Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15247
• Subject: XR_002956408.1
• Aligned Length: 2495
• Identities: 1897
• Gaps: 588

Alignment

Query    1  ----------------ATGGCGACCTCCGAGAGGGCTCTCCTGAGGACCAGAGCTGCCTCTCTCCTGAGAGGCT  58
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  AACCCCGCTAAACAAGATGGCGACCTCCGAGAGGGCTCTCCTGAGGACCAGAGCTGCCTCTCTCCTGAGAGGCT  74

Query   59  TGGGCAGATCCCGAACTGGAGCCCGATCGTTACAGTTTCGCGCAGAAAAAGAGCGTCAGCCTTGCTGGTCTTTT  132
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGGGCAGATCCCGAACTGGAGCCCGATCGTTACAGTTTCGCGCAGAAAAAGAGCGTCAGCCTTGCTGGTCTTTT  148

Query  133  CCCATGGGGCAGAAGACGAAAGGCAGCTCTAACATAGCCTCCTCCTACCTGCTCCAGCAGCTCATGCACCGCTA  206
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCCATGGGGCAGAAGACGAAAGGCAGCTCTAACATAGCCTCCTCCTACCTGCTCCAGCAGCTCATGCACCGCTA  222

Query  207  TCAGGAGCTGGACTCGGACGGAGATGAGGACCAGGGCGAGGGCGAGGCGGGATCCGAGGAGTCCTCAGAGTCCG  280
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCAGGAGCTGGACTCGGACGGAGATGAGGACCAGGGCGAGGGCGAGGCGGGATCCGAGGAGTCCTCAGAGTCCG  296

Query  281  AAATGCTGAATTTGGAGGAGGAATTTGATGGGGTCCTGAGAGAGGAGGCTGTGGCCAAAGCACTCCATCACTTG  354
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAATGCTGAATTTGGAGGAGGAATTTGATGGGGTCCTGAGAGAGGAGGCTGTGGCCAAAGCACTCCATCACTTG  370

Query  355  GGGCGCTCAGGCTCTGGGACTGAGCAAGTCTACCTCAATCTAACTTTATCAGGTTGTAATTTAATTGATGTTAG  428
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGGCGCTCAGGCTCTGGGACTGAGCAAGTCTACCTCAATCTAACTTTATCAGGTTGTAATTTAATTGATGTTAG  444

Query  429  CATTCTCTGTGGATATGTTCATCTACAGAAGTTGGATCTTTCAGCGAATAAAATTGAAGATTTATCTTGTGTGA  502
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CATTCTCTGTGGATATGTTCATCTACAGAAGTTGGATCTTTCAGCGAATAAAATTGAAGATTTATCTTGTGTGA  518

Query  503  GTTGTATGCCTTATCTCCTAGAACTTAATGCTTCTCAAAATAATTTGACTACGTTCTTCAATTTCAAGCCACCC  576
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTTGTATGCCTTATCTCCTAGAACTTAATGCTTCTCAAAATAATTTGACTACGTTCTTCAATTTCAAGCCACCC  592

Query  577  AAAAACCTCAAGAAAGCGGATTTTTCCCACAACCAAATTTCTGAAATTTGTGATTTGTCAGCGTATCATGCTCT  650
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAAAACCTCAAGAAGGCGGATTTTTCCCACAACCAAATTTCTGAAATTTGTGATTTGTCAGCGTATCATGCTCT  666

Query  651  CACTAAACTAATTTTGGATGGCAATGAGATAGAAG-AATCAGTGGACTAGAGATGTGCA--CACCTAATTCACC  721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  .||||||||||||
Sbjct  667  CACTAAACTAATTTTGGATGGCAATGAGATAGAAGAAATCAGTGGACTAGAGATGTGCAACAACCTAATTCACC  740

Query  722  TTAGTTTGGCC-ACAAT-AGATCACGAC-ATTAATGGCTTAAACAAGTTACCAATCAAAATACTTTGTTCTGAG  792
            ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  741  TTAGTTTGGCCAACAATAAGATCACGACAATTAATGGCTTAAACAAGTTACCAATCAAAATACTTTG-TCTGAG  813

Query  793  CAATAACCAGATTGAGATGATCACAGGTTTGGAGGATCTGAAAGCCCTGCAGAACCTGGATCTGTCCCACAATC  866
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  CAATAACCAGATTGAGATGATCACAGGTTTGGAGGATCTGAAAGCCCTGCAGAACCTGGATCTGTCCCACAATC  887

Query  867  AGATAAGCAGCCTCCAAGGCTTAGAGAATCATGACCTCCTGGAAGTGATCAACCTGGAGGATAATAAGATTGCT  940
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  AGATAAGCAGCCTCCAAGGCTTAGAGAATCATGACCTCCTGGAAGTGATCAACCTGGAGGATAATAAGATTGCT  961

Query  941  GAGCTGAGAGAAATAGAATACATTAAAAATTTACCCATCCTTCGAGTTCTCAATCTTCTAGAAAATCCAATTCA  1014
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  GAGCTGAGAGAAATAGAATACATTAAAAATTTACCCATCCTTCGAGTTCTCAATCTTCTAGAAAATCCAATTCA  1035

Query 1015  GGAAAAGTCTGAATATTGGTTCTTCGTAATTTTTATGCTTCTGCGATTAACAGAATTAGATCAGAAGAAGATTA  1088
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  GGAAAAGTCTGAATATTGGTTCTTCGTAATTTTTATGCTTCTGCGATTAACAGAATTAGATCAGAAGAAGATTA  1109

Query 1089  AAGTGGAAGAAAAGGTTTCAGCAGTGAATAAATATGATCCTCCCCCTGAAGTGGTTGCAGCTCAAGACCACCTG  1162
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  AAGTGGAAGAAAAGGTTTCAGCAGTGAATAAATATGATCCTCCCCCTGAAGTGGTTGCAGCTCAAGACCACCTG  1183

Query 1163  ACCCATGTTGTCAACAGCGTGATGCAGCCGCAGAGGATCTTTGACAGCACTCTTCCCAGCCTGGATGCTCCTTA  1236
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1184  ACCCATGTTGTCAACAGCGTGATGCAGCCGCAGAGGATCTTTGACAGCACTCTTCCCAGCCTGGATGCCCCTTA  1257

Query 1237  TCCCATGCTGATACTAGCTGGTCCTGAAGCTTGTGGGAAACGAGAGCTTGCCCATCGCCTCTGCAGACAGTTTA  1310
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  TCCCATGCTGATACTAGCTGGTCCTGAAGCTTGTGGGAAACGAGAGCTTGCCCATCGCCTCTGCAGACAGTTTA  1331

Query 1311  GCACTTACTTCAGATATGGGGCCTGTCATACCACAAGACCACCTTACTTTGGAGAAGGGGATCGAGTTGATTAT  1384
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  GCACTTACTTCAGATATGGGGCCTGTCATACCACAAGACCACCTTACTTTGGAGAAGGGGATCGAGTTGATTAT  1405

Query 1385  CATTTTATCTCTCAAGACGTTTTTGATGAAATGGTGAACATGGGGAAATTCATTCTAACATTTAGTTATGGTAA  1458
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  CATTTTATCTCTCAAGACGTTTTTGATGAAATGGTGAACATGGGGAAATTCATTCTAACATTTAGTTATGGTAA  1479

Query 1459  TCACAAGTATGGATTAAATAGGGACACCGTAGAAGGTATCGCAAGAGATGGTTTGGCAAGCTGTATTCATATGG  1532
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  TCACAAGTATGGATTAAATAGGGACACCGTAGAAGGTATCGCAAGAGATGGTTTGGCAAGCTGTATTCATATGG  1553

Query 1533  AAATAGAAGGTGTAAGAAGTTTGAAATATTCCTATTTTGAGCCTCGTTATATCCTGGTGGTGCCCATGAACAAG  1606
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  AAATAGAAGGTGTAAGAAGTTTGAAATATTCCTATTTTGAGCCTCGTTATATCCTGGTGGTGCCCATGAACAAG  1627

Query 1607  GAAAAATATGAGGGATATTTGCGGAGAAAAGGATTATTCAGTCGTGCAGAAATTGAATTTGCTGTCTCCAGAGT  1680
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  GAAAAATATGAGGGATATTTGCGGAGAAAAGGATTATTCAGTCGTGCAGAAATTGAATTTGCTGTCTCCAGAGT  1701

Query 1681  GGACCTTTATAATAAAAATTAATCAGAATTTTCCGGGGATATTTGAATGAGGTAATCAATGCAGATGATCTGGA  1754
            |||||||||| ||.|||||||||||||||||||| |||||||||..|||             ||||||||||||
Sbjct 1702  GGACCTTTAT-ATTAAAATTAATCAGAATTTTCC-GGGATATTTTGATG-------------AGATGATCTGGA  1760

Query 1755  TG-TGCCTTACAAAAAACTGAGTCAGCTCATTAGAGAATACCTTGGATGGAATGAGGAACCTGCCAAGAGTTTG  1827
            || |||| |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761  TGTTGCC-TACCAAAAACTGAGTCAGCTCATTAGAGAATACCTTGGATTGACTGAGGAACCTGCCAAGAGTTTG  1833

Query 1828  GCTACAACTGCAGATGTAAAGACATCCCACCTGAAACCTGAAGCGCATCCTACAAAGTATATTTCTTCGAATAT  1901
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1834  GCTACAACTGCAGATGTTAAGACATCCCACCTGAAACCTGAAGCGCATCCTACAAAGTATATTTCTTCGAATAT  1907

Query 1902  GGGTGATTTCCTGCATTCTACAGACAGAAACTACCTCATTAAATTTTGGGCCAAACTTTCAGCCAAAAAAACAC  1975
            |||||||||||||||||||||||                                                   
Sbjct 1908  GGGTGATTTCCTGCATTCTACAG---------------------------------------------------  1930

Query 1976  CAGCGGAAAGAGATTCTATACACAGACAGCACGAGGCAGCCCGGCAAGCTCTAATGGGAAGGATACGCCCTGAT  2049
                                                                                      
Sbjct 1931  --------------------------------------------------------------------------  1930

Query 2050  CACACACTCCTATTTCAAAGGGGTCCAGTACCAGCACCTCTCACCAGTGGTCTACACTATTATACAACTTTAGA  2123
                                                                                      
Sbjct 1931  --------------------------------------------------------------------------  1930

Query 2124  AGAACTCTGGAAAAGTTTTGATCTTTGTGAAGACTATTTTAAACCTCCATTTGGACCATATCCTGAAAAGAGTG  2197
                                                                                      
Sbjct 1931  --------------------------------------------------------------------------  1930

Query 2198  GGAAGGATTCCTTGGTTTCCATGAAATGTTCATTGTTTCGGTTCTGTCCGTGGTCAAAAGAATTGCCTTTCCAG  2271
                                                                                      
Sbjct 1931  --------------------------------------------------------------------------  1930

Query 2272  CCTCCGGAGGGGAGCATTTCTTCACACCTAGGATCAGGAGCCAGTGACAGTGAGACCGAAGAGACCCGGAAAGC  2345
                                                                                      
Sbjct 1931  --------------------------------------------------------------------------  1930

Query 2346  ACTACCTATACAATCATTTTCACATGAAAAAGAGTCTCACCAACACAGACAACACTCGGTCCCAGTCATCAGTC  2419
                                                                                      
Sbjct 1931  --------------------------------------------------------------------------  1930

Query 2420  GCCCAGGTTCCAACGTCAAACCCACCCTCCCTCCAATCCCTCAGGGCCGCAGG  2472
                                                                 
Sbjct 1931  -----------------------------------------------------  1930