Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14947
• Subject: XM_006499190.3
• Aligned Length: 2298
• Identities: 1970
• Gaps: 144

Alignment

Query    1  ATGAGTGTCCAAAGTAGCAGTGGAAGTTTGGAGGGGCCGCCATCTTGGTCCCAGCTCTCCACGTCTCCAACCCC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGGCTCGGCGGCGGCGGCCAGGTCCCTGCTGAATCACACGCCGCCATCCGGGAGGCCCAGGGAAGGTGCAATGG  148
                                                                                  ||||
Sbjct    1  ----------------------------------------------------------------------ATGG  4

Query  149  ATGAGCTTCATAGTCTGGATCCAAGAAGGCAAGAGTTATTGGAAGCTAGATTTACTGGAGTTGCAAGTGGGAGC  222
            ||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|.||||||.
Sbjct    5  ATGAGCTTCACAGTCTGGACCCAAGAAGGCAAGAATTATTGGAAGCAAGATTTACTGGAGTTGCTACTGGGAGT  78

Query  223  ACTGGAAGTACGGGCAGTTGCAGTGTTGGAGCTAAAGCCTCAACAAATAACGAAAGCTCTAATCACAGTTTTGG  296
            |||||.|||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct   79  ACTGGGAGTACTGGGAGTTGCAGTGTTGGAGCAAAAGCTTCAACAAATAATGAAAGTTCTAATCACAGTTTTGG  152

Query  297  AAGCTTGGGATCTTTAAGTGACAAAGAATCAGAGACACCGGAGAAGAAACAATCGGAATCATCCAGGGGAAGAA  370
            ||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  153  AAGCTTAGGATCTCTAAGTGACAAAGAATCAGAGACACCAGAGAAGAAACAATCAGAGTCATCCAGGGGAAGAA  226

Query  371  AGAGAAAAGCAGAAAACCAGAATGAAAGTAGTCAGGGAAAAAGTATTGGGGGACGTGGCCACAAAATTAGCGAC  444
            |||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.||||||
Sbjct  227  AGAGAAAAGCAGAAAGTCAGAATGAAAGTAGTCAGGGAAAAAGTATCGGGGGACGTGGCCATAAGATCAGCGAC  300

Query  445  TATTTTGAATACCAGGGTGGAAATGGCTCAAGTCCAGTAAGAGGCATACCTCCTGCAATCCGTTCTCCTCAAAA  518
            ||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||
Sbjct  301  TATTTTGAATACCAAGGTGGAAATGGCTCGAGTCCAGTAAGAGGCATCCCTCCAGCAATCCGTTCTCCGCAGAA  374

Query  519  TTCACATTCACATTCCACTCCTTCCTCATCTGTTCGACCGAATAGCCCTTCTCCTACTGCATTAGCATTTGGGG  592
            .|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct  375  CTCACACTCACATTCCACTCCTTCCTCATCTGTTCGACCGAATAGCCCTTCTCCTACTGCATTAGCTTTCGGGG  448

Query  593  ACCACCCTATTGTACAACCAAAGCAATTATCCTTTAAAATTATTCAGACTGATCTCACAATGCTGAAATTAGCA  666
            ||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||.||.|.|||.||||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct  449  ACCACCCTGTTGTACAACCAAAGCAGTTATCCTTTAAGATCACTCAAACTGATCTTACAATGCTGAAATTGGCA  522

Query  667  GCATTAGAAAGTAATAAAATCCAGGACCTGGAAAAGAAGGAGGGACGTATAGATGATTTGCTCAGGGCTAACTG  740
            |||||||||||||.|||||..||.||||||||.||||||||.||.||.||.||||||.||||||||||.|||||
Sbjct  523  GCATTAGAAAGTACTAAAAATCAAGACCTGGAGAAGAAGGAAGGCCGGATTGATGATCTGCTCAGGGCCAACTG  596

Query  741  TGATCTCAGACGGCAAATAGATGAACAACAAAAATTACTTGAAAAATACAAAGAACGATTAAATAAGTGCATAT  814
            |||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  597  TGATCTCAGGCGGCAAATAGATGATCAACAGAAATTACTTGAAAAATACAAAGAACGATTAAATAAGTGCATAT  670

Query  815  CAATGAGCAAGAAACTTCTTATTGAAAAGAGTACACAAGAAAAGCTGTCAAGCAGAGAGAAGAGTATGCAAGAT  888
            |.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||..||||.||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  671  CTATGAGCAAGAAACTACTTATTGAAAAGAGTACACAAGAAAAATTGTCTAGCAGAGAAAAGAGTATGCAAGAT  744

Query  889  CGATTACGCCTTGGGCACTTTACAACAGTTAGACATGGCGCTTCATTTACTGAACAATGGACAGATGGTTTTGC  962
            ||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||
Sbjct  745  CGGTTGCGCCTTGGGCACTTTACCACAGTTAGACACGGCGCTTCCTTTACAGAACAGTGGACAGATGGTTTTGC  818

Query  963  ATTTCAGAATCTTGTGAAGCAACAAGAATGGGTGAATCAGCAAAGGGAAGATATTGAAAGGCAAAGGAAACTTC  1036
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||.|||||||.|||||||
Sbjct  819  ATTTCAGAATCTTGTGAAGCAACAAGAATGGGTGAATCAACAAAGGGAAGACATTGAACGGCAAAGAAAACTTC  892

Query 1037  TAGCCAAACGCAAACCTCCCACAGCTAATAATTCTCAGGCACCCTCTACCAATTCTGAACCAAAACAAAGGAAA  1110
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||.|.||.|||||.||.
Sbjct  893  TAGGCAAACGCAAACCTCCCACAGCTAATAATTCTCAGGCACCTGCTACCAATTCTGAAGCCAAGCAAAGAAAG  966

Query 1111  AACAAAGCAGTCAATGGAGCAGAGAATGATCCCTTTGTTAGACCAAATTTACCACAACTGTTGACTTTGGCAGA  1184
            |.|||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct  967  ACCAAGGCAGTCAATGGAGCGGAAAACGATCCCTTTGTTAGGCCAAATTTACCACAACTGCTGACTCTGGCAGA  1040

Query 1185  ATATCATGAACAGGAAGAAATTTTCAAACTTAGACTAGGACATCTCAAAAAGGAAGAGGCAGAAATCCAGGCAG  1258
            .|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1041  GTATCATGAACAAGAGGAAATTTTTAAACTTAGACTAGGACATCTCAAAAAGGAAGAGGCTGAAATCCAGGCGG  1114

Query 1259  AACTTGAACGTTTGGAAAGAGTCAGAAATCTTCACATACGTGAGCTGAAAAGAATAAACAATGAAGATAATTCA  1332
            ||||.||.||||||||.||.|||.|.||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1115  AACTGGAGCGTTTGGAGAGGGTCCGGAACCTTCACATCCGAGAGCTGAAGAGAATAAACAATGAGGATAATTCA  1188

Query 1333  CAGTTCAAAGATCACCCAACATTAAATGAAAGATATTTATTACTTCATCTGCTTGGTAGAGGTGGCTTTAGTGA  1406
            ||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1189  CAGTTCAAAGATCATCCAACGTTAAATGAAAGATATTTATTACTTCATCTGCTTGGGAGAGGCGGCTTTAGTGA  1262

Query 1407  AGTGTATAAGGCTTTTGACCTTTATGAACAAAGATATGCTGCTGTGAAGATACATCAGCTTAATAAAAGCTGGA  1480
            .||.||||||||.||.|||.|.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 1263  GGTCTATAAGGCATTCGACTTGTATGAGCAAAGATACGCTGCTGTGAAGATCCACCAGCTTAATAAGAGCTGGA  1336

Query 1481  GAGATGAGAAGAAAGAAAACTACCACAAACATGCCTGCAGAGAGTATAGAATACACAAAGAACTGGATCACCCC  1554
            ||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||.||||||||.||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1337  GAGACGAGAAGAAAGAAAACTACCACAAACACGCTTGCCGAGAGTATCGAATACACAAGGAACTGGACCACCCC  1410

Query 1555  AGAATAGTTAAACTCTATGATTATTTCTCCTTGGATACAGATACGTTTTGTACAGTGTTAGAATACTGTGAAGG  1628
            |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||||||
Sbjct 1411  AGAATAGTTAAACTCTATGATTACTTCTCCTTGGATACAGATACGTTTTGTACAGTGCTAGAGTACTGTGAAGG  1484

Query 1629  CAATGACTTGGATTTCTATCTGAAGCAACACAAGTTAATGTCAGAGAAAGAAGCTCGGTCTATTGTAATGCAGA  1702
            ||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1485  CAATGACTTGGACTTCTACCTGAAGCAGCACAAGTTGATGTCTGAGAAAGAAGCTCGGTCTATTGTGATGCAGA  1558

Query 1703  TTGTAAATGCACTAAGATATCTCAATGAGATCAAACCCCCTATTATACATTATGATCTTAAGCCAGGAAACATC  1776
            ||||.|||||..||.|.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1559  TTGTGAATGCCTTACGCTATCTCAATGAAATCAAACCTCCTATTATACATTATGACCTTAAGCCAGGAAATATC  1632

Query 1777  CTACTGGTAGATGGAACAGCATGTGGTGAAATCAAAATCACTGATTTTGGTCTGTCCAAGATTATGGATGATGA  1850
            ||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1633  CTTCTGGTAGATGGAACAGCATGTGGAGAAATCAAAATCACTGATTTTGGTCTGTCCAAGATTATGGATGACGA  1706

Query 1851  TAGCTATGGTGTAGATGGAATGGATCTAACTTCCCAGGGGGCAGGCACTTACTGGTATTTACCTCCTGAGTGTT  1924
            |||.||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1707  TAGTTACGGTGTTGATGGGATGGATCTGACTTCCCAGGGGGCAGGCACTTACTGGTATTTACCTCCTGAGTGCT  1780

Query 1925  TTGTAGTTGGAAAAGAGCCACCAAAGATTTCCAACAAGGTTGATGTATGGTCGGTTGGAGTCATCTTCTTTCAG  1998
            ||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct 1781  TTGTAGTTGGAAAAGAGCCACCGAAGATCTCCAACAAGGTTGACGTGTGGTCAGTTGGGGTCATCTTCTTCCAG  1854

Query 1999  TGTCTTTATGGTAGAAAGCCATTTGGTCACAATCAATCTCAACAAGACATTCTTCAAGAAAATACAATATTAAA  2072
            ||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||.|.||
Sbjct 1855  TGCCTCTATGGTAGAAAACCATTTGGTCACAATCAATCTCAACAAGACATTCTACAGGAAAACACAATACTGAA  1928

Query 2073  AGCCACAGAAGTCCAGTTCCCTGTAAAACCGGTTGTAAGCAGTGAAGCCAAGGCATTTATAAGACGCTGTTTGG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1929  AGCCACAGAAGTCCAGTTCCCTGTAAAACCTGTTGTAAGCAGTGAAGCCAAGGCCTTCATAAGACGCTGTTTGG  2002

Query 2147  CATATCGAAAAGAAGATCGATTTGATGTGCACCAGCTGGCAAATGACCCATACCTTCTCCCACACATGAGAAGA  2220
            |.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2003  CTTACCGAAAAGAAGATCGATTTGATGTGCACCAGCTGGCAAATGACCCATACCTTCTGCCACACATGAGAAGA  2076

Query 2221  TCAAATTCTTCAGGAAACCTACACATGGCTGGGCTGACAGCATCCCCTACACCCCCTTCTTCAAGCATAATTAC  2294
            ||||||||||||||||||.||||.|||.||||||||||||||.|.||.|||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2077  TCAAATTCTTCAGGAAACTTACATATGTCTGGGCTGACAGCAACTCCCACACCTCCTTCTTCAAGCATAATTAC  2150

Query 2295  TTAC  2298
            ||||
Sbjct 2151  TTAC  2154