Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14983
- Subject:
- XR_935722.1
- Aligned Length:
- 2324
- Identities:
- 1633
- Gaps:
- 623
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 AGAACCCAGCCTCCAGTCCACACTCTGCGTGTTTTTGTGTCCTGCCAGGCACCGTGGTCTCATCCGCCTGCACA 74
Query 1 -------------------------ATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCC 49
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 GCTGAGTCCAGTGGGAGCTGACGCCATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCC 148
Query 50 CCAGGACCTGCGTGCAGGCAGGCACCCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGATAGCTCGG 123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 CCAGGACCTGCGTGCAGGCAGGCACCCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGATAGCTCGG 222
Query 124 GGGAAGCCCGTGACCCTCTGGTGTCAGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCC 197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GGGAAGCCCGTGACCCTCTGGTGTCAGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCC 296
Query 198 ATGGGCCCGGAAGAGACAGAACCCACTGGAGCCTGGAGCCAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATG 271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 ATGGGCCCGGAAGAGACAGAACCCACTGGAGCCTGGAGCCAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATG 370
Query 272 ACAGTGCAGGGCGATACCGCTGCTACTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTG 345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ACAGTGCAGGGCGATACCGCTGCTACTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTG 444
Query 346 GTGGCGACAGGATTCTATGCAGAACCCACTCTTTTAGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 GTGGCGACAGGATTCTATGCAGAACCCACTCTTTTAGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGT 518
Query 420 GACCCTCCAGTGTGATACACTGGACGGACTTCTCACGTTTGTTCTTGTTGAGGAAGAACAGAAGCTCCCCAGGA 493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 GACCCTCCAGTGTGATACACTGGACGGACTTCTCACGTTTGTTCTTGTTGAGGAAGAACAGAAGCTCCCCAGGA 592
Query 494 CCCTGTACTCACAGAAGCTCCCCAAAGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCAGCTGC 567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CCCTGTACTCACAGAAGCTCCCCAAAGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCAGCTGC 666
Query 568 AGGTGGAGGTTCAGATGCTATTACTATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTCCTGGA 641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AGGTGGAGGTTCAGATGCTATTACTATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTCCTGGA 740
Query 642 GATTCTGGTCCCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCCGCGGAGGCA 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GATTCTGGTCCCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCCGCGGAGGCA 814
Query 716 GCCTGACCCTGCAGTGTCGCTCTGATGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACATGACCTC 789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 GCCTGACCCTGCAGTGTCGCTCTGATGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACATGACCTC 888
Query 790 GTCCAGGGCTCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTC 863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 GTCCAGGGCTCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTC 962
Query 864 CCACGGGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCCCCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGG 937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CCACGGGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCCCCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGG 1036
Query 938 CCATCCTGATCGCAGGACTGATCCCTGACATACCCGCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGGTGGCCTCAGGA 1011
.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 ACATCCTGATCGCAGGACTGATCCCTGACATACCCGCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGGTGGCCTCAGGA 1110
Query 1012 GAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAGGGGGCAGCCCA 1085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAGGGGGCAGCCCA 1184
Query 1086 TCCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAGTACCAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGAGTCCTGTGACCT 1159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TCCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAGTACCAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGAGTCCTGTGACCT 1258
Query 1160 CAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATGCTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCCAGCCCTAGTTAC 1233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATGCTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCCAGCCCTAGTTAC 1332
Query 1234 CCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGACCCTCTGGGGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCACCCCCACACCT-- 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 CCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGACCCTCTGGGGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCACCCCCACACCTGC 1406
Query 1306 -GGCCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGGT-------CTGGGAA--GGC--- 1366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.| |||..|| |||
Sbjct 1407 AGGCCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGTTTCAGCAGCTGTAAACTGGCTCA 1480
Query 1367 ------------------ACCTG------GGGGT-----------TGTGACTGGGGTCT-------------CA 1392
|.||| ||.|| ||.|||..||..|| ||
Sbjct 1481 GTCCCATCCAGCTCACAGAACTGCTGCGAGGCGTAAGCAAAATCATGGGACCTGGCCCTGTACACAGCTCGGCA 1554
Query 1393 GTGG--CCTTCGTCCTGCTGCTGTTCCTCCTCCTCTTCCTC--------------CTCCT---CCGACA---TC 1444
|.|| ||.||.|||||||.| ||||..|| ||||| | |.||| |.|||| ||
Sbjct 1555 GGGGCACCGTCCTCCTGCTAC----CCTCAGCC-CTTCC-CAGATACACACAGAGCCCCTATCCAGACAGGTTC 1622
Query 1445 GGCATCAGAGCA----AACACAGGACATCGGCCCATT--TCTACCGTCCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCC 1512
.||||..|||.| ||| |.|||..|.| ...||.|.||||...|.|||| ||.|..|||| |
Sbjct 1623 TGCATGGGAGTATGGGAAC--------TTGGCAGAGTGGGAAACGGACCTGGCTGAGCTG-GGAGTGAGAG--C 1685
Query 1513 AAGGACCAGGG-----CCTGCAGAAGAGGGCCA-------GCCCAG---TTGCTGACATCCAGGAGGAA----- 1566
||.| ||||| ||||||.|| .||| .||||| .||||| |.|.|| ||||
Sbjct 1686 AATG--CAGGGTCCGTCCTGCACAA----CCCACTCCCTCTCCCAGGCCCTGCTG---TGCTGG-GGAAGGGAG 1749
Query 1567 -ATTCTCAATGCTGCCGTGAAGGACACACAGCC-------------CAAGGACGGG--------GT------GG 1612
||.||.| ||||||||| ||||| |.|||||.|| || ||
Sbjct 1750 GATCCTAA----------GAAGGACAC-CAGCCCCAGATGGAGACACTAGGACAGGCCCCTCCTGTCAAATAGG 1812
Query 1613 AGA------TGGA--TGCTCGGGCTGCTG-----CATCTG-----------AAGCCC-----------CCCAGG 1651
|.| ||.| ||.|.||||.||.| ||.||| |||.|| ||||
Sbjct 1813 AAACAGGTGTGCACCTGGTGGGGCAGCAGGAGGACAGCTGGGGAAAACACAAAGTCCCTGGTTCCCTTCCCA-- 1884
Query 1652 ATGTGACCTACGC-----CCAGCTACACAGCT--TGACCCTCAGACGGG--AGGCAA---------CTGAGCCT 1707
||||| || |||| ||| .||.||| ||| ||||.| ||||||||
Sbjct 1885 ----GACCT--GCTTCTTCCAG-------GCTGAGGAGCCT-----GGGGCAGGCGATTCCCCTCTCTGAGCCT 1940
Query 1708 C------CTCC----------------------ATCCC------------------------------------ 1717
| |||| |||||
Sbjct 1941 CAGTTTGCTCCTCTGTGAATTGGGGGGTTGGCAATCCCATGTTGCACAACTGCTGTGAGGGTTGGAGCTCATGA 2014
Query 1718 AGGAAAGGGAACCTCCAG-------CTGAACCCAG----------CATCTACGCCCCCCTGGCCATCCAC---- 1770
||||||| |||| || |||.||.||| ||||.|.|.| |.|||||.|
Sbjct 2015 AGGAAAG---ACCT--AGCTCGCGCCTGCACACAGAAGGTGCTCACATCAATGAC------GTCATCCCCATTC 2077
Query 1771 -------------------------------------------------------------------------- 1770
Sbjct 2078 CCAACGTCATCACGCTCAAGGTCTGGGAAGGCACCTGGGGGTTGTGACTGGGGTCTCAGTGGCCTTCGTCCTGC 2151
Query 1771 -------------------------------------------------------------------------- 1770
Sbjct 2152 TGCTGTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGACATCGGCATCAGAGCAAACACAGGACATCGGCCCATTTCTAC 2225
Query 1771 ------------------------------ 1770
Sbjct 2226 CGTCCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCC 2255