Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15236
• Subject: NM_001348719.1
• Aligned Length: 1848
• Identities: 1343
• Gaps: 399

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------------------ATGGACCCAGTGGC  14
                                                                        ||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCCTGCTTTACTCACAGGAGCTGTAGAGAGGACCCCGGTACATCTGAAAGCCGGGAAATGGACCCAGTGGC  74

Query   15  TTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGAAACTCTACA  88
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||
Sbjct   75  TTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAAGAATCTCTACA  148

Query   89  GGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACCAGAACATTGAATAT  162
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCTGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAGTGGAAAGACCAGAACATTGAATAT  222

Query  163  GAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATTAAAGATGACAGTCA  236
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  GAGTACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTGTCACAGAAGAGAAAGTCAATGAAATTAAAGAAGACAGTCA  296

Query  237  TTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAA  310
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGGCTGAACTTCCAGAAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAA  370

Query  311  AATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATCAGAGGTGAC  384
            ||||||||||.||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AATCATGTGACAGCTTTGTGTGT---GAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTCTAATATGAACATCAGAGGTGAC  441

Query  385  ATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAAAAAAGCCTT  458
            |.||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  442  ACTGGACACAAGGCATGTGAATGTCAGGAATATGGACCAAAGCCATGGAAGAGTCAACAACCTAAAAAAGCCTT  515

Query  459  CAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCAATGCTTGTAAAGTATGTG  532
            ||||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.|||||
Sbjct  516  CAGATATCACCCCTCCTTGAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAAAGAAACCCTATGCTTGTAAAGAATGTG  589

Query  533  GAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCTTATAAATGT  606
            ||||||.|.||||||.|||||||||..|||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  590  GAAAAAACATTATTTACCATTCAAGCATTCAAAGACACATGGTAGTGCACAGTGGGGATGGACCTTATAAATGT  663

Query  607  AAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACC  680
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  664  AAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGAACTCACACTGGAGAGAAACC  737

Query  681  ATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATAAAAGAACTCACACTG  754
            .|.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||
Sbjct  738  GTATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCTTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATGAAAGAACTCACATTG  811

Query  755  GAGAAAAGCCTTATGAATATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATCCTATCGTAGACATGAAAGG  828
            ||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||.||..||||||||||||
Sbjct  812  GAGAAAAGCCTTATGAATGTCAGGAATGTGGGAAAGCATTCCATAGTCCCAGATCCTGTCACAGACATGAAAGG  885

Query  829  ATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCGTTATGTTCGTAT  902
            |.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct  886  AGTCACATGGGAGAGAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCATGTGTCCCCGTTATGTTCGTAG  959

Query  903  ACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTCTCTTACAA  976
            |||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  960  ACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAAACTTTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTCTCTTACAA  1033

Query  977  GTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGAAAAGACTTTTGT  1050
            ||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||.|||||.|
Sbjct 1034  GTTTTCAAACACACATAAGAATGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGACATGTGGGAAAGGCTTTTAT  1107

Query 1051  TCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAAGCAGTGTGGTAA  1124
            ||||..||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1108  TCTGCCAAGTCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACAGTGGAGAGAAACCGTATAAATGCAAGCAATGTGGTAA  1181

Query 1125  AGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGC  1198
            |||||||.|||.||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182  AGCCTTCACTCGTTCCGGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGC  1255

Query 1199  AATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAGAAACCGTAT  1272
            ||||||||||||||||||||||||||.||.|.||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256  AATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCAAATCTTCAATTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAGAAACCGTAT  1329

Query 1273  GAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACAT  1346
            .||||||||||||||||||||||.|||||||.||       |||                       ||||..|
Sbjct 1330  CAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCTTTCAGATCTG-------CCT-----------------------CACAACT  1373

Query 1347  AAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTTATTGTCCCAAATCATTTC  1420
            ..||||.|| ||                    |||.|||                                   
Sbjct 1374  TCGAATCCA-TC--------------------GTAGGAT-----------------------------------  1391

Query 1421  AAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTTCAGTAGTTCCTTCAG-TAGT  1493
                            |||||||||||||||||.|||||||||.|||.||.||  .|.|...||||||| ||..
Sbjct 1392  ----------------TCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGAAATGT--GGGAAAGCCTTCAGATATG  1447

Query 1494  TCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGCGAGCAATGTGG-GAAAG  1566
            ||||| ..||||.|||.||||||||||||.||.||   |.|.|||       |||    |||.|.||| |||||
Sbjct 1448  TCCAG-AACTTTCGATTTCATGAAAGGACACAAAC---ACATAAG-------AAT----GCACTCTGGAGAAAG  1506

Query 1567  -CCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAGAAACCCTATGAGTGTGAGCA  1639
             ||||.                                                                    
Sbjct 1507  ACCTTA--------------------------------------------------------------------  1512

Query 1640  ATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACACAATGGAGAGAAGCCCTATG  1713
                                                                                      
Sbjct 1513  --------------------------------------------------------------------------  1512

Query 1714  CATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCCCATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACA  1785
                                                                                    
Sbjct 1513  ------------------------------------------------------------------------  1512