Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14692
- Subject:
- XR_001743419.2
- Aligned Length:
- 1718
- Identities:
- 1261
- Gaps:
- 416
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 AAACACACAAGACGCCGGAGCTTCACAAGGGAGCGAACGAGGGTGTTTATAAGAATGGAAGTGTTGTTTCCTTG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CCCGATTCCTTCATGCTATATCTCATGAACCTCTGTAATCTTGGGGGAGAGACTATATTTAATGATGACAAACC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TGTCACCAGTGTAGCAACAACAGTGTGAGGACAAAAGCAAATAAAAATTAAGAAGCGTTCAAATTTATATTCAA 222
Query 1 ------------------------------------------------ATGAACCGATACACAACCATGAGACA 26
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CAAGGAAGTCATTTCAATCAACAACTTCTGCTGCATTATTTTTCCAAGATGAACCGATACACAACCATGAGACA 296
Query 27 GTTGGGGGACGGCACGTATGGGAGTGTGCTTATGGGCAAGAGTAATGAATCCGGGGAGCTGGTGGCCATCAAAA 100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GTTGGGGGACGGCACGTATGGGAGTGTGCTTATGGGCAAGAGTAATGAATCCGGGGAGCTGGTGGCCATCAAAA 370
Query 101 GGATGAAGAGAAAGTTCTATTCTTGGGATGAATGCATGAACTTGAGAGAAGTTAAGTCTCTGAAGAAACTTAAT 174
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 GGATGAAGAGAAAGTTCTATTCTTGGGATGAATGCATGAACTTGAGAGAAGTTAAGTCTCTGAAGAAACTTAAT 444
Query 175 CATGCCAATGTTATTAAATTGAAAGAAGTTATCAGAGAAAATGACCATCTTTATTTTATATTTGAATATATGAA 248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CATGCCAATGTTATTAAATTGAAAGAAGTTATCAGAGAAAATGACCATCTTTATTTTATATTTGAATATATGAA 518
Query 249 AGAAAACCTCTATCAATTAATGAAAGACAGAAACAAGTTGTTCCCTGAATCAGTCATCAGAAATATTATGTATC 322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 AGAAAACCTCTATCAATTAATGAAAGACAGAAACAAGTTGTTCCCTGAATCAGTCATCAGAAATATTATGTATC 592
Query 323 AAATATTGCAAGGGCTGGCTTTTATCCATAAACATGGCTTTTTTCATAGGGACATGAAACCAGAAAACTTGCTT 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 AAATATTGCAAGGGCTGGCTTTTATCCATAAACATGGCTTTTTTCATAGGGACATGAAACCAGAAAACTTGCTT 666
Query 397 TGTATGGGTCCAGAGCTTGTGAAAATTGCTGATTTTGGACTTGCAAGAGAATTAAGGTCACAGCCACCATACAC 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 TGTATGGGTCCAGAGCTTGTGAAAATTGCTGATTTTGGACTTGCAAGAGAATTAAGGTCACAGCCACCATACAC 740
Query 471 TGATTATGTATCTACCAGATGGTATCGTGCCCCTGAAGTTTTACTGAGATCTTCAGTTTATAGTTCTCCCATTG 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TGATTATGTATCTACCAGATGGTATCGTGCCCCTGAAGTTTTACTGAGATCTTCAGTTTATAGTTCTCCCATTG 814
Query 545 ATGTGTGGGCTGTTGGAAGTATCATGGCTGAACTCTATATGTTAAGGCCACTTTTCCCAGGGACAAGTGAGGTC 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 ATGTGTGGGCTGTTGGAAGTATCATGGCTGAACTCTATATGTTAAGGCCACTTTTCCCAGGGACAAGTGAGGTC 888
Query 619 GATGAAATCTTTAAAATTTGCCAAGTTTTAGGGACTCCCAAAAAAAGTGACTGGCCAGAAGGATACCAGCTGGC 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 GATGAAATCTTTAAAATTTGCCAAGTTTTAGGGACTCCCAAAAAAAGTGACTGGCCAGAAGGATACCAGCTGGC 962
Query 693 ATCCTCTATGAACTTCCGTTTTCCCCAGTGTGTTCCTATAAACTTAAAAACTCTTATTCCCAATGCCAGTAATG 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ATCCTCTATGAACTTCCGTTTTCCCCAGTGTGTTCCTATAAACTTAAAAACTCTTATTCCCAATGCCAGTAATG 1036
Query 767 AAGCTATTCAGCTCATGACCGAAATGTTGAATTGGGATCCAAAGAAACGACCGACAGCAAGCCAGGCATTGAAA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AAGCTATTCAGCTCATGACCGAAATGTTGAATTGGGATCCAAAGAAACGACCGACAGCAAGCCAGGCATTGAAA 1110
Query 841 CACCCATATTTTCAAGTTGGTCAGGTATTAGGCCCTTCGTCAAATCATCTGGAATCAAAACAGTCTTTAAATAA 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 CACCCATATTTTCAAGTTGGTCAGGTATTAGGCCCTTCGTCAAATCATCTGGAATCAAAACAGTCTTTAAATAA 1184
Query 915 GCAGCTGCAACCATTAGAATCAAAGCCATCTTTAGTTGAGGTAGAGCCTAAGCCTCTGCCGGATATAATCGATC 988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 GCAGCTGCAACCATTAGAATCAAAGCCATCTTTAGTTGAGGTAGAGCCTAAGCCTCTGCCGGATATAATCGATC 1258
Query 989 AGGTTGTTGGACAACCCCAGCCAAAAACTAGCCAGCAGCCACTGCAGCCCATTCAGCCGCCACAGAACCTGAGC 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AGGTTGTTGGACAACCCCAGCCAAAAACTAGCCAGCAGCCACTGCAGCCCATTCAGCCGCCACAGAACCTGAGC 1332
Query 1063 GTCCAGCAACCTCCAAAGCAACAGAGTCAGGAGAAACCGCCACAAACGCTATTCCCGAGCATCGTCAAAAACAT 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GTCCAGCAACCTCCAAAGCAACAGAGTCAGGAGAAACCGCCACAAACGCTATTCCCGAGCATCGTCAAAAACAT 1406
Query 1137 GCCAACT-------AAGCCAAATGGCACACTGAGTCATAAAAGTGGTAGGAGGCGTTGGGGTCAGACTA-TCTT 1202
||||||| .||||| |.||.||.| ||.||..||.| ||
Sbjct 1407 GCCAACTGCTTCCAGAGCCA----GTACCCTCA-------------------------GGCTCCAACCACTC-- 1449
Query 1203 CAAGTCTGGAGATAGCTGGGAAGAG-----TTGGAGGACTATGATTTCGGAGCC-----TCCCATTCCAAGAA- 1265
|.|.||.||.|.| ||||| .|| ||.|.|.||| || ||..||||| |||
Sbjct 1450 ---GACAGGGGAAAAC----AAGAGCTTACCTG-----CTGTTACTTC----CCTAAAATCTGATTCC--GAAT 1505
Query 1266 ----------GCCAAGCATGGGTGTTTTTAAA-----------GAAAAAAGGAAAAAAGAT-TC-TCCATTTCG 1316
.||||.| |.|||| |||| .||..||||| || |||| .|
Sbjct 1506 TGTCAACTGCTCCAACC---------TCTAAACAGTACTACTTGAAA----CAATCAAGATATCTTCCA---GG 1563
Query 1317 TCAACAGGTG------------AAG--ATGGC-------TGTTATTTCCCTCTCAG-------CACACCAGTTT 1362
.||.|| || ||| .|||| ||..|.|..||| |||| .||.|.||..|
Sbjct 1564 GCAGCA--TGACATTATACTACAAGGACTGGCGGATCTGTGACACTGGCCT-TCAGGGAAAGAGACGCAAGAGT 1634
Query 1363 CCCACGTTA------- 1371
|..| ||||
Sbjct 1635 CATA-GTTACTGACCT 1649