Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14983
• Subject: XR_935723.1
• Aligned Length: 2321
• Identities: 1633
• Gaps: 620

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGAACCCAGCCTCCAGTCCACACTCTGCGTGTTTTTGTGTCCTGCCAGGCACCGTGGTCTCATCCGCCTGCACA  74

Query    1  -------------------------ATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCC  49
                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCTGAGTCCAGTGGGAGCTGACGCCATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCC  148

Query   50  CCAGGACCTGCGTGCAGGCAGGCACCCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGATAGCTCGG  123
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCAGGACCTGCGTGCAGGCAGGCACCCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGATAGCTCGG  222

Query  124  GGGAAGCCCGTGACCCTCTGGTGTCAGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCC  197
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGGAAGCCCGTGACCCTCTGGTGTCAGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCC  296

Query  198  ATGGGCCCGGAAGAGACAGAACCCACTGGAGCCTGGAGCCAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATG  271
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ATGGGCCCGGAAGAGACAGAACCCACTGGAGCCTGGAGCCAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATG  370

Query  272  ACAGTGCAGGGCGATACCGCTGCTACTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTG  345
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACAGTGCAGGGCGATACCGCTGCTACTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTG  444

Query  346  GTGGCGACAGGATTCTATGCAGAACCCACTCTTTTAGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGT  419
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTGGCGACAGGATTCTATGCAGAACCCACTCTTTTAGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGT  518

Query  420  GACCCTCCAGTGTGATACACTGGACGGACTTCTCACGTTTGTTCTTGTTGAGGAAGAACAGAAGCTCCCCAGGA  493
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACCCTCCAGTGTGATACACTGGACGGACTTCTCACGTTTGTTCTTGTTGAGGAAGAACAGAAGCTCCCCAGGA  592

Query  494  CCCTGTACTCACAGAAGCTCCCCAAAGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCAGCTGC  567
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCTGTACTCACAGAAGCTCCCCAAAGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCAGCTGC  666

Query  568  AGGTGGAGGTTCAGATGCTATTACTATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTCCTGGA  641
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AGGTGGAGGTTCAGATGCTATTACTATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTCCTGGA  740

Query  642  GATTCTGGTCCCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCCGCGGAGGCA  715
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GATTCTGGTCCCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCCGCGGAGGCA  814

Query  716  GCCTGACCCTGCAGTGTCGCTCTGATGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACATGACCTC  789
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCTGACCCTGCAGTGTCGCTCTGATGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACATGACCTC  888

Query  790  GTCCAGGGCTCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTC  863
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GTCCAGGGCTCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTC  962

Query  864  CCACGGGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCCCCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGG  937
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CCACGGGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCCCCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGG  1036

Query  938  CCATCCTGATCGCAGGACTGATCCCTGACATACCCGCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGGTGGCCTCAGGA  1011
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACATCCTGATCGCAGGACTGATCCCTGACATACCCGCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGGTGGCCTCAGGA  1110

Query 1012  GAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAGGGGGCAGCCCA  1085
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAGGGGGCAGCCCA  1184

Query 1086  TCCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAGTACCAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGAGTCCTGTGACCT  1159
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAGTACCAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGAGTCCTGTGACCT  1258

Query 1160  CAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATGCTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCCAGCCCTAGTTAC  1233
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATGCTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCCAGCCCTAGTTAC  1332

Query 1234  CCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGACCCTCTGGGGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCACCCCCACACCTGG  1307
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGACCCTCTGGGGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCACCCCCACACCTGG  1406

Query 1308  CCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGGT-------CTGGGAA--GGC------  1366
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|       |||..||  |||      
Sbjct 1407  CCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGTTTCAGCAGCTGTAAACTGGCTCAGTC  1480

Query 1367  ---------------ACCTG------GGGGT-----------TGTGACTGGGGTCT-------------CAGTG  1395
                           |.|||      ||.||           ||.|||..||..||             |||.|
Sbjct 1481  CCATCCAGCTCACAGAACTGCTGCGAGGCGTAAGCAAAATCATGGGACCTGGCCCTGTACACAGCTCGGCAGGG  1554

Query 1396  G--CCTTCGTCCTGCTGCTGTTCCTCCTCCTCTTCCTC--------------CTCCT---CCGACA---TCGGC  1447
            |  ||.||.|||||||.|    ||||..|| ||||| |              |.|||   |.||||   ||.||
Sbjct 1555  GCACCGTCCTCCTGCTAC----CCTCAGCC-CTTCC-CAGATACACACAGAGCCCCTATCCAGACAGGTTCTGC  1622

Query 1448  ATCAGAGCA----AACACAGGACATCGGCCCATT--TCTACCGTCCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCCAAG  1515
            ||..|||.|    |||        |.|||..|.|  ...||.|.||||...|.|||| ||.|..||||  |||.
Sbjct 1623  ATGGGAGTATGGGAAC--------TTGGCAGAGTGGGAAACGGACCTGGCTGAGCTG-GGAGTGAGAG--CAAT  1685

Query 1516  GACCAGGG-----CCTGCAGAAGAGGGCCA-------GCCCAG---TTGCTGACATCCAGGAGGAA------AT  1568
            |  |||||     ||||||.||    .|||       .|||||   .|||||   |.|.|| ||||      ||
Sbjct 1686  G--CAGGGTCCGTCCTGCACAA----CCCACTCCCTCTCCCAGGCCCTGCTG---TGCTGG-GGAAGGGAGGAT  1749

Query 1569  TCTCAATGCTGCCGTGAAGGACACACAGCC-------------CAAGGACGGG--------GT------GGAGA  1615
            .||.|          ||||||||| |||||             |.|||||.||        ||      |||.|
Sbjct 1750  CCTAA----------GAAGGACAC-CAGCCCCAGATGGAGACACTAGGACAGGCCCCTCCTGTCAAATAGGAAA  1812

Query 1616  ------TGGA--TGCTCGGGCTGCTG-----CATCTG-----------AAGCCC-----------CCCAGGATG  1654
                  ||.|  ||.|.||||.||.|     ||.|||           |||.||           ||||     
Sbjct 1813  CAGGTGTGCACCTGGTGGGGCAGCAGGAGGACAGCTGGGGAAAACACAAAGTCCCTGGTTCCCTTCCCA-----  1881

Query 1655  TGACCTACGC-----CCAGCTACACAGCT--TGACCCTCAGACGGG--AGGCAA---------CTGAGCCTC--  1708
             |||||  ||     ||||       |||  .||.|||     |||  ||||.|         |||||||||  
Sbjct 1882  -GACCT--GCTTCTTCCAG-------GCTGAGGAGCCT-----GGGGCAGGCGATTCCCCTCTCTGAGCCTCAG  1940

Query 1709  ----CTCC----------------------ATCCC------------------------------------AGG  1720
                ||||                      |||||                                    |||
Sbjct 1941  TTTGCTCCTCTGTGAATTGGGGGGTTGGCAATCCCATGTTGCACAACTGCTGTGAGGGTTGGAGCTCATGAAGG  2014

Query 1721  AAAGGGAACCTCCAG-------CTGAACCCAG----------CATCTACGCCCCCCTGGCCATCCAC-------  1770
            ||||   ||||  ||       |||.||.|||          ||||.|.|.|      |.|||||.|       
Sbjct 2015  AAAG---ACCT--AGCTCGCGCCTGCACACAGAAGGTGCTCACATCAATGAC------GTCATCCCCATTCCCA  2077

Query 1771  --------------------------------------------------------------------------  1770
                                                                                      
Sbjct 2078  ACGTCATCACGCTCAAGGTCTGGGAAGGCACCTGGGGGTTGTGACTGGGGTCTCAGTGGCCTTCGTCCTGCTGC  2151

Query 1771  --------------------------------------------------------------------------  1770
                                                                                      
Sbjct 2152  TGTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGACATCGGCATCAGAGCAAACACAGGACATCGGCCCATTTCTACCGT  2225

Query 1771  ---------------------------  1770
                                       
Sbjct 2226  CCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCC  2252