Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14754
- Subject:
- NM_001364411.1
- Aligned Length:
- 3265
- Identities:
- 2741
- Gaps:
- 170
Alignment
Query 1 ATGGCCTGCTCACCTGATGCAGTCGTCTCTCCGTCTTCCGCTTTCTTAAGGTCTGGCTCAGTTTATGAACCTCT 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TAAAAGCATTAATCTTCCAAGACCTGATAATGAAACTCTCTGGGATAAGTTGGACCATTATTACAGAATTGTCA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 AGTCAACATTGCTGCTGTATCAAAGTCCAACTACCGGTCTCTTTCCCACTAAAACATGCGGTGGTGACCAGAAG 222
.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||..|||||
Sbjct 1 --------ATGCTGATGTATCAAAGTCCAACTACCGGTCTCTTTCCTACTAAAACATGTGGTGGAGAAGAGAAG 66
Query 223 GCCAAGATCCAGGACAGCCTATACTGCGCTGCTGGGGCCTGGGCTTTGGCTCTTGCATACAGGCGAATTGATGA 296
.||||..|.||.||.||.||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 67 TCCAAAGTGCACGAGAGTCTGTACTGTGCTGCGGGTGCCTGGGCCTTGGCGCTAGCATACAGGCGCATTGATGA 140
Query 297 CGACAAGGGAAGGACCCATGAGCTGGAGCACTCAGCTATAAAATGCATGAGAGGAATTCTCTACTGCTATATGC 370
.|||||||||.||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 141 TGACAAGGGACGGACCCATGAGCTGGAGCACTCGGCCATAAAGTGTATGAGAGGAATTCTCTACTGCTACATGC 214
Query 371 GTCAGGCCGATAAGGTCCAGCAGTTTAAGCAGGATCCACGCCCAACAACATGTCTTCACTCTGTTTTCAATGTG 444
|.|||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 215 GGCAGGCTGATAAGGTCCAACAGTTTAAACAAGATCCCCGGCCCACAACATGTCTTCACTCTGTTTTCAGTGTG 288
Query 445 CATACAGGAGATGAGTTGCTTTCCTATGAGGAATATGGTCATCTTCAGATAAATGCAGTGTCACTTTATCTCCT 518
||.||.||.|||||||||||...||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|.||||||
Sbjct 289 CACACTGGGGATGAGTTGCTCAGCTATGAAGAATATGGCCATCTTCAGATAAATGCAGTCTCACTCTTTCTCCT 362
Query 519 TTACCTTGTGGAAATGATTTCCTCAGGACTCCAGATTATCTACAACACTGATGAGGTCTCTTTTATTCAAAACC 592
||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 363 TTACCTGGTAGAAATGATTTCCTCAGGCCTCCAGATAATCTATAACACGGATGAGGTTTCTTTTATTCAAAACC 436
Query 593 TTGTATTTTGTGTGGAAAGAGTTTACCGTGTGCCTGACTTTGGTGTCTGGGAAAGAGGAAGCAAATATAATAAT 666
|||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 437 TTGTATTTTGTGTAGAGAGAGTTTACCGTGTTCCTGACTTTGGTGTCTGGGAAAGAGGAAGCAAATATAACAAT 510
Query 667 GGCAGCACAGAGCTACATTCGAGCTCGGTTGGTTTAGCAAAAGCAGCTCTAGAAGCAATTAATGGATTCAACCT 740
||.||.||.||.||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 511 GGTAGTACCGAACTGCACTCAAGCTCTGTTGGTTTAGCAAAAGCAGCCTTAGAAGCAATTAATGGATTTAACCT 584
Query 741 TTTTGGCAACCAGGGCTGTTCGTGGTCAGTTATATTTGTGGATCTCGATGCTCACAATCGCAACAGGCAAACTT 814
.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|
Sbjct 585 CTTTGGAAACCAGGGGTGTTCCTGGTCAGTTATATTTGTGGATCTCGATGCTCACAACCGCAACAGGCAGACAT 658
Query 815 TGTGCTCGCTGTTACCCAGAGAATCAAGATCACATAATACAGATGCTGCCCTGCTCCCCTGCATCAGTTATCCT 888
|||||||.||||||||||||||||||.|.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 659 TGTGCTCACTGTTACCCAGAGAATCACGCTCTCATAACACAGATGCTGCCCTGCTCCCGTGCATCAGTTACCCT 732
Query 889 GCATTTGCCCTGGATGATGAAGTTCTTTTTAGCCAGACACTTGATAAAGTGGTTAGAAAATTAAAAGGAAAATA 962
||.||||||.||||||||||||..||.||.|||||||||||||||||||||.|.||||||||.|||||||||||
Sbjct 733 GCGTTTGCCTTGGATGATGAAGCACTGTTCAGCCAGACACTTGATAAAGTGATAAGAAAATTGAAAGGAAAATA 806
Query 963 TGGATTTAAACGTTTCTTGAGAGATGGGTATAGAACATCATTGGAAGATCCCAACAGATGCTACTACAAGCCAG 1036
|||||||||.|||||||||.||||||||||.|||||..||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||
Sbjct 807 TGGATTTAAGCGTTTCTTGCGAGATGGGTACAGAACGCCATTGGAAGATCCCAACAGACGCTATTACAAACCAG 880
Query 1037 CTGAAATTAAGCTATTTGATGGCATTGAATGTGAATTTCCCATATTTTTCCTTTATATGATGATTGATGGAGTT 1110
|.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 881 CAGAGATTAAGCTGTTTGATGGCATTGAATGTGAATTTCCCATATTCTTCCTTTACATGATGATCGATGGTGTT 954
Query 1111 TTTAGAGGCAATCCTAAGCAAGTACAGGAATATCAGGATCTTTTGACTCCAGTACTTCATCATACCACAGAAGG 1184
|||||||||||||.|.|.|||||..|||||||||||||.||||||||.||..|.||||||||.|||||||||||
Sbjct 955 TTTAGAGGCAATCTTGAACAAGTCAAGGAATATCAGGACCTTTTGACACCTTTGCTTCATCAGACCACAGAAGG 1028
Query 1185 ATATCCTGTTGTACCAAAGTACTATTATGTGCCAGCTGACTTTGTAGAATATGAAAAAAATAACCCTGGTAGTC 1258
||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||..|||||||||||||
Sbjct 1029 ATATCCTGTTGTGCCAAAGTACTATTATGTGCCAGCTGACTTTGTAGAATGTGAAAAAAGAAACCCTGGTAGTC 1102
Query 1259 AAAAACGATTTCCTAGCAACTGTGGCCGTGATGGAAAACTGTTTCTTTGGGGACAAGCACTTTATATCATCGCA 1332
|.||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||..|||||||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 1103 AGAAGCGGTTTCCAAGTAACTGTGGCCGTGATGGGAAGTTGTTTCTTTGGGGACAAGCTCTTTATATCATTGCA 1176
Query 1333 AAACTCCTGGCTGATGAACTTATTAGTCCTAAAGACATTGATCCTGTCCAGCGCTATGTCCCACTAAAGGATCA 1406
||||||||.||||||||..|.||.||.||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||..||.||||
Sbjct 1177 AAACTCCTAGCTGATGAGTTAATCAGCCCTAAAGACATTGACCCTGTCCAGCGCTTTGTCCCACTTCAGAATCA 1250
Query 1407 ACGTAACGTGAGCATGAGGTTTTCCAATCAGGGCCCACTGGAAAATGACTTGGTAGTTCATGTGGCACTTATAG 1480
||||||||||||||||||.|..||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||
Sbjct 1251 ACGTAACGTGAGCATGAGATACTCCAATCAGGGCCCACTGGAAAATGACTTGGTGGTTCATGTAGCACTTGTAG 1324
Query 1481 CAGAAAGCCAAAGACTTCAAGTTTTTCTGAACACATATGGTATTCAAACTCAAACTCCTCAACAAGTAGAACCC 1554
|||||||||||.|.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||
Sbjct 1325 CAGAAAGCCAACGCCTTCAAGTTTTTCTCAATACATATGGTATTCAAACCCAAACTCCTCAGCAGGTGGAACCC 1398
Query 1555 ATTCAGATATGGCCTCAGCAGGAGCTTGTGAAAGCTTATTTGCAGCTGGGTATCAATGAAAAGTTAGGACTCTC 1628
||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||.||.||
Sbjct 1399 ATTCAGATCTGGCCTCAGCAGGAGCTTGTAAAAGCTTATTTCCACCTGGGAATCAATGAAAAGTTGGGTCTGTC 1472
Query 1629 TGGAAGGCCAGACAGGCCCATTGGCTGCCTCGGGACATCAAAGATTTATCGCATTCTAGGAAAGACTGTGGTTT 1702
||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1473 TGGAAGGCCAGATAGGCCCATTGGCTGCCTTGGTACATCAAAGATTTATCGCATTCTAGGAAAGACTGTGGTTT 1546
Query 1703 GTTACCCGATTATTTTCGACCTAAGTGATTTCTACATGTCTCAGGATGTTTTCCTGCTGATAGATGACATAAAG 1776
|||||||.||.||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1547 GTTACCCTATCATCTTTGACCTGAGTGATTTCTACATGTCTCAGGACGTTCTGCTGCTCATAGATGACATAAAG 1620
Query 1777 AATGCGCTGCAGTTCATTAAACAATATTGGAAAATGCATGGACGTCCACTTTTCCTTGTTCTCATCCGGGAAGA 1850
||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1621 AACGCACTACAGTTCATTAAGCAATATTGGAAAATGCATGGACGCCCACTTTTTCTTGTTCTCATCCGAGAAGA 1694
Query 1851 CAATATAAGAGGTAGCCGGTTCAACCCCATATTAGATATGCTGGCAGCCCTTAAAAAAGGAATAATTGGAGGAG 1924
|||.||||||||||||.|.||||||||.||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1695 CAACATAAGAGGTAGCAGATTCAACCCAATATTAGACATGCTGGCAGCCTTTAAAAAGGGAATAATTGGAGGAG 1768
Query 1925 TCAAAGTTCATGTGGATCGTCTACAGACACTAATATCTGGAGCTGTGGTAGAACAACTTGATTTCCTACGAATC 1998
|||||||||||||.||||||.||||||||.|.|||||.||||||||.|||||.||.|||||.||.||||||||.
Sbjct 1769 TCAAAGTTCATGTTGATCGTTTACAGACATTGATATCCGGAGCTGTAGTAGAGCAGCTTGACTTTCTACGAATT 1842
Query 1999 AGTGACACAGAAGAGCTTCCAGAATTTAAGAGTTTTGAGGAACTAGAACCTCCCAAACATTCAAAAGTCAAACG 2072
||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||.|||||||||..|||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1843 AGTGACACAGAAAAGCTTCCAGAATTTAAGAGCTTTGAAGAACTAGAATTTCCTAAGCATTCAAAAGTCAAACG 1916
Query 2073 GCAAAGCAGCACCCCTAG-TGCTCCTGAACTGGG----ACAGCAGCCGGATGTCAACATTAGTGAATGGAAGGA 2141
|||.|||||.|||.| || ||||||||| || |||..||||.|...|||.|||||..||.|||||..|
Sbjct 1917 GCAGAGCAGTACCGC-AGATGCTCCTGA----GGCGCAACACGAGCCAGGCATCACCATTACCGAGTGGAAAAA 1985
Query 2142 CAAACCCACCCATGAAATTCTTCAAAAACTGAATGATTGCAGTTGTCTGGCTAGCCAAGCCATCCTGCTGGGTA 2215
||||.|||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||.|||||||||||.|.|||.|||||||||||||||
Sbjct 1986 CAAATCCACCCACGAAATCCTTCAGAAGCTGAATGACTGCGGTTGTCTGGCTGGTCAAACCATCCTGCTGGGTA 2059
Query 2216 TACTGCTCAAAAGAGAAGGCCCCAACTTCATCACAAAGGAAGGTACCGTTTCTGATCACATTGAGAGAGTCTAT 2289
||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||.||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2060 TACTGCTCAAAAGAGAGGGCCCTAACTTTATCACAATGGAAGGAACTGTGTCTGATCACATTGAGAGAGTGTAT 2133
Query 2290 AGAAGAGCTGGCAGCCAAAAACTTTGGTCGGTTGTACGCCGTGCAGCAAGTCTTTTAAGTAAAGTAGTGGACAG 2363
|||||||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2134 AGAAGAGCTGGCAGCAAAAAGCTTTGGTCGGTTGTACGCCGTGCAGCAAGTCTTTTAAATAAAGTAGTGGACAG 2207
Query 2364 CCTGGCCCCATCCATTACTAATGTTTTAGTGCAGGGCAAACAGGTAACTCTGGGTGCCTTTGGGCATGAAGAAG 2437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|
Sbjct 2208 CCTGGCCCCATCCATTACTAATGTTTTAGTGCAGGGCAAACAGGTAACTCTAGGTGCCTTTGGACATGAAGAGG 2281
Query 2438 AAGTTATCTCTAATCCTTTGTCTCCAAGAGTGATTCAAAACATCATCTATTATAAGTGTAACACCCATGATGAG 2511
|.||.||||||||.||..|||||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 2282 AGGTCATCTCTAACCCACTGTCTCCAAGAGTGATTAAGAACATAATCTATTATAAGTGCAATACCCACGATGAG 2355
Query 2512 AGGGAAGCGGTCATTCAGCAAGAACTGGTCATCCATATTGGCTGGATCATCTCCAATAACCCTGAGTTATTCAG 2585
|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|.|||||||||.|||||
Sbjct 2356 AGGGAGGCAGTCATTCAGCAAGAACTGGTCATCCACATCGGCTGGATCATCTCCAACAGCCCTGAGTTGTTCAG 2429
Query 2586 TGGCATGCTGAAAATACGAATCGGGTGGATCATCCATGCCATGGAGTATGAACTTCAGATCCGTGGCGGAGACA 2659
.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||.|||||.||.|
Sbjct 2430 CGGCATGCTGAAAATACGCATTGGGTGGATCATCCACGCCATGGAGTATGAACTGCAGGTCCGGGGCGGGGATA 2503
Query 2660 AGCCAGCCTTGGACTTGTATCAGCTGTCACCTAGTGAAGTTAAACAGCTTCTGCTGGATATTCTGCAGCCTCAA 2733
|||||||..||||||||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||.|||||||||
Sbjct 2504 AGCCAGCTGTGGACTTGTACCAGCTCTCGCCCAGTGAAGTGAAGCAGCTGCTGCTAGACATTCTCCAGCCTCAA 2577
Query 2734 CAGAATGGAAGATGTTGGCTGAACAGGCGTCAGATCGATGGGTCTTTGAATAGAACTCCCACCGG-GTTCTATG 2806
||||.|||||||||||||.||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||| |||| .|||||||
Sbjct 2578 CAGAGTGGAAGATGTTGGTTGAATAGACGTCAGATTGATGGGTCATTGAATAGAACACCC-CCGGAATTCTATG 2650
Query 2807 ACCGAGTGTGGCAGATTCTGGAGCGCACGCCCAATGGGATCATTGTTGCTGGGAAGCATTTGCCTCAGCAACCA 2880
||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.|||.||||.|||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 2651 ACCGAGTGTGGCAGATCCTGGAACGCACACCTAATGGTATCGTTGTAGCTGGAAAGCATTTGCCACAGCAACCA 2724
Query 2881 ACCCTGTCAGATATGACCATGTATGAGATGAATTTCTCTCTCCTTGTTGAAGACACGTTGGGAAATATTGACCA 2954
||..||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|.|.|||||||.||||||||
Sbjct 2725 ACTTTGTCGGATATGACCATGTATGAGATGAATTTTTCTCTCCTTGTTGAAGATATGCTGGGAAACATTGACCA 2798
Query 2955 GCCACAGTACAGACAGATCGTTGTAGAGTTACTTATGGTTGTATCCATTGTACTGGAAAGAAACCCCGAGCTAG 3028
||||.||||.|||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.||.|
Sbjct 2799 GCCAAAGTATAGACAGATCATAGTTGAGTTACTAATGGTCGTATCCATTGTGCTGGAAAGAAACCCTGAACTGG 2872
Query 3029 AATTTCAAGACAAAGTAGATCTAGACAGACTGGTCAAAGAAGCATTTAATGAATTTCAAAAAGATCAGAGTCGG 3102
|.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||.||||.||||||||||||.||||||||
Sbjct 2873 AGTTTCAAGACAAAGTGGATCTGGACAGACTGGTTAAAGAAGCGTTTCATGAGTTTCAAAAAGATGAGAGTCGG 2946
Query 3103 CTAAAGGAAATTGAAAAACAAGATGACATGACTTCCTTTTACAACACTCCTCCCCTGGGAAAAAGAGGAACATG 3176
|||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2947 CTAAAAGAAATCGAAAAACAAGATGATATGACTTCCTTTTACAACACGCCCCCACTGGGAAAAAGAGGAACCTG 3020
Query 3177 CAGCTATTTGACAAAGGCGGTGATGAATCT-GCTGCTGGAAGGAGAAGTCAAGCCAAACAATGATGACCCGTGT 3249
||||||.|||||.||||..|||||||| || .|||||.||.||||||||||||||.|.||||||.|||.|.||.
Sbjct 3021 CAGCTACTTGACGAAGGTTGTGATGAA-CTCACTGCTCGAGGGAGAAGTCAAGCCCAGCAATGAGGACTCCTGC 3093
Query 3250 CTGATTAGC 3258
|||.|||||
Sbjct 3094 CTGGTTAGC 3102