Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15675
• Subject: NM_001256679.2
• Aligned Length: 1749
• Identities: 1463
• Gaps: 285

Alignment

Query    1  ATGACTTTCTATTTGTTTGGTATTCGAAGCTTTCCGAAGCTTTGGAAGAGCCCATACCTTGGGCTAGGCCCAGG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GCACTCTTATGTCTCGCTGTTTCTGGCAGACCGCTGTGGCATCAGGAACCAGCAGAGGTTGTTTTCTCTTAAAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CAATGTCTCCACAGAATACCAAAGCAACGAATCTGATTGCCAAGGCCAGATATCTCAGGAAAGATGAGGGCAGT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  AATAAGCAAGTTTATTCTGTTCCTCATTTTTTTTTAGCTGGAGCAGCTAAGGAGAGATCACAGATGAATTCTCA  296
                                                                           |||||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------------------------------------ATGAATTCTCA  11

Query  297  AACTGAAGATCATGCCTTGGCACCTGTGAGGAACACTATTCAACTCCCAACACAACCTTTGAATTCAGAGGAGT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   12  AACTGAAGATCATGCCTTGGCACCTGTGAGGAACACTATTCAACTCCCAACACAACCTTTGAATTCAGAGGAGT  85

Query  371  GGGATAAACTTAAGGAAGATTTAAAAGAAAACACCGGAAAGACCAGTTTCGAAAGTTGGATCATTTCACAGATG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   86  GGGATAAACTTAAGGAAGATTTAAAAGAAAACACCGGAAAGACCAGTTTCGAAAGTTGGATCATTTCACAGATG  159

Query  445  GCTGGCTGTCATAGCTCTATAGATGTGGCTAAATCTCTGCTGGCATGGGTAGCAGCCAAAAATAATGGTATTGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  160  GCTGGCTGTCATAGCTCTATAGATGTGGCTAAATCTCTGCTGGCATGGGTAGCAGCCAAAAATAATGGTATTGT  233

Query  519  AAGTTACGATTTACTGGTCAAGTATTTGTATCTCTGTGTCTTTCATATGCAGACATCTGAAGTTATTGATGTCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  234  AAGTTACGATTTACTGGTCAAGTATTTGTATCTCTGTGTCTTTCATATGCAGACATCTGAAGTTATTGATGTCT  307

Query  593  TTGAAATTATGAAAGCCAGATATAAGACTTTAGAACCTAGAGGTTACAGTCTTCTCATCCGGGGATTGATCCAT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  308  TTGAAATTATGAAAGCCAGATATAAGACTTTAGAACCTAGAGGTTACAGTCTTCTCATCCGGGGATTGATCCAT  381

Query  667  TCAGACAGATGGAGAGAAGCATTGTTGCTGTTAGAGGACATCAAAAAAGTTATAACTCCTTCAAAAAAGAACTA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  382  TCAGACAGATGGAGAGAAGCATTGTTGCTGTTAGAGGACATCAAAAAAGTTATAACTCCTTCAAAAAAGAACTA  455

Query  741  TAATGACTGTATCCAGGGAGCTCTCCTTCATCAAGATGTAAACACAGCTTGGAATTTATATCAGGAATTGCTAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  456  TAATGACTGTATCCAGGGAGCTCTCCTTCATCAAGATGTAAACACAGCTTGGAATTTATATCAGGAATTGCTAG  529

Query  815  GTCATGATATTGTTCCTATGTTGGAAACTTTAAAAGCTTTCTTTGATTTTGGAAAAGACATAAAGGATGATAAC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  530  GTCATGATATTGTTCCTATGTTGGAAACTTTAAAAGCTTTCTTTGATTTTGGAAAAGACATAAAGGATGATAAC  603

Query  889  TATTCAAATAAACTACTAGATATTCTTTCATATCTAAGAAATAATCAGCTGTATCCAGGGGAGTCATTTGCACA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  604  TATTCAAATAAACTACTAGATATTCTTTCATATCTAAGAAATAATCAGCTGTATCCAGGGGAGTCATTTGCACA  677

Query  963  CAGTATAAAAACATGGTTTGAGAGTGTTCCTGGAAAACAATGGAAAGGACAATTCACCACAGTCCGAAAAAGTG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  678  CAGTATAAAAACATGGTTTGAGAGTGTTCCTGGAAAACAATGGAAAGGACAATTCACCACAGTCCGAAAAAGTG  751

Query 1037  GCCAGTGTTCGGGCTGTGGAAAAACCATAGAGTCTATTCAGCTGAGTCCAGAAGAATATGAATGTCTTAAGGGA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  752  GCCAGTGTTCGGGCTGTGGAAAAACCATAGAGTCTATTCAGCTGAGTCCAGAAGAATATGAATGTCTTAAGGGA  825

Query 1111  AAAATCATGAGGGATGTGATAGATGGAGGTGACCAGTACAGAAAGACAACACCTCAGGAACTTAAGAGATTTGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  826  AAAATCATGAGGGATGTGATAGATGGAGGTGACCAGTACAGAAAGACAACACCTCAGGAACTTAAGAGATTTGA  899

Query 1185  GAACTTCATAAAATCTCGTCCTCCTTTTGATGTTGTCATTGATGGTCTCAATGTTGCCAAAATGTTTCCTAAAG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  900  GAACTTCATAAAATCTCGTCCTCCTTTTGATGTTGTCATTGATGGTCTCAATGTTGCCAAAATGTTTCCTAAAG  973

Query 1259  TTCGTGAATCTCAACTTCTCTTGAATGTCGTCTCTCAACTAGCCAAACGGAGTCTGCGACTGCTGGTCCTAGGC  1332
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  974  TTCGTGAATCTCAACTTCTCTTGAATGTCGTCTCTCAACTAGCCAAACGGAATCTGCGACTGCTGGTCCTAGGC  1047

Query 1333  CGGAAGCACATGCTAAGACGGAGTTCCCAGTGGAGTCGGGATGAGATGGAAGAGGTGCAAAAGCAAGCCAGCTG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1048  CGGAAGCACATGCTAAGACGGAGTTCCCAGTGGAGTCGGGATGAGATGGAAGAGGTGCAAAAGCAAGCCAGCTG  1121

Query 1407  TTTTTTTGCTGATGACATCTCGGAGGATGATCCATTCCTTCTGTATGCCACACTGCACTCCGGGAATCACTGCA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122  TTTTTTTGCTGATGACATCTCGGAGGATGATCCATTCCTTCTGTATGCCACACTGCACTCCGGGAATCACTGCA  1195

Query 1481  GGTTTATCACAAGAGACCTGATGCGGGACCACAAGGCCTGTCTGCCTGATGCCAAGACCCAACGCCTGTTTTTT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196  GGTTTATCACAAGAGACCTGATGCGGGACCACAAGGCCTGTCTGCCTGATGCCAAGACCCAACGCCTGTTTTTT  1269

Query 1555  AAGTGGCAGCAGGGACATCAGCTGGCAATTGTAAATAGGTTTCCAGGATCAAAACTAACCTTTCAGCGTATTCT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270  AAGTGGCAGCAGGGACATCAGCTGGCAATTGTAAATAGGTTTCCAGGATCAAAACTAACCTTTCAGCGTATTCT  1343

Query 1629  CAGCTATGACACAGTGGTGCAAACAACTGGAGACTCGTGGCACATACCATATGATGAAGACTTGGTAGAAAGAT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344  CAGCTATGACACAGTGGTGCAAACAACTGGAGACTCGTGGCACATACCATATGATGAAGACTTGGTAGAAAGAT  1417

Query 1703  GTTCCTGTGAAGTACCAACCAAATGGCTTTGCCTCCACCAAAAGACA  1749
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1418  GTTCCTGTGAAGTACCAACCAAATGGCTTTGCCTCCACCAAAAGACA  1464