Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15413
• Subject: NM_001283062.1
• Aligned Length: 1965
• Identities: 1729
• Gaps: 111

Alignment

Query    1  ATGGCGTCCACGGATTACAGTACCTATAGCCAAGCTGCAGCGCAGCAGGGCTACAGTGCTTACACCGCCCAGCC  74
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGTCCACGGATTACAGTACCTATAGTCAAGCTGCAGCCCAGCAGGGCTACAGTGCTTACACCGCCCAGCC  74

Query   75  CACTCAAGGATATGCACAGACCACCCAGGCATATGGGCAACAAAGCTATGGAACCTATGGACAGCCCACTGATG  148
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct   75  AACTCAAGGATATGCACAGACCACCCAGGCATATGGGCAACAAAGCTATGGAACCTATGGACAGCCTACTGATG  148

Query  149  TCAGCTATACCCAGGCTCAGACCACTGCAACCTATGGGCAGACCGCCTATGCAACTTCTTATGGACAGCCTCCC  222
            ||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  149  TCAGCTATACTCAGGCTCAGACCACTGCCACCTACGGGCAGACTGCATATGCAACTTCTTACGGACAGCCTCCC  222

Query  223  ACTGGTTATACTACTCCAACTGCCCCCCAGGCATACAGCCAGCCTGTCCAGGGGTATGGCACTGGTGCTTATGA  296
            ||||||||||..||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||..|||||||
Sbjct  223  ACTGGTTATAGCACTCCAACTGCCCCGCAGGCGTACAGCCAGCCTGTGCAGGGATATGGCACTGGGACTTATGA  296

Query  297  TACCACCACTGCTACAGTCACCACCACCCAGGCCTCCTATGCAGCTCAGTCTGCATATGGCACTCAGCCTGCTT  370
            .|.|||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||.|||||||||||||.||||||||.|
Sbjct  297  CAGCACCACTGCTACAGTCACCACAACGCAGGCCTCTTACGCAGCTCAGACTGCATATGGCACCCAGCCTGCCT  370

Query  371  ATCCAGCCTATGGGCAGCAGCCAGCAGCCACTGCACCTACAAGACCGCAGGATGGAAACAAGCCCACTGAGACT  444
            |.||..|||||||.|||||||||.|||||||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||..||||||||
Sbjct  371  ACCCCACCTATGGCCAGCAGCCAACAGCCACCGCACCTACCAGACCACAGGATGGTAACAAGCCTGCTGAGACT  444

Query  445  AGTCAACCTCAATCTAGCACAGGGGGTTACAACCAGCCCAGCCTAGGATATGGACAGAGTAACTACAGTTATCC  518
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  AGTCAACCTCAATCTAGCACAGGGGGTTATAACCAACCCAGCCTAGGATATGGACAGAGTAACTACAGCTATCC  518

Query  519  CCAGGTACCTGGGAGCTACCCCATGCAGCCAGTCACTGCACCTCCATCCTACCCTCCTACCAGCTATTCCTCTA  592
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||.
Sbjct  519  CCAGGTACCTGGGAGCTACCCAATGCAGCCAGTCACCGCACCTCCATCTTATCCTCCTACCAGCTACTCCTCTT  592

Query  593  CACAGCCGACTAGTTATGATCAGAGCAGTTACTCTCAGCAGAACACCTATGGGCAACCGAGCAGCTATGGACAG  666
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct  593  CACAGCCGACTAGTTACGATCAGAGCAGTTACTCTCAGCAGAACACCTATGGGCAGCCGAGCAGCTATGGACAA  666

Query  667  CAGAGTAGCTATGGTCAACAAAGCAGCTATGGGCAGCAGCCTCCCACTAGTTACCCACCCCAAACTGGATCCTA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||||||||
Sbjct  667  CAGAGTAGCTATGGTCAACAAAGCAGCTATGGGCAGCAGCCTCCTACTAGTTACCCCCCTCAGACTGGATCCTA  740

Query  741  CAGCCAAGCTCCAAGTCAATATAGCCAACAGAGCAGCAGCTACGGGCAGCAGAGTTCATTCCGACAGGACCACC  814
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAGCCAGGCTCCAAGTCAATATAGCCAACAGAGCAGCAGCTACGGGCAGCAGAGTTCATTCCGACAGGACCACC  814

Query  815  CCAGTAGCATGGGTGTTTATGGGCAGGAGTCTGGAGGATTTTCCGGACCAGGAGAGAACCGGAGCATGAGTGGC  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  815  CCAGTAGCATGGGTGTTTATGGGCAGGAGTCTGGAGGATTTTCCGGACCAGGAGAGAACCGGAGCTTGAGTGGC  888

Query  889  CCTGATAACCGGGGCAGGGGAAGAGGGGGATTTGATCGTGGAGGCATGAGCAGAGGTGGGCGGGGAGGAGGACG  962
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     
Sbjct  889  CCTGATAACCGGGGCAGGGGAAGAGGGGGATTTGATCGTGGAGGCATGAGCAG---------------------  941

Query  963  CGGTGGAATGGGCGCTGGAGAGCGAGGTGGCTTCAATAAGCCTGGTGGACCCATGGATGAAGGACCAGATCTTG  1036
                                                                                      
Sbjct  942  --------------------------------------------------------------------------  941

Query 1037  ATCTAGGCCCACCTGTAGATCCAGATGAAGACTCTGACAACAGTGCAATTTATGTACAAGGATTAAATGACAGT  1110
                            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.|
Sbjct  942  ----------------AGATCCCGATGAAGACTCTGACAACAGTGCAATTTATGTGCAAGGATTAAATGACAAT  999

Query 1111  GTGACTCTAGATGATCTGGCAGACTTCTTTAAGCAGTGTGGGGTTGTTAAGATGAACAAGAGAACTGGGCAACC  1184
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1000  GTGACTCTGGATGATCTGGCAGACTTCTTTAAGCAGTGTGGGGTTGTCAAGATGAACAAGAGAACTGGACAACC  1073

Query 1185  CATGATCCACATCTACCTGGACAAGGAAACAGGAAAGCCCAAAGGCGATGCCACAGTGTCCTATGAAGACCCAC  1258
            |||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1074  CATGATCCATATCTACCTGGATAAGGAGACAGGAAAGCCTAAAGGGGACGCCACAGTGTCCTATGAAGATCCAC  1147

Query 1259  CCACTGCCAAGGCTGCCGTGGAATGGTTTGATGGGAAAGATTTTCAAGGGAGCAAACTTAAAGTCTCCCTTGCT  1332
            |.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.
Sbjct 1148  CAACTGCAAAGGCTGCCGTGGAATGGTTTGATGGGAAAGATTTTCAAGGAAGCAAACTTAAAGTGTCTCTTGCC  1221

Query 1333  CGGAAGAAGCCTCCAATGAACAGTATGCGGGGTGGTCTGCCACCCCGTGAGGGCAGAGGCATGCCACCACCACT  1406
            ||.||||||||||||||||||||.||||||||.||..|||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 1222  CGAAAGAAGCCTCCAATGAACAGCATGCGGGGAGGCATGCCACCTCGTGAGGGCAGGGGGATGCCACCACCACT  1295

Query 1407  CCGTGGAGGTCCAGGAGGCCCAGGAGGTCCTGGGGGACCCATGGGTCGCATGGGAGGCCGTGGAGGAGATAGAG  1480
            .|||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1296  TCGTGGAGGTCCTGGTGGCCCAGGAGGCCCTGGAGGACCCATGGGTCGCATGGGAGGCCGTGGAGGAGACAGAG  1369

Query 1481  GAGGCTTCCCTCCAAGAGGACCCCGGGGTTCCCGAGGGAACCCCTCTGGAGGAGGAAACGTCCAGCACCGAGCT  1554
            |.|||||||||||||||||.|||||.||.|||.||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1370  GGGGCTTCCCTCCAAGAGGGCCCCGAGGCTCCAGAGGAAACCCCTCTGGAGGAGGAAATGTCCAGCACCGAGCT  1443

Query 1555  GGAGACTGGCAGTGTCCCAATCCGGGTTGTGGAAACCAGAACTTCGCCTGGAGAACAGAGTGCAACCAGTGTAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1444  GGAGACTGGCAGTGTCCCAATCCGGGCTGTGGAAACCAGAACTTCGCTTGGAGAACAGAATGCAACCAGTGTAA  1517

Query 1629  GGCCCCAAAGCCTGAAGGCTTCCTCCCGCCACCCTTTCCGCCCCCGGGTGGTGATCGTGGCAGAGGTGGCCCTG  1702
            ||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||..||||||||||||
Sbjct 1518  GGCCCCTAAGCCCGAGGGCTTCCTCCCGCCACCCTTTCCACCTCCGGGTGGTGATCGTGGACGAGGTGGCCCTG  1591

Query 1703  GTGGCATGCGGGGAGGAAGAGGTGGCCTCATGGATCGTGGTGGTCCCGGTGGAATGTTCAGAGGTGGCCGTGGT  1776
            ||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||.|.|||
Sbjct 1592  GTGGCATGCGAGGAGGAAGAGGAGGACTCATGGACCGTGGTGGTCCTGGAGGAATGTTCAGAGGTGGCAGAGGT  1665

Query 1777  GGAGACAGAGGTGGCTTCCGTGGTGGCCGGGGCATGGACCGAGGTGGCTTTGGTGGAGGAAGACGAGGTGGCCC  1850
            |||||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1666  GGAGACAGAGGAGGCTTCCGAGGTGGCCGTGGAATGGACCGAGGTGGCTTTGGTGGAGGAAGACGAGGTGGTCC  1739

Query 1851  TGGGGGGCCCCCTGGACCTTTGATGGAACAGATGGGAGGAAGAAGAGGAGGACGTGGAGGACCTGGAAAAATGG  1924
            |||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1740  TGGGGGGCCTCCTGGACCTTTAATGGAACAGATGGGAGGAAGAAGAGGCGGACGTGGAGGACCTGGGAAAATGG  1813

Query 1925  ATAAAGGCGAGCACCGTCAGGAGCGCAGAGATCGGCCCTAC  1965
            ||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 1814  ATAAAGGCGAGCACCGTCAGGAACGCAGAGACCGGCCCTAC  1854