Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_15236
- Subject:
- NM_144566.3
- Aligned Length:
- 2231
- Identities:
- 1602
- Gaps:
- 451
Alignment
Query 1 ------------------------------------------------------------ATGGACCCAGTGGC 14
||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCCTGCTGTAGTCACAGGAGCTGTAGAGAGGACCCCGGTACATCTGAAAGCCGGGAAATGGACCCAGTGGC 74
Query 15 TTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGAAACTCTACA 88
.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||||||||||.|||.||||.||
Sbjct 75 CTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAAGAGTGGACATTGCTGGATATTTCCCAGAAGAATCTCTTCA 148
Query 89 GGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACCAGAACATTGAATAT 162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||..||||..||||||||||||||||||
Sbjct 149 GGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAATGGAGTGACCAGAACATTGAATAT 222
Query 163 GAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATTAAAGATGACAGTCA 236
|||.|||||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 223 GAGTACCAAAACCCCAGAAGAAGCTTCAGGAGTCTCATAGAAGAGAAAGTCAATGAAATTAAAGAAGACAGTCA 296
Query 237 TTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAA 310
||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 TTGTGGAGAAACTTTTACCCAGGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAA 370
Query 311 AATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATCAGAGGTGAC 384
||||||||||.|||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 371 AATCATGTGACAGCTTTGTGTGTGCAGAAGTTGGCATAGGTAACTCATCTTTTAATATGAGCATCAGAGGTGAC 444
Query 385 ATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAAA------AA 452
|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||| ||
Sbjct 445 ACTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATATAAGTGTCAACAACCTAAAAATAAGAA 518
Query 453 AGCCTTCAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCAATGCTTGTAAAG 526
|||||||||.||.|||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 519 AGCCTTCAGGTATCGCCCATCCATTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCTATGCTTGTAAAG 592
Query 527 TATGTGGAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCTTAT 600
|.|||||||||||||||||||.|||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 593 TCTGTGGAAAAACCTTTATTTTCCATTCAAGCATTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGAACTTAT 666
Query 601 AAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGGAGA 674
||||||||.||||||||||||||.|||||||.|.||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 667 AAATGTAAATTTTGTGGGAAAGCCTTCCATTCTTTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGAACTCACACTGGAGA 740
Query 675 GAAACCATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATAAAAGAACTC 748
||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||.|||||||||
Sbjct 741 GAAACCATATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCCTTTACTTATTCTGCTACCCTTCAAATACATGAAAGAACTC 814
Query 749 ACACTGGAGAAAAGCCTTATGAA--TATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATCCTATCGTAGAC 820
|||||||.||.|||||.|||||| ||.|| |.||||..|||||||||||||||.|.||.|||||||.|||||
Sbjct 815 ACACTGGGGAGAAGCCCTATGAATGTAGCA--AATGTGATAAAGCATTTCATAGTTCTAGTTCCTATCATAGAC 886
Query 821 ATGAAAGGATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCGTTAT 894
|||||||.|.||||||||||||.|||.||||||||||.||.|||||||||||||||||..|.|.|.||.|||.|
Sbjct 887 ATGAAAGAAGTCACATGGGAGAGAAGCCTTATCAATGCAAAGAATGTGGAAAAGCATTTGCATATACCAGTTCT 960
Query 895 GTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTC 968
.||||||.|||||||||||||||||||.|||||||.|..||||||||||||||.|.||||.|||..|||||||.
Sbjct 961 CTTCGTAGACATGAAAGGACCCACTCTGGGAAAAAACCGTATGAATGTAAGCAATATGGGGAAGGCTTATCCTA 1034
Query 969 TCTTACAAGTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGAAAAG 1042
|||||.||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||
Sbjct 1035 TCTTATAAGTTTTCAAACACACATAAGAATGAACTCTGGAGAAAGACCTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAG 1108
Query 1043 ACTTTTGTTCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAAGCAG 1116
.|||||.|||||..||.||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||.|||||.
Sbjct 1109 GCTTTTATTCTGCCAAGTCATTTCAAACACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACGCTATAAATGCAAGCAA 1182
Query 1117 TGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGA 1190
|||||||||||||||..||.||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 TGTGGTAAAGCCTTCAATCTTTCCAGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGA 1256
Query 1191 GTGTAAGC------------------------------------------------------------------ 1198
||||||||
Sbjct 1257 GTGTAAGCAGTGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACAGCTTCGAGTGCACGGTGGGACTCACACTGGAGAGA 1330
Query 1199 ------------------AATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCAC 1254
|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1331 AACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTACCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCAT 1404
Query 1255 ACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCATGA 1328
||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||.||||||
Sbjct 1405 ACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAAGCACCTTCAAATTCATGA 1478
Query 1329 AAGGACACAAACACACATAAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTT 1402
|||||||.|||.||||||||||||.|.||||||||||||||.|||||||||||..|||||||.|||||||||||
Sbjct 1479 AAGGACAGAAAAACACATAAGAATGCCCTCTGGAGAAAGACCTTATAAATGTAGTATATGTGAGAAAGGCTTTT 1552
Query 1403 ATTGTCCCAAATCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTTCA 1476
|||.|.||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||.|| .
Sbjct 1553 ATTCTGCCAAGTCATTTCAAACACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGCAACCAATGT--G 1624
Query 1477 GTAGTTCCTTCAGTAGTTCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGC 1550
|||...|||||||..|||.||.||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|.||.
Sbjct 1625 GTAAAGCCTTCAGATGTTGCAATTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGT 1698
Query 1551 GAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAGAAACC 1624
.|||||||||||||||||||||||.|||..|||..||||.|||||||||..|||||||||.|||.|||||||||
Sbjct 1699 AAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAATGCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACC 1772
Query 1625 CTATGAGTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACACAATG 1698
||||||||||.|||||||..|||||||||||||.|.||||.||.|||||.|||..|.|||||||||.||||.||
Sbjct 1773 CTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGTTGTGCCTCAAACCTTCGAAAGCATGGTAGGACTCACACTG 1846
Query 1699 GAGAGAAGCCCTATGCATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCC-CATAACCTTCAAAGTCATGAAAG 1771
|||||||.|||||||..||||||.|||||||||||.|||||.|||||||| || ||||||||.|..||||||||
Sbjct 1847 GAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCA-AACCTTCAGATGCATGAAAG 1919
Query 1772 GACACAAAC---ACACA--------------------------------------------------------- 1785
|||.||.|| |.|.|
Sbjct 1920 GACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGCGAAAAAGCATTCTGTAAATTCTCTTCTTTTCAAA 1993
Query 1786 -------------------------------------------------------------------------- 1785
Sbjct 1994 TACATGAAAGGAAGCACAGAGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAAGCATTGTGGGAATGGATTCACATCTGCCAAG 2067
Query 1786 -------------------------------------------------------------------------- 1785
Sbjct 2068 ATTCTTCAAATACATGCAAGAACACACATTGGAGAGAAACACTATGAATGTAAGGAATGCGGAAAAGCATTCAA 2141
Query 1786 -------------------------------------------------------------------------- 1785
Sbjct 2142 TTATTTTTCTTCCTTGCATATACACGCAAGGACTCATATGGGAGAGAAGCCATATGAATGTAAGGATTGTGGGA 2215
Query 1786 ----------- 1785
Sbjct 2216 AAGCATTCAGC 2226