGCAATTGAAACCGATAAGGAGTATTACACC  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3032  AGAGTGAACACCAAGTGAAAATTGGAGACTTCGGTTTAACCAAAGCAATTGAAACCGATAAGGAGTATTACACC  3105

Query 3109  GTCAAGGATGACCGGGACAGCCCTGTGTTTTGGTATGCTCCAGAATGTTTAATGCAATCTAAATTTTATATTGC  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3106  GTCAAGGATGACCGGGACAGCCCTGTGTTTTGGTATGCTCCAGAATGTTTAATGCAATCTAAATTTTATATTGC  3179

Query 3183  CTCTGACGTCTGGTCTTTTGGAGTCACTCTGCATGAGCTGCTGACTTACTGTGATTCAGATTCTAGTCCCATGG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180  CTCTGACGTCTGGTCTTTTGGAGTCACTCTGCATGAGCTGCTGACTTACTGTGATTCAGATTCTAGTCCCATGG  3253

Query 3257  CTTTGTTCCTGAAAATGATAGGCCCAACCCATGGCCAGATGACAGTCACAAGACTTGTGAATACGTTAAAAGAA  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3254  CTTTGTTCCTGAAAATGATAGGCCCAACCCATGGCCAGATGACAGTCACAAGACTTGTGAATACGTTAAAAGAA  3327

Query 3331  GGAAAACGCCTGCCGTGCCCACCTAACTGTCCAGATGAGGTTTATCAACTTATGAGGAAATGCTGGGAATTCCA  3404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3328  GGAAAACGCCTGCCGTGCCCACCTAACTGTCCAGATGAGGTTTATCAACTTATGAGGAAATGCTGGGAATTCCA  3401

Query 3405  ACCATCCAATCGGACAAGCTTTCAGAACCTTATTGAAGGATTTGAAGCACTTTTAAAA  3462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3402  ACCATCCAATCGGACAAGCTTTCAGAACCTTATTGAAGGATTTGAAGCACTTTTAAAA  3459