Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14849
• Subject: XM_011534040.3
• Aligned Length: 2377
• Identities: 1838
• Gaps: 507

Alignment

Query    1  ATGCCCCTGGCCGCCTACTGCTACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCTATGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCCCTGGCCGCCTACTGCTACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCTATGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCA  74

Query   75  CCGGCGGGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAACTGAACCTCCGAAATGCCTCTAGCCGAGAGCGGCGAGCTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCGGCGGGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAACTGAACCTCCGAAATGCCTCTAGCCGAGAGCGGCGAGCTG  148

Query  149  CTGAACAGGAAGCCCAGCTCTTGTCTCAGTTGAAGCATCCCAACATTGTCACCTACAAGGAGTCATGGGAAGGA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGAACAGGAAGCCCAGCTCTTGTCTCAGTTGAAGCATCCCAACATTGTCACCTACAAGGAGTCATGGGAAGGA  222

Query  223  GGAGATGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGTGAAGGAGGTGATTTGTACCGAAAGCTCAAGGAGCAGAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGAGATGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGTGAAGGAGGTGATTTGTACCGAAAGCTCAAGGAGCAGAA  296

Query  297  AGGGCAGCTTCTGCCGGAGAATCAGGTGGTAGAGTGGTTTGTACAGATCGCCATGGCTTTGCAGTATTTACATG  370
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGGCAGCTTCTGCCTGAGAATCAGGTGGTAGAGTGGTTTGTACAGATCGCCATGGCTTTGCAGTATTTACATG  370

Query  371  AAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTAGGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTAGGG  444

Query  445  GACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTGGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCACCCTCATTGGCACACCCTACTACAT  518
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTAGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCACCCTCATTGGCACACCCTACTACAT  518

Query  519  GAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTTGGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTTGGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATG  592

Query  593  AAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666

Query  667  CTGCCAGCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCAGGACCTGATAAGAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTG  740
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||| ||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTGCCACCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCA-GAACTGATAAGAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTG  739

Query  741  AAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGGCAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  740  AAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGGCAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCC  813

Query  815  ACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCAATCCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  ACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCAATCCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTTC  887

Query  889  TGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCTTCTGAGGGCTCCCAGACATATATAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  TGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCTTCTGAGGGCTCCCAGACATATATAA  961

Query  963  TGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAGGGCCTCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCCAGTCTGAAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  TGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAGGGCCTCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCCAGTCTGAAA  1035

Query 1037  GCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGAACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAATATTGACATCTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  GCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGAACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAATATTGACATCTT  1109

Query 1111  ACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTGTTCAGGAGAATCAGCCAAGATATTTGGATGCCTCTA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  ACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTGTTCAGGAGAATCAGCCAAGATATTTGGATGCCTCTA  1183

Query 1185  ATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAAGAGGAGATGCTGCAGGACAACACTAAATCCAGTGCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  ATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAAGAGGAGATGCTGCAGGACAACACTAAATCCAGTGCC  1257

Query 1259  CAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGACATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAACCAGTGAAGCCTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  CAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGACATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAACCAGTGAAGCCTCT  1331

Query 1333  GCAGCCCCTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGA-----------------------------------------  1365
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct 1332  GCAGCCCCTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGACCAGAGTCTTGCCCTGTCGCCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCA  1405

Query 1366  --------------------------------------------------------------------------  1365
                                                                                      
Sbjct 1406  CAATCTTGGCTCACAGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCAGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG  1479

Query 1366  -----------------------CCAGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTATTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCA  1416
                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  ATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCCAGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTATTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCA  1553

Query 1417  CCCAGATTTACAGCCACACAACTCTGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCGACAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAAC  1490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  CCCAGATTTACAGCCACACAACTCTGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCGACAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAAC  1627

Query 1491  AGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGAGACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTGCTTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTT  1564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  AGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGAGACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTGCTTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTT  1701

Query 1565  TTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGGAAAGTGGATGTCACATCAACACAAAAAGAGGCTGAAAACCAACGTAGAGT  1638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  TTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGGAAAGTGGATGTCACATCAACACAAAAAGAGGCTGAAAACCAACGTAGAGT  1775

Query 1639  GGTCACTGGGTCTGTGAGCAGTTCAAGGAGCAGTGAGATGTCATCATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAG  1712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  GGTCACTGGGTCTGTGAGCAGTTCAAGGAGCAGTGAGATGTCATCATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAG  1849

Query 1713  AGAGGAGGCGACTAAAGCAGTCACAGGAAGAAATGTCCTCTTCAGGAAAGGAAACAGATTCATTGTCTGTCTGA  1786
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ...||||        .|||
Sbjct 1850  AGAGGAGGCGACTAAAGCAGTCACAGGAAGAAATGTCCTCTTCAGG---------CCCTTCA--------GTGA  1906

Query 1787  GGATGAGTTAAGTTCTTCTACAAGTTCAACTGATAAGT----CAGATGGGGATTACGGGGAAGGGAAAGGTCAG  1856
            |||      |||  |.|||          |||   |||    ||            |||..|||.|||...|||
Sbjct 1907  GGA------AAG--CGTCT----------CTG---AGTGTAGCA------------GGGCCAGGAAAACCCCAG  1947

Query 1857  ACAAATGAAATTAATGCCTTGGTACAATTGATGACTCAGACCCTGAAACTGGATTCTAAAGAGAGCTGTGAAGA  1930
                  |||                    ||.||| |||.||.||  .|||                       
Sbjct 1948  ------GAA--------------------GAAGAC-CAGCCCTTG--CCTG-----------------------  1969

Query 1931  TGTCCCGGTAGCAAACCCAGTGTCAGAATTCAAACTTCATCGGAAATATCGGGACACA-CTGATACTTCATGGG  2003
               ||||...||...||            ||..|||.||.||      ||   ||.|| .||||.|||      
Sbjct 1970  ---CCCGACGGCTCTCC------------TCTGACTGCAGCG------TC---ACTCAGGTGATCCTT------  2013

Query 2004  AAGGTTGCAGAAGAGGCAGAGGAAATCCATTTTAAAGAGCTACCTTCAGCTATTATGCCAGGTTCTGAAAAGAT  2077
                                                                                      
Sbjct 2014  --------------------------------------------------------------------------  2013

Query 2078  CAGGAGACTAGTTGAAGTCTTGAGAACTGATGTAATTCGTGGCCTGGGAGTTCAGCTTTTAGAGCAGGTGTATG  2151
                                                                                      
Sbjct 2014  --------------------------------------------------------------------------  2013

Query 2152  ATCTTTTGGAGGAGGAGGATGAATTTGATAGAGAGGTGAGTGTCTCATTAACTGTATCAAGATGCTTATGTTAT  2225
                                                                                      
Sbjct 2014  --------------------------------------------------------------------------  2013

Query 2226  AGAATTTTT  2234
                     
Sbjct 2014  ---------  2013