Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14722
• Subject: NM_001320134.1
• Aligned Length: 2528
• Identities: 1672
• Gaps: 838

Alignment

Query    1  ATGGATGTCTCTCTTTGCCCAGCCAAGTGTAGTTTCTGGCGGATTTTCTTGCTGGGAAGCGTCTGGCTGGACTA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGATGTCTCTCTTTGCCCAGCCAAGTGTAGTTTCTGGCGGATTTTCTTGCTGGGAAGCGTCTGGCTGGACTA  74

Query   75  TGTGGGCTCCGTGCTGGCTTGCCCTGCAAATTGTGTCTGCAGCAAGACTGAGATCAATTGCCGGCGGCCGGACG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGTGGGCTCCGTGCTGGCTTGCCCTGCAAATTGTGTCTGCAGCAAGACTGAGATCAATTGCCGGCGGCCGGACG  148

Query  149  ATGGGAACCTCTTCCCCCTCCTGGAAGGGCAGGATTCAGGGAACAGCAATGGGAACGCCAGTATCAACATCACG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATGGGAACCTCTTCCCCCTCCTGGAAGGGCAGGATTCAGGGAACAGCAATGGGAACGCCAGTATCAACATCACG  222

Query  223  GACATCTCAAGGAATATCACTTCCATACACATAGAGAACTGGCGCAGTCTTCACACGCTCAACGCCGTGGACAT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GACATCTCAAGGAATATCACTTCCATACACATAGAGAACTGGCGCAGTCTTCACACGCTCAACGCCGTGGACAT  296

Query  297  GGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGACCATCAAGAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGACCATCAAGAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTG  370

Query  371  CCAAGAACCCCCATTTGCGTTATATAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACACTCTCGTGGCAGCTCTTCCAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCAAGAACCCCCATTTGCGTTATATAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACACTCTCGTGGCAGCTCTTCCAG  444

Query  445  ACGCTGAGTCTTCGGGAATTGCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGCAGCT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACGCTGAGTCTTCGGGAATTGCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGCAGCT  518

Query  519  CTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTACTGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTACTGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTC  592

Query  593  CTCTCTTCCGCATGAACATCAGTCAGTGTGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACCTGACCGTACGA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTCTCTTCCGCATGAACATCAGTCAGTGTGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACCTGACCGTACGA  666

Query  667  GAGGGTGACAATGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGATCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAGGGTGACAATGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGATCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGG  740

Query  741  GCTGCAGTCCATCAACACTCACCAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCATCAACTTGACGCTGGTGA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCTGCAGTCCATCAACACTCACCAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCATCAACTTGACGCTGGTGA  814

Query  815  ATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTGACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTGACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGT  888

Query  889  GTTGCCCTCACTGTCTACTATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGCCTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTTGCCCTCACTGTCTACTATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGCCTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCAT  962

Query  963  CGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCCCCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCCCCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCA  1036

Query 1037  AGATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCCTGCTCTTCAACAAGCCCACCCAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCCTGCTCTTCAACAAGCCCACCCAC  1110

Query 1111  TACAACAATGGCAACTATACCCTCATTGCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TACAACAATGGCAACTATACCCTCATTGCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTT  1184

Query 1185  CCTCAAGGAGCCCTTTCCAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGTTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CCTCAAGGAGCCCTTTCCAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGTTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCA  1258

Query 1259  CTGTGACCCACAAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTATCCATAGCAGTTGGACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTGTGACCCACAAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTATCCATAGCAGTTGGACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTC  1332

Query 1333  CTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCAACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTCCCGTGGC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCAACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTCCCGTGGC  1406

Query 1407  TGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACATCAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCAC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACATCAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCAC  1480

Query 1481  TGGATGCCGGGCCCGACACTGTGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTCCGT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TGGATGCCGGGCCCGACACTGTGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTCCGT  1554

Query 1555  CAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACGTATGTGCAGCACATTAAGAGGAGAGACATCGTGCTGAAGCGAGA  1628
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|.|               .|||||.||..||.||||.|.|..
Sbjct 1555  CAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACGTGTTT---------------CAGAGAAATTATGTTGAATCCAAT  1613

Query 1629  ACTGGGTGAGGGAGCCTTTGGAAAGGTCTTCCTGGCCGAGTGCTACAACCTCAGCCCGACCAAGGACAAGATGC  1702
            |           ||||||                                    |||      |||||      
Sbjct 1614  A-----------AGCCTT------------------------------------CCC------GGACA------  1628

Query 1703  TTGTGGCTGTGAAGGCCCTGAAGGATCCCACCCTGGCTGCCCGGAAGGATTTCCAGAGGGAGGCCGAGCTGCTC  1776
                                                              |||||           |||  |||
Sbjct 1629  --------------------------------------------------TTCCA-----------AGC--CTC  1639

Query 1777  ---ACCAACCTGCAGCA-------TGAGCACATTGTCAA-GTTCTATGGAGTGTGCGGCGATGGGGACCCCCTC  1839
               ||||   ||  |||       ||||.|   |||||| ||| |||      |.|.||.|.||        .|
Sbjct 1640  TTAACCA---TG--GCATCTATGTTGAGGA---TGTCAATGTT-TAT------TTCAGCAAAGG--------AC  1690

Query 1840  ATCATGGTCTTTGAATACATGAAGCATGGAGACCTGAATAAGTTCCTCAGGGCCCATGGGCCAGATGCAATGAT  1913
            .|||||| ||||                                                              
Sbjct 1691  GTCATGG-CTTT--------------------------------------------------------------  1701

Query 1914  CCTTGTGGATGGACAGCCACGCCAGGCCAAGGGTGAGCTGGGGCTCTCCCAAATGCTCCACATTGCCAGTCAGA  1987
                                                                                      
Sbjct 1702  --------------------------------------------------------------------------  1701

Query 1988  TCGCCTCGGGTATGGTGTACCTGGCCTCCCAGCACTTTGTGCACCGAGACCTGGCCACCAGGAACTGCCTGGTT  2061
                                                                                      
Sbjct 1702  --------------------------------------------------------------------------  1701

Query 2062  GGAGCGAATCTGCTAGTGAAGATTGGGGACTTCGGCATGTCCAGAGATGTCTACAGCACGGATTATTACAGGCT  2135
                                                                                      
Sbjct 1702  --------------------------------------------------------------------------  1701

Query 2136  CTTTAATCCATCTGGAAATGATTTTTGTATATGGTGTGAGGTGGGAGGACACACCATGCTCCCCATTCGCTGGA  2209
                                                                                      
Sbjct 1702  --------------------------------------------------------------------------  1701

Query 2210  TGCCTCCTGAAAGCATCATGTACCGGAAGTTCACTACAGAGAGTGATGTATGGAGCTTCGGGGTGATCCTCTGG  2283
                                                                                      
Sbjct 1702  --------------------------------------------------------------------------  1701

Query 2284  GAGATCTTCACCTATGGAAAGCAGCCATGGTTCCAACTCTCAAACACGGAGGTCATTGAGTGCATTACCCAAGG  2357
                                                                                      
Sbjct 1702  --------------------------------------------------------------------------  1701

Query 2358  TCGTGTTTTGGAGCGGCCCCGAGTCTGCCCCAAAGAGGTGTACGATGTCATGCTGGGGTGCTGGCAGAGGGAAC  2431
                                                                                      
Sbjct 1702  --------------------------------------------------------------------------  1701

Query 2432  CACAGCAGCGGTTGAACATCAAGGAGATCTACAAAATCCTCCATGCTTTGGGGAAGGCCACCCCAATCTACCTG  2505
                                                                                      
Sbjct 1702  --------------------------------------------------------------------------  1701

Query 2506  GACATTCTTGGC  2517
                        
Sbjct 1702  ------------  1701