Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14983
• Subject: XR_001756785.2
• Aligned Length: 2310
• Identities: 1474
• Gaps: 617

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  CACACCCTGTGTGTCTCTCTGTCCTGCCAGCACTGAGGGCTCATCCCTCTGCAGAGCGCGGGGTCACCGGGAGG  74

Query    1  -------ATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCCCCAGGACCTGCGTGCAGG  67
                   |||||.|.|.|||||.|||.||||.|.|||||.|||||||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct   75  AGACGCCATGACGCCCGCCCTCACAGCCCTGCTCTGCCTTGGGCTGAGTCTGGGCCCCAGGACCCGCGTGCAGG  148

Query   68  CAGGCACCCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGAT-AGCTCGGGGGAAGCCCGTGACCCT  140
            ||||..||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||| |||| ||||||..|||||||||.|
Sbjct  149  CAGGGCCCTTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGGCTCTGTGATCAGCT-GGGGGAGCCCCGTGACCAT  221

Query  141  CTGGTGTCAGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCCATGGGCCC--GGAAGAG  212
            |||||||||||||..|||||||.|..||||||||||.||||||||.||||||..|||| |.||||  || |.||
Sbjct  222  CTGGTGTCAGGGGAGCCTGGAGGCCCAGGAGTACCGACTGGATAAAGAGGGAAGCCCA-GAGCCCTTGG-ACAG  293

Query  213  ACAGAACCCACTGGAGCCTGGAGC-----CAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATGACAG------  275
            |.|.|||||||||||.||     |     ||||||||..|||..|||.||||||       |||||||      
Sbjct  294  AAATAACCCACTGGAACC-----CAAGAACAAGGCCAGATTCTCCATCCCATCC-------ATGACAGAGCACC  355

Query  276  -TGCAGGGCGATACCGCTGCTACTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTGGTG  348
             |||.|||.|||||||||||.|||||.|.|.|.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  356  ATGCGGGGAGATACCGCTGCCACTATTACAGCTCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGCGACCCCCTGGAGCTGGTG  429

Query  349  GCGACAGGATTCTATGCA--GAACCCACTCTTTTAGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGTG  420
            ..||||||||||||  ||  .|||||||.||.|.|||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||.||
Sbjct  430  ATGACAGGATTCTA--CAACAAACCCACCCTCTCAGCCCTGCCCAGCCCTGTGGTGGCCTCAGGGGGGAATATG  501

Query  421  ACCCTCCAGTGTGATACACTGGACGGACTTCTCAC--GTTTGTTCTTGTTG-AGGA---AGAACAGAAGCTCCC  488
            |||||||..||||...|||.|.|.|||  |.||||  .||||||| ||.|| ||||   ||||||..|||||||
Sbjct  502  ACCCTCCGATGTGGCTCACAGAAGGGA--TATCACCATTTTGTTC-TGATGAAGGAAGGAGAACACCAGCTCCC  572

Query  489  CAGGACCCTGTACTCACAGAAGCTCCCCAAAGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCA  562
            |.||||||||.||||||||.||||||.||..|||...|.|||||||||||||||||||||.|||||||.|||||
Sbjct  573  CCGGACCCTGGACTCACAGCAGCTCCACAGTGGGGGGTTCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGCCCCGTGAACCCCA  646

Query  563  GCTGCAGGTGGAGGTTCAGATGCTATTACTATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTC  636
            ||..||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||.|.|||.|||||||||||..||||||||||||.|
Sbjct  647  GCCACAGGTGGAGGTTCACATGCTATTACTATTATATGAACACCCCCCAGGTGTGGTCCCACCCCAGTGACCCC  720

Query  637  CTGGAGATTCTGGTCCCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCCGCGG  710
            ||||||||||||..|.||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||.|||||.||||||..| 
Sbjct  721  CTGGAGATTCTGCCCTCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGACCCTGCAGGGCCCTGTCCTGGCCCCTG-  793

Query  711  AGGC--AGCCTGACCCTGCAGTGTCGCTCTGATGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACA  782
             |||  |||||||||||.||||||.||||||||||||||||.||||.|||.||||||||.|||||||||||||.
Sbjct  794  -GGCAGAGCCTGACCCTCCAGTGTGGCTCTGATGTCGGCTACGACAGATTTGTTCTGTATAAGGAGGGGGAACG  866

Query  783  TGACCTCGTCCAGGGCTCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGA  856
            ||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  867  TGACTTCCTCCAGCGCCCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGA  940

Query  857  GCCGCTCCCACGGGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCC-CCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGA  929
            |||.|||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||| ||.| ||||||||||||||||||
Sbjct  941  GCCCCTCCCACGGGGGCCAGTACAGGTGCTATGGTGCACACAACCTCTCCTCCGA-GTGGTCGGCCCCCAGCGA  1013

Query  930  CCCCCTGGCCATCCTGATCGCAGGACTGATCCCTGACATACCCG---CCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGG  1000
            |||||||..|||||||||.|||||||.||||..|||||   |||   ||||.||.|..|||||||||||||..|
Sbjct 1014  CCCCCTGAACATCCTGATGGCAGGACAGATCTATGACA---CCGTCTCCCTGTCAGCACAGCCGGGCCCCACAG  1084

Query 1001  TGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAG  1074
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||...|||.|.|||||||||.||.|||||||.||.
Sbjct 1085  TGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGTGGCAGTTTGACACTTTCCTTCTGACCAAAGAA  1158

Query 1075  GGGGCAGCCCATCCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAGTAC-CAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGA  1147
            |||||||||||||||||.|||.||||.|..||||.|||| .|| ||.|||...||||||||||||||.||||||
Sbjct 1159  GGGGCAGCCCATCCCCCACTGCGTCTGAGATCAATGTACGGAG-CTCATAAGTACCAGGCTGAATTCCCCATGA  1231

Query 1148  GTCCTGTGACCTCAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATGCTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCC  1221
            |||||||||||||||||||.|..||.||||||.|.||||||.||.||..|||.|||.|||||.||||||||||.
Sbjct 1232  GTCCTGTGACCTCAGCCCACGCGGGGACCTACAGGTGCTACGGCTCATACAGCTCCAACCCCCACCTGCTGTCT  1305

Query 1222  AGCCCTAGTTACCCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGACCCTCTGG-GGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCA  1294
            ..|||.|||.|.||||.|||.|||.||||||||||||.|||||| ||.| ||||||||.||||.||||| .||.
Sbjct 1306  TTCCCCAGTGAGCCCCTGGAACTCATGGTCTCAGGACACTCTGGAGGCT-CCAGCCTCCCACCCACAGG-GCCG  1377

Query 1295  CCC-CCACACCTGGCCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGGTCTGGGAAGGCA  1367
            ||| |||||||                                                ||||||||||||..|
Sbjct 1378  CCCTCCACACC------------------------------------------------TGGTCTGGGAAGATA  1403

Query 1368  CCTGGGGGTTGTGACTGGGGTCTCAGTGGCCTTCGTCCTGCTGCTGTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGAC  1441
            |||||.||||.|||.|||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404  CCTGGAGGTTTTGATTGGGGTCTCGGTGGCCTTCGTCCTGCTGCTCTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGAC  1477

Query 1442  ATCGGCATCAGAGCAAACACAGGACATCGG-----------------------CCC-----------------A  1475
            .||.||.|||.|||||||||||||||||.|                       |||                 |
Sbjct 1478  GTCAGCGTCACAGCAAACACAGGACATCTGGGCTGAGACTCTGTCCATCTTCACCCAGACCAGAGAAAGACTGA  1551

Query 1476  TTTCTACCGTCCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCCAAGGACCAGGGCCTGCAGAAGAGGGCCAGCCCAGTTG  1549
            ||||.|.|||||||||||||||||||.|.||||||||||||||..||||||||.||.||||.|||||||||.||
Sbjct 1552  TTTCCAGCGTCCTGCAGGGGCTGCGGAGACAGAGCCCAAGGACAGGGGCCTGCTGAGGAGGTCCAGCCCAGCTG  1625

Query 1550  CTGACATCCAGGAGGAAATTCTCAATGCTGCCGTGAAGGACACACAGCCCAAGGACGGGGTGG-----------  1612
            |||||.|||||||.||||..|||.|||||||||||||||||||||||.|..|||||.||||||           
Sbjct 1626  CTGACGTCCAGGAAGAAAACCTCTATGCTGCCGTGAAGGACACACAGTCTGAGGACAGGGTGGAGCTGGACAGT  1699

Query 1613  --------------------------------------------------------------------------  1612
                                                                                      
Sbjct 1700  CAGAGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCCCGGTGAAACACTCCAGTCCTAGGAGAGAAAT  1773

Query 1613  -----------------------------------------------------------------------AGA  1615
                                                                                   |||
Sbjct 1774  GGCCTCTCCTCCCTCCTCACTGTCTGGGGAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGTGGAAGAGGACAGGCAGA  1847

Query 1616  TGGATGCTCGGGCTGCTGCATCTGAAGCCCCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTACACAGCTTGACCCTCAGA  1689
            ||||..||..|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1848  TGGACACTGAGGCTGCTGCATCTGAAGCCTCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTTAGA  1921

Query 1690  CGGGAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAAGGGAACCTCCAGCTGAACCCAGCATCTACGCCCCCCTGGC  1763
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||
Sbjct 1922  CGGAAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGGAACCTCCAGCTGAGCCCAGCATCTACGCCACTCTGGC  1995

Query 1764  CATCCAC-------------------------------------------------------------------  1770
            |||||||                                                                   
Sbjct 1996  CATCCACTAGCCCGGGGGGTACGCAGACCCCACACTCAGCAGAAGGAGACTCAGGACTGCTGAAGGCACGGGAG  2069

Query 1771  --------------------------------------------------------------------------  1770
                                                                                      
Sbjct 2070  CTGCCCCCAGTGGACACCAGTGAACCCCAGTCAGCCTGGACCCCTAACACAGACCATGAGGAGACGCTGGGAAC  2143

Query 1771  --------------------------------------------------------------------------  1770
                                                                                      
Sbjct 2144  TTGTGGGACTCACCTGACTCAAAGATGACTAATATCGTCCCATTTTGGAAATAAAGCAACAGACTTCTCAACAA  2217

Query 1771  ----------------  1770
                            
Sbjct 2218  TCAATGAGTTAATAAC  2233