Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15236
• Subject: NM_001348718.1
• Aligned Length: 1857
• Identities: 1343
• Gaps: 408

Alignment

Query    1  ---------------------------------------------------------------AT------GGA  5
                                                                           ||      |||
Sbjct    1  ATGCCCTGCTTTACTCACAGGAGCTGTAGAGAGGACCCCGGTACATCTGAAAGCCGGGAAATGATGTTTCAGGA  74

Query    6  CCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGA  79
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct   75  CCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAAGA  148

Query   80  AACTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACCAGAAC  153
            |.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  149  ATCTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCTGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAGTGGAAAGACCAGAAC  222

Query  154  ATTGAATATGAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATTAAAGA  227
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ATTGAATATGAGTACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTGTCACAGAAGAGAAAGTCAATGAAATTAAAGA  296

Query  228  TGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTC  301
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  297  AGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGGCTGAACTTCCAGAAGAAGAAAGCTTCTC  370

Query  302  CTGAAGTAAAATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATC  375
            |||||||||||||||||||.||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  371  CTGAAGTAAAATCATGTGACAGCTTTGTGTGT---GAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTCTAATATGAACATC  441

Query  376  AGAGGTGACATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAA  449
            ||||||||||.||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||
Sbjct  442  AGAGGTGACACTGGACACAAGGCATGTGAATGTCAGGAATATGGACCAAAGCCATGGAAGAGTCAACAACCTAA  515

Query  450  AAAAGCCTTCAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCAATGCTTGTA  523
            |||||||||||||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct  516  AAAAGCCTTCAGATATCACCCCTCCTTGAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAAAGAAACCCTATGCTTGTA  589

Query  524  AAGTATGTGGAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCT  597
            |||.|||||||||||.|.||||||.|||||||||..|||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  590  AAGAATGTGGAAAAAACATTATTTACCATTCAAGCATTCAAAGACACATGGTAGTGCACAGTGGGGATGGACCT  663

Query  598  TATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGG  671
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  664  TATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGAACTCACACTGG  737

Query  672  AGAGAAACCATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATAAAAGAA  745
            |||||||||.|.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  738  AGAGAAACCGTATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCTTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATGAAAGAA  811

Query  746  CTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAATATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATCCTATCGTAGA  819
            ||||||.||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||.||..|||
Sbjct  812  CTCACATTGGAGAAAAGCCTTATGAATGTCAGGAATGTGGGAAAGCATTCCATAGTCCCAGATCCTGTCACAGA  885

Query  820  CATGAAAGGATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCGTTA  893
            ||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  886  CATGAAAGGAGTCACATGGGAGAGAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCATGTGTCCCCGTTA  959

Query  894  TGTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCT  967
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  960  TGTTCGTAGACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAAACTTTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCT  1033

Query  968  CTCTTACAAGTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGAAAA  1041
            |||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||
Sbjct 1034  CTCTTACAAGTTTTCAAACACACATAAGAATGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGACATGTGGGAAA  1107

Query 1042  GACTTTTGTTCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAAGCA  1115
            |.|||||.|||||..||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 1108  GGCTTTTATTCTGCCAAGTCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACAGTGGAGAGAAACCGTATAAATGCAAGCA  1181

Query 1116  GTGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATG  1189
            .|||||||||||||||.|||.||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182  ATGTGGTAAAGCCTTCACTCGTTCCGGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATG  1255

Query 1190  AGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAG  1263
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|.||||.|.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256  AGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCAAATCTTCAATTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAG  1329

Query 1264  AAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACA  1337
            |||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||.||       |||                     
Sbjct 1330  AAACCGTATCAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCTTTCAGATCTG-------CCT---------------------  1375

Query 1338  AACACACATAAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTTATTGTCCCA  1411
              ||||..|..||||.|| ||                    |||.|||                          
Sbjct 1376  --CACAACTTCGAATCCA-TC--------------------GTAGGAT--------------------------  1400

Query 1412  AATCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTTCAGTAGTTCCT  1485
                                     |||||||||||||||||.|||||||||.|||.||.||  .|.|...|||
Sbjct 1401  -------------------------TCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGAAATGT--GGGAAAGCCT  1447

Query 1486  TCAG-TAGTTCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGCGAGCAATG  1558
            |||| ||..||||| ..||||.|||.||||||||||||.||.||   |.|.|||       |||    |||.|.
Sbjct 1448  TCAGATATGTCCAG-AACTTTCGATTTCATGAAAGGACACAAAC---ACATAAG-------AAT----GCACTC  1506

Query 1559  TGG-GAAAG-CCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAGAAACCCTATGA  1630
            ||| ||||| ||||.                                                           
Sbjct 1507  TGGAGAAAGACCTTA-----------------------------------------------------------  1521

Query 1631  GTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACACAATGGAGAGA  1704
                                                                                      
Sbjct 1522  --------------------------------------------------------------------------  1521

Query 1705  AGCCCTATGCATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCCCATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAA  1778
                                                                                      
Sbjct 1522  --------------------------------------------------------------------------  1521

Query 1779  ACACACA  1785
                   
Sbjct 1522  -------  1521