Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15247
• Subject: XR_002956410.1
• Aligned Length: 2515
• Identities: 1858
• Gaps: 632

Alignment

Query    1  ----------------ATGGCGACCTCCGAGAGGGCTCTCCTGAGGACCAGAGCTGCCTCTCTCCTGAGAGGCT  58
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  AACCCCGCTAAACAAGATGGCGACCTCCGAGAGGGCTCTCCTGAGGACCAGAGCTGCCTCTCTCCTGAGAGGCT  74

Query   59  TGGGCAGATCCCGAACTGGAGCCCGATCGTTACAGTTTCGCGCAGAAAAAGAGCGTCAGCCTTGCTGGTCTTTT  132
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGGGCAGATCCCGAACTGGAGCCCGATCGTTACAGTTTCGCGCAGAAAAAGAGCGTCAGCCTTGCTGGTCTTTT  148

Query  133  CCCATGGGGCAGAAGACGAAAGGCAGCTCTAACATAGCCTCCTCCTACCTGCTCCAGCAGCTCATGCACCGCTA  206
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CCCATGGGGCAGAAGACGAAAGGCAGCTCTAACATAGCCTCCTCCTACCTGCTCCAGCAGCTCATGCACCGCTA  222

Query  207  TCAGGAGCTGGACTCGGACGGAGATGAGGACCAGGGCGAGGGCGAGGCGGGATCCGAGGAGTCCTCAGAGTCCG  280
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCAGGAGCTGGACTCGGACGGAGATGAGGACCAGGGCGAGGGCGAGGCGGGATCCGAGGAGTCCTCAGAGTCCG  296

Query  281  AAATGCTGAATTTGGAGGAGGAATTTGATGGGGTCCTGAGAGAGGAGGCTGTGGCCAAAGCACTCCATCACTTG  354
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAATGCTGAATTTGGAGGAGGAATTTGATGGGGTCCTGAGAGAGGAGGCTGTGGCCAAAGCACTCCATCACTTG  370

Query  355  GGGCGCTCAGGCTCTGGGACTGAGCAAGTCTACCTCAATCTAACTTTATCAGGTTGTAATTTAATTGATGTTAG  428
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGGCGCTCAGGCTCTGGGACTGAGCAAGTCTACCTCAATCTAACTTTATCAGGTTGTAATTTAATTGATGTTAG  444

Query  429  CATTCTCTGTGGATATGTTCATCTACAGAAGTTGGATCTTTCAGCGAATAAAATTGAAGATTTATCTTGTGTGA  502
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CATTCTCTGTGGATATGTTCATCTACAGAAGTTGGATCTTTCAGCGAATAAAATTGAAGATTTATCTTGTGTGA  518

Query  503  GTTGTATGCCTTATCTCCTAGAACTTAATGCTTCTCAAAATAATTTGACTACGTTCTTCAATTTCAAGCCACCC  576
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTTGTATGCCTTATCTCCTAGAACTTAATGCTTCTCAAAATAATTTGACTACGTTCTTCAATTTCAAGCCACCC  592

Query  577  AAAAACCTCAAGAAAGCGGATTTTTCCCACAACCAAATTTCTGAAATTTGTGATTTGTCAGCGTATCATGCTCT  650
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAAAACCTCAAGAAGGCGGATTTTTCCCACAACCAAATTTCTGAAATTTGTGATTTGTCAGCGTATCATGCTCT  666

Query  651  CACTAAACTAATTTTGGATGGCAATGAGATAGAAG-AATCAGTGGACTAGAGATGTGCA--CACCTAATTCACC  721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  .||||||||||||
Sbjct  667  CACTAAACTAATTTTGGATGGCAATGAGATAGAAGAAATCAGTGGACTAGAGATGTGCAACAACCTAATTCACC  740

Query  722  TTAGTTTGGCC-ACAAT-AGATCACGAC-ATTAATGGCTTAAACAAGTTACCAATCAAAATACTTTGTTCTGAG  792
            ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  741  TTAGTTTGGCCAACAATAAGATCACGACAATTAATGGCTTAAACAAGTTACCAATCAAAATACTTTG-TCTGAG  813

Query  793  CAATAACCAGATTGAGATGATCACAGGTTTGGAGGATCTGAAAGCCCTGCAGAACCTGGATCTGTCCCACAATC  866
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  CAATAACCAGATTGAGATGATCACAGGTTTGGAGGATCTGAAAGCCCTGCAGAACCTGGATCTGTCCCACAATC  887

Query  867  AGATAAGCAGCCTCCAAGGCTTAGAGAATCATGACCTCCTGGAAGTGATCAACCTGGAGGATAATAAGATTGCT  940
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  AGATAAGCAGCCTCCAAGGCTTAGAGAATCATGACCTCCTGGAAGTGATCAACCTGGAGGATAATAAGATTGCT  961

Query  941  GAGCTGAGAGAAATAGAATACATTAAAAATTTACCCATCCTTCGAGTTCTCAATCTTCTAGAAAATCCAATTCA  1014
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  GAGCTGAGAGAAATAGAATACATTAAAAATTTACCCATCCTTCGAGTTCTCAATCTTCTAGAAAATCCAATTCA  1035

Query 1015  GGAAAAGTCTGAATATTGGTTCTTCGTAATTTTTATGCTTCTGCGATTAACAGAATTAGATCAGAAGAAGATTA  1088
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  GGAAAAGTCTGAATATTGGTTCTTCGTAATTTTTATGCTTCTGCGATTAACAGAATTAGATCAGAAGAAGATTA  1109

Query 1089  AAGTGGAAGAAAAGGTTTCAGCAGTGAATAAATATGATCCTCCCCCTGAAGTGGTTGCAGCTCAAGACCACCTG  1162
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  AAGTGGAAGAAAAGGTTTCAGCAGTGAATAAATATGATCCTCCCCCTGAAGTGGTTGCAGCTCAAGACCACCTG  1183

Query 1163  ACCCATGTTGTCAACAGCGTGATGCAGCCGCAGAGGATCTTTGACAGCACTCTTCCCAGCCTGGATGCTCCTTA  1236
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1184  ACCCATGTTGTCAACAGCGTGATGCAGCCGCAGAGGATCTTTGACAGCACTCTTCCCAGCCTGGATGCCCCTTA  1257

Query 1237  TCCCATGCTGATACTAGCTGGTCCTGAAGCTTGTGGGAAACGAGAGCTTGCCCATCGCCTCTGCAGACAGTTTA  1310
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  TCCCATGCTGATACTAGCTGGTCCTGAAGCTTGTGGGAAACGAGAGCTTGCCCATCGCCTCTGCAGACAGTTTA  1331

Query 1311  GCACTTACTTCAGATATGGGGCCTGTCATACCACAAGACCACCTTACTTTGGAGAAGGGGATCGAGTTGATTAT  1384
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  GCACTTACTTCAGATATGGGGCCTGTCATACCACAAGACCACCTTACTTTGGAGAAGGGGATCGAGTTGATTAT  1405

Query 1385  CATTTTATCTCTCAAGACGTTTTTGATGAAATGGTGAACATGGGGAAATTCATTCTAACATTTAGTTATGGTAA  1458
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  CATTTTATCTCTCAAGACGTTTTTGATGAAATGGTGAACATGGGGAAATTCATTCTAACATTTAGTTATGGTAA  1479

Query 1459  TCACAAGTATGGATTAAATAGGGACACCGTAGAAGGTATCGCAAGAGATGGTTTGGCAAGCTGTATTCATATGG  1532
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  TCACAAGTATGGATTAAATAGGGACACCGTAGAAGGTATCGCAAGAGATGGTTTGGCAAGCTGTATTCATATGG  1553

Query 1533  AAATAGAAGGTGTAAGAAGTTTGAAATATTCCTATTTTGAGCCTCGTTATATCCTGGTGGTGCCCATGAACAAG  1606
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  AAATAGAAGGTGTAAGAAGTTTGAAATATTCCTATTTTGAGCCTCGTTATATCCTGGTGGTGCCCATGAACAAG  1627

Query 1607  GAAAAATATGAGGGATATTTGCGGAGAAAAGGATTATTCAGTCGTGCAGAAATTGAATTTGCTGTCTCCAGAGT  1680
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  GAAAAATATGAGGGATATTTGCGGAGAAAAGGATTATTCAGTCGTGCAGAAATTGAATTTGCTGTCTCCAGAGT  1701

Query 1681  GGACCTTTATAATAAAAATTAATCAGAATTTTCCGGGGATATTTGAATGAGGTAATCAATGCAGATGATCTGGA  1754
            |||||||||| ||.|||||||||||||||||||| |||||||||..|||             ||||||||||||
Sbjct 1702  GGACCTTTAT-ATTAAAATTAATCAGAATTTTCC-GGGATATTTTGATG-------------AGATGATCTGGA  1760

Query 1755  TG-TGCCTTACAAAAAACTGAGTCAGCTCATTAGAGAATACCTTGGATGGAATGAGGAACCTGCCAAGAGTTTG  1827
            || |||| |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761  TGTTGCC-TACCAAAAACTGAGTCAGCTCATTAGAGAATACCTTGGATTGACTGAGGAACCTGCCAAGAGTTTG  1833

Query 1828  GCTACAACTGC---AGATGTAAAGAC------ATCCCACCTGAAACCTGAAGCGCA---TCCT--ACAAAGT--  1885
            |||||||||||   |||||.|..|||      ||  .|||||    ||||...|.|   ||||  |.|||||  
Sbjct 1834  GCTACAACTGCAGGAGATGAAGTGACCAGGGTAT--GACCTG----CTGACTGGAATGTTCCTGGAGAAAGTTT  1901

Query 1886  -ATATTTCTTCGAATATG---GGTGATTTCCTGCATTCTACAGACAGAAACTACCTCATTAAATTTTGGGCCAA  1955
             |..|.||||..||||.|   ||.|                                                 
Sbjct 1902  GACCTGTCTTAAAATAGGAATGGAG-------------------------------------------------  1926

Query 1956  ACTTTCAGCCAAAAAAACACCAGCGGAAAGAGATTCTATACACAGACAGCACGAGGCAGCCCGGCAAGCTCTAA  2029
                                                                                      
Sbjct 1927  --------------------------------------------------------------------------  1926

Query 2030  TGGGAAGGATACGCCCTGATCACACACTCCTATTTCAAAGGGGTCCAGTACCAGCACCTCTCACCAGTGGTCTA  2103
                                                                                      
Sbjct 1927  --------------------------------------------------------------------------  1926

Query 2104  CACTATTATACAACTTTAGAAGAACTCTGGAAAAGTTTTGATCTTTGTGAAGACTATTTTAAACCTCCATTTGG  2177
                                                                                      
Sbjct 1927  --------------------------------------------------------------------------  1926

Query 2178  ACCATATCCTGAAAAGAGTGGGAAGGATTCCTTGGTTTCCATGAAATGTTCATTGTTTCGGTTCTGTCCGTGGT  2251
                                                                                      
Sbjct 1927  --------------------------------------------------------------------------  1926

Query 2252  CAAAAGAATTGCCTTTCCAGCCTCCGGAGGGGAGCATTTCTTCACACCTAGGATCAGGAGCCAGTGACAGTGAG  2325
                                                                                      
Sbjct 1927  --------------------------------------------------------------------------  1926

Query 2326  ACCGAAGAGACCCGGAAAGCACTACCTATACAATCATTTTCACATGAAAAAGAGTCTCACCAACACAGACAACA  2399
                                                                                      
Sbjct 1927  --------------------------------------------------------------------------  1926

Query 2400  CTCGGTCCCAGTCATCAGTCGCCCAGGTTCCAACGTCAAACCCACCCTCCCTCCAATCCCTCAGGGCCGCAGG  2472
                                                                                     
Sbjct 1927  -------------------------------------------------------------------------  1926