Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15941
• Subject: NM_001366085.2
• Aligned Length: 1428
• Identities: 1041
• Gaps: 381

Alignment

Query    1  ATGGCGTCCAAAGTCACAGATGCTATAGTCTGGTATCAAAAGAAGATTGGAGCATATGATCAACAAATATGGGA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGTCCAAAGTCACAGATGCTATAGTCTGGTATCAAAAGAAGATTGGAGCATATGATCAACAAATATGGGA  74

Query   75  AAAATCTGTTGAACAGAGAGAAATCAAGGGGCTAAGGAATAAACCAAAGAAAACAGCACATGTGAAACCAGACC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAAATCTGTTGAACAGAGAGAAATCAAGGGGCTAAGGAATAAACCAAAGAAAACAGCACATGTGAAACCAGACC  148

Query  149  TCATAGATGTTGATCTTGTAAGAGGGTCTGCATTTGCAAAGGCAAAGCCTGAAAGTCCTTGGACTTCTCTGACC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCATAGATGTTGATCTTGTAAGAGGGTCTGCATTTGCAAAGGCAAAGCCTGAAAGTCCTTGGACTTCTCTGACC  222

Query  223  AGAAAGGGAATTGTTCGAGTTGTATTTTTCCCCTTTTTCTTCCGGTGGTGGTTACAAGTAACATCAAAGGTCAT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGAAAGGGAATTGTTCGAGTTGTATTTTTCCCCTTTTTCTTCCGGTGGTGGTTACAAGTAACATCAAAGGTCAT  296

Query  297  CTTTTTCTGGCTTCTTGTCCTTTATCTTCTTCAAGTTGCTGCAATAGTATTATTCTGCTCCACTTCTAGCCCAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CTTTTTCTGGCTTCTTGTCCTTTATCTTCTTCAAGTTGCTGCAATAGTATTATTCTGCTCCACTTCTAGCCCAC  370

Query  371  ACAGCATACCTCTGACAGAGGTGATTGGGCCGATATGGCTGATGCTGCTCCTGGGAACTGTGCATTGCCAGATT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ACAGCATACCTCTGACAGAGGTGATTGGGCCGATATGGCTGATGCTGCTCCTGGGAACTGTGCATTGCCAGATT  444

Query  445  GTTTCCACAAGAACACCCAAACCTCCTCTAAGTACAGGGGGTAAAAGAAGAAGGAAATTAAGAAAAGCAGCCCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTTTCCACAAGAACACCCAAACCTCCTCTAAGTACAGGGGGTAAAAGAAGAAGGAAATTAAGAAAAGCAGCCCA  518

Query  519  TTTGGAAGTACATAGGGAAGGAGATGGTTCTAGTACCACAGATAACACACAAGAGGGAGCAGTTCAGAACCACG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTTGGAAGTACATAGGGAAGGAGATGGTTCTAGTACCACAGATAACACACAAGAGGGAGCAGTTCAGAACCACG  592

Query  593  GTACAAGCACCTCTCACAGCGTTGGCACTGTCTTCAGAGATCTCTGGCATGCTGCTTTCTTTTTATCAGGATCA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTACAAGCACCTCTCACAGCGTTGGCACTGTCTTCAGAGATCTCTGGCATGCTGCTTTCTTTTTATCAGGATCA  666

Query  667  AAGAAAGCAAAGAATTCAATTGATAAATCAACTGAAACTGACAATGGCTATGTATCCCTTGATGGGAAGAAGAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAGAAAGCAAAGAATTCAATTGATAAATCAACTGAAACTGACAATGGCTATGTATCCCTTGATGGGAAGAAGAC  740

Query  741  TGTTAAAAGCGGTGAAGATGGAATACAAAACCATGAACCTCAGTGTGAAACTATTCGACCAGAAGAGACAGCCT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGTTAAAAGCGGTGAAGATGGAATACAAAACCATGAACCTCAGTGTGAAACTATTCGACCAGAAGAGACAGCCT  814

Query  815  GGAACACAGGAACACTGAGGAATGGTCCTAGCAAAGATACCCAAAGGACAATAACAAATGTCTCTGATGAAGTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGAACACAGGAACACTGAGGAATGGTCCTAGCAAAGATACCCAAAGGACAATAACAAATGTCTCTGATGAAGTC  888

Query  889  TCCAGTGAGGAAGGTCCTGAAACAGGATACTCATTACGTCGTCATGTGGACAGGACTTCTGAAGGTGTTCTTCG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TCCAGTGAGGAAGGTCCTGAAACAGGATACTCATTACGTCGTCATGTGGACAGGACTTCTGAAGGTGTTCTTCG  962

Query  963  GAATAGAAAGTCACACCATTATAAGAAACATTACCCTAATGAG-GTATATAC-TTTGTCCT-------------  1021
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     | ||||.|||             
Sbjct  963  GAATAGAAAGTCACACCATTATAAGAAACATTACCCTAATGAGAGT-----CATTTGCCCTGGCTCCATAGTTC  1031

Query 1022  --------------------TAAGTG-TATA----------------------------CATACATATC--TAT  1044
                                |||||| ||||                            ||.||||.||  ||.
Sbjct 1032  CCACCCAGGATTAGAAAAAATAAGTGCTATAGTATGGGAAGGTAATGATTGTAAGAAAGCAGACATGTCTGTAC  1105

Query 1045  TTTATATGTTAC--------------------------------------------------------------  1056
            ||.|.||    |                                                              
Sbjct 1106  TTGAAAT----CAGTGGAATGATAATGAACAGAGTGAACAGCCATATACCAGGAATAGGATACCAGATTTTTGG  1175

Query 1057  --------------------------------------------------------------------------  1056
                                                                                      
Sbjct 1176  AAATGCAGTCTCTCTCATACTGGGTTTAACTCCATTTGTTTTCCGACTTTCTCAAGCTACAGACTTGGAACAAC  1249

Query 1057  --------------------------------------------------------------------------  1056
                                                                                      
Sbjct 1250  TCACAGCACATTCTGCTTCAGAACTTTATGTGATTGCATTTGGTTCTAATGAAGATGTCATAGTTCTTTCTATG  1323

Query 1057  --------------------------------------------------------------------------  1056
                                                                                      
Sbjct 1324  GTTATAATAAGTTTTGTGGTTCGCGTGTCTCTTGTGTGGATTTTCTTTTTTTTGCTCTGTGTAGCAGAAAGAAC  1397

Query 1057  ----------------------  1056
                                  
Sbjct 1398  TTATAAACAGGTGGGTATAATG  1419