Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14983
• Subject: NM_001304457.2
• Aligned Length: 2010
• Identities: 1740
• Gaps: 267

Alignment

Query    1  ATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCCCCAGGACCTGCGTGCAGGCAGGCAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCCCCAGGACCTGCGTGCAGGCAGGCAC  74

Query   75  CCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGATAGCTCGGGGGAAGCCCGTGACCCTCTGGTGTC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGATAGCTCGGGGGAAGCCCGTGACCCTCTGGTGTC  148

Query  149  AGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCCATGGGCCCGGAAGAGACAGAACCCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCCATGGGCCCGGAAGAGACAGAACCCA  222

Query  223  CTGGAGCCTGGAGCCAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATGACAGTGCAGGGCGATACCGCTGCTA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTGGAGCCTGGAGCCAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATGACAGTGCAGGGCGATACCGCTGCTA  296

Query  297  CTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTGGTGGCGACAGGATTCTATGCAGAAC  370
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
Sbjct  297  CTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTGGTGGCGAC-----------------  353

Query  371  CCACTCTTTTAGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGTGACCCTCCAGTGTGATACACTGGAC  444
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  354  ----------AGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGTGACCCTCCAGTGTGATACACTGGAC  417

Query  445  GGACTTCTCACGTTTGTTCTTGTTGAGGAAGAACAGAAGCTCCCCAGGACCCTGTACTCACAGAAGCTCCCCAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  418  GGACTTCTCACGTTTGTTCTTGTTGAGGAAGAACAGAAGCTCCCCAGGACCCTGTACTCACAGAAGCTCCCCAA  491

Query  519  AGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCAGCTGCAGGTGGAGGTTCAGATGCTATTACT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  492  AGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCAGCTGCAGGTGGAGGTTCAGATGCTATTACT  565

Query  593  ATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTCCTGGAGATTCTGGTCCCAGGCGTGTCTAGG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  566  ATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTCCTGGAGATTCTGGTCCCAGGCGTGTCTAGG  639

Query  667  AAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCCGCGGAGGCAGCCTGACCCTGCAGTGTCGCTCTGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  640  AAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCCGCGGAGGCAGCCTGACCCTGCAGTGTCGCTCTGA  713

Query  741  TGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACATGACCTCGTCCAGGGCTCTGGCCAGCAGCCCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  714  TGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACATGACCTCGTCCAGGGCTCTGGCCAGCAGCCCC  787

Query  815  AGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTCCCACGGGGGCCAGTACAGATGCTAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  788  AGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTCCCACGGGGGCCAGTACAGATGCTAC  861

Query  889  GGTGCACACAACCTCTCCCCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGGCCATCCTGATCGCAGGACTGATCCC  962
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  862  GGTGCACACAACCTCTCCCCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGGACATCCTGATCGCAGGACTGATCCC  935

Query  963  TGACATACCCGCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGGTGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  936  TGACATACCCGCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGGTGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGT  1009

Query 1037  CATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAGGGGGCAGCCCATCCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010  CATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAGGGGGCAGCCCATCCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAG  1083

Query 1111  TACCAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGAGTCCTGTGACCTCAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084  TACCAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGAGTCCTGTGACCTCAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATG  1157

Query 1185  CTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCCAGCCCTAGTTACCCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGAC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1158  CTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCCAGCCCTAGTTACCCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGAC  1231

Query 1259  CCTCTGGGGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCACCCCCACACCT---GGCCCTGAGGACCAGCCCCTCACC  1329
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232  CCTCTGGGGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCACCCCCACACCTGCAGGCCCTGAGGACCAGCCCCTCACC  1305

Query 1330  CCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGGTCTGGGAAGGCACCTGGGGGTTGTGACTGGGGTCTCAGTGGCCTTCGT  1403
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306  CCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGGTCTGGGAAGGCACCTGGGGGTTGTGACTGGGGTCTCAGTGGCCTTCGT  1379

Query 1404  CCTGCTGCTGTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGACATCGGCATCAGAGCAAACACAGGACATCGGCCCATT  1477
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380  CCTGCTGCTGTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGACATCGGCATCAGAGCAAACACAGGACATCGGCCCATT  1453

Query 1478  TCTACCGTCCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCCAAGGACCAGGGCCTGCAGAAGAGGGCCAGCCCAGTTGCT  1551
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454  TCTACCGTCCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCCAAGGACCAGGGCCTGCAGAAGAGGGCCAGCCCAGTTGCT  1527

Query 1552  GACATCCAGGAGGAAATTCTCAATGCTGCCGTGAAGGACACACAGCCCAAGGACGGGGTGGAGATGGATGCT--  1623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
Sbjct 1528  GACATCCAGGAGGAAATTCTCAATGCTGCCGTGAAGGACACACAGCCCAAGGACGGGGTGGAGATGGATGCTCC  1601

Query 1624  --------------------------------------------------------------------------  1623
                                                                                      
Sbjct 1602  GCAGAGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCCCGGTGAAACACTCCAGACCTAGGAGAGAAA  1675

Query 1624  --------------------------------------------------------------------------  1623
                                                                                      
Sbjct 1676  TGGCCTCTCCTCCTTCCCCACTGTCTGGGGAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAG  1749

Query 1624  --------------------------------------------------------------------------  1623
                                                                                      
Sbjct 1750  ATGGACACTGAGAGAGTCCTTTCCTCTCCAGGCCCCCAGGCCTCCCCCACCCCCACCACGTTCCTTCCCTCTCA  1823

Query 1624  -------------CGGGCTGCTGCATCTGAAGCCCCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTACACAGCTTGACCC  1684
                         |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1824  CTCTCCCCCGCTGCAGGCTGCTGCATCTGAAGCCCCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCC  1897

Query 1685  TCAGACGGGAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAAGGGAACCTCCAGCTGAACCCAGCATCTACGCCCCC  1758
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898  TCAGACGGGAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAAGGGAACCTCCAGCTGAACCCAGCATCTACGCCCCC  1971

Query 1759  CTGGCCATCCAC  1770
            ||||||||||||
Sbjct 1972  CTGGCCATCCAC  1983