Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15223
• Subject: NM_001033633.3
• Aligned Length: 1951
• Identities: 1585
• Gaps: 104

Alignment

Query    1  ---------------------------------------------------------ATGGGCGAGCGGCGCAG  17
                                                                     |||||||||.|||||.|
Sbjct    1  ATGTCCCGCAAGGCGAGCGAGGACGTGGAGTACACGCTGCGCAGCCTGAGCAGCCTGATGGGCGAGAGGCGCCG  74

Query   18  GAAGCAGCCGGAGCCGGACGCGGCGAGCGC--GGCCGGGGAGTGCAGCCTCCTGGCTGCCGCCGAATCGAGCAC  89
            ...||||||||||||||       |.||||  || |||||||.|||||||||||   ||||||||.|||..|.|
Sbjct   75  CCGGCAGCCGGAGCCGG-------GGGCGCCAGG-CGGGGAGCGCAGCCTCCTG---GCCGCCGAGTCGGCCGC  137

Query   90  CAGCCTGCAGAGCGCGGGCGCGGGCGGCGGCGGCGTCGGGGACCTGGAGCGCGCGGCGCGGCGGCAGTTCCAGC  163
            ||||||||||.||||                        |||.|||||||||||||||||..||||||||||||
Sbjct  138  CAGCCTGCAGGGCGC------------------------GGAGCTGGAGCGCGCGGCGCGCAGGCAGTTCCAGC  187

Query  164  AGGACGAGACCCCCGCCTTCGTGTACGTGGTGGCCGTCTTCTCCGCGCTGGGCGGCTTCCTGTTTGGCTATGAC  237
            ..|||||||||||.|||||||||||||.||..||||.||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct  188  GCGACGAGACCCCGGCCTTCGTGTACGCGGCCGCCGCCTTCTCGGCGCTCGGCGGCTTCCTGTTCGGCTACGAC  261

Query  238  ACCGGGGTGGTGTCAGGGGCCATGCTGCTGCTCAAGCGGCAGCTCAGTCTGGACGCGCTGTGGCAGGAGCTGCT  311
            |||||.||||||||.|||||||||||||||||...|||.|||.|..|.||||.||||.||||||||||||||||
Sbjct  262  ACCGGCGTGGTGTCGGGGGCCATGCTGCTGCTGCGGCGCCAGATGCGCCTGGGCGCGATGTGGCAGGAGCTGCT  335

Query  312  GGTGTCCAGCACGGTGGGGGCGGCTGCCGTCTCGGCGCTGGCCGGAGGCGCCCTCAACGGCGTCTTCGGCCGCC  385
            ||||||..||.|||||||.|||||.||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||||.|.||||.||.|
Sbjct  336  GGTGTCGGGCGCGGTGGGCGCGGCCGCCGTCGCGGCGCTGGCCGGAGGGGCCCTGAACGGCGCCCTCGGTCGGC  409

Query  386  GC-GCTGCCATCCTCCTGGCCAGTGCCCTCTTCACCGCCGGCTCCGCGGTGCTGGCTGCGGCCAACAACAAGGA  458
            || || ||||||||.||||||||.|||||.|.|||||..||||||||.||||||||.||.|||..|||||||||
Sbjct  410  GCAGC-GCCATCCTGCTGGCCAGCGCCCTGTGCACCGTGGGCTCCGCCGTGCTGGCCGCCGCCGCCAACAAGGA  482

Query  459  GACACTGCTCGCCGGCCGCCTGGTCGTGGGACTCGGCATCGGCATTGCTTCTATGACAGTGCCAGTGTACATTG  532
            |||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.|||||.|||||.||||||||.|
Sbjct  483  GACGCTGCTGGCCGGCCGCCTGGTCGTGGGGCTCGGCATCGGCATCGCATCCATGACCGTGCCCGTGTACATCG  556

Query  533  CGGAGGTCTCACCACCCAATTTAAGAGGCCGATTAGTCACCATTAATACCCTCTTCATCACAGGAGGGCAGTTC  606
            |||||||.||.||||||||..|.|||||.||..|.||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct  557  CGGAGGTTTCTCCACCCAACCTGAGAGGTCGCCTGGTCACCATCAACACCCTCTTCATCACAGGCGGACAGTTC  630

Query  607  TTTGCAAGTGTTGTTGATGGAGCCTTCAGTTATCTCCAGAAGGATGGATGGAGGTACATGTTGGGACTTGCAGC  680
            ||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  631  TTTGCAAGTGTTGTCGATGGCGCCTTCAGTTACCTGCAGAAGGATGGATGGAGGTACATGTTGGGACTTGCGGC  704

Query  681  AGTTCCGGCGGTTATACAGTTTTTTGGCTTTCTCTTTTTGCCTGAAAGCCCTCGATGGCTTATTCAGAAAGGAC  754
            ..||||.||.||||||||||||.||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct  705  CATTCCAGCTGTTATACAGTTTCTTGGATTCCTCTTTTTGCCCGAAAGCCCTCGGTGGCTGATTCAGAAGGGAC  778

Query  755  AGACTCAGAAGGCCCGTAGAATTTTATCTCAGATGCGTGGTAACCAGACCATTGATGAGGAATATGATAGCATC  828
            ||||||||||||||||..|||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||
Sbjct  779  AGACTCAGAAGGCCCGCCGAATTTTGTCCCAGATGCGTGGCAATCAGACCATTGATGAGGAGTATGACAGCATC  852

Query  829  AAAAACAACATTGAAGAGGAGGAAAAAGAGGTTGGCTCAGCTGGACCTGTGATCTGCAGAATGCTGAGTTATCC  902
            |..||||..||.||.|||||||||||.||.|....|.|||||||||||.|.||||||||||||||||||||.||
Sbjct  853  AGGAACAGTATCGAGGAGGAGGAAAAGGAAGCCACCGCAGCTGGACCTATAATCTGCAGAATGCTGAGTTACCC  926

Query  903  CCCAACTCGCCGAGCCTTAATTGTGGGTTGTGGCCTACAAATGTTCCAGCAGCTCTCAGGCATTAACACCATCA  976
            |||||||||||||||.|||.|||||||.||||||.||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  927  CCCAACTCGCCGAGCGTTAGTTGTGGGATGTGGCTTACAGATGTTCCAGCAACTCTCGGGCATCAACACTATCA  1000

Query  977  TGTACTACAGTGCAACCATTCTGCAGATGTCTGGTGTTGAAGATGATAGACTTGCAATATGGCTGGCTTCAGTT  1050
            ||||||||||.||||||||.||.||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||..|.
Sbjct 1001  TGTACTACAGCGCAACCATCCTCCAGATGTCCGGCGTGGAAGATGACAGACTTGCAATATGGCTGGCTTCGATC  1074

Query 1051  ACAGCCTTCACAAATTTCATTTTCACACTTGTGGGAGTCTGGCTTGTTGAGAAGGTGGGCCGCAGAAAGCTTAC  1124
            |||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||
Sbjct 1075  ACAGCATTCACCAATTTCATTTTCACACTAGTGGGAGTCTGGCTCGTCGAGAAAGTGGGTCGCAGGAAGCTTAC  1148

Query 1125  CTTTGGTAGTTTAGCAGGTACCACCGTAGCACTCATTATTCTTGCCTTGGGATTTGTGCTATCAGCCCAAGTTT  1198
            ||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||.||||||||.||||.||.||.||.||.|
Sbjct 1149  CTTTGGTAGTTTGGCAGGTACCACAGTAGCACTGATTATCCTTGCCCTGGGATTTTTGCTCTCGGCACAGGTCT  1222

Query 1199  CCCCACGCATCACTTTTAAGCCAATAGCTCCGTCAGGTCAGAACGCCACTTGCACAAGATACAGTTACTGTAAT  1272
            |.|||||..|||||||||..||||...||||.||.|.|||.||..||||.|||||..|||||||||||||.|||
Sbjct 1223  CACCACGGGTCACTTTTAGACCAACGACTCCTTCGGATCAAAATACCACCTGCACGGGATACAGTTACTGCAAT  1296

Query 1273  GAATGTATGTTGGATCCAGACTGCGGTTTCTGCTACAAGATGAACAAATCAACTGTCATTGACTCCTCCTGTGT  1346
            ||.||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||.|||...|||.||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1297  GAGTGTATGCTGGATCCAGACTGTGGTTTCTGCTACAAGATCAACGGTTCAGCTGTCATTGATTCCTCCTGTGT  1370

Query 1347  TCCAGTTAATAAAGCATCTACAAATGAGGCAGCCTGGGGCAGGTGTGAAAATGAAACCAAGTTCAAAACAGAAG  1420
            |||||||||.|||||.|||||||.|||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|.||||
Sbjct 1371  TCCAGTTAACAAAGCCTCTACAACTGAAGCAGCCTGGGGCAGGTGTGATAATGAAACCAAGTTCAAAGCTGAAG  1444

Query 1421  AT----ATATTTTGGGCTTACAATTTCTGCCCTACTCCATACTCCTGGACTGCACTTCTGGGCCTTATTTTATA  1490
            .|    |    .||||||||||.||||||||||||.||.|||||||||||.|||||..|||||||..|.||.||
Sbjct 1445  GTGCTCA----CTGGGCTTACAGTTTCTGCCCTACCCCCTACTCCTGGACAGCACTCGTGGGCCTGGTGTTGTA  1514

Query 1491  TCTTGTCTTCTTTGCACCTGGAATGGGACCAATGCCTTGGACTGTGAATTCTGAAATATATCCCCTTTGGGCAA  1564
            .|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||||
Sbjct 1515  CCTTGTTTTCTTTGCACCTGGAATGGGACCAATGCCCTGGACCGTGAACTCTGAAATCTATCCTCTCTGGGCAA  1588

Query 1565  GAAGTACAGGAAATGCATGTTCATCTGGAATAAACTGGATTTTCAATGTCCTGGTTTCACTAACATTTTTACAC  1638
            ||||||||||||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||.||.||||||||..|.||.|||||||||
Sbjct 1589  GAAGTACAGGAAATGCGTGCTCAGCTGGAATAAACTGGATTTTCAACGTGCTGGTTTCTTTGACCTTTTTACAC  1662

Query 1639  ACAGCAGAGTATCTTACATACTATGGAGCTTTCTTCCTCTATGCTGGATTTGCTGCTGTGGGACTCCTTTTCAT  1712
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||..|
Sbjct 1663  ACAGCAGAGTATCTTACATACTATGGAGCATTCTTCCTCTACGCCGGATTCGCCGCTGTGGGACTGCTTTTTGT  1736

Query 1713  CTATGGCTGTCTTCCTGAGACCAAAGGCAAAAAATTAGAGGAAATTGAATCACTCTTTGACAACAGGCTATGTA  1786
            |||||||||.||.|||||.|||||.||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||.||.||||||||.
Sbjct 1737  CTATGGCTGCCTCCCTGAAACCAAGGGGAAAAAATTGGAGGAAATCGAATCGCTCTTTGACCACCGGCTATGTT  1810

Query 1787  CATGTGGCACTTCAGATTCTGATGAAGGGAGATATATTGAATATATTCGGGTAAAGGGAAGTAACTATCATCTT  1860
            ||||||||.||.|.||.||.|||||||||||.||.|||||.||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1811  CATGTGGCGCTGCCGACTCGGATGAAGGGAGGTACATTGAGTACATCCGCGTGAAGGGAAGCAACTATCATCTC  1884

Query 1861  TCTGACAATGATGCTTCTGATGTGGAA  1887
            ||.|||||.||.||||||||.|||||.
Sbjct 1885  TCCGACAACGACGCTTCTGACGTGGAG  1911