Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14722
- Subject:
- NM_001320135.1
- Aligned Length:
- 2517
- Identities:
- 1844
- Gaps:
- 666
Alignment
Query 1 ATGGATGTCTCTCTTTGCCCAGCCAAGTGTAGTTTCTGGCGGATTTTCTTGCTGGGAAGCGTCTGGCTGGACTA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TGTGGGCTCCGTGCTGGCTTGCCCTGCAAATTGTGTCTGCAGCAAGACTGAGATCAATTGCCGGCGGCCGGACG 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 ATGGGAACCTCTTCCCCCTCCTGGAAGGGCAGGATTCAGGGAACAGCAATGGGAACGCCAGTATCAACATCACG 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GACATCTCAAGGAATATCACTTCCATACACATAGAGAACTGGCGCAGTCTTCACACGCTCAACGCCGTGGACAT 296
||
Sbjct 1 ------------------------------------------------------------------------AT 2
Query 297 GGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGACCATCAAGAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTG 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 GGAGCTCTACACCGGACTTCAAAAGCTGACCATCAAGAACTCAGGACTTCGGAGCATTCAGCCCAGAGCCTTTG 76
Query 371 CCAAGAACCCCCATTTGCGTTATATAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACACTCTCGTGGCAGCTCTTCCAG 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 77 CCAAGAACCCCCATTTGCGTTATATAAACCTGTCAAGTAACCGGCTCACCACACTCTCGTGGCAGCTCTTCCAG 150
Query 445 ACGCTGAGTCTTCGGGAATTGCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGCAGCT 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 151 ACGCTGAGTCTTCGGGAATTGCAGTTGGAGCAGAACTTTTTCAACTGCAGCTGTGACATCCGCTGGATGCAGCT 224
Query 519 CTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTACTGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTC 592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 CTGGCAGGAGCAGGGGGAGGCCAAGCTCAACAGCCAGAACCTCTACTGCATCAACGCTGATGGCTCCCAGCTTC 298
Query 593 CTCTCTTCCGCATGAACATCAGTCAGTGTGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACCTGACCGTACGA 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 CTCTCTTCCGCATGAACATCAGTCAGTGTGACCTTCCTGAGATCAGCGTGAGCCACGTCAACCTGACCGTACGA 372
Query 667 GAGGGTGACAATGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGATCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGG 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 373 GAGGGTGACAATGCTGTTATCACTTGCAATGGCTCTGGATCACCCCTTCCTGATGTGGACTGGATAGTCACTGG 446
Query 741 GCTGCAGTCCATCAACACTCACCAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCATCAACTTGACGCTGGTGA 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 447 GCTGCAGTCCATCAACACTCACCAGACCAATCTGAACTGGACCAATGTTCATGCCATCAACTTGACGCTGGTGA 520
Query 815 ATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTGACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGT 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 ATGTGACGAGTGAGGACAATGGCTTCACCCTGACGTGCATTGCAGAGAACGTGGTGGGCATGAGCAATGCCAGT 594
Query 889 GTTGCCCTCACTGTCTACTATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGCCTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCAT 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GTTGCCCTCACTGTCTACTATCCCCCACGTGTGGTGAGCCTGGAGGAGCCTGAGCTGCGCCTGGAGCACTGCAT 668
Query 963 CGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCCCCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCA 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 CGAGTTTGTGGTGCGTGGCAACCCCCCACCAACGCTGCACTGGCTGCACAATGGGCAGCCTCTGCGGGAGTCCA 742
Query 1037 AGATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCCTGCTCTTCAACAAGCCCACCCAC 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 743 AGATCATCCATGTGGAATACTACCAAGAGGGAGAGATTTCCGAGGGCTGCCTGCTCTTCAACAAGCCCACCCAC 816
Query 1111 TACAACAATGGCAACTATACCCTCATTGCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTT 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 817 TACAACAATGGCAACTATACCCTCATTGCCAAAAACCCACTGGGCACAGCCAACCAGACCATCAATGGCCACTT 890
Query 1185 CCTCAAGGAGCCCTTTCCAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGTTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCA 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 CCTCAAGGAGCCCTTTCCAGAGAGCACGGATAACTTTATCTTGTTTGACGAAGTGAGTCCCACACCTCCTATCA 964
Query 1259 CTGTGACCCACAAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTATCCATAGCAGTTGGACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTC 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 CTGTGACCCACAAACCAGAAGAAGACACTTTTGGGGTATCCATAGCAGTTGGACTTGCTGCTTTTGCCTGTGTC 1038
Query 1333 CTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCAACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTCCCGTGGC 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 CTGTTGGTGGTTCTCTTCGTCATGATCAACAAATATGGTCGACGGTCCAAATTTGGAATGAAGGGTCCCGTGGC 1112
Query 1407 TGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACATCAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCAC 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1113 TGTCATCAGTGGTGAGGAGGACTCAGCCAGCCCACTGCACCACATCAACCACGGCATCACCACGCCCTCGTCAC 1186
Query 1481 TGGATGCCGGGCCCGACACTGTGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTCCGT 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 TGGATGCCGGGCCCGACACTGTGGTCATTGGCATGACTCGCATCCCTGTCATTGAGAACCCCCAGTACTTCCGT 1260
Query 1555 CAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACGTATGTGCAGCACATTAAGAGGAGAGACATCGTGCTGAAGCGAGA 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CAGGGACACAACTGCCACAAGCCGGACACGTATGTGCAGCACATTAAGAGGAGAGACATCGTGCTGAAGCGAGA 1334
Query 1629 ACTGGGTGAGGGAGCCTTTGGAAAGGTCTTCCTGGCCGAGTGCTACAACCTCAGCCCGACCAAGGACAAGATGC 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 ACTGGGTGAGGGAGCCTTTGGAAAGGTCTTCCTGGCCGAGTGCTACAACCTCAGCCCGACCAAGGACAAGATGC 1408
Query 1703 TTGTGGCTGTGAAGGCCCTGAAGGATCCCACCCTGGCTGCCCGGAAGGATTTCCAGAGGGAGGCCGAGCTGCTC 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1409 TTGTGGCTGTGAAGGCCCTGAAGGATCCCACCCTGGCTGCCCGGAAGGATTTCCAGAGGGAGGCCGAGCTGCTC 1482
Query 1777 ACCAACCTGCAGCATGAGCACATTGTCAAGTTCTATGGAGTGTGCGGCGATGGGGACCCCCTCATCATGGTCTT 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 ACCAACCTGCAGCATGAGCACATTGTCAAGTTCTATGGAGTGTGCGGCGATGGGGACCCCCTCATCATGGTCTT 1556
Query 1851 TGAATACATGAAGCATGGAGACCTGAATAAGTTCCTCAGGGCCCATGGGCCAGATGCAATGATCCTTGTGGATG 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TGAATACATGAAGCATGGAGACCTGAATAAGTTCCTCAGGGCCCATGGGCCAGATGCAATGATCCTTGTGGATG 1630
Query 1925 GACAGCCACGCCAGGCCAAGGGTGAGCTGGGGCTCTCCCAAATGCTCCACATTGCCAGTCAGATCGCCTCGGGT 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 GACAGCCACGCCAGGCCAAGGGTGAGCTGGGGCTCTCCCAAATGCTCCACATTGCCAGTCAGATCGCCTCGGGT 1704
Query 1999 ATGGTGTACCTGGCCTCCCAGCACTTTGTGCACCGAGACCTGGCCACCAGGAACTGCCTGGTTGGAGCGAATCT 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 ATGGTGTACCTGGCCTCCCAGCACTTTGTGCACCGAGACCTGGCCACCAGGAACTGCCTGGTTGGAGCGAATCT 1778
Query 2073 GCTAGTGAAGATTGGGGACTTCGGCATGTCCAGAGATGTCTACAGCACGGATTATTACAGGCTCTTTAATCCAT 2146
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|..|..|..||
Sbjct 1779 GCTAGTGAAGATTGGGGACTTCGGCATGTCCAGAGATGTCTACAGCACGGATTATTACAGGGTTGTGCAGGCA- 1851
Query 2147 CTGGAAATGATTTTTGTATATGGTGTGAGGTGGGAGGACACACCATGCTCCCCATTCGCTGGATGCCTCCTGAA 2220
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 2221 AGCATCATGTACCGGAAGTTCACTACAGAGAGTGATGTATGGAGCTTCGGGGTGATCCTCTGGGAGATCTTCAC 2294
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 2295 CTATGGAAAGCAGCCATGGTTCCAACTCTCAAACACGGAGGTCATTGAGTGCATTACCCAAGGTCGTGTTTTGG 2368
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 2369 AGCGGCCCCGAGTCTGCCCCAAAGAGGTGTACGATGTCATGCTGGGGTGCTGGCAGAGGGAACCACAGCAGCGG 2442
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 2443 TTGAACATCAAGGAGATCTACAAAATCCTCCATGCTTTGGGGAAGGCCACCCCAATCTACCTGGACATTCTTGG 2516
Sbjct 1852 -------------------------------------------------------------------------- 1851
Query 2517 C 2517
Sbjct 1852 - 1851