Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15236
• Subject: NM_001364731.1
• Aligned Length: 1812
• Identities: 1538
• Gaps: 183

Alignment

Query    1  ATGGACCC------AGTGGCTTTTAAGGATGTGGCT-GTGA----------ACTTC----ACCCA------GGA  47
            |||  |||      |||..|     ||||.|||  | |.||          ||.||    |.|||      |||
Sbjct    1  ATG--CCCTGCTGTAGTCAC-----AGGAGGTG--TAGAGAGGACCCCGGGACATCTGAAAGCCAGGAAATGGA  65

Query   48  GGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGAAACTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGA  121
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   66  GGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGAAACTCTACAAGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGA  139

Query  122  CCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACCAGAACATTGAATATGAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGT  195
            |||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  140  CCTCTGTAGGAAAAAGTTGGAAAGACCAGAACATTGAATATGAGTACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGT  213

Query  196  CTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATTAAAGATGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGA  269
            |||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||
Sbjct  214  CTCATAGAAAAGAAAGTCAATGAAATTAAAGATGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCAGGTTCCAGATGA  287

Query  270  CAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTG  343
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  288  CAGGCTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAATAAAATCATGTGACAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTG  361

Query  344  GCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATCAGAGGTGACATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATAT  417
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  362  GCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATCAGAGGTGACATTGGACACAAGGCCTATGAGTATCAGGAATAT  435

Query  418  GGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAAAAAAGCCTTCAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAG  491
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||.|.||||
Sbjct  436  GGACCGAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAAAAAAGCCTTCAGATATCACCCCTCCTTTAGAACACCACAAAG  509

Query  492  GGATCACACTGGAGAGAAACCCAATGCTTGTAAAGTATGTGGAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAA  565
            ||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||..|||.||
Sbjct  510  GGATCACACTGGAGAGAAACCCTATGCTTGTAAAGAATGTGGAAAAACTTTTATTTCCCATTCAAGCATTCAAA  583

Query  566  GACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGA  639
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct  584  GACACGTGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCTTATAAATGTAAATTTTGTGGGAAAGCCTTCCATTGTCTCAGT  657

Query  640  TTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAG  713
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  658  TTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCATATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCCTTTAG  731

Query  714  TTATTCTGCTACCCATCGAATACATAAAAGAACTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAATATCAGGAGTGTGGGA  787
            ||||||||||||||.|||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|.|||||||
Sbjct  732  TTATTCTGCTACCCTTCGAATACACGAAAGAACTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAATGTCAGCAATGTGGGA  805

Query  788  AAGCATTTCATAGTCCCAGATCCTATCGTAGACATGAAAGGATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAG  861
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  806  AAGCATTTCATAGTCCCAGATGCTATCGTAGACATGAAAGGATTCACACGGGAGAGAAGGCTTATCAATGTAAG  879

Query  862  GAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCGTTATGTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTA  935
            ||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||
Sbjct  880  GAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCAGTATGTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAAACCCTA  953

Query  936  TGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAG  1009
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct  954  TGAATGTACGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACATAAGAATGCACTCTGGAG  1027

Query 1010  AAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGAAAAGACTTTTGTTCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATT  1083
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1028  AAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTTGTTCTGCCAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAACT  1101

Query 1084  CACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAAGCAGTGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCA  1157
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||..||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1102  CACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGCAAGCAATGTGGTAAAGCCTTCATTCATTCCAGTTCCCTTCGTTATCA  1175

Query 1158  TGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACC  1231
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1176  TGAAAGGATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAGGCCTTCAGATCTTCCTCACACC  1249

Query 1232  TTCGAGTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATAT  1305
            |||.|.||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1250  TTCAATTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAATGTCAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCT  1323

Query 1306  GTGAATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACATAAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATG  1379
            .||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1324  ATGAAGAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACGTAAGAATACACTCTGGAGAAAGACCTTATAAATG  1397

Query 1380  TAAGATATGTGGGAAAGGCTTTTATTGTCCCAAATCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAAC  1453
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398  TAAGCTATGTGGGAAAGGCTTTTATTGTCCCAAATCATTGCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAAC  1471

Query 1454  TCTATGAATGCAAGCAACGTTCAGTAGTTCCTTCAGTAGTTCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACA  1527
            |||||||||||||||||.||...|.||  |||||||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||
Sbjct 1472  TCTATGAATGCAAGCAATGTGGTGAAG--CCTTCAGTAGTTCCAGTTCCTTTCGATACCATGAAAGGACTCACA  1543

Query 1528  CTGGAGAGAAGCCCTATAAATGCGAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGT  1601
            ||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||..|||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1544  CTGGAGAGAAACCCTATAAATGCAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGAGCTGCCTCAGTCCTTCGAATGCATGGT  1617

Query 1602  AGGACTCACCCTGAAGAGAAACCCTATGAGTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTG  1675
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||                                   
Sbjct 1618  AGGACTCACCCTGAAGATAAACCCTATGAGTGTAAGCAA-----------------------------------  1656

Query 1676  AATACGTGGTAGGACACACAATGGAGAGAAGCCCTATGCATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCCC  1749
                                                                                      
Sbjct 1657  --------------------------------------------------------------------------  1656

Query 1750  ATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACA  1785
                                                
Sbjct 1657  ------------------------------------  1656