Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_15236
- Subject:
- NM_001348720.1
- Aligned Length:
- 1794
- Identities:
- 1343
- Gaps:
- 345
Alignment
Query 1 AT------GGACCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATAT 68
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTTCAGGACCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATAT 74
Query 69 TTCCCAGAGGAAACTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGA 142
||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.|||||
Sbjct 75 TTCCCAGAAGAATCTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCTGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAGTGGA 148
Query 143 AAGACCAGAACATTGAATATGAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAAT 216
|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||.|||||||||
Sbjct 149 AAGACCAGAACATTGAATATGAGTACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTGTCACAGAAGAGAAAGTCAAT 222
Query 217 GAAATTAAAGATGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAA 290
|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||
Sbjct 223 GAAATTAAAGAAGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGGCTGAACTTCCAGAAGAA 296
Query 291 GAAAGCTTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTA 364
||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 297 GAAAGCTTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGACAGCTTTGTGTGT---GAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTCTA 367
Query 365 ATATGAACATCAGAGGTGACATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGT 438
|||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||.|||.||
Sbjct 368 ATATGAACATCAGAGGTGACACTGGACACAAGGCATGTGAATGTCAGGAATATGGACCAAAGCCATGGAAGAGT 441
Query 439 CAACAACCTAAAAAAGCCTTCAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACC 512
||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 442 CAACAACCTAAAAAAGCCTTCAGATATCACCCCTCCTTGAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAAAGAAACC 515
Query 513 CAATGCTTGTAAAGTATGTGGAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTG 586
|.||||||||||||.|||||||||||.|.||||||.|||||||||..|||.|||||||||||||.|||||||||
Sbjct 516 CTATGCTTGTAAAGAATGTGGAAAAAACATTATTTACCATTCAAGCATTCAAAGACACATGGTAGTGCACAGTG 589
Query 587 GGGATGGACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 590 GGGATGGACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGA 663
Query 661 ATTCACACTGGAGAGAAACCATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAAT 734
|.||||||||||||||||||.|.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 ACTCACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCTTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAAT 737
Query 735 ACATAAAAGAACTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAATATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGAT 808
||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 738 ACATGAAAGAACTCACATTGGAGAAAAGCCTTATGAATGTCAGGAATGTGGGAAAGCATTCCATAGTCCCAGAT 811
Query 809 CCTATCGTAGACATGAAAGGATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACG 882
|||.||..|||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 812 CCTGTCACAGACATGAAAGGAGTCACATGGGAGAGAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCATG 885
Query 883 TGTCCCCGTTATGTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAA 956
|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 TGTCCCCGTTATGTTCGTAGACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAAACTTTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAA 959
Query 957 AGCATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGA 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AGCATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACATAAGAATGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGA 1033
Query 1031 TATGTGGAAAAGACTTTTGTTCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTAT 1104
.||||||.||||.|||||.|||||..||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1034 CATGTGGGAAAGGCTTTTATTCTGCCAAGTCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACAGTGGAGAGAAACCGTAT 1107
Query 1105 AAATGTAAGCAGTGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGA 1178
|||||.|||||.|||||||||||||||.|||.||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 AAATGCAAGCAATGTGGTAAAGCCTTCACTCGTTCCGGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGA 1181
Query 1179 GAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTC 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|.||||.|.|||||||||||||||
Sbjct 1182 GAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCAAATCTTCAATTGCATGGTAGGACTC 1255
Query 1253 ACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCAT 1326
||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||.|| |||
Sbjct 1256 ACACTGGAGAGAAACCGTATCAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCTTTCAGATCTG-------CCT---------- 1312
Query 1327 GAAAGGACACAAACACACATAAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTT 1400
||||..|..||||.|| || |||.|||
Sbjct 1313 -------------CACAACTTCGAATCCA-TC--------------------GTAGGAT--------------- 1337
Query 1401 TTATTGTCCCAAATCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTT 1474
|||||||||||||||||.|||||||||.|||.||.||
Sbjct 1338 ------------------------------------TCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGAAATGT- 1374
Query 1475 CAGTAGTTCCTTCAG-TAGTTCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAA 1547
.|.|...||||||| ||..||||| ..||||.|||.||||||||||||.||.|| |.|.||| ||
Sbjct 1375 -GGGAAAGCCTTCAGATATGTCCAG-AACTTTCGATTTCATGAAAGGACACAAAC---ACATAAG-------AA 1436
Query 1548 TGCGAGCAATGTGG-GAAAG-CCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAG 1619
| |||.|.||| ||||| ||||.
Sbjct 1437 T----GCACTCTGGAGAAAGACCTTA------------------------------------------------ 1458
Query 1620 AAACCCTATGAGTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACA 1693
Sbjct 1459 -------------------------------------------------------------------------- 1458
Query 1694 CAATGGAGAGAAGCCCTATGCATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCCCATAACCTTCAAAGTCATG 1767
Sbjct 1459 -------------------------------------------------------------------------- 1458
Query 1768 AAAGGACACAAACACACA 1785
Sbjct 1459 ------------------ 1458