Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15940
• Subject: NM_001366083.1
• Aligned Length: 1377
• Identities: 1043
• Gaps: 324

Alignment

Query    1  ATGGCGTCCAAAGTCACAGATGCTATAGTCTGGTATCAAAAGAAGATTGGAGCATATGATCAACAAATATGGGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGTCCAAAGTCACAGATGCTATAGTCTGGTATCAAAAGAAGATTGGAGCATATGATCAACAAATATGGGA  74

Query   75  AAAATCTGTTGAACAGAGAGAAATCAAGTTTATTAAACTGGGGCTAAGGAATAAACCAAAGAAAACAGCACATG  148
            |||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAAATCTGTTGAACAGAGAGAAATCAA------------GGGGCTAAGGAATAAACCAAAGAAAACAGCACATG  136

Query  149  TGAAACCAGACCTCATAGATGTTGATCTTGTAAGAGGGTCTGCATTTGCAAAGGCAAAGCCTGAAAGTCCTTGG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  137  TGAAACCAGACCTCATAGATGTTGATCTTGTAAGAGGGTCTGCATTTGCAAAGGCAAAGCCTGAAAGTCCTTGG  210

Query  223  ACTTCTCTGACCAGAAAGGGAATTGTTCGAGTTGTATTTTTCCCCTTTTTCTTCCGGTGGTGGTTACAAGTAAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  211  ACTTCTCTGACCAGAAAGGGAATTGTTCGAGTTGTATTTTTCCCCTTTTTCTTCCGGTGGTGGTTACAAGTAAC  284

Query  297  ATCAAAGGTCATCTTTTTCTGGCTTCTTGTCCTTTATCTTCTTCAAGTTGCTGCAATAGTATTATTCTGCTCCA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  285  ATCAAAGGTCATCTTTTTCTGGCTTCTTGTCCTTTATCTTCTTCAAGTTGCTGCAATAGTATTATTCTGCTCCA  358

Query  371  CTTCTAGCCCACACAGCATACCTCTGACAGAGGTGATTGGGCCGATATGGCTGATGCTGCTCCTGGGAACTGTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  359  CTTCTAGCCCACACAGCATACCTCTGACAGAGGTGATTGGGCCGATATGGCTGATGCTGCTCCTGGGAACTGTG  432

Query  445  CATTGCCAGATTGTTTCCACAAGAACACCCAAACCTCCTCTAAGTACAGGGGGTAAAAGAAGAAGGAAATTAAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  433  CATTGCCAGATTGTTTCCACAAGAACACCCAAACCTCCTCTAAGTACAGGGGGTAAAAGAAGAAGGAAATTAAG  506

Query  519  AAAAGCAGCCCATTTGGAAGTACATAGGGAAGGAGATGGTTCTAGTACCACAGATAACACACAAGAGGGAGCAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  507  AAAAGCAGCCCATTTGGAAGTACATAGGGAAGGAGATGGTTCTAGTACCACAGATAACACACAAGAGGGAGCAG  580

Query  593  TTCAGAACCACGGTACAAGCACCTCTCACAGCGTTGGCACTGTCTTCAGAGATCTCTGGCATGCTGCTTTCTTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  581  TTCAGAACCACGGTACAAGCACCTCTCACAGCGTTGGCACTGTCTTCAGAGATCTCTGGCATGCTGCTTTCTTT  654

Query  667  TTATCAGGATCAAAGAAAGCAAAGAATTCAATTGATAAATCAACTGAAACTGACAATGGCTATGTATCCCTTGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  655  TTATCAGGATCAAAGAAAGCAAAGAATTCAATTGATAAATCAACTGAAACTGACAATGGCTATGTATCCCTTGA  728

Query  741  TGGGAAGAAGACTGTTAAAAGCGGTGAAGATGGAATACAAAACCATGAACCTCAGTGTGAAACTATTCGACCAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  729  TGGGAAGAAGACTGTTAAAAGCGGTGAAGATGGAATACAAAACCATGAACCTCAGTGTGAAACTATTCGACCAG  802

Query  815  AAGAGACAGCCTGGAACACAGGAACACTGAGGAATGGTCCTAGCAAAGATACCCAAAGGACAATAACAAATGTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  803  AAGAGACAGCCTGGAACACAGGAACACTGAGGAATGGTCCTAGCAAAGATACCCAAAGGACAATAACAAATGTC  876

Query  889  TCTGATGAAGTCTCCAGTGAGGAAGGTCCTGAAACAGGATACTCATTACGTCGTCATGTGGACAGGACTTCTGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  877  TCTGATGAAGTCTCCAGTGAGGAAGGTCCTGAAACAGGATACTCATTACGTCGTCATGTGGACAGGACTTCTGA  950

Query  963  AGGTGTTCTTCGGAATAGAAAGTCACACCATTATAAGAAACATTACCCTAATGAGG-------TATA-----TA  1024
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||.|     ||
Sbjct  951  AGGTGTTCTTCGGAATAGAAAGTCACACCATTATAAGAAACATTACCCTAATGAGGACGCCCCTAAATCGGGTA  1024

Query 1025  CT--TTG----------TCCTTAAGTGTATACATACA-----------------------TATC----------  1053
            ||  |||          |..|.||||   |.||.|||                       .|||          
Sbjct 1025  CTAGTTGCAGCTCTCGCTGTTCAAGT---TCCAGACAGGATTCTGAGAGTGCAAGGCCAGAATCTGAAACAGAA  1095

Query 1054  --TATTTTAT--------ATGTTAC-------------------------------------------------  1068
              |.|.||||        .||||||                                                 
Sbjct 1096  GATGTGTTATGGGAAGACTTGTTACATTGTGCAGAATGCCATTCATCTTGTACCAGTGAGACAGATGTGGAAAA  1169

Query 1069  --------------------------------------------------------------------------  1068
                                                                                      
Sbjct 1170  TCATCAGATTAATCCATGTGTGAAAAAAGAATATAGAGATGACCCTTTTCATCAGAGTCATTTGCCCTGGCTCC  1243

Query 1069  --------------------------------------------------------------------------  1068
                                                                                      
Sbjct 1244  ATAGTTCCCACCCAGGATTAGAAAAAATAAGTGCTATAGTATGGGAAGGTAATGATTGTAAGAAAGCAGACATG  1317

Query 1069  ---------------------------------------------  1068
                                                         
Sbjct 1318  TCTGTACTTGAAATCAGTGGAATGATAATGAACAGAGTGAGTTTT  1362