Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_15286
- Subject:
- NM_001301306.1
- Aligned Length:
- 3630
- Identities:
- 2085
- Gaps:
- 1323
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCCTCACAGCTGCAGGTGTTTTCGCCCCCATCAGTGTCGTCGAGTGCCTTCTGCAGTGCAAAGAAACTGAA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AATAGAGCCCTCTGGCTGGGATGTTTCAGGACAGAGCAGCAACGACAAATACTATACCCACAGCAAAACCCTCC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CAGCTACACAAGGGCAAGCCAGCTCCTCTCACCAGGTAGCAAATTTCAATCTTCCTGCTTACGACCAGGGCCTC 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 CTTCTCCCAGCTCCTGCCGTGGAGCATATTGTGGTAACAGCTGCTGATAGCTCAGGCAGCGCCGCTACAGCAAC 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 CTTCCAAAGCAGCCAGACCCTGACTCACAGGAGCAACGTTTCTTTGCTTGAGCCATATCAAAAATGTGGATTGA 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 AGAGAAAGAGTGAGGAAGTGGAGAGCAACGGTAGCGTGCAGATCATAGAAGAACACCCCCCTCTCATGCTGCAG 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 AACAGAACCGTGGTGGGTGCTGCTGCCACGACCACCACTGTGACCACCAAGAGTAGCAGTTCCAGCGGAGAAGG 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 GGATTACCAGCTGGTCCAGCATGAGATCCTTTGCTCTATGACCAACAGCTATGAAGTCCTGGAGTTCCTAGGCC 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 GGGGGACATTTGGACAGGTGGCAAAGTGCTGGAAGCGGAGCACCAAGGAAATTGTGGCCATTAAGATCTTGAAG 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 AACCACCCCTCCTATGCCAGACAAGGACAGATTGAAGTGAGCATCCTTTCCCGCCTAAGCAGTGAAAATGCTGA 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 TGAGTATAACTTTGTCCGTTCTTATGAGTGTTTTCAGCACAAGAATCATACCTGCCTTGTGTTTGAGATGTTGG 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 AGCAGAACTTGTACGATTTTCTAAAGCAGAACAAGTTTAGCCCACTGCCACTCAAGTACATAAGACCAATCTTG 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 CAGCAGGTGGCCACAGCCCTGATGAAGCTGAAGAGTCTTGGTCTGATTCATGCTGACCTTAAACCTGAAAACAT 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 AATGCTAGTCGATCCAGTTCGCCAACCCTACCGAGTGAAGGTCATTGACTTTGGTTCTGCTAGTCATGTTTCCA 1036
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1037 AAGCCGTGTGTTCAACCTACCTGCAATCACGCTACTACAGAGCTCCTGAAATTATCCTTGGATTACCATTCTGT 1110
Query 1 -----------------------------------------------------ATGG----TTT----TGATGT 13
|||| ||| ||.||.
Sbjct 1111 GAAGCTATTGACATGTGGTCACTGGGCTGTGTAATAGCTGAGCTGTTCCTGGGATGGCCTCTTTATCCTGGTGC 1184
Query 14 T-----------TCAGATTCGTTATATTTCACAAACACAAGGCTTGCCAGCTGAATATCTTCTCAGTGCCGGAA 76
| |||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TTCAGAATACGATCAGATTCGCTATATTTCACAAACACAAGGCCTGCCAGCTGAGTATCTTCTCAGTGCCGGAA 1258
Query 77 CAAAAACAACCAGGTTTTTCAACAGAGATCCTAATTTGGGGTACCCACTGTGGAGGCTTAAGACACCTGAAGAA 150
|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CAAAAACAACCAGGTTTTTTAACAGAGATCCTAATTTGGGGTACCCACTGTGGAGGCTTAAGACACCTGAAGAA 1332
Query 151 CATGAACTGGAGACTGGAATAAAATCAAAAGAAGCTCGGAAGTACATTTTTAATTGCTTAGATGACATGGCTCA 224
||||||.||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1333 CATGAATTGGAAACTGGAATAAAGTCAAAAGAAGCTCGGAAGTACATTTTTAACTGTTTAGATGACATGGCTCA 1406
Query 225 GGTGAATATGTCTACGGACCTGGAGGGAACAGACATGTTGGCAGAGAAGGCAGACCGAAGAGAATACATTGATC 298
|||.|||||||||||.|||.|.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||||.||.|||||.||.|||||||
Sbjct 1407 GGTAAATATGTCTACAGACTTAGAGGGGACAGATATGTTAGCAGAGAAAGCAGATCGGAGAGAGTATATTGATC 1480
Query 299 TGTTAAAGAAAATGCTCACAATTGATGCAGATAAGAGAATTACCCCTCTAAAAACTCTTAACCATCAGTTTGTG 372
|..|||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||.||.||||||
Sbjct 1481 TTCTAAAGAAAATGCTGACGATTGATGCAGATAAGAGAATCACGCCTCTGAAGACTCTTAACCACCAATTTGTG 1554
Query 373 ACAATGACTCACCTTTTGGATTTTCCACATAGCAATCATGTTAAGTCTTGTTTTCAGAACATGGAGATCTGCAA 446
||.||||.||||||..||||.|||||.||.||||..||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 ACGATGAGTCACCTCCTGGACTTTCCTCACAGCAGCCACGTTAAGTCCTGTTTCCAGAACATGGAGATCTGCAA 1628
Query 447 GCGGAGGGTTCACATGTATGATACAGTGAGTCAGATCAAGAGTCCCTTCACTACACATGTTGCCCCAAATACAA 520
|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||
Sbjct 1629 GCGGAGGGTTCACATGTATGACACAGTGAGTCAGATCAAGAGTCCCTTCACTACACATGTCGCTCCAAATACAA 1702
Query 521 GCACAAATCTAACCATGAGCTTCAGCAATCAGCTCAATACAGTGCACAATCAGGCCAGTGTTCTAGCTTCCAGT 594
||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1703 GCACAAATCTAACCATGAGCTTCAGCAACCAGCTCAACACAGTGCACAATCAGGCCAGTGTTCTAGCTTCCAGC 1776
Query 595 TCTACTGCAGCAGCTGCTACTCTTTCTCTGGCTAATTCAGATGTCTCACTACTAAACTACCAGTCAGCTTTGTA 668
||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||
Sbjct 1777 TCTACTGCAGCAGCAGCTACCCTTTCTCTGGCTAATTCAGATGTCTCGCTGCTAAACTACCAATCGGCTTTGTA 1850
Query 669 CCCATCATCTGCTGCACCAGTTCCTGGAGTTGCCCAGCAGGGTGTTTCCTTGCAGCCTGGAACCACCCAGATTT 742
||||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1851 CCCATCGTCGGCAGCGCCAGTTCCTGGAGTTGCCCAGCAGGGTGTTTCCTTACAACCTGGAACCACCCAGATCT 1924
Query 743 GCACTCAGACAGATCCATTCCAACAGACATTTATAGTATGTCCACCTGCGTTTCAAACTGGACTACAAGCAACA 816
||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1925 GCACTCAGACAGATCCATTCCAGCAAACATTTATAGTATGCCCACCTGCTTTTCAGACTGGACTACAAGCAACA 1998
Query 817 ACAAAGCATTCTGGATTCCCTGTGAGGATGGATAATGCTGTACCAATTGTACCCCAGGCACCAGCTGCTCAGCC 890
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 1999 ACAAAGCATTCTGGATTCCCTGTGAGGATGGATAATGCTGTGCCAATTGTACCCCAGGCGCCTGCTGCTCAGCC 2072
Query 891 ACTACAGATTCAGTCAGGAGTTCTCACGCAGGGAAGCTGTACACCACTAATGGTAGCAACTCTCCACCCTCAAG 964
.||.|||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 2073 GCTGCAGATCCAGTCAGGAGTACTCAC----------------------------------------------- 2099
Query 965 TAGCCACCATCACACCGCAGTATGCGGTGCCCTTTACTCTGAGCTGCGCAGCCGGCCGGCCGGCGCTGGTTGAA 1038
Sbjct 2100 -------------------------------------------------------------------------- 2099
Query 1039 CAGACTGCCGCTGTACTGCAGGCGTGGCCTGGAGGGACTCAGCAAATTCTCCTGCCTTCAACTTGGCAACAGTT 1112
||.|||.||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||.|.|||||.|||.|
Sbjct 2100 --------------ACAGCAAGCCTGGCCTGGAGGAACCCAACAAATTCTCCTGCCTTCAGCCTGGCAGCAGCT 2159
Query 1113 GCCTGGGGTAGCTCTACACAACTCTGTCCAGCCCACAGCAATGATTCCAGAGGCCATGGGGAGTGGACAGCAGC 1186
|||.|||||||||||.|||||||||||||||||..|.|||.||||||||||||||||||||||..|.||.||||
Sbjct 2160 GCCCGGGGTAGCTCTGCACAACTCTGTCCAGCCTGCTGCAGTGATTCCAGAGGCCATGGGGAGCAGCCAACAGC 2233
Query 1187 TAGCTGACTGGAGGAATGCCCACTCTCATGGCAACCAGTACAGCACTATCATGCAGCAGCCATCCTTGCTGACT 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 2234 TAGCTGACTGGAGGAATGCCCACTCTCATGGCAACCAGTACAGCACTATTATGCAGCAGCCATCTTTGCTGACC 2307
Query 1261 AACCATGTGACATTGGCCACTGCTCAGCCTCTGAATGTTGGTGTTGCCCATGTTGTCAGACAACAACAATCCAG 1334
|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 2308 AACCATGTGACCTTGGCCACTGCTCAGCCTCTGAATGTTGGTGTTGCCCATGTTGTCAGACAACAACAGTCTAG 2381
Query 1335 TTCCCTCCCTTCGAAGAAGAATAAGCAGTCAGCTCCAGTCTCTTCCAAGTCCTCTCTAGATGTTCTGCCTTCCC 1408
||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||.||.||||||||.|
Sbjct 2382 TTCCCTCCCTTCAAAGAAGAATAAGCAGTCTGCTCCAGTTTCATCCAAATCCTCTCTGGAAGTCCTGCCTTCTC 2455
Query 1409 AAGTCTATTCTCTGGTTGGGAGCAGTCCCCTCCGCACCACATCTTCTTATAATTCCTTGGTCCCTGTCCAAGAT 1482
||||.|||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||.|.||.|||||||||||.
Sbjct 2456 AAGTTTATTCTCTGGTTGGGAGTAGTCCTCTTCGTACCACATCTTCTTATAATTCCCTAGTTCCTGTCCAAGAC 2529
Query 1483 CAGCCACAGCCCATCATCATTCCAGATACTCCCAGCCCTCCTGTGAGTGTCATCACTATCCGAAGTGACACTGA 1556
||||..|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2530 CAGCATCAGCCAATCATCATTCCAGATACCCCCAGCCCTCCTGTGAGTGTCATCACTATCCGTAGTGACACTGA 2603
Query 1557 TGAGGAAGAGGACAACAAATACAAGCCCAGTAGCTCTGGACTGAAGCCAAGGTCTAATGTCATCAGTTATGTCA 1630
|||.|||||||||||||||||||||||||.||||||..|.||||||.|.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2604 TGAAGAAGAGGACAACAAATACAAGCCCAATAGCTCGAGCCTGAAGGCGAGGTCTAATGTCATCAGTTATGTCA 2677
Query 1631 CTGTCAATGATTCTCCTGACTCTGACTCTTCTTTGAGCAGCCCTTATTCCACTGATACCCTGAGTGCTCTCCGA 1704
||||||||||||||||.|||||||||||.||..||||||||||..||.||||.||.||.|||||||||||.||.
Sbjct 2678 CTGTCAATGATTCTCCAGACTCTGACTCCTCCCTGAGCAGCCCACATCCCACAGACACTCTGAGTGCTCTGCGG 2751
Query 1705 GGCAATAGTGGATCCGTTTTGGAGGGGCCTGGCAGAGTTGTGGCAGATGGCACTGGCACCCGCACTATCATTGT 1778
|||||.|||||..||.||.|||||||.|||||||||..||..||||||||||.|||||||||.|||||||||||
Sbjct 2752 GGCAACAGTGGGACCCTTCTGGAGGGACCTGGCAGACCTGCAGCAGATGGCATTGGCACCCGTACTATCATTGT 2825
Query 1779 GCCTCCACTGAAAACTCAGCTTGGTGACTGCACTGTAGCAACCCAGGCCTCAGGTCTCCTGAGCAATAAGACTA 1852
||||||..|||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||.||||||.|
Sbjct 2826 GCCTCCTTTGAAAACACAGCTTGGCGACTGCACTGTAGCAACACAGGCCTCAGGTCTCCTTAGCAGTAAGACCA 2899
Query 1853 AGCCAGTCGCTTCAGTGAGTGGGCAGTCATCTGGATGCTGTATCACCCCCACAGGGTATCGAGCTCAACGCGGG 1926
|||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.||.|||
Sbjct 2900 AGCCAGTGGCCTCAGTGAGTGGGCAGTCATCTGGATGCTGTATCACTCCCACGGGGTACCGGGCTCAGCGAGGG 2973
Query 1927 GGGACCAGTGCAGCACAACCACTCAATCTTAGCCAGAACCAGCAGTCATCGGTGGCTCCAACCTCACAGGAGAG 2000
||..||||.||.|..||.||||||||.||||||||||||||||||||||||...|||.|||||||.|||||.||
Sbjct 2974 GGAGCCAGCGCGGTGCAGCCACTCAACCTTAGCCAGAACCAGCAGTCATCGTCAGCTTCAACCTCGCAGGAAAG 3047
Query 2001 AAGCAGCAACCCAGCCCCCCGCAGGCAGCAGGCGTTTGTGGCCCCTCTCTCCCAAGCCCCCTACACCTTCCAGC 2074
||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 3048 AAGCAGCAACCCTGCTCCCCGCAGACAGCAGGCATTTGTGGCCCCGCTCTCCCAAGCCCCCTACGCCTTCCAGC 3121
Query 2075 ATGGCAGCCCGCTACACTCGACAGGGCACCCACACCTTGCCCCGGCCCCTGCTCACCTGCCAAGCCAGGCTCAT 2148
||||||||||.||.||||||||.||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||||||.||||.
Sbjct 3122 ATGGCAGCCCACTGCACTCGACGGGGCACCCACACTTGGCCCCAGCCCCTGCTCACCTGCCAAGCCAGCCTCAC 3195
Query 2149 CTGTATACGTATGCTGCCCCGACTTCTGCTGCTGCACTGGGCTCAACCAGCTCCATTGCTCATCTTTTCTCCCC 2222
|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||.|||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 3196 CTGTATACGTACGCTGCCCCCACTTCTGCTGCTGCATTGGGCTCCACCAGTTCCATTGCTCATCTGTTCTCCCC 3269
Query 2223 ACAGGGTTCCTCAAGGCATGCTGCAGCCTATACCACTCACCCTAGCACTTTGGTGCACCAGGTCCCTGTCAGTG 2296
.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.|||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 3270 CCAGGGTTCCTCAAGGCATGCTGCAGCTTATACCACACACCCTAGCACTCTGGTGCATCAGGTTCCTGTCAGTG 3343
Query 2297 TTGGGCCCAGCCTCCTCACTTCTGCCAGCGTGGCCCCTGCTCAGTACCAACACCAGTTTGCCACCCAATCCTAC 2370
|.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct 3344 TCGGGCCCAGCCTCCTCACTTCTGCCAGTGTGGCCCCTGCTCAGTACCAACACCAGTTTGCCACTCAGTCCTAC 3417
Query 2371 ATTGGGTCTTCCCGAGGCTCAACAATTTACACTGGATACCCCCTG------TCCAAGATCAGCCAGTATTCCTA 2438
||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||| .||||||||||.||||||||.||
Sbjct 3418 ATCGGGTCTTCCCGAGGCTCAACAATTTACACTGGATACCCGCTGAGTCCTACCAAGATCAGTCAGTATTCTTA 3491
Query 2439 CTTA 2442
|||.
Sbjct 3492 CTTG 3495
