Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14861
• Subject: NM_001130916.3
• Aligned Length: 1514
• Identities: 1267
• Gaps: 237

Alignment

Query    1  ATGGAGGCGGCGGTCGCTGCTCCGCGTCCCCGGCTGCTCCTCCTCGTGCTGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGAGGCGGCGGTCGCTGCTCCGCGTCCCCGGCTGCTCCTCCTCGTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC  74

Query   75  GGCGCTGCTCCCGGGGGCGACGGCGTTACAGTGTTTCTGCCACCTCTGTACAAAAGACAATTTTACTTGTGTGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGCGCTGCTCCCGGGGGCGACGGCGTTACAGTGTTTCTGCCACCTCTGTACAAAAGACAATTTTACTTGTGTGA  148

Query  149  CAGATGGGCTCTGCTTTGTCTCTGTCACAGAGACCACAGACAAAGTTATACACAACAGCATGTGTATAGCTGAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CAGATGGGCTCTGCTTTGTCTCTGTCACAGAGACCACAGACAAAGTTATACACAACAGCATGTGTATAGCTGAA  222

Query  223  ATTGACTTAATTCCTCGAGATAGGCCGTTTGTATGTGCACCCTCTTCAAAAACTGGGTCTGTGACTACAACATA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ATTGACTTAATTCCTCGAGATAGGCCGTTTGTATGTGCACCCTCTTCAAAAACTGGGTCTGTGACTACAACATA  296

Query  297  TTGCTGCAATCAGGACCATTGCAATAAAATAGAACTTCCAACTACTGTAAAGTCATCACCTGGCCTTGGTCCTG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                            
Sbjct  297  TTGCTGCAATCAGGACCATTGCAATAAAATAGAACTTCCAACTACT----------------------------  342

Query  371  TGGAACTGGCAGCTGTCATTGCTGGACCAGTGTGCTTCGTCTGCATCTCACTCATGTTGATGGTCTATATCTGC  444
                                                                                      
Sbjct  343  --------------------------------------------------------------------------  342

Query  445  CACAACCGCACTGTCATTCACCATCGAGTGCCAAATGAAGAGGACCCTTCATTAGATCGCCCTTTTATTTCAGA  518
                                                                                      
Sbjct  343  --------------------------------------------------------------------------  342

Query  519  GGGTACTACGTTGAAAGACTTAATTTATGATATGACAACGTCAGGTTCTGGCTCAGGTTTACCATTGCTTGTTC  592
                                                                   |||||||||||||||||||
Sbjct  343  -------------------------------------------------------GGTTTACCATTGCTTGTTC  361

Query  593  AGAGAACAATTGCGAGAACTATTGTGTTACAAGAAAGCATTGGCAAA-GTCGATTTGGAGAAGTTTGGAGAGGA  665
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  362  AGAGAACAATTGCGAGAACTATTGTGTTACAAGAAAGCATTGGCAAAGGTCGATTTGGAGAAGTTTGGAGAGGA  435

Query  666  AAGTGGCGGGGAGAAGAAGTTGCTGTTAAGATATTCTCCTCTAGAGAAGNACGTTNGGTTGNTNCCGTGAGGCA  739
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|  ||.|.||||||||||
Sbjct  436  AAGTGGCGGGGAGAAGAAGTTGCTGTTAAGATATTCTCCTCTAGAGAAGAACGTTCG--TGGTTCCGTGAGGCA  507

Query  740  GAGATTTTATCAAANTGTAAATGTTACGTCATGAAAACATCCTGGGGATTNNTAGCAGCAGACATAAAAGACAA  813
            |||| |||||||||.||| |||||||||||||||||||||||| ||||||..||||||||||||..||||||||
Sbjct  508  GAGA-TTTATCAAACTGT-AATGTTACGTCATGAAAACATCCT-GGGATTTATAGCAGCAGACAATAAAGACAA  578

Query  814  TGGTACTTGGACTCAGCTCTGGTTGGTGTCAGATTATCATGAGCATGGATCCCTTTTTGATTACTTAAACAGAT  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  579  TGGTACTTGGACTCAGCTCTGGTTGGTGTCAGATTATCATGAGCATGGATCCCTTTTTGATTACTTAAACAGAT  652

Query  888  ACACAGTTACTGTGGAAGGAATGATAAAACTTGCTCTGTCCACGGCGAGCGGTCTTGCCCATCTTCACATGGAG  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  653  ACACAGTTACTGTGGAAGGAATGATAAAACTTGCTCTGTCCACGGCGAGCGGTCTTGCCCATCTTCACATGGAG  726

Query  962  ATTGTTGGTACCCAAGGAAAGCCAGCCATTGCTCATAGAGATTTGAAATCAAAGAATATCTTGGTAAAGAAGAA  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  727  ATTGTTGGTACCCAAGGAAAGCCAGCCATTGCTCATAGAGATTTGAAATCAAAGAATATCTTGGTAAAGAAGAA  800

Query 1036  TGGAACTTGCTGTATTGCAGACTTAGGACTGGCAGTAAGACATGATTCAGCCACAGATACCATTGATATTGCTC  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  801  TGGAACTTGCTGTATTGCAGACTTAGGACTGGCAGTAAGACATGATTCAGCCACAGATACCATTGATATTGCTC  874

Query 1110  CAAACCACAGAGTGGGAACAAAAAGGTACATGGCCCCTGAAGTTCTCGATGATTCCATAAATATGAAACATTTT  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  875  CAAACCACAGAGTGGGAACAAAAAGGTACATGGCCCCTGAAGTTCTCGATGATTCCATAAATATGAAACATTTT  948

Query 1184  GAATCCTTCAAACGTGCTGACATCTATGCAATGGGCTTAGTATTCTGGGAAATTGCTCGACGATGTTCCATTGG  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  949  GAATCCTTCAAACGTGCTGACATCTATGCAATGGGCTTAGTATTCTGGGAAATTGCTCGACGATGTTCCATTGG  1022

Query 1258  TGGAATTCATGAAGATTACCAACTGCCTTATTATGATCTTGTACCTTCTGACCCATCAGTTGAAGAAATGAGAA  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023  TGGAATTCATGAAGATTACCAACTGCCTTATTATGATCTTGTACCTTCTGACCCATCAGTTGAAGAAATGAGAA  1096

Query 1332  AAGTTGTTTGTGAACAGAAGTTAAGGCCAAATATCCCAAACAGATGGCAGAGCTGTGAAGCCTTGAGAGTAATG  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1097  AAGTTGTTTGTGAACAGAAGTTAAGGCCAAATATCCCAAACAGATGGCAGAGCTGTGAAGCCTTGAGAGTAATG  1170

Query 1406  GCTAAAATTATGAGAGAATGTTGGTATGCCAATGGAGCAGCTAGGCTTACAGCATTGCGGATTAAGAAAACATT  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171  GCTAAAATTATGAGAGAATGTTGGTATGCCAATGGAGCAGCTAGGCTTACAGCATTGCGGATTAAGAAAACATT  1244

Query 1480  ATCGCAACTCAGTCAACAGGAAGGCATCAAAATG  1513
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245  ATCGCAACTCAGTCAACAGGAAGGCATCAAAATG  1278