Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15236
• Subject: NM_152262.2
• Aligned Length: 1833
• Identities: 1343
• Gaps: 384

Alignment

Query    1  ---------------------------------------AT------GGACCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGC  29
                                                   ||      |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCTGTCACTCTCACCCATCCTCCTCTACACATGTGAGATGTTTCAGGACCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGC  74

Query   30  TGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGAAACTCTACAGGGAAGTGATGCTGG  103
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAAGAATCTCTACAGGGAAGTGATGCTGG  148

Query  104  AAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACCAGAACATTGAATATGAGCACCAAAACCCC  177
            ||||||||.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  149  AAACTTTCTGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAGTGGAAAGACCAGAACATTGAATATGAGTACCAAAACCCC  222

Query  178  AGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATTAAAGATGACAGTCATTGTGGAGAAACTTT  251
            ||||||||||||||||||.|||.||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGGAGAAACTTCAGGAGTGTCACAGAAGAGAAAGTCAATGAAATTAAAGAAGACAGTCATTGTGGAGAAACTTT  296

Query  252  TACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGAAAGCT  325
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  297  TACCCCAGTTCCAGATGACAGGCTGAACTTCCAGAAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGACAGCT  370

Query  326  TTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATCAGAGGTGACATTGGACACAAGGCA  399
            ||||||||   |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  371  TTGTGTGT---GAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTCTAATATGAACATCAGAGGTGACACTGGACACAAGGCA  441

Query  400  TATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAAAAAAGCCTTCAGATACCGCCCCTC  473
            |.|||.|.||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||
Sbjct  442  TGTGAATGTCAGGAATATGGACCAAAGCCATGGAAGAGTCAACAACCTAAAAAAGCCTTCAGATATCACCCCTC  515

Query  474  CTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCAATGCTTGTAAAGTATGTGGAAAAACCTTTATTT  547
            |||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.|||||||||||.|.||||||
Sbjct  516  CTTGAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAAAGAAACCCTATGCTTGTAAAGAATGTGGAAAAAACATTATTT  589

Query  548  CCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAA  621
            .|||||||||..|||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  590  ACCATTCAAGCATTCAAAGACACATGGTAGTGCACAGTGGGGATGGACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAA  663

Query  622  GCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACCATGTGAATGTAAACA  695
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||
Sbjct  664  GCATTCCATTGTCTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGAACTCACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAACA  737

Query  696  GTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATAAAAGAACTCACACTGGAGAAAAGCCTTATG  769
            .|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  738  ATGTGGTAAATCTTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATGAAAGAACTCACATTGGAGAAAAGCCTTATG  811

Query  770  AATATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATCCTATCGTAGACATGAAAGGATTCACATGGGAGAA  843
            |||.||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||.||..|||||||||||||.||||||||||||.
Sbjct  812  AATGTCAGGAATGTGGGAAAGCATTCCATAGTCCCAGATCCTGTCACAGACATGAAAGGAGTCACATGGGAGAG  885

Query  844  AAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCGTTATGTTCGTATACATGAAAGGACCCA  917
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  886  AAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCATGTGTCCCCGTTATGTTCGTAGACATGAAAGGACCCA  959

Query  918  CTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACG  991
            ||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  960  CTCTAGGAAAAAACTTTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACA  1033

Query  992  TAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGAAAAGACTTTTGTTCTGTGAATTCATTT  1065
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||.|||||.|||||..||.||||||
Sbjct 1034  TAAGAATGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGACATGTGGGAAAGGCTTTTATTCTGCCAAGTCATTT  1107

Query 1066  CAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAAGCAGTGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTC  1139
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||.|||.|||
Sbjct 1108  CAAAGACATGAAAAAACTCACAGTGGAGAGAAACCGTATAAATGCAAGCAATGTGGTAAAGCCTTCACTCGTTC  1181

Query 1140  CAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCT  1213
            |.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182  CGGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCT  1255

Query 1214  TCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAGGAATGT  1287
            |||||||||||.||.|.||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1256  TCAGATCTGCCCCAAATCTTCAATTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAGAAACCGTATCAATGTAAGGAATGT  1329

Query 1288  GGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACATAAGAATACACTCTGG  1361
            ||||||||.|||||||.||       |||                       ||||..|..||||.|| ||   
Sbjct 1330  GGGAAAGCTTTCAGATCTG-------CCT-----------------------CACAACTTCGAATCCA-TC---  1369

Query 1362  AGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTTATTGTCCCAAATCATTTCAAAGACATGAAAAAA  1435
                             |||.|||                                                  
Sbjct 1370  -----------------GTAGGAT--------------------------------------------------  1376

Query 1436  CTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTTCAGTAGTTCCTTCAG-TAGTTCCAGTTCCTTTTGA  1508
             |||||||||||||||||.|||||||||.|||.||.||  .|.|...||||||| ||..||||| ..||||.||
Sbjct 1377  -TCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGAAATGT--GGGAAAGCCTTCAGATATGTCCAG-AACTTTCGA  1446

Query 1509  TATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGCGAGCAATGTGG-GAAAG-CCTTCAGAGCTGTG  1580
            |.||||||||||||.||.||   |.|.|||       |||    |||.|.||| ||||| ||||.         
Sbjct 1447  TTTCATGAAAGGACACAAAC---ACATAAG-------AAT----GCACTCTGGAGAAAGACCTTA---------  1497

Query 1581  TCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAGAAACCCTATGAGTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTT  1654
                                                                                      
Sbjct 1498  --------------------------------------------------------------------------  1497

Query 1655  CAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACACAATGGAGAGAAGCCCTATGCATGTAAGGAATGTG  1728
                                                                                      
Sbjct 1498  --------------------------------------------------------------------------  1497

Query 1729  GGAAACCCTTCGGATCTGCCCATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACA  1785
                                                                     
Sbjct 1498  ---------------------------------------------------------  1497