Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15394
• Subject: NM_001353983.1
• Aligned Length: 1679
• Identities: 1365
• Gaps: 286

Alignment

Query    1  ATGTCAACTGAGACAGAACTTCAAGTAGCTGTGAAAACCAGCGCCAAGAAAGACTCCAGAAAGAAAGGTCAGGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCAACTGAGACAGAACTTCAAGTAGCTGTGAAAACCAGCGCCAAGAAAGACTCCAGAAAGAAAGGTCAGGA  74

Query   75  TCGCAGTGAAGCCACTTTGATAAAGAGGTTTAAAGGTGAAGGGGTCCGGTACAAAGCCAAATTGATCGGGATTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCGCAGTGAAGCCACTTTGATAAAGAGGTTTAAAGGTGAAGGGGTCCGGTACAAAGCCAAATTGATCGGGATTG  148

Query  149  ATGAAGTTTCCGCAGCTCGGGGAGACATGTTATGTCAAGATTCCATGATGAAACTCAAGGGCGTTGTTGCTGGC  222
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATGAAGTTTCCGCAGCTCGGGGAGACAAGTTATGTCAAGATTCCATGATGAAACTCAAGGGCGTTGTTGCTGGC  222

Query  223  GCTCGTTCCAAAGGAGAACACAAACAGAAAATCTTTTTAACCATCTCCTTTGGAGGAATCAAAATCTTTGATGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCTCGTTCCAAAGGAGAACACAAACAGAAAATCTTTTTAACCATCTCCTTTGGAGGAATCAAAATCTTTGATGA  296

Query  297  GAAGACAGGGGTTCCCACCAGC---------------------------------CAAA---------------  322
            |||||||||||  |||..||||                                 ||||               
Sbjct  297  GAAGACAGGGG--CCCTTCAGCATCATCATGCTGTTCATGAAATATCCTACATTGCAAAGGACATTACAGATCA  368

Query  323  -----------------------AGAAGGAAGGTG---------TTTATGATGTGCCAAAAA------------  352
                                   .||||||||| |         |||.||    ||||.|||            
Sbjct  369  CCGGGCCTTTGGATATGTTTGTGGGAAGGAAGG-GAATCACAGATTTGTG----GCCATAAAAACAGCCCAGGC  437

Query  353  --GTCAACCTGT-----------------------------------------------------AAGTAAT--  369
              .|.|||||||                                                     ||| |||  
Sbjct  438  GGCTGAACCTGTTATTCTGGACTTGAGAGATCTCTTTCAACTCATTTATGAATTGAAGCAAAGAGAAG-AATTA  510

Query  370  --------GGC-----------------------------------------TATTCGTTTGAGGATTTTGAAG  394
                    |||                                         |||| |...||||||.||||||
Sbjct  511  GAAAAAAAGGCACAAAAGGATAAGCAGTGTGAACAAGCTGTGTACCAGACAATATT-GGAAGAGGATGTTGAAG  583

Query  395  AAC------------------GGTTTGCTGC--------AGCCA---------CCCCGAACAGAA---------  424
            |.|                  .|||||..||        |||||         |||..|||.|||         
Sbjct  584  ATCCTGTGTACCAGTACATTGTGTTTGAGGCTGGACACGAGCCAATCCGTGATCCCGAAACGGAAGAAAACATT  657

Query  425  ------------ACCTGCCCACAGA--------CTTTGATGAGATTTTTG------AGGCAAC---GAAG-GCT  468
                        |||.|||.|.|||        .||| ||||    |.||      ||.||||   .||| |||
Sbjct  658  TATCAGGTTCCCACCAGCCAAAAGAAGGAAGGTGTTT-ATGA----TGTGCCAAAAAGTCAACCTGTAAGTGCT  726

Query  469  GTGACCCAATTAGAACTTTTTGGGGACATGTCCACACCCCCTGATATAACCTCTCCTTCCACTCCTGCAACTCC  542
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||
Sbjct  727  GTGACCCAATTAGAACTTTTTGGGGACATGTCCACACCCCCTGATATAACCTCTCCCCCCACTCCTGCAACTCC  800

Query  543  AGGTGATGCCTTTATCCCATCTTCATCTCAGACCCTTCCAGCGAGTGCAGATGTGTTTAGTTCTGTACCTTTCG  616
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  801  AGGTGATGCCTTTATCCCATCTTCATCTCAGACCCTTCCAGCGAGTGCAGATGTGTTTAGTTCTGTACCTTTCG  874

Query  617  GCACTGCTGCTGTACCCTCAGGTTACGTTGCAATGGGCGCTGTCCTCCCGTCCTTCTGGGGTCAGCAGCCCCTC  690
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  875  GCACTGCTGCTGTACCCTCAGGTTACGTTGCAATGGGCGCTGTCCTCCCGTCCTTCTGGGGTCAGCAGCCCCTC  948

Query  691  GTCCAACAGCAGATGGTCATGGGTGCCCAGCCACCAGTCGCTCAGGTGATGCCGGGGGCTCAGCCCATCGCATG  764
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  949  GTCCAACAGCAGATGGTCATGGGTGCCCAGCCACCAGTCGCTCAGGTGATGCCGGGGGCTCAGCCCATCGCATG  1022

Query  765  GGGCCAGCCGGGTCTCTTTCCTGCCACTCAGCAGCCCTGGCCAACTGTGGCCGGGCAGTTTCCGCCAGCCGCCT  838
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023  GGGCCAGCCGGGTCTCTTTCCTGCCACTCAGCAGCCCTGGCCAACTGTGGCCGGGCAGTTTCCGCCAGCCGCCT  1096

Query  839  TCATGCCCACACAAACTGTTATGCCTTTGCCAGCTGCCATGTTCCAAGGTCCCCTCACCCCCCTTGCCACCGTC  912
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1097  TCATGCCCACACAAACTGTTATGCCTTTGCCAGCTGCCATGTTCCAAGGTCCCCTCACCCCCCTTGCCACCGTC  1170

Query  913  CCAGGCACGAGTGACTCCACCAGGTCAAGTCCACAGACCGACAAGCCCAGGCAGAAAATGGGCAAAGAAACGTT  986
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171  CCAGGCACGAGTGACTCCACCAGGTCAAGTCCACAGACCGACAAGCCCAGGCAGAAAATGGGCAAAGAAACGTT  1244

Query  987  TAAGGATTTCCAGATGGCCCAGCCTCCGCCCGTGCCCTCCCGCAAACCCGACCAGCCCTCCCTCACCTGTACCT  1060
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245  TAAGGATTTCCAGATGGCCCAGCCTCCGCCCGTGCCCTCCCGCAAACCCGACCAGCCCTCCCTCACCTGTACCT  1318

Query 1061  CAGAGGCCTTCTCCAGTTACTTCAACAAAGTCGGGGTGGCACAGGATACAGACGACTGTGATGACTTTGACATC  1134
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319  CAGAGGCCTTCTCCAGTTACTTCAACAAAGTCGGGGTGGCACAGGATACAGACGACTGTGATGACTTTGACATC  1392

Query 1135  TCCCAGTTGAATTTGACCCCTGTGACTTCTACCACACCATCGACCAACTCACCTCCAACCCCAGCCCCTAGACA  1208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393  TCCCAGTTGAATTTGACCCCTGTGACTTCTACCACACCATCGACCAACTCACCTCCAACCCCAGCCCCTAGACA  1466

Query 1209  GAGCTCTCCATCCAAATCATCTGCATCCCATGCCAGTGATCCTACCACAGATGACATCTTTGAAGAGGGCTTTG  1282
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467  GAGCTCTCCATCCAAATCATCTGCATCCCATGCCAGTGATCCTACCACAGATGACATCTTTGAAGAGGGCTTTG  1540

Query 1283  AAAGTCCCAGCAAAAGCGAAGAGCAAGAAGCTCCTGATGGATCACAGGCCTCATCCAACAGTGATCCATTTGGT  1356
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541  AAAGTCCCAGCAAAAGCGAAGAGCAAGAAGCTCCTGATGGATCACAGGCCTCATCCAACAGTGATCCATTTGGT  1614

Query 1357  GAGCCCAGTGGGGAGCCCAGTGGTGATAATATAAGTCCACAGGCCGGTAGC  1407
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615  GAGCCCAGTGGGGAGCCCAGTGGTGATAATATAAGTCCACAGGCCGGTAGC  1665