Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15119
• Subject: NM_001277296.1
• Aligned Length: 1576
• Identities: 1347
• Gaps: 8

Alignment

Query    1  ATGGCCAGAAAGGCTCTCAAGCTTGCTTCGTGGACCAGCATGGCTCTTGCTGCCTCTGGCATCTACTTCTACAG  74
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||.||..|||||.|||||||
Sbjct    1  ATGGCCAGAAAGGCTCTCAAGCTTGCTTCATGGACCAGCGTGGCTCTTGCTGCCTCCGGTGTCTACCTCTACAG  74

Query   75  TAACAAGTACTTGGACCCTAATGACTTTGGCGCTGTCAGGGTGGGCAGAGCAGTTGCTACGACGGCTGTCATCA  148
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct   75  TAACAACTACTTGGACCCTAATGACTTTGGCGCTGTCAGGGTGGGCAGAGCTGTTGCTACGACAGCTGTCATCA  148

Query  149  GTTACGACTACCTCACTTCCCTGAAGAGTGTCCCTTATGGCTCAGAGGAGTACTTGCAGCTGAGATCTAAGGTG  222
            |.||.|||||||||||.|||||||.|||||||||.||||||||.||||||||.|||||||...||||..|||||
Sbjct  149  GCTATGACTACCTCACCTCCCTGAGGAGTGTCCCATATGGCTCTGAGGAGTATTTGCAGCGTCGATCCCAGGTG  222

Query  223  CACCTTCGCTCTGCCAGGCGTCTCTGTGAGCTCTGCTGTGCCAACCGGGGCACCTTCATCAAGGTGGGCCAGCA  296
            |||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CACCTCCGCTCTGCCAGGCGTCTCTTTGAGCTCTGCTGTGCCAACCGGGGCACTTTCATCAAGGTGGGCCAGCA  296

Query  297  CCTGGGGGCTCTGGACTACCTGTTGCCAGAGGAGTACACCAGCACGCTGAAGGTACTGCACAGCCAGGCTCCAC  370
            |||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||||||||||.||||||||..|||||||.||.||.||||
Sbjct  297  CCTGGGGGCGCTGGACTACCTGCTGCCAGAAGAGTACACCAGCACACTGAAGGTGTTGCACAGTCAAGCCCCAC  370

Query  371  AGAGCAGCATGCAAGAGATCCGCCAGGTCATCCGAGAAGATCTGGGCAAGGAGATCCATGATTTGTTCCAGAGC  444
            |||||||||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||.||||
Sbjct  371  AGAGCAGCATGCAAGAGGTCCGGCAGGTCATCCGAGAAGACCTGGGCAAGGAGATCCACGATTTGTTCCTGAGC  444

Query  445  TTCGATGACACCCCTCTGGGGACGGCCTCCCTGGCCCAGGTCCACAAGGCAGTGCTGCATGATGGGCGGACGGT  518
            |||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||.|||||.||
Sbjct  445  TTCGATGACACCCCTCTTGGGGCAGCCTCCCTGGCCCAGGTCCACAAGGCGGTGTTGCATGATGGTCGGACAGT  518

Query  519  GGCCGTGAAGGTCCAGCACCCAAAGGTGCGGGCTCAGAGCTCGAAGGACATTCTCCTGATGGAGGTGCTCGTTC  592
            |||.||.||||||||||||||.|||||.|.||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct  519  GGCAGTTAAGGTCCAGCACCCGAAGGTTCAGGCTCAAAGCTCTAAGGACATTCTCCTGATGGAGGTGCTTGTCC  592

Query  593  TGGCTGTGAAGCAGCTGTTCCCAGAGTTTGAGTTTATGTGGCTTGTGGATGAAGCCAAGAAGAACCTGCCTTTG  666
            ||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||.|.
Sbjct  593  TGGCCGTGAAGCAACTTTTCCCAGATTTTGAATTCATGTGGCTGGTGGATGAAGCGAAGAAGAACCTGCCTCTC  666

Query  667  GAGCTGGATTTCCTCAATGAAGGGAGGAATGCTGAGAAGGTGTCCCAGATGCTCAGGCATTTTGACTTCTTGAA  740
            |||.||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||.||||.|||||||||||.|||||||||.|.||
Sbjct  667  GAGTTGGACTTCCTGAATGAAGGGAGGAACGCTGAGAAAGTGGCCCACATGCTCAGGCACTTTGACTTCCTAAA  740

Query  741  GGTCCCCCGAATCCACTGGGACCTGTCCACGGAGCGGGTCCTCCTGATGGAGTTTGTGGATGGCGGGCAGGTCA  814
            |||.||||..|||||||||||.|||||.||..||.||||.|||||||||||.|||||.||.||.||.||.||||
Sbjct  741  GGTTCCCCAGATCCACTGGGAGCTGTCTACCAAGAGGGTGCTCCTGATGGAATTTGTAGAGGGAGGTCAAGTCA  814

Query  815  ATGACAGAGACTACATGGAGAGGAACAAGATCGACGTCAATGAGATCTCACGCCACCTGGGCAAGATGTATAGT  888
            |.|||||.|.|||||||||||.||||.|||||||.||.|||||||||||..|||||||||||||||||||.|||
Sbjct  815  ACGACAGGGCCTACATGGAGAAGAACCAGATCGATGTGAATGAGATCTCCTGCCACCTGGGCAAGATGTACAGT  888

Query  889  GAGATGATCTTCGTCAATGGCTTCGTGCACTGCGATCCCCACCCCGGCAATGTACTGGTGCGGAAGCACCCCGG  962
            |||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||..||.|.
Sbjct  889  GAGATGATCTTTGTCAATGGCTTCGTGCACTGTGACCCCCACCCAGGCAACGTACTGGTACGGAAGCGTCCTGA  962

Query  963  CACGGGAAAGGCGGAGATTGTCCTGTTGGACCATGGGCTTTACCAGATGCTCACGGAAGAATTCCGCCTGAATT  1036
            ||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||.||||||||||.||.|||||||||.|.|
Sbjct  963  CACGGGCAAGGCTGAGATTGTCCTCTTAGACCATGGGCTTTACCAGGTGCTCACGGAGGAGTTCCGCCTGGACT  1036

Query 1037  ACTGCCACCTCTGGCAGTCTCTGATCTGGACTGACATGAAGAGAGTGAAGGAGTACAGCCAGCGACTGGGAGCC  1110
            |||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||.|..|..||||..|||||||||||||.||||||||.
Sbjct 1037  ACTGCCATCTGTGGCAGTCTCTGATCTGGACTGACATGGACGGGCTGAAACAGTACAGCCAGCGCCTGGGAGCT  1110

Query 1111  GGGGATCTCTACCCCTTGTTTGCCTGCATGCTGACGGCGCGATCGTGGGACTCGGTC-AACAGAGGCATCAGCC  1183
            |..||.||||||||..||||||||||.||||||||.||.||.||.||||||||.||| ||||| |||||..|.|
Sbjct 1111  GCAGACCTCTACCCACTGTTTGCCTGTATGCTGACAGCCCGGTCCTGGGACTCAGTCAAACAG-GGCATTGGGC  1183

Query 1184  AAGCTCCCGTCACTGCCACTGAGGACTTAGAGATTCGCAACAACGCGGCCAACTACCTCCCCCAGATCAGCCAT  1257
            |||||||.|||.||||.||||||||||.||||||||||||.||.||.|||..||||||.||..||||||||||.
Sbjct 1184  AAGCTCCAGTCTCTGCTACTGAGGACTCAGAGATTCGCAATAATGCAGCCTGCTACCTGCCTGAGATCAGCCAG  1257

Query 1258  CTCCTCAACCACGTGCCGCGCCAGATGCTGCTCATCTTGAAGACCAACGACCTGCTGCGTGGCATTGAGGCCGC  1331
            |||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.|||||||.||.||.||.||.|||.||||||||.||.|
Sbjct 1258  CTCCTTAACCATGTGCCTCGCCAGATGCTGCTCATCCTGAAGACTAATGATCTACTCCGTAGCATTGAGACCAC  1331

Query 1332  CCTGGGCACCCGCGCCAGCGCCAGCTCCTTTCTCAACATGTCACGTTGCTGCATCAGAGCGCTAGCTGAGCACA  1405
            |||||||||.|||.||||.|||||.|||||.|||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||
Sbjct 1332  CCTGGGCACGCGCTCCAGTGCCAGTTCCTTCCTCAACATGTCTCGGTGTTGTATCAGGGCGCTGGCTGAACACA  1405

Query 1406  AGAAGAAGAATACCTGTTCATTCTTCAGAAGGACCCAGATCTCTTTCAGCGAGGCCTTCAACTTATGGCAGATC  1479
            ||||||.|.||.||.|.||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.|.|.|.|||||||||
Sbjct 1406  AGAAGAGGGATGCCGGCTCTTTCTTCAGAAGGACTCAGATATCTTTCAGTGAGGCCTTTAGCCTGTGGCAGATC  1479

Query 1480  AACCTCCATGAGCTCATCCTGCGTGTGAAGGGGTTGAAGCTGGCTGACCGGGTCTTGGCCCTAATATGCTGGCT  1553
            |||||.|||||.||..|.||.||.||||.||..||||.|||.|||..|.||||||..||.||..|..|||||||
Sbjct 1480  AACCTTCATGAACTTCTGCTTCGAGTGAGGGCCTTGAGGCTAGCTTGCTGGGTCTCAGCTCTCCTGGGCTGGCT  1553

Query 1554  GTTCCCTGCTCCACTC------  1569
            |...|..|||||||.|      
Sbjct 1554  GACTCGGGCTCCACACAGAATG  1575